单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28527 篇文献，本页显示第 23721 - 23740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23721 | 2024-08-08 |
Pan-Cancer Analysis of Glycolytic and Ketone Bodies Metabolic Genes: Implications for Response to Ketogenic Dietary Therapy
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.689068
PMID:34692477
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研究论文 | 本研究通过分析TCGA、GEO和CCLE数据库中的RNA-seq和微阵列数据，探讨了33种癌症类型中糖酵解和酮体代谢途径基因的表达模式，并识别出可能预测酮饮食疗法反应的代谢亚型。 | 首次系统性地分析了糖酵解和酮体代谢途径基因在多种癌症类型中的表达模式，并识别出与临床结果相关的代谢亚型，这些亚型可能作为预测酮饮食疗法反应的生物标志物。 | 研究主要基于数据库中的现有数据，需要在更多实验中验证这些代谢亚型的预测价值。 | 旨在识别和验证基于糖酵解和酮体代谢的代谢亚型，作为预测癌症对酮饮食疗法反应的生物标志物。 | 33种癌症类型的糖酵解和酮体代谢途径基因表达模式及代谢亚型。 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过10,000个肿瘤样本和近1,000个癌细胞系 |
| 23722 | 2024-08-08 |
Surveying brain tumor heterogeneity by single-cell RNA-sequencing of multi-sector biopsies
2020-Aug, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwaa099
PMID:34692159
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序与多区域活检，分析了13名中国胶质瘤患者的单细胞表达谱，揭示了胶质瘤不同亚区域间的侵袭模式 | 首次提供了人类胶质瘤细胞状态的空间级分析，并展示了胶质瘤细胞与周围微环境之间分子对话的初始分子图谱 | NA | 探索驱动脑肿瘤进展和异质性的机制 | 胶质瘤的单细胞表达谱及其与周围微环境的关系 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞表达谱 | 13名中国胶质瘤患者 |
| 23723 | 2024-08-08 |
Single-Cell Atlas of Lineage States, Tumor Microenvironment, and Subtype-Specific Expression Programs in Gastric Cancer
2022-03-01, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-21-0683
PMID:34642171
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研究论文 | 本文生成了一个全面的胃癌单细胞图谱，包含来自31名患者的48个样本，超过200,000个细胞，并识别了34种不同的细胞谱系状态，包括罕见的细胞群体。 | 首次生成了胃癌的全面单细胞图谱，并识别了新的罕见细胞群体，以及通过空间转录组学和独立批量RNA测序进行了正交验证。 | NA | 揭示胃癌的异质性，并为疾病管理提供高分辨率的分子资源。 | 胃癌的细胞谱系状态、肿瘤微环境和亚型特异性表达程序。 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞数据 | 超过200,000个细胞，来自31名患者的48个样本 |
| 23724 | 2024-08-08 |
Cell segmentation in imaging-based spatial transcriptomics
2022-03, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01044-w
PMID:34650268
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research paper | 本文介绍了一种名为Baysor的细胞分割方法，该方法通过优化二维或三维细胞边界，结合转录组组成和细胞形态的联合似然性，用于基于成像的空间转录组学数据中的细胞分割。 | Baysor方法能够仅基于检测到的转录本进行分割，并且在某些情况下，与现有工具相比，可以将近乎翻倍的细胞数量进行分割，同时减少分割伪影。 | NA | 开发一种新的细胞分割方法，以提高基于成像的空间转录组学数据中细胞边界的识别准确性。 | 基于成像的空间转录组学数据中的细胞分割。 | digital pathology | NA | in situ sequencing, multiplexed RNA fluorescent hybridization | NA | image | 使用了五种不同的协议获取的数据进行评估。 |
| 23725 | 2024-08-08 |
Dopamine receptor D2 antagonism normalizes profibrotic macrophage-endothelial crosstalk in non-alcoholic steatohepatitis
2022-02, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2021.09.032
PMID:34648896
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研究论文 | 本研究探讨了多巴胺受体D2拮抗剂在非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中调节促纤维化巨噬细胞与内皮细胞相互作用的作用 | 首次发现多巴胺受体D2拮抗剂能特异性地阻断巨噬细胞中的YAP，从而减少肝脏纤维化 | NA | 研究YAP在肝脏修复中的特定作用，并寻找能选择性绕过纤维化并保留YAP促再生功能的药物 | 肝脏纤维化、NASH模型中的巨噬细胞和内皮细胞 | NA | 非酒精性脂肪性肝炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括小鼠、迷你猪和人类患者的肝脏样本 |
| 23726 | 2024-08-08 |
scMRMA: single cell multiresolution marker-based annotation
2022-01-25, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab931
PMID:34648021
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研究论文 | 本文开发了一种双向方法scMRMA，利用分层参考指导迭代聚类和深度注释，以提高单细胞RNA测序数据的注释准确性 | scMRMA采用双向方法，通过分层参考指导迭代聚类和深度注释，显著提高了注释的准确性 | NA | 提高单细胞RNA测序数据的细胞身份注释准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞身份 | 单细胞测序 | 鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 四组基准数据集 |
| 23727 | 2024-08-08 |
CancerSCEM: a database of single-cell expression map across various human cancers
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab905
PMID:34643725
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研究论文 | 本文介绍了CancerSCEM数据库，这是一个专注于多种人类癌症的单细胞表达图谱数据库 | CancerSCEM提供了一个综合的在线分析平台，集成了七种分析功能，支持交互式癌症单细胞RNA测序分析 | NA | 开发一个数据库以整合和处理大量癌症单细胞RNA测序数据，促进对肿瘤微环境的研究 | 多种人类癌症的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞RNA测序技术（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 208个癌症样本，涵盖28项研究和20种人类癌症类型 |
| 23728 | 2024-08-08 |
scAPAatlas: an atlas of alternative polyadenylation across cell types in human and mouse
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab917
PMID:34643729
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scAPAatlas的综合资源，用于探索人类和小鼠不同细胞类型中的选择性多聚腺苷酸化（APA）事件，并解释其潜在的生物学功能。 | scAPAatlas是首个整合细胞类型级别APA信息的资源，基于24种人类和25种小鼠正常组织的scRNA-seq数据，系统地识别了不同细胞类型的细胞类型特异性APA事件，并探讨了APA与基因表达水平及microRNAs或RNA结合蛋白之间的相互作用。 | NA | 开发一个全面的资源，用于探索和解释不同细胞类型中的选择性多聚腺苷酸化事件及其生物学功能。 | 人类和小鼠的不同细胞类型中的选择性多聚腺苷酸化事件。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 24种人类正常组织和25种小鼠正常组织 |
| 23729 | 2024-08-08 |
Global 3'-untranslated region landscape mediated by alternative polyadenylation during meiotic maturation of pig oocytes
2022-Jan, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene
DOI:10.1111/rda.14026
PMID:34647356
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研究论文 | 本研究分析了猪卵母细胞在减数分裂成熟过程中的3'-非翻译区（3'-UTR）的动态变化，利用先前的单细胞RNA测序数据，通过两种软件DaPars和APAtrap识别了显著差异的3'-UTR mRNA，并进行了基因富集分析。 | 首次系统地描述了猪卵母细胞减数分裂成熟过程中3'-UTR的全局景观变化，并探讨了其与卵母细胞成熟过程的关系。 | 研究仅基于单细胞RNA测序数据，可能需要更多类型的数据来全面验证结果。 | 探讨猪卵母细胞减数分裂成熟过程中3'-UTR的动态变化及其对生物过程的影响。 | 猪卵母细胞的3'-UTR及其在减数分裂成熟过程中的变化。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 涉及猪卵母细胞的germinal vesicle和metaphase II阶段的数据 |
| 23730 | 2024-08-08 |
Small Airway Susceptibility to Chemical and Particle Injury
2022, Respiration; international review of thoracic diseases
DOI:10.1159/000519344
PMID:34649249
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综述 | 本文综述了人类小气道对化学和颗粒损伤的易感性及其在气道疾病发展中的作用 | 介绍了单细胞测序技术在人类气道中的最新进展，提供了前所未有的细胞表型细节，可能影响气道对化学和颗粒损伤的反应 | 目前缺乏足够的人类数据来支持与动物研究相似的结论 | 探讨小气道对特定化学和颗粒暴露的易感性原因，以及这对识别有害物质、其特性和相关暴露情景的重要性 | 人类小气道及其对化学和颗粒损伤的易感性 | NA | 慢性阻塞性肺病，哮喘 | 单细胞测序 | NA | 细胞表型数据 | NA |
| 23731 | 2024-08-08 |
Plant Single Cell Transcriptome Hub (PsctH): an integrated online tool to explore the plant single-cell transcriptome landscape
2022-01, Plant biotechnology journal
IF:10.1Q1
DOI:10.1111/pbi.13725
PMID:34651402
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23732 | 2024-08-08 |
WGBS combined with RNA-seq analysis revealed that Dnmt1 affects the methylation modification and gene expression changes during mouse oocyte vitrification
2022-Jan-01, Theriogenology
IF:2.4Q1
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞全基因组亚硫酸氢盐测序（scWGBS）和单细胞RNA测序（scRNA-seq），探讨了小鼠卵母细胞玻璃化过程中的分子特性变化 | 首次揭示了Dnmt1在小鼠卵母细胞玻璃化过程中对甲基化修饰和基因表达变化的影响 | 研究仅限于小鼠卵母细胞，未来研究应扩展到其他物种以验证结果的普遍性 | 探究卵母细胞冷冻保存及后续升温过程中分子层面的变化，以改进卵母细胞冷冻保存技术 | 小鼠成熟中期II（MII）卵母细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞全基因组亚硫酸氢盐测序（scWGBS），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据，转录组数据 | 新鲜卵母细胞与玻璃化卵母细胞的比较 |
| 23733 | 2024-08-08 |
Sex-Stratified Single-Cell RNA-Seq Analysis Identifies Sex-Specific and Cell Type-Specific Transcriptional Responses in Alzheimer's Disease Across Two Brain Regions
2022-Jan, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-021-02591-8
PMID:34669146
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研究论文 | 本研究通过性别分层的单细胞RNA测序分析，识别了阿尔茨海默病在两个大脑区域中的性别特异性和细胞类型特异性转录反应 | 首次在单细胞水平上全面检查了阿尔茨海默病中的性别差异，特别是在前额叶皮质的胶质细胞中 | NA | 探究阿尔茨海默病中性别特异性的病理生理机制，为新疗法的开发提供信息 | 阿尔茨海默病患者的两个大脑区域（前额叶皮质和内嗅皮质）的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 近74,000个细胞 |
| 23734 | 2024-08-08 |
Cardiac Resident Macrophages Prevent Fibrosis and Stimulate Angiogenesis
2021-12-03, Circulation research
IF:16.5Q1
DOI:10.1161/CIRCRESAHA.121.319737
PMID:34645281
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研究论文 | 本研究探讨了心脏常驻巨噬细胞在心脏压力超负荷早期肥大反应中的作用 | 首次证实心脏常驻免疫细胞在心脏压力超负荷早期肥大发展中的影响 | NA | 评估心脏免疫细胞在心脏压力超负荷引起的早期肥大反应中的作用 | 心脏常驻巨噬细胞在心脏压力超负荷早期肥大反应中的作用 | NA | 心血管疾病 | Cite-Seq单细胞RNA测序 | NA | RNA | 4个假手术心脏和6个TAC心脏 |
| 23735 | 2024-08-08 |
Tet2 deficiency in immune cells exacerbates tumor progression by increasing angiogenesis in a lung cancer model
2021-Dec, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.15165
PMID:34657351
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研究论文 | 本文通过小鼠肺癌模型研究了Tet2缺陷免疫细胞在肿瘤组织中的活性，发现Tet2缺陷的髓系细胞通过增加S100a8/S100a9表达促进肿瘤血管生成，从而加剧肿瘤进展。 | 首次揭示了TET2突变通过增加S100a8/S100a9表达促进肺癌进展的机制，并提出Emmprin抗体可能作为肺癌治疗的新靶点。 | NA | 评估Tet2缺陷免疫细胞在肺癌模型中的活性及其对肿瘤进展的影响。 | 小鼠肺癌模型中的Tet2缺陷免疫细胞及其对肿瘤生长的影响。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序分析 | NA | 细胞 | 小鼠肺癌模型中的免疫细胞 |
| 23736 | 2024-08-08 |
Integrating single-cell genomics pipelines to discover mechanisms of stem cell differentiation
2021-12, Trends in molecular medicine
IF:12.8Q1
DOI:10.1016/j.molmed.2021.09.006
PMID:34657800
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学方法在干细胞科学中的应用，重点讨论了通过多重单细胞分析扩大干细胞分化的策略，以及使用新的分析算法评估细胞分化的分子调控 | 本文介绍了集成和投影分析方法，用于分类和基准测试干细胞衍生物与体内细胞类型 | NA | 评估单细胞转录组学方法在干细胞科学中的应用，并讨论开发集成分析管道的策略 | 单细胞转录组学方法及其在干细胞分化研究中的应用 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 23737 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals distinct tumor microenvironmental patterns in lung adenocarcinoma
2021-12, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-021-02054-3
PMID:34663877
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了十例人肺腺癌和十例正常对照组织的肿瘤微环境，揭示了两种不同的微环境模式及其与预后的关联 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了肺腺癌的肿瘤微环境，并识别出两种具有不同预后意义的微环境模式 | 研究样本量较小，可能需要进一步扩大样本以验证结果的普遍性 | 深入了解肺腺癌的肿瘤微环境特征，为精准医疗提供依据 | 肺腺癌及其正常对照组织的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 十例肺腺癌和十例正常对照组织 |
| 23738 | 2024-08-08 |
Identification and characterization of distinct cell cycle stages in cardiomyocytes using the FUCCI transgenic system
2021-11-15, Experimental cell research
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.yexcr.2021.112880
PMID:34655601
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研究论文 | 本研究利用FUCCI转基因系统在小鼠模型中识别和表征心肌细胞在不同细胞周期阶段的特征 | 首次使用FUCCI系统在单细胞分辨率下研究心肌细胞的细胞周期活动，并生成特定于细胞分裂和内复制的心肌细胞转录组图谱 | NA | 理解心肌细胞增殖向内复制和细胞周期停滞转变的调控机制，并开发再生疗法 | 心肌细胞在不同细胞周期阶段的特征 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | FUCCI转基因小鼠模型 | 转录组数据 | 新生小鼠的心肌细胞在出生后第0天和第7天 |
| 23739 | 2024-08-08 |
KLF17 promotes human naïve pluripotency but is not required for its establishment
2021-11-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.199378
PMID:34661235
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研究论文 | 研究探讨了锌指蛋白KLF17在人类原始多能性中的作用，发现KLF17在人类胚胎发育中与NANOG和SOX2共同表达，并通过增益和失能分析揭示KLF17在体外条件下对原始多能性的建立是充分的但非必需的。 | 首次揭示KLF17在人类原始多能性中的作用，表明其在体外条件下对原始多能性的建立是充分的但非必需的。 | 研究主要集中在体外条件下，可能无法完全反映KLF17在体内环境中的作用。 | 探讨KLF17在人类原始多能性中的作用及其在胚胎发育中的表达模式。 | 人类胚胎干细胞（hESCs）和人类胚胎发育过程中的KLF17表达。 | NA | NA | 单细胞转录组学分析，CRISPR-Cas9介导的基因敲除 | NA | 转录组数据 | 涉及人类胚胎干细胞和人类胚胎发育样本 |
| 23740 | 2024-08-08 |
CD4+ T cells contribute to neurodegeneration in Lewy body dementia
2021-Nov-12, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abf7266
PMID:34648304
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研究论文 | 本文研究了CD4+ T细胞在路易体痴呆（LBD）中的神经退行性作用及其机制 | 首次揭示了CD4+ T细胞在LBD中的神经退行性作用，并提出了CXCR4-CXCL12信号通路作为潜在的治疗靶点 | NA | 探讨适应性免疫系统在路易体痴呆中的作用及其机制 | CD4+ T细胞在路易体痴呆中的作用及其机制 | NA | 路易体痴呆 | 单细胞RNA测序 | NA | 脑脊液 | NA |