单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23641	2024-08-09	Single-cell transcriptome profiling of buffelgrass (Cenchrus ciliaris) eggs unveils apomictic parthenogenesis signatures 2021-05-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-89170-y PMID:33972603	研究论文	本文通过激光捕获显微切割技术对刺毛草（Cenchrus ciliaris）的性成熟和孤雌生殖卵细胞进行RNA测序，揭示了孤雌生殖卵细胞的转录组特征	首次创建了刺毛草卵细胞的从头转录组，并识别了孤雌生殖卵细胞与性成熟卵细胞之间的转录差异	NA	旨在揭示孤雌生殖机制，为作物育种中双单倍体生产提供帮助	刺毛草的性成熟和孤雌生殖卵细胞	NA	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	性成熟和孤雌生殖卵细胞
23642	2024-08-09	CCR2-dependent monocyte-derived cells restrict SARS-CoV-2 infection 2021-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2021.05.03.442538 PMID:33972938	研究论文	本文研究了CCR2依赖的单核细胞衍生的细胞在限制SARS-CoV-2感染中的作用	首次详细描述了CCR2依赖的单核细胞在SARS-CoV-2感染中的保护作用，并使用scRNA-seq分析和体内抗体标记技术进行了验证	研究主要基于小鼠模型，可能与人类免疫反应存在差异	探讨SARS-CoV-2感染中先天免疫机制的保护作用	SARS-CoV-2感染中的CCR2依赖的单核细胞	NA	呼吸系统疾病	scRNA-seq, 体内抗体标记	NA	细胞	小鼠模型
23643	2024-08-09	Inferring Cell Subtypes and LncRNA Function by a Cell-Specific CeRNA Network in Breast Cancer 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.656675 PMID:33987091	研究论文	本文提出了一种基于细胞特异性ceRNA网络（CCN）的新策略，用于推断乳腺癌中的细胞亚型和长非编码RNA（lncRNA）功能	本文创新性地构建了细胞特异性ceRNA网络（CCN），通过整合细胞特异性RNA-RNA共表达网络（RCN）和现有的ceRNA网络，用于推断细胞亚型和lncRNA功能	NA	研究旨在探索乳腺癌中单细胞水平的细胞亚型和lncRNA功能	乳腺癌中的细胞亚型和lncRNA功能	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	表达谱	NA
23644	2024-08-09	Identification of Silkworm Hemocyte Subsets and Analysis of Their Response to Baculovirus Infection Based on Single-Cell RNA Sequencing 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.645359 PMID:33995363	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，全面鉴定了家蚕血细胞亚群，并分析了它们对杆状病毒感染的响应	首次通过单细胞RNA测序技术详细分类了家蚕血细胞，并揭示了杆状病毒感染对血细胞类型分布的显著影响	研究主要集中在血细胞的分子和细胞特性分析，未涉及更广泛的生理或生态影响	揭示家蚕血细胞的多样性及其对杆状病毒感染的响应	家蚕血细胞及其对杆状病毒感染的响应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括20个细胞集群及其潜在标记基因
23645	2024-08-09	Single-cell transcriptome profiling reveals vascular endothelial cell heterogeneity in human skin 2021, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.54917 PMID:33995668	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了人皮肤中血管内皮细胞的异质性	首次在单细胞水平上详细描述了皮肤中血管内皮细胞的组织特异性特征和内部异质性	NA	探究人皮肤中血管内皮细胞的功能角色和异质性	人皮肤中的血管内皮细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	10名供体的皮肤组织
23646	2024-08-09	Endocrine Pancreas Development and Dysfunction Through the Lens of Single-Cell RNA-Sequencing 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.629212 PMID:33996792	研究论文	本文综述了通过单细胞RNA测序技术在内分泌胰腺发育和功能方面的最新进展	利用单细胞RNA测序技术，能够捕捉数千个单个细胞的转录组，包括稀有细胞类型、亚型和短暂状态，从而推断细胞转换的发育轨迹和基因调控途径	NA	探讨内分泌胰腺发育和功能，以及其在糖尿病病理学中的应用	内分泌胰腺的发育和功能，以及糖尿病中的病理胰腺	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	数千个单个细胞
23647	2024-08-09	Gene Families With Stochastic Exclusive Gene Choice Underlie Cell Adhesion in Mammalian Cells 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.642212 PMID:33996799	研究论文	本文探讨了基因家族中通过随机独占基因选择机制在哺乳动物细胞中实现细胞粘附的现象	本文提出了一种简单的度量方法，通过单细胞RNA测序数据检测基因表达的独占性，发现独占基因选择不仅限于典型家族，还扩展到其他细胞类型中的膜蛋白	本文主要依赖于单细胞RNA测序数据进行分析，可能存在数据解读的局限性	研究基因家族中随机独占基因选择机制在细胞粘附中的作用	研究对象包括T细胞受体、气味受体和原钙粘蛋白等基因家族	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多个细胞类型
23648	2024-08-09	Evolutionary Multiobjective Clustering Algorithms With Ensemble for Patient Stratification 2022-Oct, IEEE transactions on cybernetics IF:9.4Q1 DOI:10.1109/TCYB.2021.3069434 PMID:33961576	研究论文	本文提出了两种新的基于集合的进化多目标聚类算法（NSGA-II-ECFE和MOEA/D-ECFE），用于解决患者分层问题，通过四个聚类有效性指标作为目标函数	开发了一种有效的集合构建方法以增强集合多样性，并提出了集合聚类适应度评估（ECFE）方法来评估集合，通过测量这四个目标函数下的共识聚类	NA	解决患者分层中的亚型诊断问题，构建具有高诊断能力和良好泛化能力的分层模型	患者分层问题	机器学习	NA	进化多目标聚类算法	NSGA-II-ECFE, MOEA/D-ECFE	数据集	55个合成数据集和35个真实患者分层数据集，以及五个癌症相关的单细胞RNA-seq数据集
23649	2024-08-09	Single-cell Transcriptomics Uncover a Novel Role of Myeloid Cells and T-lymphocytes in the Fibrotic Microenvironment in Peyronie's Disease 2022-05, European urology focus IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.euf.2021.04.012 PMID:33962884	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术揭示了 Peyronie 病纤维化微环境中髓系细胞和 T 淋巴细胞的新作用	首次使用单细胞转录组学技术研究 Peyronie 病的免疫机制	单细胞 RNA 测序样本量较小，但由于有较大的历史石蜡包埋样本队列，研究结果具有一定的可靠性	探究 Peyronie 病患者斑块的免疫特征	Peyronie 病患者的阴茎白膜	数字病理学	NA	单细胞 RNA 测序	NA	细胞	12 名 Peyronie 病患者和 6 名对照组患者
23650	2024-08-09	Cellsnp-lite: an efficient tool for genotyping single cells 2021-12-07, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab358 PMID:33963851	研究论文	介绍了一种名为cellsnp-lite的软件工具，用于单细胞测序数据的基因分型	cellsnp-lite在计算速度和内存效率方面相比现有方法有显著提升，同时保持高度一致的结果	NA	开发适用于单细胞测序数据的基因分型方法	单细胞测序数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
23651	2024-08-09	The diversity of adult lung epithelial stem cells and their niche in homeostasis and regeneration 2021-12, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-020-1902-3 PMID:33948870	综述	本文综述了成年肺部上皮干细胞及其微环境在稳态和再生中的多样性	利用单细胞测序、谱系追踪和活体组织成像技术，深入理解了干细胞异质性、过渡状态和特定细胞谱系标记	NA	探讨成年肺部上皮干细胞及其微环境在稳态和再生中的作用	成年肺部上皮干细胞及其微环境	NA	NA	单细胞测序	NA	NA	NA
23652	2024-08-09	Improving Single-Cell RNA-seq Clustering by Integrating Pathways 2021-11-05, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab147 PMID:33940590	研究论文	本文研究了通过整合通路信息来提高单细胞RNA测序数据聚类方法的准确性和鲁棒性	提出了一种通过整合通路信息来减少噪声并提高单细胞聚类性能的方法	未提及具体限制	提高单细胞RNA测序数据聚类方法的准确性和鲁棒性	单细胞RNA测序数据及其聚类方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	26个scRNA-seq数据集
23653	2024-08-09	Anti-bias training for (sc)RNA-seq: experimental and computational approaches to improve precision 2021-11-05, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab148 PMID:33959753	研究论文	本文讨论了(sc)RNA-seq技术中的偏差问题，包括其来源、影响以及生物信息学方法来纠正这些偏差，并探讨了如何利用这些偏差来推断样本制备过程的特征，从而改进文库制备	提出了实验和计算方法来提高(sc)RNA-seq的精确度，并利用偏差来改进样本制备过程	NA	提高(sc)RNA-seq技术的敏感性和精确度	(sc)RNA-seq数据中的全局偏差及其对RNA检测和定量的影响	数字病理学	NA	RNA-seq, scRNA-seq	NA	RNA-seq数据	NA
23654	2024-08-09	Clustering single-cell RNA-seq data by rank constrained similarity learning 2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab276 PMID:33961003	研究论文	本文介绍了一种新的聚类算法RCSL，用于通过单细胞RNA测序数据准确识别复杂组织中的各种细胞类型	RCSL算法结合了细胞间的局部相似性和全局相似性，以区分同类型细胞间的细微差异和不同类型细胞间的大差异	NA	提高单细胞RNA测序数据聚类的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	RCSL算法	表达向量	16个基准单细胞RNA测序数据集
23655	2024-08-09	CD276 expression enables squamous cell carcinoma stem cells to evade immune surveillance 2021-09-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.04.011 PMID:33945793	研究论文	本文研究了鳞状细胞癌干细胞通过上调免疫检查点分子CD276来逃避宿主免疫反应的机制	首次揭示了鳞状细胞癌干细胞通过表达CD276来逃避免疫监视的新机制	研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体临床试验验证	探讨鳞状细胞癌干细胞逃避免疫监视的机制，并评估靶向CD276的治疗潜力	鳞状细胞癌干细胞及其免疫逃逸机制	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	涉及小鼠和人类的头颈部鳞状细胞癌样本
23656	2024-08-09	Generation of hypothalamic arcuate organoids from human induced pluripotent stem cells 2021-09-02, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.04.006 PMID:33961804	研究论文	本文报道了从人诱导多能干细胞（iPSCs）生成下丘脑弓状器官（ARCOs）的方法，用于模拟人类下丘脑弓状核的发育	首次成功生成能够模拟特定下丘脑亚区域发育的器官模型，并通过单细胞RNA测序和机器学习分析揭示了弓状核细胞类型的分子异质性	NA	研究人类下丘脑弓状核的发育及其在Prader-Willi综合征（PWS）中的异常	人诱导多能干细胞（iPSCs）生成的下丘脑弓状器官（ARCOs）	数字病理学	Prader-Willi综合征	单细胞RNA测序	机器学习	转录组	NA
23657	2024-08-09	NK cell and ILC heterogeneity in colorectal cancer. New perspectives from high dimensional data 2021-08, Molecular aspects of medicine IF:8.7Q1 DOI:10.1016/j.mam.2021.100967 PMID:33941383	综述	本文综述了自然杀伤细胞（NK细胞）和先天性淋巴细胞（ILCs）在结直肠癌（CRC）中的异质性及其在疾病发生发展中的作用	利用下一代测序技术和单细胞RNA测序方法，结合多维流式细胞术分析，揭示了ILC系统在稳态和病理状态下的复杂性和异质性	NA	探讨NK细胞和ILCs在CRC发病机制中的保护性和有害作用	NK细胞和ILCs在CRC中的表型和转录修饰	NA	结直肠癌	下一代测序技术，单细胞RNA测序	NA	高维数据	NA
23658	2024-08-09	A hypothetical role for autophagy during the day/night rhythm-regulated melatonin synthesis in the rat pineal gland 2021-Aug, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.12742 PMID:33960014	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了松果体中不同细胞群体背后的基因调控网络，并首次描述了松果体中自噬流在昼夜节律中的激活，表明自噬可能在调节松果体中的褪黑激素合成中起作用	首次描述了松果体中自噬流在昼夜节律中的激活，并提出了自噬在昼夜节律调节褪黑激素合成中的潜在作用	NA	探讨自噬在昼夜节律调节松果体中褪黑激素合成中的作用	大鼠松果体中的自噬流和褪黑激素合成	生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	大鼠松果体中的单个细胞
23659	2024-08-09	Variants in GCNA, X-linked germ-cell genome integrity gene, identified in men with primary spermatogenic failure 2021-Aug, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-021-02287-y PMID:33963445	研究论文	本文通过基因组研究分析了精子发生失败（SPGF）的男性，发现X连锁的生殖细胞核抗原（GCNA）基因中的单核苷酸变异（SNV）与男性不育有关。	首次揭示GCNA基因在人类男性不育中的作用，该基因对维持生殖细胞基因组完整性至关重要。	NA	研究GCNA基因变异与男性不育之间的关系。	GCNA基因在男性不育中的作用及其变异的影响。	NA	男性不育	单细胞RNA测序，免疫组织化学，计算建模	NA	基因组数据	初始分析样本量为176，后续研究样本量为2049。
23660	2024-08-09	Single-cell Profiles and Prognostic Impact of Tumor-Infiltrating Lymphocytes Coexpressing CD39, CD103, and PD-1 in Ovarian Cancer 2021-07-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-4394 PMID:33963000	研究论文	本研究评估了在卵巢癌中表达CD39、CD103和PD-1的肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的表型、克隆性和预后意义	首次详细描述了同时表达CD39、CD103和PD-1的TIL亚群，并揭示了其在卵巢癌中的预后价值和潜在的免疫治疗靶点	NA	探讨肿瘤浸润淋巴细胞中特定标记物的表达及其在卵巢癌中的预后影响	高级别浆液性卵巢癌（HGSC）中的肿瘤浸润淋巴细胞	数字病理学	卵巢癌	高维流式细胞术、单细胞测序、多重免疫荧光	NA	细胞	初级和匹配的化疗前/后HGSC样本