单细胞与空转测序相关文章

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序号 推送日期 文章 类型 简述 创新点 不足 研究目的 研究对象 领域 病种 技术 模型 数据类型 样本量
23641 2024-08-08
Mitogen-activated protein kinase activity drives cell trajectories in colorectal cancer
2021-10-07, EMBO molecular medicine IF:9.0Q1
研究论文 本文通过单细胞转录组分析,研究了结直肠癌患者的肿瘤和匹配的非癌组织,定义了结直肠癌细胞的转录状态和控制其发展的信号 首次揭示了结直肠癌细胞沿着丝裂原活化蛋白激酶活性梯度组织的发展轨迹,并展示了靶向治疗对细胞发展轨迹的重塑作用 研究仅限于12名结直肠癌患者,样本量较小,可能影响结果的普遍性 定义结直肠癌细胞的转录状态和控制其发展的信号 结直肠癌细胞及其发展轨迹 数字病理学 结直肠癌 单细胞转录组分析 NA 转录组数据 12名结直肠癌患者的肿瘤和匹配的非癌组织
23642 2024-08-08
Spinal Cord Injury Induces Permanent Reprogramming of Microglia into a Disease-Associated State Which Contributes to Functional Recovery
2021-10-06, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序技术,探讨了雌性小鼠脊髓损伤后免疫细胞的时间动态变化,发现脊髓损伤导致基线小胶质细胞永久性转录重编程,形成一种与疾病相关的小胶质细胞亚型,并增强后肢运动功能的恢复。 本研究首次揭示了脊髓损伤后小胶质细胞的来源及其在急性损伤过程中的作用,并通过小胶质细胞耗竭模型证明了疾病相关小胶质细胞在脊髓损伤中的来源和增强恢复的作用。 NA 探讨脊髓损伤后小胶质细胞的转录重编程及其在功能恢复中的作用。 脊髓损伤后的免疫细胞和小胶质细胞。 神经科学 脊髓损伤 单细胞RNA测序 NA RNA 雌性小鼠
23643 2024-08-08
ZFP91 disturbs metabolic fitness and antitumor activity of tumor-infiltrating T cells
2021-10-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1
研究论文 本文揭示了锌指蛋白91(ZFP91)调控机制如何破坏肿瘤浸润T细胞的代谢途径和抗肿瘤活性 首次阐明了ZFP91在肿瘤微环境中对T细胞代谢程序和功能的干扰机制 NA 探讨ZFP91在肿瘤微环境中对T细胞代谢和功能的影响 肿瘤浸润T细胞的代谢途径和抗肿瘤活性 NA 结直肠癌 单细胞RNA测序 NA RNA 来自结直肠癌患者的组织样本
23644 2024-08-08
The Ratio of Exhausted to Resident Infiltrating Lymphocytes Is Prognostic for Colorectal Cancer Patient Outcome
2021-10, Cancer immunology research IF:8.1Q1
研究论文 本研究利用单细胞RNA测序数据识别结直肠癌浸润淋巴细胞中的驻留和耗竭特征,并探讨这些特征与患者生存结果的关系 首次在结直肠癌浸润淋巴细胞中识别出CD4 T细胞和NK细胞的驻留和耗竭特征,并将其应用于患者生存结果的预测 研究仅基于单细胞RNA测序数据和TCGA数据,未涉及临床试验验证 探讨结直肠癌浸润淋巴细胞的驻留和耗竭特征与患者生存结果的关系 结直肠癌浸润淋巴细胞,包括CD8、CD4和NK细胞 数字病理学 结直肠癌 单细胞RNA测序 NA RNA测序数据 两个独立的转录组数据集来自结直肠癌患者
23645 2024-08-08
Neuroinflammatory astrocyte subtypes in the mouse brain
2021-10, Nature neuroscience IF:21.2Q1
研究论文 本研究探讨了小鼠大脑皮质星形胶质细胞在急性炎症刺激后转录组的变化及其随时间和性别的异质性 首次在单细胞分辨率下分析了星形胶质细胞在炎症刺激后的快速转录组变化,并揭示了不同亚型的星形胶质细胞具有特定的转录组特征 NA 研究星形胶质细胞在急性炎症刺激后的转录组变化及其异质性 小鼠大脑皮质星形胶质细胞 神经科学 NA 单细胞测序, 空间转录组学, 原位杂交 NA 转录组数据 约80,000个星形胶质细胞
23646 2024-08-08
Hybrid material mimics a hypoxic environment to promote regeneration of peripheral nerves
2021-10, Biomaterials IF:12.8Q1
研究论文 研究开发了一种模拟缺氧环境的复合材料,用于促进周围神经的再生 该研究挑战了缺氧仅参与周围神经再生的观点,并提供了一种潜在有价值的临床候选材料 NA 探索缺氧环境在神经再生中的作用及开发相关功能材料 周围神经缺陷及其再生过程中的细胞和组织结构 NA NA 单细胞测序 NA 细胞 NA
23647 2024-08-08
Quality control in scRNA-Seq can discriminate pacemaker cells: the mtRNA bias
2021-Oct, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1
研究论文 本文探讨了单细胞RNA测序(scRNA-seq)中质量控制参数对心脏组织分析的影响 提出在心血管应用中应避免使用固定的5%线粒体转录本阈值,以防止对起搏细胞的错误排除 文章主要关注于质量控制参数的影响,未涉及其他可能影响scRNA-seq结果的因素 研究scRNA-seq质量控制参数对心脏组织分析的准确性 心脏组织中的起搏细胞 数字病理学 心血管疾病 scRNA-seq NA 文本 包括体外生成的诱导窦房体(iSABs)和从胚胎小鼠窦房结组织分离的细胞
23648 2024-08-08
Collection of cells for single-cell RNA sequencing using high-resolution fluorescence microscopy
2021-09-17, STAR protocols IF:1.3Q4
研究论文 本文描述了一种使用高分辨率荧光显微镜收集细胞进行单细胞RNA测序的工作流程 介绍了VYCAP穿孔系统,该系统克服了FACS在测量亚细胞荧光分布和小样本量方面的局限性 NA 开发一种适用于小样本量和亚细胞荧光分布测量的单细胞RNA测序方法 人视网膜色素上皮细胞 数字病理学 NA 单细胞RNA测序 NA 图像 小于1000个细胞
23649 2024-08-08
A monocyte/dendritic cell molecular signature of SARS-CoV-2-related multisystem inflammatory syndrome in children with severe myocarditis
2021-09-10, Med (New York, N.Y.)
研究论文 本研究通过多参数方法分析了56名疑似SARS-CoV-2感染住院儿童的血液细胞,以更好地理解与SARS-CoV-2相关的儿童多系统炎症综合征(MIS-C)及其导致的心肌炎。 单细胞转录组学分析揭示了一种独特的单核细胞/树突状细胞基因特征,与持续的核因子κB(NF-κB)活性和肿瘤坏死因子α(TNF-α)信号传导相关,并伴有NF-κB抑制剂基因表达的降低。 NA 更好地理解与SARS-CoV-2相关的儿童多系统炎症综合征(MIS-C)及其导致的心肌炎的病理生理机制。 56名疑似SARS-CoV-2感染住院儿童的血液细胞。 NA 心肌炎 单细胞转录组学分析 NA 血液细胞 56名儿童
23650 2024-08-08
Arhgef2 regulates mitotic spindle orientation in hematopoietic stem cells and is essential for productive hematopoiesis
2021-08-24, Blood advances IF:7.4Q1
研究论文 研究探讨了造血干细胞(HSCs)的细胞分裂轴协调及其对干细胞驱动的造血作用的重要性,并发现ARHGEF2在调控HSCs的有丝分裂纺锤体方向中起关键作用。 首次揭示了ARHGEF2在调控造血干细胞和祖细胞(HSPCs)的有丝分裂纺锤体方向中的作用,及其对造血功能的重要性。 研究主要集中在ARHGEF2的功能缺失对HSPCs的影响,未探讨其在其他细胞类型中的作用。 探究造血干细胞的分裂轴协调及其对造血作用的影响。 造血干细胞和祖细胞(HSPCs)。 NA 骨髓衰竭综合征 单细胞RNA测序 NA RNA序列 患者样本
23651 2024-08-08
Integrated analysis of glycan and RNA in single cells
2021-Aug-20, iScience IF:4.6Q1
研究论文 本文首次将单细胞测序技术应用于同时分析糖链和RNA,通过scGR-seq方法揭示了细胞异质性和糖链在多细胞系统中的生物学作用 首次实现了单细胞水平上糖链和RNA的联合分析 NA 探索单细胞水平上糖链和RNA的联合分析方法及其在细胞异质性和生物学功能中的应用 人诱导多能干细胞及其分化为神经前体细胞过程中的糖链和RNA 生物技术 NA 单细胞测序 NA 糖链和RNA数据 人诱导多能干细胞及其分化为神经前体细胞的单细胞样本
23652 2024-08-08
NANOS2 suppresses the cell cycle by repressing mTORC1 activators in embryonic male germ cells
2021-Aug-20, iScience IF:4.6Q1
研究论文 本文探讨了NANOS2蛋白在胚胎雄性生殖细胞中通过抑制mTORC1激活因子来抑制细胞周期的机制 利用单细胞RNA测序技术揭示了NANOS2在野生型和KO小鼠睾丸中每个生殖细胞的细胞周期状态,并识别了NANOS2可能通过后转录方式抑制mTORC1活性的机制 NANOS2调控细胞周期的详细机制仍不清楚 研究NANOS2在胚胎雄性生殖细胞中抑制细胞周期的机制 NANOS2蛋白及其在胚胎雄性生殖细胞中的功能 NA NA 单细胞RNA测序 NA RNA 野生型和KO小鼠的睾丸生殖细胞
23653 2024-08-08
CeTF: an R/Bioconductor package for transcription factor co-expression networks using regulatory impact factors (RIF) and partial correlation and information (PCIT) analysis
2021-Aug-20, BMC genomics IF:3.5Q2
研究论文 开发了一个名为CeTF的R/Bioconductor包,用于通过RIF和PCIT分析转录因子共表达网络 CeTF包整合了PCIT和RIF算法,用于从微阵列、RNA-seq或单细胞RNA-seq数据中识别转录因子 NA 识别基因表达数据挖掘中基因-基因相互作用和主要的转录因子 转录因子在共表达网络中的作用 生物信息学 胃癌 RNA-seq NA 基因表达数据 来自TCGA的胃癌RNA-seq数据
23654 2024-08-08
BCL9 regulates CD226 and CD96 checkpoints in CD8+ T cells to improve PD-1 response in cancer
2021-08-20, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1
研究论文 研究通过基因敲除和药物抑制BCL9,发现BCL9抑制可减少肿瘤生长,促进CD8 T细胞浸润,并增强对PD-1抑制剂的反应 首次揭示BCL9在调节肿瘤免疫微环境中的作用,特别是对CD226和CD96检查点的影响 研究主要基于小鼠模型,需要进一步的人体临床试验验证 探讨BCL9在肿瘤免疫微环境中的作用及其对PD-1反应的影响 BCL9在肿瘤免疫微环境中的作用机制及其对CD226和CD96检查点的影响 数字病理学 结肠癌 单细胞RNA测序 NA 基因表达数据 小鼠结肠癌模型
23655 2024-08-08
Using single-cell sequencing technology to detect circulating tumor cells in solid tumors
2021-08-19, Molecular cancer IF:27.7Q1
研究论文 本文利用单细胞测序技术检测实体瘤中的循环肿瘤细胞 通过单细胞测序技术,避免了肿瘤异质性的干扰,提供了理解肿瘤生物过程的新视角 NA 探索循环肿瘤细胞的基因组特征及其在肿瘤生物学中的应用 循环肿瘤细胞及其在肿瘤类型、转移分析、进展检测和辅助治疗中的应用 数字病理学 实体瘤 单细胞测序 NA 基因组数据 NA
23656 2024-08-08
The MURAL collection of prostate cancer patient-derived xenografts enables discovery through preclinical models of uro-oncology
2021-08-19, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文介绍了墨尔本泌尿研究联盟(MURAL)收集的前列腺癌患者来源的异种移植模型(PDXs),旨在通过这些临床前模型加速发现和评估候选治疗方案 建立了包含59个肿瘤样本的PDX集合,涵盖了从初治原发性肿瘤到去势抵抗性转移的临床病理和基因组谱,并展示了肿瘤间的异质性 NA 建立一个重要的前列腺癌PDX资源,用于快速系统地评估候选治疗方案 前列腺癌的PDX模型及其在临床前研究中的应用 数字病理学 前列腺癌 单细胞RNA测序 NA RNA序列数据 59个肿瘤样本来自30名患者
23657 2024-08-08
Single-cell evaluation reveals shifts in the tumor-immune niches that shape and maintain aggressive lesions in the breast
2021-08-18, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究利用单细胞转录组学和多参数成像技术,在乳腺癌小鼠模型中揭示了肿瘤-免疫微环境的特征,这些特征塑造并维持了乳腺中的侵袭性病变。 研究首次揭示了侵袭性肿瘤微环境中基底样细胞群的扩张、肿瘤亚群的特化以及可能作为腔内和基底表型过渡状态的混合谱系肿瘤细胞。 研究主要基于小鼠模型,其结果在人类乳腺癌中的适用性需要进一步验证。 旨在区分乳腺病变中的惰性和侵袭性,以指导个性化治疗。 研究对象包括乳腺癌小鼠模型中的肿瘤细胞和免疫细胞。 数字病理学 乳腺癌 单细胞转录组学 NA 图像 研究涉及小鼠乳腺癌模型
23658 2024-08-08
Grafting of iPS cell-derived tenocytes promotes motor function recovery after Achilles tendon rupture
2021-08-18, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文介绍了一种基于诱导多能干细胞(iPSC)的技术,用于开发治疗肌腱损伤的新方法 首次使用iPSC衍生的肌腱细胞进行移植,促进肌腱损伤后的运动功能恢复 NA 开发一种新的治疗肌腱损伤的方法 iPSC衍生的肌腱细胞及其在肌腱损伤修复中的应用 再生医学 肌腱损伤 单细胞RNA测序 NA RNA 大鼠模型
23659 2024-08-08
DL4-μbeads induce T cell lineage differentiation from stem cells in a stromal cell-free system
2021-08-18, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本文报道了一种无基质细胞的微珠基方法,支持从脐带血、GCSF动员的外周血和多能干细胞(PSCs)来源的CD34细胞高效体外分化为人类前T细胞和T系细胞 DL4-μbeads与淋巴生成细胞因子一起,诱导从CD34细胞到CD34CD7CD5前T细胞再到CD3αβ T细胞的有序分化序列 NA 开发一种临床相关且易于扩展的系统,用于从造血干细胞/祖细胞(HSPCs)生成大量T系细胞 从脐带血、GCSF动员的外周血和多能干细胞(PSCs)来源的CD34细胞分化为人类前T细胞和T系细胞 再生医学 癌症 单细胞RNA测序 NA RNA 从脐带血、GCSF动员的外周血和多能干细胞(PSCs)来源的CD34细胞
23660 2024-08-08
Single-cell sequencing of immune cells from anticitrullinated peptide antibody positive and negative rheumatoid arthritis
2021-08-17, Nature communications IF:14.7Q1
研究论文 本研究通过单细胞RNA测序分析了抗瓜氨酸肽抗体阳性和阴性的类风湿关节炎患者的CD45造血细胞,以揭示不同亚型的免疫发病机制 首次通过单细胞RNA测序技术详细比较了ACPA阳性和阴性RA患者的免疫细胞亚群,揭示了不同亚型RA的细胞和分子通路的差异 NA 探讨抗瓜氨酸肽抗体阳性和阴性的类风湿关节炎患者的免疫发病机制 ACPA阳性和阴性的类风湿关节炎患者的CD45造血细胞 数字病理学 类风湿关节炎 单细胞RNA测序 NA RNA 来自ACPA阳性和阴性RA患者的外周血或滑膜组织中的CD45造血细胞
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