单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 23621 - 23640 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23621 | 2024-08-09 |
Differential gene expression analysis for multi-subject single-cell RNA-sequencing studies with aggregateBioVar
2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab337
PMID:33970215
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研究论文 | 本文提出了一种用于多主体单细胞RNA测序研究的差异基因表达分析统计模型，并展示了未考虑额外生物变异可能导致假发现率（FDR）升高 | 提出了一个新的统计模型和简单方法来估计模型参数，以及基于伪批量计数的方法来更好地控制FDR | 需要进一步验证模型在不同类型数据集上的适用性和效果 | 改进单细胞RNA测序研究的差异基因表达分析方法 | 多主体单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 统计模型 | 基因-细胞计数矩阵 | 涉及人类和动物模型的单细胞RNA测序数据集 |
| 23622 | 2024-08-09 |
MAT2: manifold alignment of single-cell transcriptomes with cell triplets
2021-Oct-11, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab250
PMID:33974010
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MAT2的方法，通过深度神经网络和对比学习策略在流形空间中对单细胞转录组进行对齐 | MAT2通过基于已知细胞类型注释定义的细胞三元组，提高了对齐过程的鲁棒性，特别是在具有有限共同细胞类型的数据集中。此外，MAT2能够重建无批次效应的基因表达，有助于细胞类型的注释 | NA | 开发一种新的方法来对齐多个单细胞RNA测序数据集，以建立生物过程的全面细胞景观 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 转录组数据 | NA |
| 23623 | 2024-08-09 |
Analysis of deficiency of adenosine deaminase 2 pathogenesis based on single-cell RNA sequencing of monocytes
2021-09, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1002/JLB.3HI0220-119RR
PMID:33988272
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了14名ADA2缺乏症患者和6名健康捐赠者的CD14单核细胞，以阐明ADA2缺乏症的分子机制 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了ADA2缺乏症中单核细胞亚型的分子特征和异常免疫通路 | NA | 阐明ADA2缺乏症的分子机制 | ADA2缺乏症患者的CD14单核细胞 | 数字病理学 | 罕见病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 14名患者和6名健康捐赠者的单核细胞 |
| 23624 | 2024-08-09 |
Genome medicine in male infertility: From karyotyping to single-cell analysis
2021-Aug, The journal of obstetrics and gynaecology research
IF:1.6Q3
DOI:10.1111/jog.14828
PMID:33998107
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研究论文 | 本文探讨了从核型分析到单细胞分析的男性不育基因组医学进展 | 文章介绍了通过微阵列技术和下一代测序（NGS）技术，超越传统的核型和聚合酶链反应分析，发现越来越多的遗传异常导致生精障碍，并引入了单细胞转录组分析以更全面地理解睾丸病理 | 文章指出大多数基因突变，如克莱因费尔特综合征、无精子因子微缺失或先天性双侧输精管缺失，并不遵循一个基因-一个表型的模式 | 旨在通过结合表型数据和大量生物信息学数据，更全面地理解男性不育的病理生理学，从而不仅有助于诊断，还能指导不育治疗的选择和新治疗方式的开发 | 研究对象为男性不育症，特别是非阻塞性无精子症（NOA） | 基因组学 | 男性不育症 | 下一代测序（NGS） | NA | 基因组、表观基因组、转录组和蛋白质组数据 | 使用人类睾丸样本进行单细胞转录组分析 |
| 23625 | 2024-08-09 |
Active Flow Control and Dynamic Analysis in Droplet Microfluidics
2021-07-27, Annual review of analytical chemistry (Palo Alto, Calif.)
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综述 | 本文综述了液滴微流控领域中最近开发的流体控制技术以及与分析方法的独特集成，重点关注自动化和与模拟/数字域的连接 | 本文强调了液滴微流控技术在自动化和与分析方法集成方面的新进展 | 目前大多数分析读出是光学性质的，且样本准备和液滴形成及操作主要依赖被动手段 | 探讨液滴微流控技术的发展潜力及其在分析科学中的应用 | 液滴微流控技术及其在分析方法中的集成 | 微流控 | NA | 液滴微流控 | NA | NA | NA |
| 23626 | 2024-08-09 |
Parallel functional reduction in the mitochondria of apicomplexan parasites
2021-07-12, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2021.04.028
PMID:33974849
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学方法，对寄生虫门中的早期分化线格拉雷纳的线粒体代谢谱进行了表征，发现其线粒体能量代谢显著减少，并多次平行发生功能性减少。 | 本研究揭示了格拉雷纳寄生虫线粒体的严重功能性减少，并展示了从完全需氧的器官到功能极度减少的'线粒体'的广泛功能范围，扩展了含有线粒体相关器官的生物多样性。 | NA | 探究寄生虫门中早期分化线格拉雷纳的线粒体代谢谱及其功能性减少的机制。 | 格拉雷纳寄生虫的线粒体代谢谱及其功能性减少。 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 23627 | 2024-08-09 |
SchistoCyte Atlas: A Single-Cell Transcriptome Resource for Adult Schistosomes
2021-07, Trends in parasitology
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.pt.2021.04.010
PMID:33975779
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research paper | 本文介绍了SchistoCyte Atlas，一个用于探索成年曼氏血吸虫单细胞分辨率基因表达的网络平台。 | SchistoCyte Atlas为非专业人士提供了全球可访问的资源，加速了对这些破坏性寄生虫生物学的理解。 | NA | 旨在探索成年血吸虫的单细胞分辨率基因表达。 | 成年曼氏血吸虫的单细胞基因表达。 | NA | NA | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | NA |
| 23628 | 2024-08-09 |
TRUST4: immune repertoire reconstruction from bulk and single-cell RNA-seq data
2021-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01142-2
PMID:33986545
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research paper | 介绍了一种名为TRUST4的开源算法，用于从RNA测序数据中重建αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体库 | TRUST4支持FASTQ和BAM格式，比竞争方法更快更敏感，能够组装更长甚至全长受体库，并能从未经V(D)J富集的单细胞RNA测序数据中调用受体序列 | NA | 开发一种新的算法用于免疫受体库的重建 | αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体库 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 23629 | 2024-08-09 |
High-throughput full-length single-cell RNA-seq automation
2021-06, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-021-00523-3
PMID:33990801
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研究论文 | 本文介绍了一种自动化的高通量全长单细胞RNA测序协议 | 提出了一个自动化协议，用于全长单细胞RNA测序，显著降低了成本并提高了实验的可扩展性 | NA | 优化全长单细胞RNA测序的自动化协议，以降低成本和提高实验效率 | 全长单细胞RNA测序的自动化协议及其成本和质量优化 | 基因组学 | NA | 全长单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 取决于批次处理的板数 |
| 23630 | 2024-08-09 |
Mouse totipotent stem cells captured and maintained through spliceosomal repression
2021-05-27, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.04.020
PMID:33991488
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研究论文 | 本研究通过剪接体抑制在鼠胚胎干细胞中实现了从多能态到全能态的状态转变，并成功维持了全能干细胞的体外培养。 | 首次通过剪接体抑制剂pladienolide B实现了鼠胚胎干细胞向全能态的转变，并成功维持了全能干细胞的稳定体外培养。 | NA | 探索并实现鼠胚胎干细胞向全能态的转变及其稳定体外培养。 | 鼠胚胎干细胞及其全能态。 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 23631 | 2024-08-09 |
Imputing single-cell RNA-seq data by combining graph convolution and autoencoder neural networks
2021-May-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102393
PMID:33997678
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研究论文 | 本文开发了一种名为GraphSCI的单细胞RNA测序数据插补方法，结合图卷积网络和自动编码器神经网络来处理数据中的缺失值问题 | GraphSCI能够准确推断基因间关系，并在训练过程中动态地利用这些关系进行插补，这是与其他插补算法相比的关键进步 | NA | 开发一种稳健有效的插补方法来处理日益增长的单细胞RNA测序数据中的缺失值问题 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值问题 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 图卷积网络 | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 23632 | 2024-08-09 |
Absence of Batf3 reveals a new dimension of cell state heterogeneity within conventional dendritic cells
2021-May-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102402
PMID:33997687
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研究论文 | 本文研究了Batf3缺失对常规树突状细胞（cDCs）状态异质性的影响 | 揭示了常规树突状细胞中多个细胞状态可以共表达重叠的谱系特征，显示了先前未被重视的cDC可塑性 | NA | 探讨Batf3缺失对常规树突状细胞状态异质性的影响 | 常规树突状细胞（cDCs） | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序与整合细胞表面蛋白表达（CITE-seq） | NA | RNA | NA |
| 23633 | 2024-08-09 |
Induced lineage promiscuity undermines the efficiency of all-trans-retinoid-acid-induced differentiation of acute myeloid leukemia
2021-May-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102410
PMID:33997692
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，比较了两种急性髓系白血病（AML）细胞类型在全反式维甲酸（ATRA）治疗下的分化轨迹 | 首次揭示了ATRA在非APL型AML中诱导分化效率低下的机制，即治疗诱导的谱系混杂性 | 研究仅限于两种AML细胞类型，可能需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性 | 探究全反式维甲酸在急性髓系白血病中的分化诱导效率及其机制 | 急性髓系白血病（AML）细胞类型在ATRA治疗下的分化过程 | NA | 急性髓系白血病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | 两种AML细胞类型（NB4和HL60） |
| 23634 | 2024-08-09 |
Cell-type and fetal-sex-specific targets of prenatal alcohol exposure in developing mouse cerebral cortex
2021-May-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102439
PMID:33997709
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了孕期酒精暴露对发育中的小鼠大脑皮层的细胞类型和胎儿性别特异性影响 | 发现孕期酒精暴露会改变神经成熟和细胞周期，并破坏基因共表达网络，同时诱导胎儿血红蛋白的神经表达，这可能是一种表观遗传压力适应 | NA | 探讨孕期酒精暴露对发育中小鼠大脑皮层的细胞类型和性别特异性影响 | 小鼠胎儿大脑皮层细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 38种不同的神经亚群，来自6次定时妊娠 |
| 23635 | 2024-08-09 |
Single-cell sequencing reveals suppressive transcriptional programs regulated by MIS/AMH in neonatal ovaries
2021-05-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2100920118
PMID:33980714
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了MIS/AMH在新生小鼠卵巢中抑制卵泡发育的转录调控机制 | 首次揭示了MIS处理后卵巢细胞类型的特异性转录特征，以及其在抑制卵泡发育中的具体作用 | NA | 探究MIS抑制卵泡发育的机制 | 新生小鼠卵巢中的卵泡发育 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 新生小鼠卵巢 |
| 23636 | 2024-08-09 |
Single cell RNA sequencing for breast cancer: present and future
2021-May-14, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-021-00485-1
PMID:33990550
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在乳腺癌研究中的应用 | 单细胞RNA测序技术为深入理解乳腺癌的生物学行为提供了新的策略 | NA | 深入分析乳腺癌的发生发展机制，识别新的治疗靶点并开发新的治疗途径 | 乳腺癌细胞的异质性、转移、耐药性和预后 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 23637 | 2024-08-09 |
A stem cell population at the anorectal junction maintains homeostasis and participates in tissue regeneration
2021-05-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-23034-x
PMID:33980830
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研究论文 | 本文通过体内谱系追踪、单细胞转录组学、计算建模和三维类器官培养系统研究了肛门直肠交界处的过渡区细胞，发现了一群具有多能性的Krt17+基底细胞，这些细胞在正常稳态下维持鳞状上皮，并在组织损伤后参与腺上皮的修复 | 首次揭示了肛门直肠交界处过渡区细胞在组织再生中的作用 | NA | 研究过渡区细胞在正常和损伤状态下的组织再生作用 | 肛门直肠交界处的过渡区细胞 | NA | NA | 体内谱系追踪、单细胞转录组学、计算建模、三维类器官培养系统 | NA | 单细胞转录组数据 | NA |
| 23638 | 2024-08-09 |
What are the applications of single-cell RNA sequencing in cancer research: a systematic review
2021-May-11, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-021-01955-1
PMID:33975628
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在癌症研究中的应用，详细介绍了其准备过程、测序平台以及数据分析的主要步骤和方法 | scRNA-seq技术因其前所未有的高分辨率而被广泛应用于癌症研究，有助于更好地理解癌症细胞生物学和发病机制 | NA | 探讨scRNA-seq在癌症研究中的应用，特别是其在实体肿瘤研究中的发现和成就 | 单细胞RNA测序技术及其在癌症研究中的应用 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 23639 | 2024-08-09 |
Resident memory T cells in tumor-distant tissues fortify against metastasis formation
2021-05-11, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109118
PMID:33979626
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研究论文 | 研究使用小鼠乳腺癌模型，探讨了肿瘤远处组织中驻留记忆T细胞（Ts）的形成及其在防止转移形成中的作用 | 首次揭示了肿瘤、对侧乳腺黏膜和前转移肺中Ts的发育过程，并通过单细胞RNA测序分析了Ts的两种表型状态 | NA | 探讨肿瘤远处组织中驻留记忆T细胞的形成及其在防止转移形成中的作用 | 驻留记忆T细胞（Ts）及其在肿瘤远处组织中的发育和功能 | 免疫学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠乳腺癌模型 |
| 23640 | 2024-08-09 |
Pan-cancer analysis reveals tumor-associated macrophage communication in the tumor microenvironment
2021-May-10, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-021-00226-1
PMID:33971970
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞测序和转录组数据，探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤微环境（TME）中的分子特征及其与肿瘤细胞的相互作用 | 首次揭示了TAM亚群间的异质性及其在肿瘤进展中的作用，特别是CD86+ TAMs的关键角色，并发现了六个枢纽基因（包括FLI1）在TAM与肿瘤细胞相互作用中的异常表达 | NA | 阐明肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的作用及其与其他微环境成分的通信模式 | 肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的功能和相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 涉及不同肿瘤类型的数据 |