单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 23601 - 23620 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23601 | 2024-08-09 |
scCancer: a package for automated processing of single-cell RNA-seq data in cancer
2021-05-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa127
PMID:34020534
|
研究论文 | 开发了一个名为scCancer的R包，用于处理和分析癌症研究的单细胞RNA测序数据 | 引入了全面的质量控制指标，使用数据驱动的机器学习算法准确识别主要的癌症微环境细胞群体，并估计恶性评分以分类恶性与非恶性细胞 | NA | 处理和分析单细胞RNA测序数据以研究癌症细胞异质性和微环境 | 癌症细胞异质性和微环境 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 单细胞转录组数据 | 56个样本，共433,405个细胞 |
| 23602 | 2024-08-09 |
Comparison of high-throughput single-cell RNA sequencing data processing pipelines
2021-05-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa116
PMID:34020539
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研究论文 | 本研究通过Nextflow框架封装了七种现有的高通量单细胞RNA测序数据处理流程，并使用来自五种不同高通量单细胞RNA测序平台的八个公共数据集评估了它们的性能。 | 首次系统地评估了不同高通量单细胞RNA测序数据处理流程的性能，为选择合适的流程提供了实用指南。 | 研究仅限于评估现有流程的性能，未涉及流程的进一步优化或开发。 | 评估不同高通量单细胞RNA测序数据处理流程的性能，为选择合适的流程提供指南。 | 七种高通量单细胞RNA测序数据处理流程的性能。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 八个公共数据集，来自五种不同的高通量单细胞RNA测序平台 |
| 23603 | 2024-08-09 |
The winning methods for predicting cellular position in the DREAM single-cell transcriptomics challenge
2021-05-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa181
PMID:34020545
|
研究论文 | 本文介绍了在DREAM单细胞转录组学挑战赛中预测果蝇胚胎中单细胞位置的获胜方法 | 开发了超过50种管道，结合不同的预处理RNA-seq数据、基因选择、细胞位置预测和验证方法，取得了多个子挑战的优异成绩 | NA | 预测细胞位置，以估计细胞功能及其与空间环境的整合 | 单细胞转录组数据中的细胞位置 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA |
| 23604 | 2024-08-09 |
Spatio-temporal landscape of mouse epididymal cells and specific mitochondria-rich segments defined by large-scale single-cell RNA-seq
2021-May-18, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-021-00260-7
PMID:34001862
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研究论文 | 本研究通过大规模单细胞RNA测序技术，详细分析了小鼠附睾细胞的组成及其在不同附睾段的时空差异表达基因和线粒体的分布 | 首次揭示了小鼠附睾中线粒体的空间特异性分布模式及关键基因，这些基因可能与精子的功能相关 | NA | 研究小鼠附睾细胞的单细胞转录组图谱，揭示与精子功能相关的关键基因和线粒体分布模式 | 小鼠附睾细胞及其线粒体 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 共检测了40,623个细胞，并进一步聚类为8种已识别的细胞群体 |
| 23605 | 2024-08-09 |
Identifying cell types from single-cell data based on similarities and dissimilarities between cells
2021-May-18, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-020-03873-z
PMID:34006217
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研究论文 | 本文提出了一种改进的谱聚类方法，用于基于细胞间的相似性和差异性从单细胞数据中识别细胞类型 | 本文的创新点在于结合了细胞间的相似性和差异性，改进了现有的谱聚类方法，提高了细胞类型识别的准确性和鲁棒性 | 本文的局限性在于仅在几个真实的单细胞RNA-seq数据集上进行了验证，可能需要进一步在更多数据集上进行测试 | 研究目的是提高从单细胞数据中识别细胞类型的准确性和鲁棒性 | 研究对象是单细胞数据中的细胞类型 | 计算系统生物学 | NA | 单细胞测序 | 谱聚类 | 基因表达数据 | 几个真实的单细胞RNA-seq数据集 |
| 23606 | 2024-08-09 |
Rapid isolation and immune profiling of SARS-CoV-2 specific memory B cell in convalescent COVID-19 patients via LIBRA-seq
2021-05-17, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-021-00610-7
PMID:34001847
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研究论文 | 本研究通过LIBRA-seq技术，从康复期COVID-19患者中快速分离并分析了SARS-CoV-2特异性记忆B细胞的免疫特征 | 首次揭示了SARS-CoV-2感染后特异性BCR配对的多样性和非随机性，并发现了多种高亲和力的抗体 | 样本量较小，仅涉及五名康复期COVID-19患者 | 探究SARS-CoV-2感染后记忆B细胞的免疫反应和特异性BCR配对的多样性 | 康复期COVID-19患者的记忆B细胞和浆细胞 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序和VDJ测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 五名康复期COVID-19患者 |
| 23607 | 2024-08-09 |
Narrating the story ARC of adipose tissue aging
2021-05-17, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.020
PMID:34004148
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研究论文 | Nguyen等人在《Developmental Cell》期刊中使用scRNA-seq技术探讨了皮下脂肪组织在老化过程中的细胞景观变化，并发现了一类名为年龄依赖性调节细胞（ARC）的新细胞群体，这些细胞与年龄相关的脂肪组织功能障碍及代谢疾病有关 | 发现了一类新的细胞群体——年龄依赖性调节细胞（ARC），这些细胞与年龄相关的脂肪组织功能障碍有关 | NA | 探讨脂肪组织老化过程中的细胞景观变化及其对代谢疾病的影响 | 皮下脂肪组织在老化过程中的细胞变化 | 数字病理学 | 代谢疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞数据 | NA |
| 23608 | 2024-08-09 |
Fibroblast dedifferentiation as a determinant of successful regeneration
2021-05-17, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.016
PMID:34004152
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研究论文 | 本研究通过遗传命运图谱和异时移植结合单细胞转录组分析，探讨了成年青蛙和蝾螈在肢体再生能力上的差异及其细胞机制 | 首次揭示了成年青蛙连接组织细胞在再生过程中的限制性，以及胚胎和成年青蛙软骨分化程序的分子差异 | 研究主要集中在细胞水平，未涉及系统性因素对再生能力的影响 | 探究成年青蛙肢体再生能力的限制因素及其细胞机制 | 青蛙和蝾螈的连接组织细胞及其在肢体再生中的作用 | NA | NA | 遗传命运图谱、异时移植、单细胞转录组分析 | NA | 单细胞RNA序列 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 23609 | 2024-08-09 |
Dissecting the Transcriptional and Chromatin Accessibility Heterogeneity of Proliferating Cone Precursors in Human Retinoblastoma Tumors by Single Cell Sequencing-Opening Pathways to New Therapeutic Strategies?
2021-05-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.62.6.18
PMID:34003213
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA和ATAC测序分析，揭示了人类视网膜母细胞瘤中增殖锥前体细胞的转录和染色质可及性异质性，并探索了新的治疗策略 | 首次对人类视网膜母细胞瘤进行单细胞RNA和ATAC测序分析，揭示了肿瘤内克隆类型的全谱及其分子变化 | NA | 探索视网膜母细胞瘤的异质性及其分子途径，以定义新的治疗策略 | 人类视网膜母细胞瘤中的增殖锥前体细胞 | 数字病理学 | 视网膜母细胞瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单细胞ATAC测序（scATAC-Seq） | NA | 单细胞数据 | 两个视网膜母细胞瘤样本和九个人类胚胎及胎儿视网膜样本 |
| 23610 | 2024-08-09 |
G2S3: A gene graph-based imputation method for single-cell RNA sequencing data
2021-05, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009029
PMID:34003861
|
研究论文 | 本文提出了一种基于基因图的单细胞RNA测序数据插补方法G2S3 | G2S3通过从稀疏基因图中借用相邻基因的信息来插补丢失数据，显示出在恢复基因表达、识别细胞亚型等方面的优越性能 | NA | 开发一种新的方法来解决单细胞RNA测序数据中的数据稀疏和噪声问题 | 单细胞RNA测序数据中的基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基因图 | 基因表达数据 | 八个单细胞转录组数据集 |
| 23611 | 2024-08-09 |
Impaired immune signaling and changes in the lung microbiome precede secondary bacterial pneumonia in COVID-19
2021-Apr-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-380803/v1
PMID:34013247
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研究论文 | 本研究通过气管抽吸物批量和单细胞RNA测序（scRNA-seq）评估了28名COVID-19患者和8名重症未感染对照组的低呼吸道免疫反应和微生物组动态变化，其中15名COVID-19患者发展为呼吸机相关肺炎（VAP） | 首次揭示了COVID-19患者在VAP发生前两周免疫信号传导的显著损害，并通过纵向元转录组分析揭示了VAP患者肺微生物组群落组成的破坏 | 样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证这些发现 | 探讨COVID-19患者中次级细菌性肺炎前的免疫信号障碍和肺微生物组变化 | COVID-19患者和重症未感染对照组的低呼吸道免疫反应和微生物组动态 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 28名COVID-19患者和8名重症未感染对照组 |
| 23612 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptome Analysis of Human Adipose-Derived Stromal Cells Identifies a Contractile Cell Subpopulation
2021, Stem cells international
IF:3.8Q2
DOI:10.1155/2021/5595172
PMID:34007285
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探索了人脂肪源性间充质细胞（hASCs）在两次细胞分裂后的异质性，并识别出一种收缩细胞亚群 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了hASCs中的收缩细胞亚群，这些细胞可能为周细胞和/或血管平滑肌细胞 | 研究仅限于两次细胞分裂后的hASCs，未涉及更深入的功能验证和临床应用 | 探索hASCs的异质性，为其临床应用提供更多理解 | 人脂肪源性间充质细胞（hASCs） | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 至少两个亚群 |
| 23613 | 2024-08-09 |
Transcriptomic Profiling of Human Placenta in Gestational Diabetes Mellitus at the Single-Cell Level
2021, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2021.679582
PMID:34025588
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对妊娠糖尿病患者的人类胎盘进行了全面的转录组分析，构建了细胞图谱，并识别了细胞亚型及其特异性标记基因 | 首次在单细胞水平上对妊娠糖尿病患者的人类胎盘进行转录组分析，揭示了胎盘细胞功能和细胞间相互作用 | NA | 阐明妊娠糖尿病的分子机制，并促进新的治疗方法和预防措施的开发 | 人类胎盘在妊娠糖尿病中的转录组特征 | 数字病理学 | 妊娠糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 23614 | 2024-08-09 |
Pharmacological Inhibition and Genetic Knockdown of BCL9 Modulate the Cellular Landscape of Cancer-Associated Fibroblasts in the Tumor-Immune Microenvironment of Colorectal Cancer
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.603556
PMID:34026600
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研究论文 | 研究通过单细胞测序分析结直肠癌肿瘤微环境中BCL9抑制对癌症相关成纤维细胞（CAFs）的影响 | 首次揭示了BCL9抑制在CAFs中的细胞类型景观和转录差异，以及其如何通过抑制Wnt信号影响癌症相关的免疫监视 | 未详细说明BCL9抑制对CAFs的具体分子机制 | 探讨BCL9抑制对结直肠癌肿瘤微环境中CAFs的影响及其对免疫反应的作用 | 结直肠癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 涉及结直肠癌中的四种不同类型的CAFs |
| 23615 | 2024-08-09 |
Fibroblast and Myofibroblast Subtypes: Single Cell Sequencing
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1382-5_4
PMID:34028734
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研究论文 | 本文描述了从心脏组织样本中制备单细胞悬液进行单细胞RNA测序的方法，并介绍了单细胞RNA测序和空间转录组学数据的计算分析流程，以探索纤维母细胞/肌纤维母细胞的异质性并识别其在心脏中的不同亚型和位置 | 利用新的单细胞'omics'技术，全面分析转录程序，揭示了间质细胞在转录、功能、表观遗传和空间上的异质性 | 需要进一步明确新识别的细胞簇是否代表不同的亚群或同一群体的不同状态 | 探索纤维母细胞/肌纤维母细胞的异质性并识别其在心脏中的不同亚型和位置 | 纤维母细胞和肌纤维母细胞的亚型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 心脏组织样本 |
| 23616 | 2024-08-09 |
Pseudo Heparin Resistance After Pulmonary Endarterectomy: Role of Thrombus Production of Factor VIII
2022, Seminars in thoracic and cardiovascular surgery
IF:2.6Q2
DOI:10.1053/j.semtcvs.2021.03.042
PMID:33984481
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研究论文 | 本文研究了肺动脉内膜切除术后伪肝素抵抗现象，并评估了因子VIII的影响 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析肺动脉内膜切除术标本中的因子VIII基因表达 | 样本量较小，仅包括13名患者和5个标本 | 探讨肺动脉内膜切除术后伪肝素抵抗的原因及其对术后肝素化的影响 | 肺动脉内膜切除术后的患者及其血液样本 | 数字病理学 | 肺高血压 | 单细胞RNA测序 | NA | 血液样本 | 13名患者和5个标本 |
| 23617 | 2024-08-09 |
Caspases and therapeutic potential of caspase inhibitors in moderate-severe SARS-CoV-2 infection and long COVID
2022-01, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.14907
PMID:33993490
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研究论文 | 研究了caspase在COVID-19疾病中的表达及其在治疗中的潜在作用 | 首次探讨了caspase在COVID-19中的表达模式及其对疾病进程的影响，并提出了使用pan-caspase抑制剂作为治疗策略 | 研究结果为初步结果，需要进一步的临床相关性研究来验证 | 探讨caspase在COVID-19中的作用及其治疗潜力 | COVID-19患者和非COVID-19患者的免疫细胞 | NA | COVID-19 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括COVID-19患者和非COVID-19患者的血液样本 |
| 23618 | 2024-08-09 |
FBA: feature barcoding analysis for single cell RNA-Seq
2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab375
PMID:33999185
|
研究论文 | 本文介绍了FBA软件包，用于单细胞RNA测序中的特征条形码分析，包括质量控制、定量、解复用、多重检测、聚类和可视化 | FBA提供了一个灵活且简化的工具包，用于处理和分析特征条形码实验 | NA | 扩展单细胞RNA测序的读出，包括细胞表面蛋白和基因组扰动等额外特征 | 单细胞RNA测序中的特征条形码 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 序列条形码 | NA |
| 23619 | 2024-08-09 |
Dysregulation of the Pdx1/Ovol2/Zeb2 axis in dedifferentiated β-cells triggers the induction of genes associated with epithelial-mesenchymal transition in diabetes
2021-11, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2021.101248
PMID:33989778
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研究论文 | 本研究探讨了miR-7过表达导致的β细胞去分化如何通过诱导上皮-间质转化（EMT）相关基因的表达，影响糖尿病中的胰岛基因表达和微环境 | 首次揭示了miR-7介导的β细胞去分化通过EMT信号通路引发慢性组织损伤反应，改变胰岛微环境并促进纤维化 | NA | 研究miR-7介导的β细胞去分化在糖尿病中的病理机制及其对胰岛基因表达和微环境的影响 | β细胞特异性miR-7过表达小鼠（Tg7）的胰岛 | NA | 糖尿病 | RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | β细胞特异性miR-7过表达小鼠（Tg7）的胰岛样本 |
| 23620 | 2024-08-09 |
scConnect: a method for exploratory analysis of cell-cell communication based on single-cell RNA-sequencing data
2021-Oct-25, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab245
PMID:33974001
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研究论文 | 提出了一种基于单细胞RNA测序数据探索细胞间通信的方法scConnect | 该方法通过构建多向图来推断和整合细胞类型间的配体-受体相互作用，支持上下文探索性分析 | NA | 旨在开发一种新的分析方法，用于探索基于单细胞RNA测序数据的细胞间通信 | 细胞间通信，特别是细胞类型间的配体-受体相互作用 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | 多向图 | RNA测序数据 | 涉及小鼠大脑和人类肿瘤的细胞类型 |