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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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2341 | 2025-10-06 |
Identification of four mitochondria-related genes in sepsis based on RNA sequencing technology
2024-05-16, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-024-00623-1
PMID:38755528
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研究论文 | 基于RNA测序技术鉴定脓毒症中四个线粒体相关基因 | 首次通过整合RNA测序数据和线粒体基因数据库,识别出与脓毒症预后相关的四个线粒体基因(FIS1, FKBP8, GLRX5, GUK1),并通过单细胞测序明确其在免疫细胞中的分布 | 样本量较小(脓毒症20例,SIRS 12例),需更大规模研究验证 | 阐明脓毒症免疫机制并为临床治疗提供新思路 | 脓毒症和全身炎症反应综合征(SIRS)患者外周血细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA测序,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | NA | RNA测序数据,单细胞测序数据 | 脓毒症20例,SIRS 12例 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x单细胞测序平台 |
2342 | 2025-10-06 |
ScRNA-seq unveils the functional characteristics of glioma-associated macrophages and the regulatory effects of chlorogenic acid on the immune microenvironment-a study based on mouse models and clinical practice
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1494806
PMID:39867913
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示胶质瘤相关巨噬细胞的功能特征及绿原酸对免疫微环境的调控作用 | 首次结合小鼠模型和临床实践,系统揭示绿原酸通过JAK-STAT通路调控肿瘤相关巨噬细胞功能并改善免疫微环境 | 研究样本量有限,仅包含一个临床病例,需要更大规模的临床试验验证 | 探索胶质瘤免疫微环境特征及绿原酸的免疫调节作用 | 胶质瘤模型小鼠和临床患者 | 单细胞测序分析 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, PPI网络分析, 分子对接 | 分子对接模型 | 单细胞转录组数据, 临床数据 | 模型小鼠和1例临床患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2343 | 2025-10-06 |
Single-cell trajectories of melanoma cell resistance to targeted treatment
2021-Oct-01, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析黑色素瘤细胞对靶向治疗的耐药性发展轨迹 | 首次在单细胞水平揭示黑色素瘤对单药和双药治疗的耐药发展轨迹,发现不同耐药机制的特异性基因程序 | 研究仅基于细胞系模型,未涉及体内肿瘤微环境的影响 | 探索黑色素瘤细胞对靶向治疗的耐药机制 | BRAFV600E突变黑色素瘤细胞系 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | t-SNE, 自组织映射 | 单细胞转录组数据 | 黑色素瘤细胞系在不同处理条件下的单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2344 | 2025-10-06 |
EZH2 identifies the precursors of human natural killer cells with trained immunity
2021-Sep-24, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了具有训练免疫能力的人类自然杀伤细胞前体,并发现EZH2是其关键表观遗传标志物 | 首次使用单细胞RNA测序结合TotalSeq™技术追踪训练免疫诱导过程中NK细胞的异质性,识别出CD57-NKG2A+EZH2+IFNG+MKI67+IL12R+IL15R+IL18R+ NK细胞独特亚群作为训练免疫前体 | 传统发育标记无法识别训练免疫前体细胞,需要依赖更先进的单细胞测序技术 | 识别产生训练免疫的人类NK细胞亚群,探索药物干预的潜在调控靶点 | 人类自然杀伤细胞 | 单细胞生物学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, TotalSeq™技术, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2345 | 2025-10-06 |
Molecular mechanisms after optic nerve injury: Neurorepair strategies from a transcriptomic perspective
2026-Mar-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00794
PMID:40313107
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综述 | 从转录组学角度探讨视神经损伤后的分子机制及神经修复策略 | 整合单细胞转录组学技术揭示视网膜神经节细胞亚型特异性反应,识别新的神经保护和再生相关基因 | 主要基于动物模型研究,临床转化仍需进一步验证 | 阐明视神经损伤分子机制并开发神经修复策略 | 视网膜神经节细胞 | 生物信息学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序,转录组分析,芯片分析,CRISPR-Cas9筛选,ATAC-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多组学 | NA | NA |
2346 | 2025-10-06 |
SPaSE: Spatially resolved pathology scores using optimal transport on spatial transcriptomics data
2025-Jul-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101301
PMID:40480226
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研究论文 | 开发了一种基于最优传输算法的空间病理评分方法SPaSE,用于分析空间转录组数据 | 首次将最优传输算法应用于空间转录组数据分析,能够量化每个空间位置的病理影响程度 | 未明确说明算法的计算复杂度和在大规模数据集上的可扩展性 | 开发空间分辨的病理评分方法以识别组织中的病理变化区域 | 心肌梗死小鼠模型、创伤性脑损伤小鼠模型、杜氏肌营养不良小鼠模型以及人类心肌梗死数据 | 空间转录组学 | 心血管疾病, 神经系统疾病, 肌肉疾病 | 空间转录组技术, 最优传输算法 | 最优传输模型 | 空间转录组数据 | 多个小鼠疾病模型和人类疾病数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
2347 | 2025-10-06 |
Aging induces T cells with distinct transcriptomic profiles and functions in brain-associated tissues
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1619196
PMID:40534878
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现衰老诱导脑相关组织中CD4+和CD8+T细胞转录组向效应记忆表型转变,并鉴定出具有潜在保护功能的CD153+ CD4+T细胞亚群 | 首次在脑相关组织(脑膜和脉络丛)中系统揭示衰老诱导的T细胞转录组变化,并发现CD153+ CD4+T细胞在衰老大脑中的潜在保护功能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;功能机制研究仍需深入 | 探究衰老对非淋巴组织中T细胞转录组和功能特性的影响 | 年轻和年老小鼠脑相关组织(脑膜、脉络丛、海马体)中的CD4+和CD8+T细胞 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),流式细胞术,抗体清除实验 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 年轻和年老小鼠的脑相关组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2348 | 2025-10-06 |
Distinct immune microenvironment of venous tumor thrombus in hepatocellular carcinoma at single-cell resolution
2024-Dec-10, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001182
PMID:39656099
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研究论文 | 通过单细胞分辨率技术揭示肝细胞癌中静脉肿瘤血栓的独特免疫微环境特征 | 首次在单细胞水平系统揭示PVTT中C5aR+TAMs的免疫抑制功能及其临床意义 | 样本量有限,机制研究主要基于细胞系实验 | 探索肝细胞癌中门静脉肿瘤血栓的免疫微环境特征 | 肝细胞癌患者的门静脉肿瘤血栓、原发肿瘤和血液样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 飞行时间质谱流式技术, 单细胞RNA测序, 多重荧光免疫组化染色 | NA | 单细胞数据, 蛋白质表达数据, 基因表达数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式技术 | NA | NA |
2349 | 2025-10-06 |
Preparation of Frozen Non-Human Primate Fetal Islets for Combined Single Nuclei RNA-Sequencing and ATAC-Sequencing, and Bulk Metabolomics
2024-Nov-08, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66849
PMID:39584693
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研究论文 | 开发了一种从非人灵长类胎儿胰岛组织中同时进行单核RNA测序、ATAC测序和批量代谢组学分析的方法 | 建立了能够从同一冷冻样本中同时获取单核转录组、表观基因组和代谢组数据的技术流程 | 方法依赖于冷冻组织样本,且样本获取时间跨度长达两年可能引入批次效应 | 开发多组学整合分析方法以研究代谢物在细胞身份建立中的作用 | 非人灵长类胎儿胰岛组织 | 多组学分析 | NA | 单核RNA测序, ATAC测序, 毛细管电泳-质谱, 代谢组学 | NA | 基因组, 表观基因组, 代谢组数据 | 两年期间收集的多个批次的非人灵长类胎儿胰岛样本 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, bulk metabolomics | NA | NA |
2350 | 2025-10-06 |
Microglia Single-Cell RNA-Seq Enables Robust and Applicable Markers of Biological Aging
2025-Aug, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70095
PMID:40371813
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据开发基于小胶质细胞的生物年龄标记物 | 首次在单细胞水平开发基于小胶质细胞的生物年龄时钟,采用无监督频率汇总方法平衡准确性、可解释性和计算效率 | 研究依赖于现有单细胞数据集,需要进一步实验验证 | 开发稳健且适用的生物年龄标记物 | 人类和小鼠的小胶质细胞 | 生物信息学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | 无监督频率汇总方法 | 单细胞转录组数据,批量RNA测序数据 | 三个不同的单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2351 | 2025-10-06 |
Aging Compromises Terminal Differentiation Program of Cytotoxic Effector Lineage and Promotes Exhaustion in CD8+ T Cells Responding to Coronavirus Infection
2025-Aug, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70109
PMID:40396260
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研究论文 | 本研究通过小鼠冠状病毒感染模型揭示衰老如何通过调控关键转录因子损害CD8+T细胞的终末分化程序并促进T细胞耗竭 | 首次发现衰老会损害(而非促进)病毒特异性CD8+T细胞的终末分化程序,并鉴定出ZEB2和KLF2转录因子在此过程中的关键调控作用 | 研究基于小鼠冠状病毒感染模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究衰老对冠状病毒感染中病毒特异性T细胞分化程序的影响机制 | 年轻和年老小鼠的CD8+T细胞、CD4+T细胞及髓系细胞 | 免疫学 | 冠状病毒感染 | bulk转录组测序, 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 不同年龄组的小鼠T细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
2352 | 2025-10-06 |
Patient phenotyping for molecular profiling of neck and low back pain - Study protocol
2025 Jul-Dec, Neurobiology of pain (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1016/j.ynpai.2025.100186
PMID:40501484
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研究论文 | 介绍颈部和腰痛患者分子特征分析的研究方案 | 首次在慢性疼痛研究中整合全面的患者表型分析与多种转录组学技术 | 研究方案描述性文章,尚未展示具体研究结果 | 通过分子特征分析揭示颈部和腰痛的神经生物学机制 | 颈部和腰痛患者及器官捐献者的对照组织 | 数字病理学 | 慢性疼痛 | bulk转录组学, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 临床表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
2353 | 2025-10-06 |
Cellular hierarchies of embryonal tumors with multilayered rosettes are shaped by oncogenic microRNAs and receptor-ligand interactions
2025-Jun, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00964-9
PMID:40419763
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研究论文 | 通过单细胞转录组学和空间成像技术揭示胚胎性多层菊花团肿瘤的细胞层级结构及其调控机制 | 首次系统解析ETMR肿瘤的细胞层级结构,发现C19MC微RNA簇在干细胞样细胞中的主导表达及其调控网络,并识别出可靶向的致癌信号通路 | 样本量较小(11例患者样本),需要更大规模研究验证发现 | 探究胚胎性多层菊花团肿瘤的细胞异质性和致病机制 | 胚胎性多层菊花团肿瘤患者样本 | 数字病理学 | 儿科脑肿瘤 | 单细胞转录组学,多重空间成像,microRNA-mRNA结合全基因组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间成像数据 | 11例ETMR患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
2354 | 2025-10-06 |
Cell type-specific network analysis in Diversity Outbred mice identifies genes potentially responsible for human bone mineral density GWAS associations
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.20.594981
PMID:38826475
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研究论文 | 本研究利用多样性远交系小鼠的单细胞转录组数据构建细胞类型特异性网络,识别与人类骨密度GWAS关联的潜在因果基因 | 首次将小鼠骨相关细胞的单细胞转录组数据与人类骨密度GWAS结合,通过细胞状态轨迹分析识别网络驱动基因 | 研究基于小鼠模型,需要进一步实验验证这些基因在人类骨质疏松中的因果作用 | 识别与人类骨密度GWAS关联的潜在因果基因并解析其在骨质疏松中的作用机制 | 多样性远交系小鼠的骨髓来源基质细胞在成骨条件下培养的细胞 | 生物信息学 | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序, GWAS, eQTL/sQTL分析 | 网络分析, 轨迹推断 | 单细胞转录组数据, 基因组关联数据 | 多样性远交系小鼠骨髓基质细胞的大规模单细胞数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2355 | 2025-10-06 |
Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655632
PMID:40501660
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研究论文 | 通过多模式单细胞测序定义人类巨噬细胞在不同组织中的特征 | 首次系统定义人类巨噬细胞在黏膜组织和淋巴器官中的组织特异性特征,并揭示其在激活状态下仍保持组织特异性 | 研究样本仅来自器官捐赠者,未涵盖疾病状态下的巨噬细胞特征 | 揭示人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性身份特征 | 人类巨噬细胞和单核细胞 | 单细胞生物学 | NA | 多模式单细胞测序,刺激实验 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质数据 | 来自个体器官捐赠者的肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结样本 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
2356 | 2025-10-06 |
Differential memory enrichment of cytotoxic CD4 T cells in Parkinson's disease patients reactive to α-synuclein
2025-May-14, NPJ Parkinson's disease
DOI:10.1038/s41531-025-00981-6
PMID:40368950
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研究论文 | 本研究探讨帕金森病患者中对α-突触核蛋白有反应的细胞毒性CD4 T细胞的记忆富集差异 | 首次发现CELSR2在PD患者CD4效应记忆T细胞中高表达,并揭示Granulysin CD4细胞毒性T细胞在PD_R患者中减少 | 样本量有限,未涵盖所有PD患者亚型,机制研究尚不完善 | 深入理解对α-突触核蛋白有反应的帕金森病患者T细胞亚群的病理变化 | 帕金森病患者和健康对照者的外周血T细胞 | 免疫学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 帕金森病患者和健康对照者(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2357 | 2025-10-06 |
Sex-dependent effects of peptidylarginine deiminases on neutrophil function and long-term outcomes after spinal cord injury
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652924
PMID:40463031
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研究论文 | 本研究探讨肽酰精氨酸脱亚氨酶对脊髓损伤后中性粒细胞功能和长期预后的性别依赖性影响 | 首次描述脊髓损伤后PAD介导的中性粒细胞功能存在性别差异,强调临床前研究需纳入两性样本的重要性 | 未观察到PAD4缺失对运动功能恢复的影响,组织保护效应存在性别差异但机制尚不明确 | 探究PADs在脊髓损伤恢复中的作用及性别差异 | 小鼠脊髓损伤模型中的中性粒细胞功能 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序,基因敲除模型,pan-PAD抑制剂处理 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,组织学数据,行为学数据 | 未明确样本数量的小鼠实验模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2358 | 2025-10-06 |
BDNF-GABA signaling in astrocytes: enhancing neural repair after SCI through MSC therapies
2025-05, Spinal cord
IF:2.1Q1
DOI:10.1038/s41393-025-01077-x
PMID:40229538
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研究论文 | 通过生物信息学分析探索星形胶质细胞在脊髓损伤修复中的作用机制及间充质干细胞治疗的潜在价值 | 首次整合单细胞转录组、空间转录组和bulk RNA-seq数据,系统揭示BDNF调控的GABA信号通路在星形胶质细胞介导的神经修复中的关键作用 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 探索脊髓损伤后星形胶质细胞的变化及其在间充质干细胞治疗中的作用机制 | 星形胶质细胞、间充质干细胞、诱导多能干细胞 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | scRNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, GSEA | NA | 转录组数据 | 来自GEO数据库的公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
2359 | 2025-10-06 |
Dissecting tumor cell programs through group biology estimation in clinical single-cell transcriptomics
2025-Mar-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57377-6
PMID:40025015
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研究论文 | 提出了一种名为BEANIE的非参数统计方法,用于临床单细胞转录组学中基因特征的差异表达分析 | 开发了能够处理临床单细胞RNA测序数据中患者特异性层次结构和样本驱动混杂因素的新方法 | NA | 解决临床癌症单细胞RNA测序研究中差异表达分析方法假阳性高的问题 | 乳腺癌、肺癌和黑色素瘤的临床单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 非参数统计方法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2360 | 2025-10-06 |
Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria
2025-Jan-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr0932
PMID:39847624
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研究论文 | 开发了细菌-MERFISH方法,实现细菌中数千个操纵子的高通量空间解析分析 | 将1000倍体积膨胀与多重错误鲁棒荧光原位杂交技术结合,克服了细菌mRNA高密度带来的技术障碍 | NA | 研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为 | 细菌 | 空间转录组学 | NA | MERFISH, 荧光原位杂交 | NA | 空间转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA分析 | NA | 细菌-MERFISH |