单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2341	2025-03-16	Biases in machine-learning models of human single-cell data 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01619-8 PMID:39972066	研究论文	本文讨论了在基于机器学习的单细胞数据分析过程中出现的各种偏差	系统地识别和分类了从样本收集到结果解释整个流程中可能出现的偏差，并提出了评估和缓解这些偏差的方法	未提供具体的实验数据或案例研究来验证所提出方法的有效性	探讨机器学习在单细胞数据分析中的偏差问题，并提出解决方案	人类单细胞数据	机器学习	NA	单细胞测序	弱监督或无监督机器学习模型	单细胞数据	NA
2342	2025-03-16	Intratumour oxidative hotspots provide a niche for cancer cell dissemination 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01617-w PMID:39984655	研究论文	本文开发了一种名为T-AP1的肿瘤靶向探针，用于追踪细胞外HO，从而可视化和表征暴露于氧化应激的肿瘤细胞	T-AP1探针首次实现了对肿瘤内HO富集微环境（HO热点）的可视化和表征，揭示了肿瘤细胞通过p38-MYC轴激活进行部分上皮-间质转化并迁移的机制	研究未涉及NRF2过度激活肿瘤的详细机制，且对正常上皮细胞的逃逸机制缺乏深入探讨	研究肿瘤内氧化应激微环境对肿瘤细胞扩散的影响	肿瘤细胞和正常上皮细胞	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序，T-AP1探针	NA	细胞图像和分子数据	未明确提及具体样本数量
2343	2025-03-16	Systematic reconstruction of molecular pathway signatures using scalable single-cell perturbation screens 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01622-z PMID:40011560	研究论文	本文利用Perturb-seq技术系统地识别了不同生物背景下信号调节因子的靶标，并提出了改进的计算框架Mixscale来处理扰动效率的细胞变异	提出了改进的计算框架Mixscale，并展示了Perturb-seq在推断信号通路激活变化中的精确性	NA	系统重建分子通路签名，增强对信号调节因子及其靶标的理解	六种细胞系和五种生物信号背景下的1500多次扰动	功能基因组学	NA	Perturb-seq, 组合索引, 下一代测序	Mixscale	单细胞测序数据	1500多次扰动，涉及六种细胞系和五种生物信号背景
2344	2025-03-16	TCL1A in naïve B cells as a therapeutic target for type 1 diabetes 2025-Mar, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105593 PMID:39946833	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术等方法，探讨了1型糖尿病（T1D）早期阶段中B细胞的作用，并开发了一种基于siRNA的纳米药物用于治疗T1D	发现了T1D早期阶段中naïve B细胞数量的增加及其与TCL1A表达的关系，并开发了一种针对Tcl1a mRNA的siRNA纳米药物，展示了其在T1D治疗中的潜力	研究主要基于小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	探讨1型糖尿病早期阶段中B细胞的作用，并开发新的治疗方法	1型糖尿病患者、NOD小鼠	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、磷酸化蛋白微阵列分析	NA	RNA序列数据、蛋白质磷酸化数据	新诊断的T1D患者、对照组、年龄匹配的健康对照组、NOD小鼠
2345	2025-03-16	Spatial Transcriptomics Reveals Novel Mechanisms Involved in Perineural Invasion in Pancreatic Ductal Adenocarcinomas 2025-Mar-01, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17050852 PMID:40075699	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）中神经周围侵袭（PNI）的新机制	通过空间转录组学技术，首次揭示了PNI病灶对肿瘤微环境（TME）免疫景观的影响，并发现了内源性大麻素和多胺代谢在PNI、癌症生长和癌症疼痛中的作用	样本量较小，仅涉及13名PDAC患者	探索胰腺导管腺癌中神经周围侵袭的分子机制及其对肿瘤微环境的影响	胰腺导管腺癌患者的癌症和神经细胞	数字病理学	胰腺癌	Nanostring GeoMx Digital Spatial Profiler	NA	转录组数据	13名PDAC患者
2346	2025-03-16	InfoScan: A New Transcript Identification Tool Based on scRNA-Seq and Its Application in Glioblastoma 2025-Feb-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052208 PMID:40076844	研究论文	本文介绍了一种名为InfoScan的新型生物信息学工具，用于全面分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，并在胶质母细胞瘤（GBM）中应用，识别出具有癌症干细胞特征的罕见细胞亚群	InfoScan工具的创新之处在于能够识别未注释的转录本和罕见细胞群体，为转录组特征分析提供了强大的平台	本文未明确提及研究的局限性	研究目的是开发和应用InfoScan工具，以探索胶质母细胞瘤的复杂转录组景观并表征罕见细胞群体	研究对象是胶质母细胞瘤（GBM）中的罕见细胞亚群，特别是具有癌症干细胞特征的细胞	生物信息学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
2347	2025-03-16	Single-Cell Sequencing: Genomic and Transcriptomic Approaches in Cancer Cell Biology 2025-Feb-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052074 PMID:40076700	综述	本文综述了单细胞测序（SCS）在癌症生物学研究中的影响	SCS提供了基因组、转录组和表观基因组的高分辨率分析，揭示了癌症和肿瘤异质性、克隆进化以及癌细胞与肿瘤微环境之间的复杂相互作用	NA	探讨单细胞测序在癌症生物学研究中的应用及其对个性化癌症诊断、预后和治疗的推动作用	癌细胞和肿瘤微环境	癌症生物学	癌症	单细胞测序（SCS）、空间转录组学、原位测序	NA	基因组、转录组、表观基因组数据	NA
2348	2025-03-16	Single cell analysis identifies distinct CD4 + T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity related asthma 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88423-4 PMID:40000680	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，识别了与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+ T细胞亚型	首次揭示了CDC42上调在CD4+ T细胞中的具体亚型及其对类固醇抵抗的贡献	研究局限于儿童肥胖相关哮喘，未涉及其他类型哮喘或成人患者	探讨儿童肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞的分子机制及其对类固醇抵抗的影响	儿童肥胖相关哮喘患者的CD4+ T细胞	生物信息学	哮喘	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	涉及肥胖哮喘、单纯肥胖和健康体重对照组的CD4+ T细胞
2349	2025-03-16	Cancer-Associated Fibroblasts Genes and Transforming Growth Factor Beta Pathway in Gastric Cancer for Novel Therapeutic Strategy 2025-Feb-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17050795 PMID:40075643	综述	本文综述了胃癌中癌症相关成纤维细胞基因（CAFGs）的分子特征及其在肿瘤进展和预后中的作用，探讨了其与TGFB通路的相互作用，以开发新的治疗策略	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析揭示了CAFGs不仅在CAFs中表达，还可能反映周围细胞的激活状态，并验证了多个CAFGs在胃癌中的预后相关性	与其他癌症相比，CAFGs在胃癌中的功能机制尚不明确，且由于现有微解剖数据的限制，CAFGs在胃癌中的表达模式尚未得到确认	探讨CAFGs在胃癌中的分子特征及其与TGFB通路的相互作用，以开发新的治疗策略	胃癌中的癌症相关成纤维细胞基因（CAFGs）	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
2350	2025-03-16	Comprehensive SHAP Values and Single-Cell Sequencing Technology Reveal Key Cell Clusters in Bovine Skeletal Muscle 2025-Feb-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052054 PMID:40076676	研究论文	本研究通过SHAP值和单细胞测序技术揭示了牛骨骼肌中的关键细胞群	首次结合SHAP值和单细胞测序技术，成功构建了476基因的SHAP值矩阵，并绘制了骨骼肌的单细胞图谱	研究仅针对牛骨骼肌，未涉及其他物种或组织	揭示牛骨骼肌中不同类型细胞群的重要性排序及其在肌肉生长和发育中的关键作用	牛骨骼肌中的细胞群	生物信息学	NA	单细胞测序技术	SHAP值分析模型	基因表达数据	NA
2351	2025-03-16	Identification of Prognostic Genes Related to Cell Senescence and Lipid Metabolism in Glioblastoma Based on Transcriptome and Single-Cell RNA-Seq Data 2025-Feb-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26051875 PMID:40076502	研究论文	本研究旨在通过转录组和单细胞RNA测序数据，识别与细胞衰老和脂质代谢相关的预后基因，以改善胶质母细胞瘤的预后和治疗	结合细胞衰老和脂质代谢相关基因，构建了具有优秀预测能力的风险模型和列线图，并识别了SOCS1和PHB2作为预后标志物	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据偏差或局限性	改善胶质母细胞瘤的预后和治疗	胶质母细胞瘤（GBM）	数字病理学	胶质母细胞瘤	转录组测序, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	WGCNA, 单变量Cox回归	RNA-seq数据	公共数据库中的胶质母细胞瘤样本
2352	2025-03-16	Uncovering the Signatures of Cellular Senescence in the Human Dorsolateral Prefrontal Cortex 2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639091 PMID:40027780	研究论文	本文通过Visium空间转录组学和单核RNA测序技术，构建了人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）衰老和细胞衰老的转录组图谱	结合空间转录组学和单核RNA测序技术，首次在非病理人类组织中揭示了dlPFC衰老和细胞衰老的异质性特征	研究局限于非病理组织，未涉及疾病状态下的细胞衰老特征	探索人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）衰老和细胞衰老的转录组特征	人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）的非病理组织	生物信息学	NA	Visium空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
2353	2025-03-16	Spatial Transcriptomic Analysis of Surgical Resection Specimens of Primary Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Treated with Afatinib in a Window-of-Opportunity Study (EORTC90111-24111) 2025-Feb-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26051830 PMID:40076457	研究论文	本研究通过空间转录组学技术评估了阿法替尼治疗头颈部鳞状细胞癌后肿瘤及其微环境的变化	首次在阿法替尼治疗的头颈部鳞状细胞癌手术标本中应用空间转录组学技术，揭示了肿瘤在抗HER治疗下的演变和组成变化	研究样本量较小，仅分析了三个患者的样本	探索抗HER治疗下头颈部鳞状细胞癌的肿瘤演变和组成	头颈部鳞状细胞癌患者的手术标本和肿瘤活检	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学, RNA测序	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	三个患者的样本（ID08, ID15, ID30）
2354	2025-03-16	Deciphering the generation of heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma metastasis via single-cell multiomics analysis 2025-Feb-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06154-6 PMID:39905485	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示食管鳞状细胞癌转移中异质性的生成机制	首次在单细胞水平上结合scATAC-seq、scRNA-seq、ChIP-seq、CUT&Tag、Hi-C、bulk RNA-seq和bulk ATAC-seq数据，全面解析了ESCC转移过程中的染色质可及性及其对细胞异质性的影响	样本量较小，仅包括四名ESCC患者	研究食管鳞状细胞癌（ESCC）转移过程中染色质可及性对细胞异质性的影响	四名病理分期为T1a、T2b、T3b或T4a的ESCC患者的癌组织和邻近非癌组织	数字病理学	食管鳞状细胞癌	scATAC-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, CUT&Tag, Hi-C, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq	NA	单细胞多组学数据	四名ESCC患者的癌组织和邻近非癌组织
2355	2025-03-16	Differences in immune cells and gene expression in human milk by parity on integrated scRNA sequencing 2025-Feb, Clinical and experimental pediatrics IF:3.2Q1 DOI:10.3345/cep.2024.01585 PMID:39810510	研究论文	本研究通过整合和分析公开的单细胞RNA测序数据集，探讨了胎次对人类母乳中免疫细胞异质性和基因表达的影响	首次通过单细胞RNA测序技术系统地分析了胎次对人类母乳中免疫细胞组成和基因表达的影响	研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的多样性和样本量	阐明胎次对人类母乳中免疫细胞异质性和基因表达的影响	人类母乳中的免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了公开的单细胞RNA测序数据集
2356	2025-03-16	Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto 2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.07.19.604364 PMID:39071335	研究论文	本文介绍了一种名为lr-kallisto的工具，用于长读长测序数据的转录组定量分析	开发了lr-kallisto工具，将kallisto的RNA-seq定量方法适配到长读长测序技术，提高了长读长数据的定量准确性和速度	未提及具体的研究局限性	实现长读长测序数据的快速准确转录组定量	长读长测序数据	生物信息学	NA	ONT（Oxford Nanopore Technologies）	kallisto	RNA-seq数据	未提及具体样本数量
2357	2025-03-16	Spatial Transcriptomics in Inflammatory Skin Diseases Using GeoMx Digital Spatial Profiling: A Practical Guide for Applications in Dermatology 2025-Jan, JID innovations : skin science from molecules to population health DOI:10.1016/j.xjidi.2024.100317 PMID:39559817	研究论文	本文讨论了使用NanoString的GeoMx数字空间分析仪进行炎症性皮肤疾病转录组空间分析的技术和用户体验概述	提供了制造商指南中未涵盖的RNA捕获优化方法和潜在陷阱，并通过具体实验示例展示了这些策略	NA	探讨数字空间分析在炎症性皮肤疾病中的应用，为其他皮肤生物学研究者提供框架	炎症性皮肤疾病，包括银屑病、扁平苔藓和盘状红斑狼疮	数字病理学	炎症性皮肤疾病	GeoMx数字空间分析	NA	转录组数据	NA
2358	2024-12-15	Author Correction: Dissection of artifactual and confounding glial signatures by single-cell sequencing of mouse and human brain 2025-Jan, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01855-5 PMID:39672966	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2359	2025-03-16	Gpnmb and Spp1 mark a conserved macrophage injury response masking fibrosis-specific programming in the lung 2024-Dec-20, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.182700 PMID:39509324	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠肺部损伤后巨噬细胞的不同亚群及其在纤维化和非纤维化修复中的作用	揭示了Gpnmb和Spp1标记的巨噬细胞亚群在组织损伤中的保守反应，并发现这些细胞不足以驱动纤维化	研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究	探讨肺部损伤后巨噬细胞亚群在纤维化和非纤维化修复中的作用	小鼠肺部巨噬细胞	数字病理	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	小鼠肺部巨噬细胞样本
2360	2025-03-16	Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma 2024-Dec-20, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1366 PMID:39704522	研究论文	本文通过整合高复杂度成像和空间转录组学技术，分析了人类组织样本在高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）发展不同阶段的分子变化，揭示了前体上皮中的免疫调节机制和肿瘤微环境的逐步转变	首次整合高复杂度成像和空间转录组学技术，详细描绘了HGSOC从前体到癌症的分子转变过程，并揭示了免疫调节机制和肿瘤微环境的动态变化	研究样本数量未明确，且未涉及长期临床结果验证	揭示HGSOC从前体到癌症的分子变化机制，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点	人类组织样本，包括p53特征、浆液性输卵管上皮内癌（STIC）和侵袭性HGSOC	数字病理学	卵巢癌	高复杂度成像、空间转录组学	NA	图像、转录组数据	NA