本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']
”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!
除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
2341 | 2025-10-06 |
Aging Compromises Terminal Differentiation Program of Cytotoxic Effector Lineage and Promotes Exhaustion in CD8+ T Cells Responding to Coronavirus Infection
2025-Aug, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70109
PMID:40396260
|
研究论文 | 本研究通过小鼠冠状病毒感染模型揭示衰老如何通过调控关键转录因子损害CD8+T细胞的终末分化程序并促进T细胞耗竭 | 首次发现衰老会损害(而非促进)病毒特异性CD8+T细胞的终末分化程序,并鉴定出ZEB2和KLF2转录因子在此过程中的关键调控作用 | 研究基于小鼠冠状病毒感染模型,在人类中的适用性需要进一步验证 | 探究衰老对冠状病毒感染中病毒特异性T细胞分化程序的影响机制 | 年轻和年老小鼠的CD8+T细胞、CD4+T细胞及髓系细胞 | 免疫学 | 冠状病毒感染 | bulk转录组测序, 单细胞转录组测序 | NA | 基因表达数据 | 不同年龄组的小鼠T细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
2342 | 2025-10-06 |
Patient phenotyping for molecular profiling of neck and low back pain - Study protocol
2025 Jul-Dec, Neurobiology of pain (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1016/j.ynpai.2025.100186
PMID:40501484
|
研究论文 | 介绍颈部和腰痛患者分子特征分析的研究方案 | 首次在慢性疼痛研究中整合全面的患者表型分析与多种转录组学技术 | 研究方案描述性文章,尚未展示具体研究结果 | 通过分子特征分析揭示颈部和腰痛的神经生物学机制 | 颈部和腰痛患者及器官捐献者的对照组织 | 数字病理学 | 慢性疼痛 | bulk转录组学, 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据, 临床表型数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
2343 | 2025-10-06 |
Cellular hierarchies of embryonal tumors with multilayered rosettes are shaped by oncogenic microRNAs and receptor-ligand interactions
2025-Jun, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00964-9
PMID:40419763
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和空间成像技术揭示胚胎性多层菊花团肿瘤的细胞层级结构及其调控机制 | 首次系统解析ETMR肿瘤的细胞层级结构,发现C19MC微RNA簇在干细胞样细胞中的主导表达及其调控网络,并识别出可靶向的致癌信号通路 | 样本量较小(11例患者样本),需要更大规模研究验证发现 | 探究胚胎性多层菊花团肿瘤的细胞异质性和致病机制 | 胚胎性多层菊花团肿瘤患者样本 | 数字病理学 | 儿科脑肿瘤 | 单细胞转录组学,多重空间成像,microRNA-mRNA结合全基因组分析 | NA | 单细胞RNA测序数据,空间成像数据 | 11例ETMR患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
2344 | 2025-10-06 |
Cell type-specific network analysis in Diversity Outbred mice identifies genes potentially responsible for human bone mineral density GWAS associations
2025-May-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.05.20.594981
PMID:38826475
|
研究论文 | 本研究利用多样性远交系小鼠的单细胞转录组数据构建细胞类型特异性网络,识别与人类骨密度GWAS关联的潜在因果基因 | 首次将小鼠骨相关细胞的单细胞转录组数据与人类骨密度GWAS结合,通过细胞状态轨迹分析识别网络驱动基因 | 研究基于小鼠模型,需要进一步实验验证这些基因在人类骨质疏松中的因果作用 | 识别与人类骨密度GWAS关联的潜在因果基因并解析其在骨质疏松中的作用机制 | 多样性远交系小鼠的骨髓来源基质细胞在成骨条件下培养的细胞 | 生物信息学 | 骨质疏松 | 单细胞RNA测序, GWAS, eQTL/sQTL分析 | 网络分析, 轨迹推断 | 单细胞转录组数据, 基因组关联数据 | 多样性远交系小鼠骨髓基质细胞的大规模单细胞数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2345 | 2025-10-06 |
Tissue signatures of human macrophages during homeostasis and activation
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655632
PMID:40501660
|
研究论文 | 通过多模式单细胞测序定义人类巨噬细胞在不同组织中的特征 | 首次系统定义人类巨噬细胞在黏膜组织和淋巴器官中的组织特异性特征,并揭示其在激活状态下仍保持组织特异性 | 研究样本仅来自器官捐赠者,未涵盖疾病状态下的巨噬细胞特征 | 揭示人类巨噬细胞在稳态和激活状态下的组织特异性身份特征 | 人类巨噬细胞和单核细胞 | 单细胞生物学 | NA | 多模式单细胞测序,刺激实验 | NA | 单细胞转录组数据,蛋白质数据 | 来自个体器官捐赠者的肺、小肠、脾脏、骨髓和淋巴结样本 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
2346 | 2025-10-06 |
Differential memory enrichment of cytotoxic CD4 T cells in Parkinson's disease patients reactive to α-synuclein
2025-May-14, NPJ Parkinson's disease
DOI:10.1038/s41531-025-00981-6
PMID:40368950
|
研究论文 | 本研究探讨帕金森病患者中对α-突触核蛋白有反应的细胞毒性CD4 T细胞的记忆富集差异 | 首次发现CELSR2在PD患者CD4效应记忆T细胞中高表达,并揭示Granulysin CD4细胞毒性T细胞在PD_R患者中减少 | 样本量有限,未涵盖所有PD患者亚型,机制研究尚不完善 | 深入理解对α-突触核蛋白有反应的帕金森病患者T细胞亚群的病理变化 | 帕金森病患者和健康对照者的外周血T细胞 | 免疫学 | 帕金森病 | 单细胞RNA测序,流式细胞术 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据 | 帕金森病患者和健康对照者(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2347 | 2025-10-06 |
Sex-dependent effects of peptidylarginine deiminases on neutrophil function and long-term outcomes after spinal cord injury
2025-May-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.08.652924
PMID:40463031
|
研究论文 | 本研究探讨肽酰精氨酸脱亚氨酶对脊髓损伤后中性粒细胞功能和长期预后的性别依赖性影响 | 首次描述脊髓损伤后PAD介导的中性粒细胞功能存在性别差异,强调临床前研究需纳入两性样本的重要性 | 未观察到PAD4缺失对运动功能恢复的影响,组织保护效应存在性别差异但机制尚不明确 | 探究PADs在脊髓损伤恢复中的作用及性别差异 | 小鼠脊髓损伤模型中的中性粒细胞功能 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序,基因敲除模型,pan-PAD抑制剂处理 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据,组织学数据,行为学数据 | 未明确样本数量的小鼠实验模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2348 | 2025-10-06 |
BDNF-GABA signaling in astrocytes: enhancing neural repair after SCI through MSC therapies
2025-05, Spinal cord
IF:2.1Q1
DOI:10.1038/s41393-025-01077-x
PMID:40229538
|
研究论文 | 通过生物信息学分析探索星形胶质细胞在脊髓损伤修复中的作用机制及间充质干细胞治疗的潜在价值 | 首次整合单细胞转录组、空间转录组和bulk RNA-seq数据,系统揭示BDNF调控的GABA信号通路在星形胶质细胞介导的神经修复中的关键作用 | 基于公共数据库的回顾性分析,缺乏实验验证 | 探索脊髓损伤后星形胶质细胞的变化及其在间充质干细胞治疗中的作用机制 | 星形胶质细胞、间充质干细胞、诱导多能干细胞 | 生物信息学 | 脊髓损伤 | scRNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, GSEA | NA | 转录组数据 | 来自GEO数据库的公共数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq | NA | NA |
2349 | 2025-10-06 |
Dissecting tumor cell programs through group biology estimation in clinical single-cell transcriptomics
2025-Mar-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-57377-6
PMID:40025015
|
研究论文 | 提出了一种名为BEANIE的非参数统计方法,用于临床单细胞转录组学中基因特征的差异表达分析 | 开发了能够处理临床单细胞RNA测序数据中患者特异性层次结构和样本驱动混杂因素的新方法 | NA | 解决临床癌症单细胞RNA测序研究中差异表达分析方法假阳性高的问题 | 乳腺癌、肺癌和黑色素瘤的临床单细胞转录组数据 | 生物信息学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 非参数统计方法 | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2350 | 2025-10-06 |
Highly multiplexed spatial transcriptomics in bacteria
2025-Jan-24, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.adr0932
PMID:39847624
|
研究论文 | 开发了细菌-MERFISH方法,实现细菌中数千个操纵子的高通量空间解析分析 | 将1000倍体积膨胀与多重错误鲁棒荧光原位杂交技术结合,克服了细菌mRNA高密度带来的技术障碍 | NA | 研究细菌在复杂环境中的单细胞决策行为 | 细菌 | 空间转录组学 | NA | MERFISH, 荧光原位杂交 | NA | 空间转录组数据, 图像数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA分析 | NA | 细菌-MERFISH |
2351 | 2025-10-06 |
Efficacy of CTLA-4 checkpoint therapy is dependent on IL-21 signaling to mediate cytotoxic reprogramming of PD-1+CD8+ T cells
2025-Jan, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-024-02027-0
PMID:39702858
|
研究论文 | 本研究揭示了CTLA-4检查点疗法通过IL-21信号通路介导PD-1+CD8+T细胞的细胞毒性重编程机制 | 首次发现IL-21信号对CTLA-4阻断疗法疗效的关键作用,并揭示了与抗PD-1单药治疗的信号通路差异 | 研究主要基于晚期黑色素瘤患者和小鼠模型,在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 阐明CTLA-4检查点抑制剂治疗的作用机制 | 晚期黑色素瘤患者和小鼠B16F10黑色素瘤模型 | 免疫治疗 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组测序, T细胞受体谱分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, T细胞受体序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2352 | 2025-10-06 |
Transcription Factor Activity Regulating Macrophage Heterogeneity during Skin Wound Healing
2024-Aug-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2400172
PMID:38940624
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序数据,揭示了转录因子在皮肤伤口愈合过程中调控巨噬细胞异质性的机制 | 改进了贝叶斯推断TF活性模型,首次结合scRNA-seq和scATAC-seq数据推断伤口愈合过程中Mos/Mϕs的转录因子活性,并验证了NR4A1在炎症调控中的关键作用 | 转录因子活性与mRNA或蛋白表达并不总是相关,可能存在其他调控机制未被充分探索 | 研究皮肤伤口愈合过程中单核细胞/巨噬细胞异质性的转录因子调控机制 | 小鼠皮肤伤口愈合过程中的单核细胞和巨噬细胞 | 单细胞多组学 | 皮肤伤口愈合 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, 基因敲除 | 贝叶斯推断模型, 网络分析 | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | Nr4a1基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞ATAC-seq | NA | NA |
2353 | 2025-10-06 |
Neutrophil Heterogeneity Is Modified during Acute Lung Inflammation in Apoa1-/- Mice
2024-Aug-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2300459
PMID:38912868
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析载脂蛋白A-I缺失对急性肺部炎症中中性粒细胞异质性的影响 | 首次揭示Apoa1缺失通过改变中性粒细胞和巨噬细胞亚群分布及促炎基因表达来调控急性气道炎症 | 研究仅使用小鼠模型,未在人类样本中验证 | 探讨载脂蛋白A-I调节急性气道炎症的分子机制 | Apoa1-/-和Apoa1+/+小鼠的支气管肺泡灌洗液细胞 | 单细胞转录组学 | 肺部炎症 | 单细胞RNA测序 | 无监督聚类分析,轨迹分析 | 单细胞转录组数据 | Apoa1-/-和Apoa1+/+小鼠经LPS+屋尘螨诱导的炎症模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2354 | 2025-10-06 |
Single-Cell Profiling Reveals Immune Aberrations in Progressive Idiopathic Pulmonary Fibrosis
2024-Aug-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202306-0979OC
PMID:38717443
|
研究论文 | 通过单细胞测序揭示特发性肺纤维化患者外周免疫系统的异常变化 | 首次在单细胞分辨率上系统描绘IPF患者外周免疫细胞图谱,发现经典单核细胞和调节性T细胞的预后预测价值 | 样本量相对有限,需要更大规模研究验证发现 | 构建特发性肺纤维化患者外周免疫系统的单细胞图谱 | 特发性肺纤维化患者和对照受试者的外周血单个核细胞 | 单细胞组学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序,流式细胞术,蛋白质浓度测量 | NA | 单细胞RNA测序数据,流式细胞数据,蛋白质浓度数据 | 38个PBMC样本(25名IPF患者,13名对照受试者),共149,564个细胞 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium 5'单细胞RNA测序 |
2355 | 2025-10-06 |
Deciphering the Complexities of Pulmonary Hypertension: The Emergent Role of Single-Cell Omics
2024-Aug-14, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0145PS
PMID:39141563
|
综述 | 本文探讨单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的新兴作用及其对疾病理解的贡献 | 通过单细胞转录组学揭示肺动脉高压中肺细胞生态系统的复杂性,超越传统批量分析的局限,识别新型治疗靶点 | 需要提高scRNA-seq分辨率以捕获更精细的细胞变化,克服人体组织样本处理的技术障碍,整合多种组学方法 | 阐明单细胞组学技术在肺动脉高压研究中的应用前景和挑战 | 肺动脉高压相关的肺细胞生态系统,包括内皮细胞、平滑肌细胞、周细胞和免疫细胞 | 单细胞组学 | 肺动脉高压 | 单细胞转录组测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2356 | 2025-10-06 |
Scalable genetic screening for regulatory circuits using compressed Perturb-seq
2024-Aug, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01964-9
PMID:37872410
|
研究论文 | 本研究开发了一种压缩Perturb-seq方法,通过算法优化显著降低了单细胞CRISPR筛选技术的成本 | 将压缩感知算法应用于Perturb-seq技术设计,实现了在单个细胞或液滴中测量多个随机扰动 | NA | 开发可扩展的基因调控回路筛选方法 | 598个与细菌脂多糖免疫反应相关的基因 | 功能基因组学 | 免疫疾病 | 单细胞RNA测序,CRISPR筛选 | 压缩感知算法 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | Perturb-seq(CRISPR扰动与单细胞RNA测序结合技术) |
2357 | 2025-10-06 |
Identification of a clinically efficacious CAR T cell subset in diffuse large B cell lymphoma by dynamic multidimensional single-cell profiling
2024-Jul, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-024-00768-3
PMID:38750245
|
研究论文 | 通过动态多维单细胞分析鉴定弥漫性大B细胞淋巴瘤中具有临床疗效的CAR T细胞亚群 | 整合时间推移成像显微镜、亚细胞分析和单细胞RNA测序技术,首次鉴定出具有多重功能的CD8-fit T细胞亚群 | 研究样本仅限于大B细胞淋巴瘤患者,需要进一步验证在其他恶性肿瘤中的适用性 | 鉴定CAR T细胞治疗中具有优越临床活性的T细胞亚群 | 大B细胞淋巴瘤患者的CAR T细胞输注产品 | 单细胞分析 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 单细胞RNA测序, 时间推移成像显微镜, 亚细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序数据, 显微镜图像数据 | 大B细胞淋巴瘤患者的CAR T细胞输注产品 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2358 | 2025-10-06 |
Enhancing radiotherapy response via intratumoral injection of a TLR9 agonist in autochthonous murine sarcomas
2024-Jun-13, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.178767
PMID:39133651
|
研究论文 | 本研究探讨了TLR9激动剂CpG联合放疗在自体小鼠肉瘤模型中的免疫增强机制 | 首次在自体发生的高肿瘤突变负荷肉瘤模型中证实CpG联合放疗通过CD8+T细胞依赖性机制增强抗肿瘤免疫应答 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人体临床试验中验证 | 阐明TLR9激动剂增强放疗疗效的免疫机制 | 自体发生的小鼠软组织肉瘤模型 | 肿瘤免疫学 | 软组织肉瘤 | CRISPR/Cas9, 单细胞RNA测序, 质谱流式细胞术, TCR克隆性分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | 自体发生小鼠肉瘤模型 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
2359 | 2025-10-06 |
Cross-modality mapping using image varifolds to align tissue-scale atlases to molecular-scale measures with application to 2D brain sections
2024-Apr-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-47883-4
PMID:38664422
|
研究论文 | 开发了一种使用图像变差形式将组织尺度图谱与分子尺度测量对齐的跨模态映射方法 | 提出将空间转录组数据表示为编码位置和高维特征(基因、细胞类型)身份的广义函数,通过LDDMM同时求解坐标的最小化测地线微分同胚和潜在特征密度 | NA | 建立分子尺度转录组学与组织尺度图谱之间的对应关系 | 小鼠脑图谱、基因和细胞转录组数据 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | LDDMM | 图像、转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | MERFISH, BARseq | NA |
2360 | 2025-10-06 |
CD36 restricts lipid-associated macrophages accumulation in white adipose tissues during atherogenesis
2024, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2024.1436865
PMID:39156133
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了CD36在动脉粥样硬化过程中调控白色脂肪组织中脂质相关巨噬细胞积累的新机制 | 首次在动脉粥样硬化模型中定义了白色脂肪组织中'不健康巨噬细胞'亚群,并发现CD36缺失通过促进LAM积累来平衡脂质代谢与炎症 | 研究基于小鼠模型,人类相关性需进一步验证;单细胞测序样本量有限 | 探究CD36在动脉粥样硬化过程中对白色脂肪组织巨噬细胞异质性和功能的调控作用 | 饮食诱导的动脉粥样硬化小鼠模型及其白色脂肪组织中的巨噬细胞亚群 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 细胞代谢分析, 功能实验 | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | 动脉粥样硬化小鼠模型(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |