单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 32150 篇文献，本页显示第 23561 - 23580 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23561 | 2024-08-05 |
Spatial transcriptomics using multiplexed deterministic barcoding in tissue
2023-03-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-37111-w
PMID:36934108
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研究论文 | 本研究提出了在组织中采用多重确定性条形码技术的空间转录组学方法 | 开发了新型微流控芯片，具有高达50µm的空间分辨率，并优化了生化协议，显著提高了每个点的读取和基因计数 | NA | 探索空间转录组学在生物医学研究中的应用 | 五种不同鼠类器官的空间转录组数据 | 数字病理学 | NA | xDBiT | NA | 转录组数据 | 来自五种不同鼠类器官的16个空间转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 23562 | 2024-08-05 |
LACE 2.0: an interactive R tool for the inference and visualization of longitudinal cancer evolution
2023-Mar-17, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05221-3
PMID:36932333
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研究论文 | 本文介绍了LACE 2.0，一个用于推断和可视化癌症进化的交互式R工具 | 改进了数据管理和推断引擎，并连接到公共数据库，提供了新的关键功能 | NA | 开发用于推断肿瘤进化历史的计算方法 | 患者来源模型的单细胞测序实验数据 | 数字病理学 | 癌症 | 变异调用 | NA | 单细胞测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23563 | 2024-08-05 |
spSeudoMap: cell type mapping of spatial transcriptomics using unmatched single-cell RNA-seq data
2023-03-17, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01168-5
PMID:36932388
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研究论文 | 本文提出了一种方法spSeudoMap，用于使用未匹配的单细胞RNA-seq数据进行空间转录组学的细胞类型映射 | spSeudoMap创新性地创建虚拟细胞混合物，以克服单细胞数据与空间转录组数据之间的细胞类型和细胞组成不匹配问题 | 本文未讨论在其他类型组织或不同条件下方法的适用性 | 本研究旨在改善单细胞数据与空间转录组数据的整合，以便更好地预测空间细胞组成 | 研究对象包括脑部和乳腺癌组织中的细胞亚群 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 领域适应模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23564 | 2024-08-08 |
Identification of FCN1 as a novel macrophage infiltration-associated biomarker for diagnosis of pediatric inflammatory bowel diseases
2023-03-17, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-023-04038-1
PMID:36932401
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研究论文 | 本研究通过机器学习算法识别出FCN1作为儿童炎症性肠病（PIBD）的新的巨噬细胞浸润相关生物标志物，并验证了其在PIBD诊断中的应用。 | 首次发现FCN1作为PIBD的诊断标志物，并揭示了其在巨噬细胞中的表达与炎症反应的关系。 | NA | 旨在发现和验证儿童炎症性肠病的新型诊断标志物。 | FCN1在PIBD中的表达及其与巨噬细胞浸润的关系。 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 机器学习算法（LASSO和mSVM-RFE）、CIBERSORT方法、免疫印迹、qRT-PCR、免疫染色 | NA | 单细胞转录组数据、图像 | 包括GSE117993和GSE126124数据集、PIBD患者结肠活检、幼鼠DSS诱导的结肠炎模型和THP-1衍生的巨噬细胞。 | NA | NA | NA | NA |
| 23565 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome reveals Staphylococcus aureus modulating fibroblast differentiation in the bone-implant interface
2023-03-16, Molecular medicine (Cambridge, Mass.)
DOI:10.1186/s10020-023-00632-7
PMID:36927352
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研究论文 | 本研究旨在阐明骨-植入物界面中的细胞异质性，并探讨成纤维细胞对植入物相关金黄色葡萄球菌感染的反应 | 发现了骨-植入物界面中存在CTHRC1+成纤维细胞，并揭示了成纤维细胞分化的双极模式 | NA | 阐明骨-植入物界面中的细胞异质性，并探讨成纤维细胞对植入物相关金黄色葡萄球菌感染的反应 | 人类骨-植入物界面中的细胞类型和基因表达 | 数字病理学 | 植入物相关感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 3例植入物关节感染患者和2例无菌松动患者的人体周围组织 | NA | NA | NA | NA |
| 23566 | 2024-08-08 |
Domain adaptation for supervised integration of scRNA-seq data
2023-03-16, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-04668-7
PMID:36928806
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研究论文 | 本文提出了一种名为SIDA的监督策略，用于整合scRNA-seq数据，利用细胞类型注释指导不同批次的整合 | SIDA采用了最初在计算机视觉领域提出的域适应方法，能够生成全面的参考数据集，提高自动化细胞类型映射分析的准确性 | NA | 解决大规模scRNA-seq研究中由于批次产生的非平凡批次效应问题 | scRNA-seq数据整合 | 计算机视觉 | NA | 域适应 | NA | scRNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23567 | 2024-08-05 |
Spatial Transcriptomics Arena (STAr): an Integrated Platform for Spatial Transcriptomics Methodology Research
2023-Mar-12, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.03.10.532127
PMID:36945650
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研究论文 | 本文设计了Spatial Transcriptomics Arena (STAr)平台，以促进空间转录组学研究 | 开发了一个集成平台，包含多种数据集和分析方法，旨在提供无偏见的评估以帮助选择合适的空间基因检测方法 | 现有公共空间转录组数据集分散，处理方式不同，给开发计算方法的研究者带来障碍 | 研究空间转录组学方法的评估和比较 | 针对空间变异基因进行方法的开发和评估 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 数据集 | 193个数据集，来自七种技术和七种统计方法 | NA | NA | NA | NA |
| 23568 | 2024-08-05 |
Integrative Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq Analysis of Mouse Corneal Epithelial Cells
2023-03-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.64.3.30
PMID:36943152
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研究论文 | 本文应用单细胞多组学分析描绘了小鼠角膜上皮细胞在正常稳态下的基因调控特征 | 本文首次综合了转录组和染色质可及性分析，揭示了角膜上皮细胞的基因调控程序及其细胞类型特异性 | 未提及具体的样本限制或实验局限 | 研究小鼠角膜上皮细胞的基因调控机制 | 小鼠角膜上皮细胞 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq 和 scATAC-seq | NA | RNA序列和染色质可及性数据 | 成年小鼠的角膜上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 23569 | 2024-08-05 |
Exploring heterogeneity of tumor immune cells and adrenal cells in aldosterone-producing adenomas using single-cell RNA-seq and investigating differences by sex
2023-Mar, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2023.e14357
PMID:36942259
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序探讨了醛固酮产生腺瘤中的肿瘤免疫细胞和肾上腺细胞的异质性 | 揭示了女性CD8+ T细胞具有更强的细胞毒性和炎症相关功能，提供了性别对APA影响的新见解 | 本研究可能未能涵盖所有影响APA发生的因素 | 探讨性别在醛固酮产生腺瘤中的作用机制 | 醛固酮产生腺瘤中的肿瘤免疫细胞和肾上腺细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23570 | 2024-08-08 |
Potential biomarkers for the prognosis and treatment of HCC immunotherapy
2023-03, European review for medical and pharmacological sciences
DOI:10.26355/eurrev_202303_31569
PMID:36930502
|
研究论文 | 本文通过分析癌症基因组图谱(TCGA)中的肝细胞癌(HCC)样本，基于免疫细胞浸润将其分为两个亚型，并使用加权基因共表达网络分析(WGCNA)识别了重要的调控基因和模块，探讨了这些基因在免疫治疗中的潜在应用。 | 首次基于免疫细胞浸润对HCC样本进行分类，并识别出六个具有显著免疫能力的调控基因，这些基因可能作为HCC治疗的潜在靶点。 | NA | 旨在识别肝细胞癌(HCC)免疫治疗中的免疫相关亚型和潜在治疗靶点。 | 肝细胞癌(HCC)样本及其免疫细胞浸润情况。 | 数字病理学 | 肝癌 | 加权基因共表达网络分析(WGCNA)、单细胞RNA测序、ESTIMATE算法 | NA | 基因表达数据 | 来自癌症基因组图谱(TCGA)的HCC样本 | NA | NA | NA | NA |
| 23571 | 2024-08-08 |
Corticosteroids reduce pathologic interferon responses by downregulating STAT1 in patients with high-risk COVID-19
2023-03, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-023-00964-8
PMID:36941461
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研究论文 | 研究揭示皮质类固醇通过下调STAT1减少高风险COVID-19患者病理性干扰素反应的分子机制 | 首次详细描述了皮质类固醇在高风险COVID-19患者中通过下调STAT1减少病理性干扰素反应的具体机制 | 研究仅基于三个独立COVID-19队列的单细胞RNA测序数据，样本量相对有限 | 揭示COVID-19中高风险患者的分子机制及皮质类固醇的抗炎效果 | 高风险COVID-19患者的外周血单个核细胞（PBMCs） | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 共171个PBMC样本，来自56名患者和12名健康捐赠者 | NA | NA | NA | NA |
| 23572 | 2024-08-05 |
Analysis of Single-Cell RNA-seq Data
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2986-4_6
PMID:36929075
|
研究论文 | 本章节描述了单细胞RNA测序数据的标准分析工作流程和相关工具 | 介绍了一套标准工作流程并提供代码示例以指导分析 | 没有提及分析工具的具体限制 | 提供单细胞RNA测序数据分析的工具和方法 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 数据分析 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23573 | 2024-08-05 |
Innate immune biology in age-related macular degeneration
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1118524
PMID:36926522
|
综述 | 这篇文章讨论了先天免疫系统在年龄相关性黄斑变性中的作用 | 探讨了最近在单细胞转录组学方面的发展，帮助推进对年龄相关性黄斑变性的理解和治疗 | 未提及具体的研究限制 | 研究年龄相关性黄斑变性中的先天免疫生物学 | 探讨感染在年龄相关性黄斑变性中的具体成分和作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23574 | 2024-08-05 |
A Primer on Preprocessing, Visualization, Clustering, and Phenotyping of Barcode-Based Spatial Transcriptomics Data
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2986-4_7
PMID:36929076
|
研究论文 | 本文回顾了基于条形码的空间转录组数据的预处理、可视化、聚类和表型分析的算法 | 聚焦于分析基于条形码的RNA定量技术，并探讨其分析面临的挑战和未满足的需求 | 未详细讨论每种算法的具体实现细节 | 旨在探讨空间转录组(ST)数据分析中的关键步骤和现存挑战 | 主要关注空间转录组数据，特别是条形码基础的RNA量化技术 | 数字病理学 | 复杂疾病 | 条形码空间转录组技术 | NA | RNA定量数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23575 | 2024-08-05 |
Multi-omics Data Deconvolution and Integration: New Methods, Insights, and Translational Implications
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2986-4_1
PMID:36929070
|
研究论文 | 本文讨论了多组学数据解卷积和整合的新方法及其转化意义 | 提出了新的统计方法，旨在不断提高对人类基因组及其下游结果的理解 | 在数据整合和转化应用方面仍面临挑战 | 深入理解人类基因组的变化和动态调控 | 来自基因组、转录组、蛋白质组、代谢组和微生物组的数据 | 数字病理学 | NA | 新测定技术 | NA | 多组学数据 | 大规模异质样本 | NA | NA | NA | NA |
| 23576 | 2024-08-05 |
Identification of copper metabolism-related subtypes and establishment of the prognostic model in ovarian cancer
2023, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2023.1145797
PMID:36950684
|
研究论文 | 本文研究铜代谢相关基因对卵巢癌预后的影响，识别了不同的铜代谢亚型，并建立了预后模型 | 首次建立了一个铜代谢相关基因预后特征签名，用于预测卵巢癌患者的生存期 | 缺乏大规模临床试验的验证，外部验证主要依赖于GSE63885队列 | 探讨铜代谢基因在卵巢癌预后评估中的作用 | 卵巢癌患者及其铜代谢相关基因 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞测序、定量实时PCR（qRT-PCR） | Lasso-Cox模型 | 基因表达数据 | TCGA和GSE63885队列中的多名卵巢癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 23577 | 2024-08-05 |
A theoretical framework of immune cell phenotypic classification and discovery
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1128423
PMID:36936975
|
研究论文 | 提出了一个基于基因可塑性的免疫细胞表型分类的理论框架 | 提出了通过表型可分层和基因可塑性来分类免疫细胞的创新性方法 | 研究主要依赖于转录组数据分析，可能未考虑所有免疫细胞的复杂性 | 研究免疫细胞的多样化表型及其内在调控机制 | 人类CD4及CD8单阳性T细胞、B细胞、自然杀伤细胞和单核细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成千上万的已知免疫表型 | NA | NA | NA | NA |
| 23578 | 2024-08-05 |
Trends and Potential of Machine Learning and Deep Learning in Drug Study at Single-Cell Level
2023, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0050
PMID:36930772
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评论 | 本文回顾了机器学习和深度学习在单细胞药物研究中的应用前景 | 探讨了单细胞药物敏感性分析与单细胞测序数据分析之间的技术差距 | 主要集中在已有的单细胞数据上，可能忽略了其他关键因素 | 探索单细胞数据水平上药物研究的趋势和潜力 | 分析癌细胞系和单细胞数据中的药物研究应用 | 机器学习 | 癌症 | 机器学习技术 | 深度学习 | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23579 | 2024-08-05 |
Cell-Type Deconvolution of Bulk DNA Methylation Data with EpiSCORE
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2986-4_3
PMID:36929072
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研究论文 | 本文介绍了使用EpiSCORE法进行大规模DNA甲基化数据的细胞类型反卷积 | 提出了一种基于参考的方法EpiSCORE，利用单细胞RNA-Seq数据的高分辨率特性 | 未提及具体的限制 | 通过计算方法有效解析大规模DNA甲基化数据中的细胞类型异质性 | 涉及到多种不同细胞类型的组织样本 | 数字病理学 | NA | NA | NA | DNA甲基化数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23580 | 2024-08-05 |
Autophagy-related gene LAPTM4B promotes the progression of renal clear cell carcinoma and is associated with immunity
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1118217
PMID:36937841
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研究论文 | 本研究证明自噬相关基因LAPTM4B在肾透明细胞癌的肿瘤免疫微环境中起关键作用 | 首次将LAPTM4B基因与肾透明细胞癌的自噬和免疫微环境关联起来 | 研究未涉及更大样本量或长期随访数据 | 探索肾透明细胞癌中的自噬机制及其免疫微环境 | 基于TCGA-KIRC队列分析和细胞实验，研究LAPTM4B在肾细胞癌中的作用 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞测序、western blot | NA | 基因表达数据 | 分析TCGA-KIRC队列，细胞实验未明确样本数量 | NA | NA | NA | NA |