单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31986 篇文献，本页显示第 23521 - 23540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23521 | 2024-08-05 |
Comparison of the Illumina NextSeq 2000 and GeneMind Genolab M sequencing platforms for spatial transcriptomics
2023-Mar-07, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-023-09192-w
PMID:36882687
|
研究论文 | 本文比较了Illumina NextSeq 2000和GeneMind Genolab M两个测序平台在空间转录组学中的应用 | 验证了GeneMind Genolab M在转录组测序中与Illumina NextSeq 2000平台的性能一致性 | 未提及特定的局限性 | 评价两种基因测序平台的性能 | Illumina NextSeq 2000和GeneMind Genolab M测序平台 | 数字病理学 | NA | NA | NA | 转录组数据 | 使用了相同组织点的样本进行比较 | NA | NA | NA | NA |
| 23522 | 2024-08-08 |
Well-TEMP-seq as a microwell-based strategy for massively parallel profiling of single-cell temporal RNA dynamics
2023-03-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-36902-5
PMID:36882403
|
research paper | 本文开发了一种名为Well-TEMP-seq的高通量、成本效益高、准确且高效的方法，用于大规模并行分析单细胞基因表达的时间动态 | Well-TEMP-seq结合了代谢RNA标记与单细胞RNA测序方法Well-paired-seq，能够区分每个单细胞中新转录的RNA与预存的RNA | NA | 揭示单细胞基因表达的时间动态 | 单细胞RNA的时间动态 | digital pathology | colorectal cancer | scRNA-seq | NA | RNA | 数千个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 23523 | 2024-08-08 |
Identification of phenotypically, functionally, and anatomically distinct stromal niche populations in human bone marrow based on single-cell RNA sequencing
2023-03-06, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81656
PMID:36876630
|
研究论文 | 基于单细胞RNA测序技术，系统地表征了人类骨髓中非造血性基质细胞的组成，并研究了基质细胞调控原则及其与造血细胞的相互作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出六种转录和功能上不同的基质细胞群体，并利用RNA速度分析和体外增殖能力及分化潜能重现了基质细胞的分化层次 | NA | 深入理解人类骨髓微环境的细胞复杂性和基质-造血相互作用的机制 | 人类骨髓中的基质细胞及其与造血细胞的相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 23524 | 2024-08-08 |
scEvoNet: a gradient boosting-based method for prediction of cell state evolution
2023-Mar-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-023-05213-3
PMID:36879200
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于梯度提升的预测细胞状态演化的方法scEvoNet | scEvoNet是首个用于研究细胞状态演化的scRNA-seq计算工具，能够识别细胞状态间的共享基因，指示进化分歧或共选现象 | NA | 探索细胞在不同生物体中的功能或发育历史，揭示细胞类型的核心分子特征和潜在的进化机制 | 跨物种或与癌症相关的scRNA-seq数据集中的细胞类型演化 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 梯度提升 | scRNA-seq数据 | 涉及癌症和发育数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 23525 | 2024-08-08 |
Characterization of bone marrow heterogeneity in NK-AML (M4/M5) based on single-cell RNA sequencing
2023-Mar-06, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-023-00391-5
PMID:36879313
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了6份骨髓抽吸样本中的39,288个细胞，包括5名NK-AML（M4/M5）患者和1名健康供体，以揭示NK-AML（M4/M5）的细胞异质性和基因表达特征 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术构建了NK-AML（M4/M5）的细胞异质性图谱，并鉴定了可能的生物标志物 | NA | 研究旨在揭示正常核型急性髓系白血病（NK-AML）中的细胞异质性和生物标志物，以推动精准医疗和靶向治疗的发展 | NK-AML（M4/M5）患者的骨髓细胞和健康供体的骨髓细胞 | 数字病理学 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 39,288个细胞，来自6份骨髓抽吸样本，包括5名NK-AML（M4/M5）患者和1名健康供体 | NA | NA | NA | NA |
| 23526 | 2024-08-05 |
Molecular and spatial profiling of the paraventricular nucleus of the thalamus
2023-03-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81818
PMID:36867023
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研究论文 | 这篇文章探讨了丘脑旁室核的分子多样性和空间分布 | 文章首次揭示了小鼠脑中五种分子不同的PVT神经元亚型，并发现了新的分子梯度组织方式 | 研究主要基于小鼠模型，可能无法完全代表其他物种的情况 | 本研究旨在阐明丘脑旁室核细胞类型的分子特征和空间分布 | 研究对象为小鼠的丘脑旁室核 | 数字病理学 | NA | 单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 基因组数据 | 大约五种分子不同的神经元亚型 | NA | NA | NA | NA |
| 23527 | 2024-08-08 |
Gut microbiome is linked to functions of peripheral immune cells in transition cows during excessive lipolysis
2023-03-03, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-023-01492-3
PMID:36869370
|
研究论文 | 研究探讨了过度脂解过程中肠道微生物群与过渡期奶牛外周免疫细胞功能之间的潜在联系 | 首次揭示了过度脂解期间肠道微生物群及其与次级胆酸合成相关的功能如何抑制过渡期奶牛单核细胞功能 | NA | 探究过度脂解期间肠道微生物群与过渡期奶牛免疫抑制之间的关系 | 过渡期奶牛的肠道微生物群和外周免疫细胞功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 16S扩增子测序, 宏基因组学, 靶向代谢组学 | NA | 转录组, 微生物组, 代谢组 | 涉及过度脂解和低/正常脂解的奶牛样本 | NA | NA | NA | NA |
| 23528 | 2024-08-08 |
Tumor microenvironment remodeling after neoadjuvant immunotherapy in non-small cell lung cancer revealed by single-cell RNA sequencing
2023-03-03, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01164-9
PMID:36869384
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了非小细胞肺癌患者在接受新辅助PD-1阻断联合化疗后肿瘤微环境的转录组变化 | 揭示了与治疗反应相关的特定癌症细胞转录组特征，并发现了预测免疫治疗反应的新生物标志物 | 研究受限于接受联合治疗的患者样本量较小 | 探索非小细胞肺癌患者在接受新辅助免疫治疗后的肿瘤微环境变化及其与治疗反应的关系 | 非小细胞肺癌患者的单细胞转录组 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 92,000个单细胞，来自3名治疗前和12名治疗后的非小细胞肺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 23529 | 2024-08-08 |
Single-Cell Characterization of the Frizzled 5 (Fz5) Mutant Mouse and Human Persistent Fetal Vasculature (PFV)
2023-03-01, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.64.3.8
PMID:36867129
|
研究论文 | 本研究通过免疫组织化学和单细胞RNA测序技术，对Fz5突变小鼠和人类持续胎儿血管（PFV）的细胞组成和相关分子特征进行了表征 | 首次详细描述了PFV中的细胞类型及其分子特征，并揭示了Fz5突变小鼠和人类PFV之间的细胞类型和分子特征的相似性 | 研究样本仅包括Fz5突变小鼠和两个人类PFV样本，可能不足以全面代表所有PFV病例 | 旨在表征PFV的细胞组成和相关分子特征，并为深入理解该疾病奠定基础 | Fz5突变小鼠和人类PFV的细胞组成和分子特征 | 数字病理学 | 儿童失明 | 单细胞RNA测序（sc-RNAseq） | NA | 细胞 | Fz5突变小鼠和两个人类PFV样本 | NA | NA | NA | NA |
| 23530 | 2024-08-08 |
Increased retinoic acid signaling decreases lung metastasis in salivary adenoid cystic carcinoma by inhibiting the noncanonical Notch1 pathway
2023-03, Experimental & molecular medicine
DOI:10.1038/s12276-023-00957-7
PMID:36879115
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和外显子捕获测序，深入研究了唾液腺腺样囊性癌（SACC）肺转移的分子机制，并发现视黄酸信号通路的增强通过抑制非经典Notch1通路减少肺转移。 | 本文首次发现视黄酸（RA）作为内源性拮抗剂，通过纠正细胞分化错误，抑制SACC的肺转移。 | 研究仅基于两名无MYB-NFIB融合和NOTCH1突变的SACC患者样本，可能存在样本量不足的问题。 | 探索唾液腺腺样囊性癌肺转移的分子机制，并评估视黄酸信号通路在其中的作用。 | 唾液腺腺样囊性癌（SACC）患者的原发和转移组织。 | 数字病理学 | 唾液腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），外显子捕获测序 | NA | RNA | 两名SACC患者 | NA | NA | NA | NA |
| 23531 | 2024-08-08 |
Single-cell gene set enrichment analysis and transfer learning for functional annotation of scRNA-seq data
2023-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad024
PMID:36879897
|
研究论文 | 本文开发了两种新方法——单细胞基因集富集分析（scGSEA）和单细胞映射器（scMAP），用于自动化单细胞转录组数据的细胞功能注释 | scGSEA结合潜在数据表示和基因集富集分数以单细胞分辨率检测协调的基因活性；scMAP使用迁移学习技术将新细胞重新定位并情境化到参考细胞图谱中 | 大多数现有方法依赖于最初为批量RNA测序开发的技术，或仅利用从细胞聚类中识别的标记基因进行监督注释 | 克服现有细胞功能注释方法的局限性，自动化单细胞转录组数据的注释过程 | 单细胞转录组数据的细胞功能注释 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 迁移学习 | 单细胞转录组数据 | 使用模拟和真实数据集进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 23532 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA-seq analysis reveals dual sensing of HIV-1 in blood Axl+ dendritic cells
2023-Feb-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.106019
PMID:36866043
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研究论文 | 本研究揭示了HIV-1在血液Axl+树突状细胞中的双重感知机制 | 首次识别了血液AxlDC亚群的特殊能力来识别和复制HIV-1并启动不同的转录程序 | 没有明显的局限性信息 | 研究Axl+树突状细胞对HIV-1的抗病毒响应 | 主要研究人类原代血液树突状细胞的不同亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 主要针对多种血液树突状细胞亚群，具体样本数量未明 | NA | NA | NA | NA |
| 23533 | 2024-08-05 |
resVAE ensemble: Unsupervised identification of gene sets in multi-modal single-cell sequencing data using deep ensembles
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1091047
PMID:36875765
|
研究论文 | 提出了一种使用深度集成的无监督基因集识别方法。 | 使用自编码器的集成和随后的排名聚合提取共识特征，从而减少偏倚。 | 缺乏样本量和具体应用案例的实例验证。 | 旨在改进单细胞测序数据分析中的功能标识。 | 不同模态的单细胞测序数据。 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 集成自编码器 | 测序数据 | 使用了不同模态的数据集，具体样本数量未说明 | NA | NA | NA | NA |
| 23534 | 2024-08-05 |
The intestine: A highly dynamic microenvironment for IgA plasma cells
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1114348
PMID:36875083
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综述 | 本文章讨论了肠道上皮细胞与IgA浆细胞的空间相互作用及其对IgA浆细胞生成、归巢和寿命的潜在贡献 | 介绍了空间转录组学作为一种新技术，用于解决肠道IgA浆细胞生物学中的未解问题 | NA | 探讨肠道微环境对IgA浆细胞的影响及其生物学特性 | IgA浆细胞和肠道上皮细胞 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 23535 | 2024-08-08 |
Destin2: Integrative and cross-modality analysis of single-cell chromatin accessibility data
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1089936
PMID:36873935
|
研究论文 | 提出了一种名为Destin2的新型统计和计算方法，用于单细胞ATAC-seq数据的跨模态降维、聚类和轨迹重建 | Destin2通过整合来自峰可及性、基序偏差分数和伪基因活性的细胞水平表观基因组数据，学习共享流形，并进行聚类和/或轨迹推断 | NA | 开发一种跨模态分析方法，用于单细胞染色质可及性数据的整合和分析 | 单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | ATAC-seq | NA | 单细胞数据 | 实际scATAC-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 23536 | 2024-08-08 |
Precision immunointerception of EGFR-driven tumorigenesis for lung cancer prevention
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1036563
PMID:36875137
|
研究论文 | 本研究针对常见的EGFR突变，开发了一种多肽疫苗E Vax，并在小鼠模型中评估了其预防EGFR突变驱动的肺癌发生的效果 | 开发了一种针对EGFR L858R、T790M和Del19突变的多肽疫苗E Vax，并证明了其在小鼠模型中有效预防肺癌发生 | 研究结果主要基于小鼠模型，尚未在人体中进行验证 | 开发和评估针对EGFR突变的新型疫苗，以预防肺癌的发生 | EGFR突变驱动的肺癌 | 数字病理学 | 肺癌 | 流式细胞术和单细胞RNA测序 | NA | NA | 使用了同基因和遗传工程改造的EGFR突变驱动的小鼠肺癌模型 | NA | NA | NA | NA |
| 23537 | 2024-08-08 |
A novel autophagy-related long non-coding RNAs signature predicting progression-free interval and I-131 therapy benefits in papillary thyroid carcinoma
2023, Open medicine (Warsaw, Poland)
DOI:10.1515/med-2023-0660
PMID:36880066
|
研究论文 | 本研究旨在探讨自噬相关长非编码RNA在甲状腺乳头状癌中的预后和预测价值 | 构建了一个新的六长非编码RNA签名，用于预测甲状腺乳头状癌患者的无进展间隔和I-131治疗效益 | NA | 探索自噬相关长非编码RNA在甲状腺乳头状癌中的预后和预测价值 | 甲状腺乳头状癌患者的自噬相关基因和长非编码RNA表达数据 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 长非编码RNA分析 | NA | 基因表达数据 | 来自TCGA数据库的甲状腺乳头状癌患者数据 | NA | NA | NA | NA |
| 23538 | 2024-08-08 |
Defining Selective Neuronal Resilience and Identifying Targets of Neuroprotection and Axon Regeneration Using Single-Cell RNA Sequencing: Computational Approaches
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3012-9_2
PMID:36881293
|
研究论文 | 本文描述了一种计算工作流程，用于分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）的小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）在视神经压迫（ONC）后的表达谱 | 本文采用监督分类方法，通过迭代策略从损伤反应中解卷积类型特异性基因签名，以识别与恢复力相关的分子标志物 | NA | 旨在识别46种分子定义的RGC类型之间的生存动态差异及其相关分子特征 | 小鼠视网膜神经节细胞（RGCs）在视神经压迫后的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 监督分类方法 | 基因表达数据 | 六个时间点的RGCs scRNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 23539 | 2024-08-08 |
Defining Selective Neuronal Resilience and Identifying Targets for Neuroprotection and Axon Regeneration Using Single-Cell RNA Sequencing: Experimental Approaches
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3012-9_1
PMID:36881292
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术，研究了轴突损伤后不同神经元类型的生存和基因表达变化 | 利用单细胞RNA测序技术，系统地追踪轴突损伤后的神经元生存和基因表达变化 | NA | 识别区分具有恢复力和易感性的神经元群体的分子特征，揭示神经保护和轴突再生的潜在靶点 | 神经元类型在神经退行性疾病中的不同影响 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用小鼠视网膜作为实验样本 | NA | NA | NA | NA |
| 23540 | 2024-08-08 |
Effects of Dlx2 overexpression on the genes associated with the maxillary process in the early mouse embryo
2023, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2023.1085263
PMID:36891149
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研究论文 | 研究Dlx2过表达对小鼠早期胚胎上颌突相关基因的影响 | 通过bulk RNA-Seq、scRNA-Seq和CUT&Tag分析，全面揭示了Dlx2过表达对上颌突早期发育的转录调控效应 | NA | 阐明Dlx2在颅面发育中的转录调控作用 | 小鼠早期胚胎上颌突的发育 | 发育生物学 | NA | RNA-Seq, scRNA-Seq, CUT&Tag | NA | RNA | E10.5上颌突的小鼠胚胎 | NA | NA | NA | NA |