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当前共找到 34313 篇文献，本页显示第 2321 - 2340 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2321 | 2025-11-19 |
PseudotimeDE-fast: fast testing of differential gene expression along cell pseudotime
2025-Nov-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaf573
PMID:41117775
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为PseudotimeDE-fast的可扩展方法，用于在细胞伪时间轴上检测差异表达基因，并提供校准良好的P值 | 该方法解决了现有方法在伪时间推断中忽略不确定性导致无效P值或难以扩展至大规模数据集的问题，在计算效率上有显著提升 | 未在摘要中明确说明 | 开发一种快速且统计有效的差异基因表达检测方法，用于单细胞RNA测序数据中的动态生物过程分析 | 沿细胞伪时间轴的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2322 | 2025-11-19 |
Mitochondrial and Glucose Metabolic Patterns in Pre-Granulosa Cells and Oocytes and Their Dysfunctions Induce Impaired Primordial Follicle Formation in Mice
2025-Nov, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.70110
PMID:41251108
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了小鼠卵巢组织中前颗粒细胞和卵母细胞的线粒体与葡萄糖代谢模式及其在原始卵泡形成中的关键作用 | 首次在单细胞水平系统揭示原始卵泡形成过程中前颗粒细胞和卵母细胞的糖酵解和氧化磷酸化信号动态变化规律 | 研究仅限于小鼠模型，人类卵巢组织的适用性需要进一步验证 | 探究原始卵泡形成过程中能量代谢的供应与需求机制 | 小鼠卵巢组织中的前颗粒细胞和卵母细胞 | 单细胞组学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠卵巢组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2323 | 2025-11-19 |
Comprehensive Spatial Profiling of Species-agnostic Transcriptomes via Stereo-seq
2025-Oct-31, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/68619
PMID:41248068
|
研究论文 | 介绍了一种兼容FFPE组织的空间物种不可知转录组分析方法Stereo-seq | 采用随机引物空间条形码技术，可同时检测宿主和非宿主RNA，实现亚细胞分辨率 | 需要特别考虑环境和处理污染物对检测结果的影响 | 开发空间物种不可知转录组分析方法 | FFPE组织中的宿主和非宿主RNA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学，随机引物探针方法 | NA | 空间RNA数据 | NA | NA | 空间转录组学 | Stereo-seq | 0.22 µm随机捕获珠阵列，每0.5 µm重复，亚细胞分辨率 |
| 2324 | 2025-11-19 |
Microglia-neuron crosstalk through Hex-GM2-MGL2 maintains brain homeostasis
2025-Oct, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09477-y
PMID:40769205
|
研究论文 | 本研究揭示了小胶质细胞通过Hex-GM2-MGL2通路与神经元进行双向通讯的新机制 | 发现了小胶质细胞向神经元传递β-己糖胺酶以降解GM2神经节苷脂的未知相互作用模式 | NA | 探究小胶质细胞与神经元之间维持大脑稳态的分子机制 | 小鼠模型和神经退行性Sandhoff病患者 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 无偏脂质组学、高分辨率空间脂质成像、深度单细胞转录组分析 | 细胞类型特异性突变体 | 脂质组数据、转录组数据、空间成像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
| 2325 | 2025-11-19 |
CREBBP Mutation as a Culprit for Negative SSTR2 PET in Neuroendocrine Tumors
2025-Oct, Molecular imaging and biology
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s11307-025-02040-1
PMID:40779286
|
研究论文 | 本研究通过整合全外显子组测序和单细胞RNA测序，揭示了神经内分泌肿瘤中68Ga-DOTATATE PET成像阴性结果与CREBBP基因突变的关联 | 首次发现CREBBP突变与SSTR2表达降低相关，并证明其在神经内分泌肿瘤PET成像阴性中的关键作用 | 回顾性研究设计，样本量较小（18例患者），需要更大规模研究验证 | 阐明神经内分泌肿瘤中68Ga-DOTATATE PET成像阴性结果的分子遗传机制 | 肺、回肠或胰腺神经内分泌肿瘤患者 | 数字病理 | 神经内分泌肿瘤 | 全外显子组测序, 单细胞RNA测序, PET/CT成像 | NA | 基因组测序数据, 基因表达数据, 医学影像数据 | 18例神经内分泌肿瘤患者 | NA | 单细胞RNA测序, 全外显子组测序 | NA | NA |
| 2326 | 2025-11-19 |
Inferring the burst dynamics of coupled self-feedback gene expression circuits based on single-cell data
2025-Oct, Physical review. E
DOI:10.1103/4nt8-xgs6
PMID:41250383
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研究论文 | 基于单细胞数据推断耦合自反馈基因表达回路的爆发动态 | 首次在单细胞测序数据中研究自反馈爆发动态，提出耦合正负反馈基因表达回路的随机爆发模型 | 仅使用小鼠成纤维细胞数据，尚未在其他细胞类型或物种中验证 | 研究基因表达中自反馈调控对爆发动态的影响 | 小鼠成纤维细胞 | 计算生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机爆发模型 | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2327 | 2025-11-19 |
Tumor microenvironment delineates differential responders to trastuzumab emtansine in HER2-positive metastatic breast cancer patients previously treated with pyrotinib: an exploratory biomarker analysis of a phase II study (NJMU-BC02)
2025-Sep-29, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02409-2
PMID:41016944
|
研究论文 | 探索T-DM1在既往接受吡咯替尼治疗的HER2阳性转移性乳腺癌患者中的疗效及肿瘤微环境生物标志物 | 首次通过单细胞RNA测序揭示癌细胞低细胞周期活性、活化巨噬细胞和CD8+ T细胞与T-DM1良好疗效相关 | 样本量较小（36例），为探索性生物标志物分析 | 评估T-DM1在既往接受吡咯替尼和/或曲妥珠单抗+帕妥珠单抗治疗失败的HER2阳性转移性乳腺癌患者中的疗效和安全性 | HER2阳性转移性乳腺癌患者 | 单细胞测序分析 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 36例HER2阳性转移性乳腺癌患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2328 | 2025-11-19 |
How Single-Cell Transcriptomics of Hydractinia Is Informing the Evolution of Cnidarian Sensory Systems
2025-Sep-26, Integrative and comparative biology
IF:2.2Q1
DOI:10.1093/icb/icaf090
PMID:40504553
|
研究论文 | 本文利用单细胞转录组学技术构建了水螅虫成年群体的细胞图谱，探索其细胞生物学和细胞类型表达谱 | 构建了更新的水螅虫单细胞转录组图谱，首次全面探索其感觉细胞类型（包括刺细胞和神经元）及其基因表达的进化 | NA | 深入了解水螅虫的细胞生物学、细胞分化遗传调控以及感觉系统的进化 | 水螅虫（Hydractinia symbiolongicarpus 和 H. echinata）的成年群体 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序，CRISPR/Cas9基因敲除，shRNA敲低，合成RNA过表达 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2329 | 2025-11-19 |
Distinct roles for NF-κB in hematopoietic stem cells and the bone marrow milieu in promoting hematopoietic aging
2025-Sep-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2025.116193
PMID:40875292
|
研究论文 | 本研究通过实验模型解析NF-κB在造血衰老中的不同作用机制 | 首次揭示NF-κB在造血干细胞自主功能和骨髓微环境中分别调控造血衰老不同表型的独立机制 | 研究基于特定基因缺陷模型，可能无法完全反映自然衰老过程 | 阐明炎症信号通路NF-κB在造血衰老过程中的具体作用机制 | 造血干细胞和骨髓微环境 | 单细胞生物学 | 造血系统衰老 | 单细胞RNA测序 | IκB缺陷小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型及人类HSC数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2330 | 2025-11-19 |
Hypertension-Induced Neurovascular and Cognitive Dysfunction at Single-Cell Resolution
2025-Sep-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.14.648770
PMID:41000655
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究高血压诱导的神经血管和认知功能障碍的分子机制 | 首次在单细胞分辨率下揭示高血压早期（3天）就出现内皮细胞、少突胶质细胞和中间神经元的分子变化，远早于认知障碍显现 | 研究仅使用小鼠模型，需要在人类样本中验证；机制研究仍需进一步深入 | 探索高血压影响脑细胞的分子机制及其与认知功能障碍的关系 | 高血压小鼠模型的新皮层细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 高血压小鼠模型在不同时间点（3天和42天）的新皮层样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2331 | 2025-11-19 |
Development of an electroconductive Heart-on-a-chip model to investigate cellular and molecular response of human cardiac tissue to gold nanomaterials
2025-Sep, Biomaterials
IF:12.8Q1
|
研究论文 | 开发了一种导电性心脏芯片模型，用于研究人类心脏组织对金纳米材料的细胞和分子响应 | 首次将导电性水凝胶支架与微流控芯片系统结合，构建具有改善电生理特性的3D心脏芯片模型 | 模型仍需进一步验证其在长期培养和疾病建模中的稳定性 | 开发更仿生的体外心脏组织模型以研究心脏发育和药物反应 | 人类诱导多能干细胞来源的心肌细胞和心脏成纤维细胞 | 组织工程 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 心脏芯片模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2332 | 2025-11-19 |
The current landscape and emerging challenges of benchmarking single-cell methods
2025-Aug-31, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf380
PMID:41045508
|
综述 | 本文系统评估了单细胞测序计算方法基准测试的研究现状与新兴挑战 | 提供了最全面的单细胞基准测试研究量化总结，涵盖282篇论文的系统分析 | 基于文献综述，缺乏原始实验数据验证 | 评估单细胞计算方法基准测试领域现状并识别关键挑战 | 单细胞测序计算方法基准测试研究 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | 282篇研究论文（130篇纯基准测试论文+152篇方法开发论文） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2333 | 2025-11-19 |
Chronic Alcohol Consumption Enhances the Differentiation Capacity of Hematopoietic Stem and Progenitor Cells into Osteoclast Precursors
2025-Jul-17, The American journal of pathology
DOI:10.1016/j.ajpath.2025.06.010
PMID:40683559
|
研究论文 | 本研究通过恒河猴模型揭示慢性酒精摄入增强造血干细胞和祖细胞向破骨细胞前体分化的能力 | 首次在灵长类动物模型中系统揭示慢性酒精摄入通过改变HSPCs的转录组和表观基因组增强其向破骨细胞分化的分子机制 | 研究仅限于恒河猴模型，尚未在人类中验证 | 探究慢性酒精摄入如何影响造血干细胞和祖细胞向破骨细胞的分化过程 | 恒河猴模型的造血干细胞和祖细胞及其分化的单核细胞/巨噬细胞 | 单细胞组学 | 骨质疏松症 | 单细胞RNA测序,光谱流式细胞术,集落形成单位检测 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 恒河猴模型样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2334 | 2025-11-19 |
A multi-omics resource of B cell activation reveals genetic mechanisms for immune-mediated diseases
2025-Jun-14, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.05.22.25328104
PMID:40475139
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研究论文 | 本研究构建了一个B细胞激活的多组学资源，揭示了免疫介导疾病的遗传机制 | 首次系统表征了26名健康女性供体B细胞在六种不同激活条件下的多组学响应，揭示了刺激特异性开放染色质区域与免疫疾病遗传风险的关联 | 样本仅来自健康女性供体，未包括男性或患者样本，且样本量相对有限 | 阐明B细胞激活状态在免疫介导疾病中的遗传机制 | 来自26名健康女性供体的B细胞 | 基因组学 | 自身免疫疾病 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, CITE-seq | NA | 基因组数据, 转录组数据, 表观基因组数据 | 26名健康女性供体 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 表观基因组学 | NA | CITE-seq（单细胞RNA-seq与表面蛋白标记联合检测） |
| 2335 | 2025-11-19 |
Peptide Driven Identification of TCRs (PDI-TCR) reveals dynamics and phenotypes of CD4 T cells in tuberculosis
2025-May-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.06.652535
PMID:40654739
|
研究论文 | 本研究开发了一种名为PDI-TCR的新方法，用于识别抗原特异性T细胞受体，并应用于结核病患者分析CD4 T细胞的动态变化和表型特征 | 开发了PDI-TCR检测方法，能够通过比较非重叠肽池反应来区分真正的抗原特异性TCR克隆型与非特异性旁观者激活相关的TCR | NA | 开发识别抗原特异性TCR的方法并研究结核病中T细胞的动态变化 | 结核病患者和结核分枝杆菌致敏健康个体的CD4 T细胞 | 免疫学 | 结核病 | 肽驱动TCR识别、单细胞RNA测序、TCR测序 | NA | 序列数据、基因表达数据 | 结核病患者和IGRA+健康个体 | NA | 单细胞RNA测序、bulk TCR测序 | NA | NA |
| 2336 | 2025-11-19 |
Distinct causes of three phenotypic hallmarks of hematopoietic aging
2025-Jan-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.01.14.632900
PMID:39868295
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研究论文 | 本研究通过实验模型解析NFkappaB活性在造血衰老表型中的作用机制 | 建立了NFkappaB活性升高实验模型，首次揭示造血衰老三大表型由不同调控机制驱动 | 实验模型可能无法完全模拟自然衰老过程 | 解析造血衰老表型的分子机制 | 造血干细胞(HSC)和骨髓微环境 | 单细胞组学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序,表观基因组学,转录组学 | IkappaBminus实验模型 | 单细胞RNA测序数据,表观基因组数据,转录组数据 | 老年小鼠和人类HSC数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2337 | 2025-11-19 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Adventitial Fibroblast Alterations during Mouse Atherosclerosis
2025-Jan-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.05.616802
PMID:39868275
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示小鼠动脉粥样硬化过程中外膜成纤维细胞的动态变化 | 首次在动脉粥样硬化发生过程中对外膜细胞进行单细胞RNA测序分析，并发现SERPINH1基因在成纤维细胞功能中的关键作用 | 研究仅使用雄性Ldlr -/-小鼠模型，样本量较小（每组两个样本，每个样本由三只小鼠混合） | 探究外膜细胞在动脉粥样硬化中的作用机制 | 小鼠主动脉外膜细胞和人类外膜成纤维细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 雄性Ldlr -/-小鼠，每组两个样本（每个样本由三只小鼠混合） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2338 | 2025-11-19 |
<italic>PDIA5</italic> and <italic>ARFIP1</italic> as Immunogenetic Biomarkers and Therapeutic Targets in Pancreatic Neuroendocrine Neoplasms: A Multi-Omics Study Integrating MR, Gene Expression Microarray, and Single-Cell Transcriptomics
2025, Neuroendocrinology
IF:3.2Q2
DOI:10.1159/000548070
PMID:41129479
|
研究论文 | 通过多组学方法鉴定PDIA5和ARFIP1作为胰腺神经内分泌肿瘤的免疫遗传生物标志物和治疗靶点 | 整合孟德尔随机化、基因表达微阵列和单细胞转录组学数据，首次系统鉴定PDIA5和ARFIP1在胰腺神经内分泌肿瘤中的生物标志物价值 | 需要进一步验证和临床探索 | 识别胰腺神经内分泌肿瘤的可操作分子靶点和生物标志物 | 胰腺神经内分泌肿瘤（PanNENs） | 生物信息学 | 胰腺神经内分泌肿瘤 | 孟德尔随机化,基因表达微阵列,单细胞RNA测序,免疫组织化学 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA）,CIBERSORT | 蛋白质组数据,基因表达数据,单细胞转录组数据 | 多个公共数据集（GSE73338、GSE43795、GSE256136、TCGA、GTEx） | NA | 单细胞RNA-seq,基因表达微阵列 | NA | NA |
| 2339 | 2025-11-19 |
ELLA: Modeling Subcellular Spatial Variation of Gene Expression within Cells in High-Resolution Spatial Transcriptomics
2024-Sep-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.09.23.614515
PMID:39386706
|
研究论文 | 提出一种名为ELLA的计算方法，用于建模高分辨率空间转录组学中亚细胞水平的基因表达空间变异 | 创建统一细胞坐标系锚定不同细胞形态，利用非均匀泊松过程建模空间计数数据，采用表达梯度函数表征亚细胞表达模式 | NA | 开发计算工具分析高分辨率空间转录组数据中的亚细胞基因表达定位 | mRNA的亚细胞定位模式 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | 非均匀泊松过程 | 空间基因表达数据 | 四个不同技术的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2340 | 2025-11-19 |
Mapping single-cell developmental potential in health and disease with interpretable deep learning
2024-Mar-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.19.585637
PMID:38562882
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研究论文 | 开发了可解释的深度学习框架CytoTRACE 2，用于从单细胞RNA测序数据中表征细胞发育潜能和分化状态 | 首次在绝对尺度上量化细胞潜能，在31个数据集上优于现有方法，能够重建胚胎发育时间层次并发现与癌症预后相关的细胞表型 | 仅基于scRNA-seq数据，未整合其他组学数据验证 | 表征单细胞发育潜能和分化状态 | 人类和小鼠单细胞 | 机器学习 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 深度学习 | 单细胞RNA测序数据 | 31个人类和小鼠scRNA-seq数据集，涵盖28种组织类型，62个时间点 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |