单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2321	2025-03-15	The High Expression of PD-1 Defines A Subpopulation of Tfh Cells Responding to COVID-19 Vaccine in Humans 2025-Mar-13, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf019 PMID:40080696	研究论文	本文研究了COVID-19疫苗在人体中诱导的Tfh细胞亚群，特别是高表达PD-1的Tfh细胞在增强体液免疫反应中的作用	发现了一组高表达PD-1的经典Tfh细胞，这些细胞在加强疫苗接种后被显著激活，并且其比例与抗体滴度水平相关	研究主要关注Tfh细胞，未涉及其他免疫细胞类型在疫苗反应中的作用	研究COVID-19疫苗诱导的Tfh细胞反应，特别是高表达PD-1的Tfh细胞在体液免疫中的作用	COVID-19疫苗接种后的Tfh细胞	免疫学	COVID-19	单细胞测序和流式细胞术	NA	单细胞数据	未明确说明样本数量
2322	2025-03-15	Cutaneous Granulomas: Mechanisms, Cellular Interactions, and Therapeutic Insights 2025-Mar-13, The British journal of dermatology DOI:10.1093/bjd/ljaf096 PMID:40080709	综述	本文综述了皮肤肉芽肿的形成机制、细胞相互作用及其治疗前景	本文通过整合最新研究成果，特别是单细胞RNA测序技术揭示的细胞异质性和分子途径，提供了对肉芽肿形成机制的新见解	尽管有这些进展，肉芽肿形成的精确过程及其功能意义仍不明确	探讨肉芽肿的形成机制及其在疾病中的作用，为开发新的治疗策略提供依据	皮肤肉芽肿	分子生物学	肉芽肿性疾病	单细胞RNA测序	NA	NA	NA
2323	2025-03-15	Deciphering the Premetastatic Lymphatic Niche of Oral Squamous Cell Carcinoma 2025-Mar-13, Journal of dental research IF:5.7Q1 DOI:10.1177/00220345241307894 PMID:40082761	研究论文	本研究通过建立小鼠模型和单细胞RNA测序，揭示了口腔鳞状细胞癌（OSCC）淋巴结转移前微环境中的细胞结构，特别是CD4+ Tex-pre细胞的作用	首次详细描述了OSCC淋巴结转移前微环境中的细胞结构，并发现了一种新的CD4+ T细胞亚群（CD4+ Tex-pre细胞）在转移前微环境中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和单细胞RNA测序数据，需要进一步在人类患者中进行验证	探索口腔鳞状细胞癌淋巴结转移前微环境的细胞结构及其在转移中的作用	口腔鳞状细胞癌（OSCC）患者和小鼠模型的淋巴结	数字病理	口腔鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	小鼠模型	RNA测序数据	OSCC患者的淋巴结样本和小鼠模型
2324	2025-03-15	A high-resolution view of the immune and stromal cell response to Haemophilus ducreyi infection in human volunteers 2025-Mar-12, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mbio.03885-24 PMID:39882906	研究论文	本文利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学技术，研究了人类志愿者皮肤对杜克雷嗜血杆菌感染的免疫和基质细胞反应	首次在单细胞水平上定义了人类皮肤对细胞外细菌病原体感染的免疫浸润的高分辨率视图，并确定了在未能自发清除感染并形成脓疱的志愿者中存在的细胞类型	样本量较小，仅涉及五名志愿者，且空间转录组学数据仅来自其中四名	研究杜克雷嗜血杆菌感染人类皮肤后的免疫和基质细胞反应	人类志愿者皮肤	免疫学	皮肤感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、空间转录组学	NA	RNA测序数据	五名志愿者的皮肤活检样本
2325	2025-03-15	Single-cell eQTL mapping in yeast reveals a tradeoff between growth and reproduction 2025-Mar-12, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.95566 PMID:40073070	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术在酵母中绘制了表达数量性状位点（eQTLs），揭示了生长与繁殖之间的权衡	开发了一种一锅法来通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）绘制eQTLs，并应用于三个杂交的超过100,000个单细胞，揭示了eQTL效应与细胞周期阶段之间的相互作用	研究仅限于酵母，可能不直接适用于其他生物体	研究基因变异对基因表达和下游性状的影响	酵母单细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	超过100,000个单细胞
2326	2025-03-15	A dataset of single-cell transcriptomic atlas of Bama pig and potential marker genes across seven tissues 2025-Mar-12, BMC genomic data IF:1.9Q3 DOI:10.1186/s12863-025-01308-3 PMID:40075302	研究论文	本研究利用单细胞和单核测序技术，对巴马猪的多种解剖组织和器官进行了单细胞转录组学研究，识别了独特的标记基因及其转录组特征	首次在巴马猪中应用单细胞和单核测序技术，全面分类了不同解剖组织和器官的细胞类型，并识别了潜在的标记基因	研究仅限于巴马猪的特定组织和器官，未涵盖所有可能的细胞类型和组织	通过单细胞转录组学研究，识别和预测巴马猪不同组织和器官中的潜在标记基因	巴马猪的皮下脂肪、内脏脂肪、腰大肌、肝脏、脾脏、肺和肾脏	单细胞转录组学	NA	单细胞测序、单核测序	NA	单细胞转录组数据	巴马猪的七种组织和器官
2327	2025-03-15	Integrated computational analysis identifies therapeutic targets with dual action in cancer cells and T cells 2025-Mar-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.007 PMID:40023158	研究论文	本文介绍了一种计算目标发现平台ICRAFT，用于识别既能抑制肿瘤进展又能增强抗肿瘤免疫的靶点	开发了ICRAFT平台，整合了免疫相关CRISPR筛选数据集、单细胞RNA测序数据和临床试验数据，用于系统级治疗靶点发现	未明确说明样本量及具体临床试验的局限性	识别既能增强癌细胞对免疫攻击的敏感性又能激活T细胞的治疗靶点	癌细胞和T细胞	生物信息学	癌症	CRISPR筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RNA测序（RNA-seq）	NA	基因组数据、RNA测序数据	NA
2328	2025-03-15	Splenic TNF-α signaling potentiates the innate-to-adaptive transition of antiviral NK cells 2025-Mar-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2025.02.012 PMID:40023159	研究论文	本文研究了自然杀伤（NK）细胞在巨细胞病毒感染期间的激活过程，揭示了脾脏中TNF-α信号在NK细胞从先天免疫向适应性免疫转变中的关键作用	发现了脾脏中TNF-α信号通过两种不同的NF-κB信号通路调控NK细胞的先天效应和适应性分化，揭示了NK细胞在病毒感染期间从先天免疫向适应性免疫转变的机制	研究主要聚焦于脾脏中的NK细胞，未涉及其他组织中的NK细胞反应	探讨NK细胞在病毒感染期间的激活机制及其从先天免疫向适应性免疫的转变	自然杀伤（NK）细胞	免疫学	病毒感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及样本数量
2329	2025-03-15	PLOD3 as a novel oncogene in prognostic and immune infiltration risk model based on multi-machine learning in cervical cancer 2025-Mar-11, Discover oncology IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12672-025-02031-2 PMID:40067513	研究论文	本研究基于多机器学习方法，开发了一种基于代谢相关基因的宫颈癌预后和免疫浸润风险模型，并发现PLOD3作为新的致癌基因	首次将多机器学习算法应用于宫颈癌的预后模型，结合代谢相关基因，发现PLOD3作为新的致癌基因，并揭示了其在肿瘤增殖中的作用	研究依赖于多数据库的整合数据，可能存在数据异质性问题，且模型的外部验证尚未进行	提高宫颈癌的预后准确性和治疗策略	宫颈癌患者及其代谢相关基因	机器学习	宫颈癌	基因组学、转录组学、空间转录组学、单细胞分析	随机生存森林、监督主成分分析	基因组数据、转录组数据、空间数据	112个关键代谢基因，337个关键基因
2330	2025-03-15	Infusing structural assumptions into dimensionality reduction for single-cell RNA sequencing data to identify small gene sets 2025-Mar-11, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07872-9 PMID:40069486	研究论文	本文提出了一种结合无监督深度学习和增强方法的提升自编码器（BAE）方法，用于单细胞RNA测序数据的降维，以识别小基因集	提出了提升自编码器（BAE）方法，结合无监督深度学习和增强方法，能够在降维过程中融入生物学合理的假设	未明确提及具体局限性	探索单细胞RNA测序数据中的细胞异质性，识别小基因集	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	自编码器（Autoencoder）	基因表达数据	未明确提及样本数量
2331	2025-03-15	PTN activity in quiescent neural stem cells mediates Shank3 overexpression-induced manic behavior 2025-Mar-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57699-5 PMID:40069581	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了Shank3过表达导致的躁狂小鼠模型中静息神经干细胞（qNSC）数量增加引起的异常成体神经发生，并发现由失调的qNSCs释放的过多多效生长因子（PTN）是导致Shank3过表达小鼠模型中躁狂样表型的关键因素	首次发现PTN在qNSCs中的活性调控对躁狂样行为的影响，并提出PTN作为躁狂发展的潜在治疗靶点	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探讨躁狂发病机制中的分子靶点	Shank3过表达的小鼠模型	神经科学	精神疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	小鼠模型	RNA测序数据	NA
2332	2025-03-15	mpECs with high Piezo2 expression promote fracture healing by driving angiogenesis through the Notch signaling pathway 2025-Mar-11, BMC musculoskeletal disorders IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12891-025-08476-4 PMID:40069682	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了不同内皮细胞亚群在骨折愈合中的作用，发现高表达Piezo2的mpECs通过Notch信号通路促进血管生成，从而加速骨折愈合	首次揭示了Piezo2通过Notch信号通路调控内皮细胞表型，进而促进血管生成和骨折愈合的机制	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探讨不同内皮细胞亚群在骨折愈合中的作用及其分子机制	人脐静脉内皮细胞（HUVECs）	生物医学	骨折	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、shRNA转染、细胞计数试剂盒-8（CCK-8）检测、流式细胞术	NA	RNA测序数据、细胞实验数据	NA
2333	2025-03-15	Single-cell analysis identifies MKI67+ microglia as drivers of neovascularization in proliferative diabetic retinopathy 2025-Mar-11, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06320-w PMID:40069725	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别并表征了与乳酸代谢相关的细胞类型，揭示了MKI67+小胶质细胞在糖尿病视网膜病变中的新血管生成作用	首次识别出一种新型小胶质细胞亚群MKI67+小胶质细胞，该细胞群在乳酸代谢和增殖相关基因表达上显著上调，并通过SPP1-ITGA4信号通路与内皮细胞相互作用促进血管生成	研究主要基于体外实验和小鼠模型，尚未在人体中进行验证，且高糖条件模拟的微环境可能与实际病理环境存在差异	探讨乳酸代谢在糖尿病视网膜病变中的具体作用机制，特别是其对病理性新血管生成的影响	糖尿病视网膜病变患者和小鼠模型	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	氧诱导视网膜病变（OIR）小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
2334	2025-03-15	AnomalGRN: deciphering single-cell gene regulation network with graph anomaly detection 2025-Mar-11, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-025-02177-z PMID:40069807	研究论文	本文介绍了AnomalGRN模型，通过图异常检测技术解析单细胞基因调控网络	首次将异常检测技术应用于基因调控网络分析，通过余弦度量规则区分节点间的同质性和异质性，并采用图结构稀疏化技术减少噪声数据的影响	未提及具体的数据集或实验结果的局限性	解析单细胞基因调控网络中的复杂调控机制	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	scRNA-seq	AnomalGRN	基因表达数据	NA
2335	2025-03-15	Young fibroblast-derived migrasomes alleviate keratinocyte senescence and enhance wound healing in aged skin 2025-Mar-11, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-025-03293-2 PMID:40069826	研究论文	本文探讨了细胞衰老与迁移体形成之间的关系，并研究了年轻成纤维细胞来源的迁移体对衰老角质形成细胞及老年皮肤伤口愈合的影响	首次揭示了细胞衰老与迁移体形成之间的关系，并发现年轻成纤维细胞来源的迁移体能够减轻角质形成细胞的衰老并促进老年皮肤的伤口愈合	研究主要基于小鼠模型和体外实验，尚未在人体中进行验证	探索细胞衰老与迁移体形成的关系，并研究年轻成纤维细胞来源的迁移体对老年皮肤伤口愈合的影响	成纤维细胞、角质形成细胞、老年皮肤	细胞生物学	皮肤老化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、多重免疫组化（mIHC）、透射电子显微镜（TEM）、扫描电子显微镜（SEM）	NA	RNA测序数据、显微镜图像	小鼠皮肤样本、HaCaT细胞
2336	2025-03-15	Single-cell transcriptomics analysis reveals that the tumor-infiltrating B cells determine the indolent fate of papillary thyroid carcinoma 2025-Mar-11, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-025-03341-7 PMID:40069827	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析揭示了肿瘤浸润B细胞在决定乳头状甲状腺癌（PTC）惰性命运中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术系统分析了早期PTC肿瘤中的细胞差异，并发现肿瘤浸润B细胞特别是生发中心B细胞在惰性PTC中的重要作用	样本量相对较小，仅分析了10个早期PTC肿瘤，验证集也仅有25个肿瘤	识别惰性和进展性PTC之间的差异，寻找新的生物标志物和治疗策略靶点	早期乳头状甲状腺癌（PTC）肿瘤	数字病理	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），细胞共培养，迁移实验，免疫荧光染色，流式细胞术，TCGA数据分析	NA	单细胞RNA测序数据，TCGA数据	10个早期PTC肿瘤（初步分析），25个肿瘤（验证集）
2337	2025-03-15	Single-cell transcriptomics reveals the cellular dynamics of hexafluoropropylene oxide dimer acid in exerting mouse male reproductive toxicity 2025-Mar-11, Journal of animal science and biotechnology IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s40104-025-01177-x PMID:40069855	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了六氟环氧丙烷二聚酸（GenX）对小鼠雄性生殖系统的毒性作用及其潜在的细胞和分子调控机制	首次系统地描述了GenX暴露对小鼠睾丸的细胞动态和转录组变化的影响，提供了理解其生殖毒性的宝贵资源	研究仅限于小鼠模型，未涉及人类或其他哺乳动物的数据	探索GenX暴露引起的雄性生殖毒性及其背后的细胞和分子调控机制	正常发育的小鼠	生物信息学	生殖系统疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
2338	2025-03-15	Enhanced mitochondrial function and delivery from adipose-derived stem cell spheres via the EZH2-H3K27me3-PPARγ pathway for advanced therapy 2025-Mar-11, Stem cell research & therapy IF:7.1Q1 DOI:10.1186/s13287-025-04164-1 PMID:40069892	研究论文	本研究探讨了通过EZH2-H3K27me3-PPARγ途径增强脂肪来源干细胞（ASCs）球体的线粒体功能和递送效率，以用于高级治疗	揭示了ASCs球体形成通过EZH2-H3K27me3-PPARγ途径增强线粒体功能和递送效率的机制，为再生医学提供了新的治疗策略	研究主要基于体外实验，未涉及体内实验验证	阐明ASCs球体形成如何增强线粒体功能、递送和救援效率	人类脂肪来源干细胞（ASCs）	再生医学	NA	单细胞RNA测序、Ingenuity Pathway Analysis (IPA)、分子技术、MitoTracker染色、Seahorse XF分析、ATP发光测定	NA	基因表达数据、蛋白质数据	NA
2339	2025-03-15	PbImpute: Precise Zero Discrimination and Balanced Imputation in Single-Cell RNA Sequencing Data 2025-Mar-10, Journal of chemical information and modeling IF:5.6Q1 DOI:10.1021/acs.jcim.4c02125 PMID:39957720	研究论文	本文提出了一种名为PbImpute的精确平衡插补方法，用于解决单细胞RNA测序数据中的零计数问题	PbImpute方法通过结合零膨胀负二项分布模型和静态与动态修复机制，实现了技术性丢失与生物性零值的精确区分与平衡插补	NA	提高单细胞RNA测序数据插补的准确性，以改善细胞亚群的识别和差异表达基因的检测	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	零膨胀负二项分布模型, 图嵌入神经网络	单细胞RNA测序数据	模拟和真实的单细胞RNA测序数据集
2340	2025-03-15	Integrative bioinformatics analysis reveals mitochondrial-Immune crosstalk in depression and stroke: a multi-omics mechanistic exploration 2025-Mar-08, Progress in neuro-psychopharmacology & biological psychiatry IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.pnpbp.2025.111308 PMID:40058518	研究论文	本研究通过生物信息学分析揭示了线粒体代谢与免疫相关炎症在抑郁症和中风中的复杂相互作用	首次整合多组学数据，揭示了线粒体代谢与免疫微环境在抑郁症和中风中的相互作用，并识别了十个关键基因和潜在药物靶点	研究主要依赖于生物信息学分析，需要进一步的实验验证	阐明线粒体代谢和免疫微环境在抑郁症和中风发病机制中的具体作用及其相互作用	抑郁症和中风患者	生物信息学	抑郁症, 中风	基因表达谱分析, 单细胞RNA测序, 蛋白质-蛋白质相互作用网络分析	NA	基因表达数据, 单细胞RNA测序数据	抑郁症和中风数据集中的基因表达数据