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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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2321 | 2025-10-06 |
VEGFA and APOE regulate distinct functional states of mast cells in hepatocellular carcinoma: A single-cell transcriptome analysis
2025-Sep, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.146131
PMID:40683486
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析揭示肝细胞癌中肥大细胞的功能异质性及其对预后的影响 | 首次在肝细胞癌中鉴定出四种功能不同的肿瘤相关肥大细胞亚群,并发现VEGFA和APOE分别调控其促癌和抑癌功能状态 | 样本量相对有限,需要更大规模的研究验证发现 | 研究肝细胞癌中肥大细胞的异质性及其在肿瘤发展中的双重作用 | 肝细胞癌患者肿瘤组织和癌旁组织 | 单细胞转录组学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫组化,细胞功能实验 | NA | 单细胞转录组数据,免疫组化数据,公共数据库数据 | 32例HCC患者肿瘤组织,5例癌旁组织,90对验证用肿瘤和癌旁组织 | NA | 单细胞RNA测序,多重免疫组化 | NA | NA |
2322 | 2025-10-06 |
Potential function exploration of lncRNAs in idiopathic pulmonary fibrosis: insights from whole transcriptome sequencing data analysis
2025-Aug-08, Clinics (Sao Paulo, Brazil)
DOI:10.1016/j.clinsp.2025.100732
PMID:40782499
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研究论文 | 通过全转录组测序数据分析探索长链非编码RNA在特发性肺纤维化中的潜在功能 | 首次系统识别IPF中差异表达lncRNAs并构建共表达网络,发现与炎症反应通路相关的关键lncRNAs | 样本量较小(12例患者和5例对照),需更大规模研究验证 | 探索lncRNAs在特发性肺纤维化发病机制中的功能作用 | 特发性肺纤维化患者和健康对照的RNA测序数据 | 生物信息学 | 特发性肺纤维化 | RNA-seq, scRNA-seq, WGCNA | 共表达网络分析 | RNA测序数据 | 12例IPF患者和5例对照 | NA | 全转录组测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2323 | 2025-10-06 |
Deciphering the role of CAPZA2 in neurodevelopmental disorders: insights from mouse models
2025-Jul-15, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-025-08385-1
PMID:40659881
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研究论文 | 通过小鼠模型研究CAPZA2基因在神经发育障碍中的作用机制 | 首次系统揭示CAPZA2基因缺陷导致神经发育障碍的分子机制和表型特征 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类临床样本中验证 | 探究CAPZA2基因在神经发育障碍中的致病机制 | CAPZA2杂合敲除和点突变小鼠模型 | 神经科学 | 神经发育障碍 | 单细胞RNA测序,行为学分析,形态学分析 | 基因编辑小鼠模型 | 基因表达数据,行为数据,形态学数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2324 | 2025-10-06 |
AI-based phenotyping of hepatic fiber morphology to inform molecular alterations in metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease
2025-Apr-22, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001360
PMID:40262132
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研究论文 | 本研究利用人工智能技术对代谢功能障碍相关脂肪性肝病中的肝纤维形态进行表型分析,并探索其与分子改变的关系 | 开发了基于AI的FibroNest算法量化肝纤维形态表型,首次将纤维形态表型与空间单细胞转录组分析相结合揭示MASLD发病机制 | 样本量相对有限(94例活检样本),其中仅13%伴有HCC,需要更大样本验证 | 全面表征MASLD中肝纤维形态表型及其相关分子改变 | 94例MASLD患者的肝活检样本,其中12例并发肝细胞癌 | 数字病理学 | 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | 全基因组转录组学,空间单细胞转录组,体外实验 | AI算法(FibroNest) | 组织图像,转录组数据,空间转录组数据 | 94例MASLD肝活检样本 | Nanostring | 空间单细胞转录组 | CosMx | CosMx空间分子成像平台 |
2325 | 2025-10-06 |
Single-Cell Analyses Reveal a Functionally Heterogeneous Exhausted CD8+ T-cell Subpopulation That Is Correlated with Response to Checkpoint Therapy in Melanoma
2025-Apr-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-3918
PMID:40042995
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研究论文 | 通过单细胞分析发现与黑色素瘤检查点治疗反应相关的功能异质性耗竭CD8+ T细胞亚群 | 识别出PD-1和CTLA4共表达(CPHi)的CD8+ TIL亚群与治疗反应相关,并揭示该亚群的功能异质性 | 研究主要关注晚期黑色素瘤患者,结果在其他癌症类型中的普适性需要进一步验证 | 寻找能够预测免疫检查点抑制剂治疗反应的生物标志物 | 晚期黑色素瘤患者的CD8+肿瘤浸润淋巴细胞 | 免疫肿瘤学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 晚期黑色素瘤患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
2326 | 2025-10-06 |
HMGA2 Expression Predicts Subtype, Survival, and Treatment Outcome in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2025-Feb-17, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-2200
PMID:39680021
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研究论文 | 本研究确立HMGA2作为胰腺导管腺癌基底样疾病的标志物,并探索其作为预后和治疗抵抗生物标志物的应用价值 | 首次发现HMGA2蛋白表达能预测胰腺癌基底样亚型、患者生存和治疗反应,优于传统标志物细胞角蛋白5/17 | 样本量相对有限,需要更多独立队列验证 | 建立HMGA2作为胰腺导管腺癌生物标志物,用于疾病分型、预后预测和治疗反应评估 | 胰腺导管腺癌患者组织样本 | 数字病理 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫组化 | NA | 基因表达数据,蛋白质表达数据,临床数据 | 主要队列580例PDAC样本,补充30例样本,多个独立单细胞RNA-seq数据库 | NA | 单细胞RNA-seq,多重免疫组化 | NA | NA |
2327 | 2025-10-06 |
Identification of the key targets for sepsis-associated acute kidney injury by RNA sequencing combined with bioinformatics methods
2024-11-30, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-024-00673-5
PMID:39616313
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研究论文 | 通过RNA测序结合生物信息学方法识别脓毒症相关急性肾损伤的关键靶点基因 | 首次将脓毒症差异表达基因与肾脏特异性基因进行交集分析,鉴定出CD74和IL32作为脓毒症相关肾损伤的新型生物标志物 | 样本量较小(10例健康对照和22例脓毒症患者),需要更大规模研究验证 | 探索脓毒症患者并发肾损伤的相关基因,为早期识别和预后研究提供可靠靶点 | 脓毒症患者和健康个体的外周血样本 | 生物信息学 | 脓毒症相关急性肾损伤 | RNA测序, 生物信息学分析, 单细胞RNA测序 | 差异表达分析, GO分析, KEGG分析, 生存分析, ROC分析 | RNA测序数据 | 32例样本(10例健康对照,22例脓毒症患者) | NA | RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2328 | 2025-10-06 |
From bioinformatics to clinical applications: a novel prognostic model of cuproptosis-related genes based on single-cell RNA sequencing data in hepatocellular carcinoma
2024-09-09, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-024-00649-5
PMID:39251909
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研究论文 | 基于单细胞RNA测序数据开发了一种铜死亡相关基因的肝细胞癌预后模型 | 首次结合单细胞RNA测序和RNA测序数据构建铜死亡相关基因的肝细胞癌预后模型 | 模型验证仍需更多临床队列验证 | 研究铜死亡相关基因与肝细胞癌预后的关系并构建预后模型 | 肝细胞癌患者和正常对照 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,RNA测序 | Cox回归,LASSO回归 | 基因表达数据 | GEO和TCGA数据库中的肝细胞癌患者和正常对照样本 | NA | 单细胞RNA测序,RNA测序 | NA | NA |
2329 | 2025-10-06 |
Regulator of G-protein signaling expression in human intestinal enteroendocrine cells and potential role in satiety hormone secretion in health and obesity
2024-Sep, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2024.105283
PMID:39142076
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研究论文 | 本研究揭示了人肠道内分泌细胞中G蛋白信号调节因子的表达谱及其在饱腹激素分泌和肥胖中的潜在作用 | 首次在瘦型和肥胖个体中通过单细胞RNA测序揭示了肠道内分泌细胞独特的RGS表达谱,并发现RGS9表达与BMI正相关、与餐后GLP-1和PYY负相关 | 样本量相对有限(61例患者),部分数据依赖公开数据集,需要进一步验证RGS的具体作用机制 | 探究RGS在肠道内分泌细胞中的表达特征及其对饱腹激素分泌的调节作用 | 人结肠和空肠L型肠内分泌细胞、61例患者肠道黏膜组织、NCI-H716细胞系 | 单细胞生物学 | 肥胖症 | 单细胞RNA测序, RNA测序, 体外细胞培养, 激素检测 | NA | 转录组数据, 临床数据, 体外实验数据 | 61例患者(42例肥胖,19例瘦型),公开数据集GSE114853 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
2330 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis of ovarian myeloid cells identifies aging associated changes in macrophages and signaling dynamics
2024-Jun-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.13.598667
PMID:38915572
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析年轻与年老小鼠卵巢中的髓系细胞,揭示卵巢衰老过程中巨噬细胞亚群和信号通路的改变 | 首次在年老小鼠卵巢中发现独特的巨噬细胞亚群,并揭示ANNEXIN和TGFβ信号在卵巢衰老相关炎症和纤维化中的新机制 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证 | 探究卵巢衰老过程中髓系细胞的功能特征和分子机制 | 年轻(3月龄)和年老(14-17月龄)小鼠卵巢中的CD45+CD11b+髓系细胞 | 单细胞生物学 | 卵巢衰老 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 流式细胞数据 | 年轻和年老小鼠卵巢样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2331 | 2025-10-06 |
Identification of four mitochondria-related genes in sepsis based on RNA sequencing technology
2024-05-16, BMC immunology
IF:2.9Q3
DOI:10.1186/s12865-024-00623-1
PMID:38755528
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研究论文 | 基于RNA测序技术鉴定脓毒症中四个线粒体相关基因 | 首次通过整合RNA测序数据和线粒体基因数据库,识别出与脓毒症预后相关的四个线粒体基因(FIS1, FKBP8, GLRX5, GUK1),并通过单细胞测序明确其在免疫细胞中的分布 | 样本量较小(脓毒症20例,SIRS 12例),需更大规模研究验证 | 阐明脓毒症免疫机制并为临床治疗提供新思路 | 脓毒症和全身炎症反应综合征(SIRS)患者外周血细胞 | 生物信息学 | 脓毒症 | RNA测序,单细胞RNA测序,生物信息学分析 | NA | RNA测序数据,单细胞测序数据 | 脓毒症20例,SIRS 12例 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x单细胞测序平台 |
2332 | 2025-10-06 |
ScRNA-seq unveils the functional characteristics of glioma-associated macrophages and the regulatory effects of chlorogenic acid on the immune microenvironment-a study based on mouse models and clinical practice
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1494806
PMID:39867913
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示胶质瘤相关巨噬细胞的功能特征及绿原酸对免疫微环境的调控作用 | 首次结合小鼠模型和临床实践,系统揭示绿原酸通过JAK-STAT通路调控肿瘤相关巨噬细胞功能并改善免疫微环境 | 研究样本量有限,仅包含一个临床病例,需要更大规模的临床试验验证 | 探索胶质瘤免疫微环境特征及绿原酸的免疫调节作用 | 胶质瘤模型小鼠和临床患者 | 单细胞测序分析 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序, PPI网络分析, 分子对接 | 分子对接模型 | 单细胞转录组数据, 临床数据 | 模型小鼠和1例临床患者 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2333 | 2025-10-06 |
Single-cell trajectories of melanoma cell resistance to targeted treatment
2021-Oct-01, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析黑色素瘤细胞对靶向治疗的耐药性发展轨迹 | 首次在单细胞水平揭示黑色素瘤对单药和双药治疗的耐药发展轨迹,发现不同耐药机制的特异性基因程序 | 研究仅基于细胞系模型,未涉及体内肿瘤微环境的影响 | 探索黑色素瘤细胞对靶向治疗的耐药机制 | BRAFV600E突变黑色素瘤细胞系 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | t-SNE, 自组织映射 | 单细胞转录组数据 | 黑色素瘤细胞系在不同处理条件下的单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2334 | 2025-10-06 |
EZH2 identifies the precursors of human natural killer cells with trained immunity
2021-Sep-24, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别了具有训练免疫能力的人类自然杀伤细胞前体,并发现EZH2是其关键表观遗传标志物 | 首次使用单细胞RNA测序结合TotalSeq™技术追踪训练免疫诱导过程中NK细胞的异质性,识别出CD57-NKG2A+EZH2+IFNG+MKI67+IL12R+IL15R+IL18R+ NK细胞独特亚群作为训练免疫前体 | 传统发育标记无法识别训练免疫前体细胞,需要依赖更先进的单细胞测序技术 | 识别产生训练免疫的人类NK细胞亚群,探索药物干预的潜在调控靶点 | 人类自然杀伤细胞 | 单细胞生物学 | 癌症 | 单细胞RNA测序, TotalSeq™技术, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, 蛋白质表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2335 | 2025-10-06 |
Molecular mechanisms after optic nerve injury: Neurorepair strategies from a transcriptomic perspective
2026-Mar-01, Neural regeneration research
IF:5.9Q1
DOI:10.4103/NRR.NRR-D-24-00794
PMID:40313107
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综述 | 从转录组学角度探讨视神经损伤后的分子机制及神经修复策略 | 整合单细胞转录组学技术揭示视网膜神经节细胞亚型特异性反应,识别新的神经保护和再生相关基因 | 主要基于动物模型研究,临床转化仍需进一步验证 | 阐明视神经损伤分子机制并开发神经修复策略 | 视网膜神经节细胞 | 生物信息学 | 青光眼 | 单细胞RNA测序,转录组分析,芯片分析,CRISPR-Cas9筛选,ATAC-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多组学 | NA | NA |
2336 | 2025-10-06 |
SPaSE: Spatially resolved pathology scores using optimal transport on spatial transcriptomics data
2025-Jul-16, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2025.101301
PMID:40480226
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研究论文 | 开发了一种基于最优传输算法的空间病理评分方法SPaSE,用于分析空间转录组数据 | 首次将最优传输算法应用于空间转录组数据分析,能够量化每个空间位置的病理影响程度 | 未明确说明算法的计算复杂度和在大规模数据集上的可扩展性 | 开发空间分辨的病理评分方法以识别组织中的病理变化区域 | 心肌梗死小鼠模型、创伤性脑损伤小鼠模型、杜氏肌营养不良小鼠模型以及人类心肌梗死数据 | 空间转录组学 | 心血管疾病, 神经系统疾病, 肌肉疾病 | 空间转录组技术, 最优传输算法 | 最优传输模型 | 空间转录组数据 | 多个小鼠疾病模型和人类疾病数据 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
2337 | 2025-10-06 |
Aging induces T cells with distinct transcriptomic profiles and functions in brain-associated tissues
2025, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2025.1619196
PMID:40534878
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析发现衰老诱导脑相关组织中CD4+和CD8+T细胞转录组向效应记忆表型转变,并鉴定出具有潜在保护功能的CD153+ CD4+T细胞亚群 | 首次在脑相关组织(脑膜和脉络丛)中系统揭示衰老诱导的T细胞转录组变化,并发现CD153+ CD4+T细胞在衰老大脑中的潜在保护功能 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在人类样本中验证;功能机制研究仍需深入 | 探究衰老对非淋巴组织中T细胞转录组和功能特性的影响 | 年轻和年老小鼠脑相关组织(脑膜、脉络丛、海马体)中的CD4+和CD8+T细胞 | 单细胞生物学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),流式细胞术,抗体清除实验 | NA | 单细胞转录组数据,流式细胞数据 | 年轻和年老小鼠的脑相关组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2338 | 2025-10-06 |
Distinct immune microenvironment of venous tumor thrombus in hepatocellular carcinoma at single-cell resolution
2024-Dec-10, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001182
PMID:39656099
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研究论文 | 通过单细胞分辨率技术揭示肝细胞癌中静脉肿瘤血栓的独特免疫微环境特征 | 首次在单细胞水平系统揭示PVTT中C5aR+TAMs的免疫抑制功能及其临床意义 | 样本量有限,机制研究主要基于细胞系实验 | 探索肝细胞癌中门静脉肿瘤血栓的免疫微环境特征 | 肝细胞癌患者的门静脉肿瘤血栓、原发肿瘤和血液样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 飞行时间质谱流式技术, 单细胞RNA测序, 多重荧光免疫组化染色 | NA | 单细胞数据, 蛋白质表达数据, 基因表达数据 | 未明确具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 质谱流式技术 | NA | NA |
2339 | 2025-10-06 |
Preparation of Frozen Non-Human Primate Fetal Islets for Combined Single Nuclei RNA-Sequencing and ATAC-Sequencing, and Bulk Metabolomics
2024-Nov-08, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/66849
PMID:39584693
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研究论文 | 开发了一种从非人灵长类胎儿胰岛组织中同时进行单核RNA测序、ATAC测序和批量代谢组学分析的方法 | 建立了能够从同一冷冻样本中同时获取单核转录组、表观基因组和代谢组数据的技术流程 | 方法依赖于冷冻组织样本,且样本获取时间跨度长达两年可能引入批次效应 | 开发多组学整合分析方法以研究代谢物在细胞身份建立中的作用 | 非人灵长类胎儿胰岛组织 | 多组学分析 | NA | 单核RNA测序, ATAC测序, 毛细管电泳-质谱, 代谢组学 | NA | 基因组, 表观基因组, 代谢组数据 | 两年期间收集的多个批次的非人灵长类胎儿胰岛样本 | NA | single-cell RNA-seq, single-cell ATAC-seq, bulk metabolomics | NA | NA |
2340 | 2025-10-06 |
Microglia Single-Cell RNA-Seq Enables Robust and Applicable Markers of Biological Aging
2025-Aug, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70095
PMID:40371813
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据开发基于小胶质细胞的生物年龄标记物 | 首次在单细胞水平开发基于小胶质细胞的生物年龄时钟,采用无监督频率汇总方法平衡准确性、可解释性和计算效率 | 研究依赖于现有单细胞数据集,需要进一步实验验证 | 开发稳健且适用的生物年龄标记物 | 人类和小鼠的小胶质细胞 | 生物信息学 | 衰老相关疾病 | 单细胞RNA测序,bulk RNA测序 | 无监督频率汇总方法 | 单细胞转录组数据,批量RNA测序数据 | 三个不同的单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |