单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23361	2024-08-08	A short review on lymphatic endothelial cell heterogeneity 2021-Oct-11, Inflammation and regeneration IF:5.0Q1 DOI:10.1186/s41232-021-00183-6 PMID:34635187	综述	本文综述了淋巴内皮细胞的异质性，基于单细胞RNA测序研究，探讨了其在不同物种中的基因表达模式及其潜在的适应性	揭示了淋巴内皮细胞在不同物种中的保守基因表达模式及其特有的基因集	尚未明确这种异质性对外部环境的适应程度，以及调控淋巴内皮细胞不同亚群的转录和调节途径	探讨淋巴内皮细胞的异质性及其基因表达模式	淋巴内皮细胞及其基因表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及小鼠和人类样本
23362	2024-08-08	A topology-preserving dimensionality reduction method for single-cell RNA-seq data using graph autoencoder 2021-10-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-99003-7 PMID:34625592	研究论文	本文提出了一种名为单细胞图自编码器（scGAE）的降维方法，用于保留单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的拓扑结构	scGAE方法能够同时保留scRNA-seq数据中的拓扑结构信息和特征信息，并在模拟数据和实际数据中显示出优于现有深度学习方法的性能	NA	开发一种能够保留单细胞RNA测序数据拓扑结构的降维方法	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	RNA-seq	图自编码器	RNA测序数据	NA
23363	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals cell heterogeneity and transcriptome profile of breast cancer lymph node metastasis 2021-Oct-05, Oncogenesis IF:5.9Q1 DOI:10.1038/s41389-021-00355-6 PMID:34611125	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了乳腺癌淋巴结转移的转录组特征	首次使用单细胞RNA测序技术描绘了乳腺癌淋巴结转移的转录组图谱	NA	揭示乳腺癌淋巴结转移的分子机制	乳腺癌原发肿瘤和腋窝淋巴结的单细胞转录组	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	96,796个单细胞来自15对原发肿瘤和腋窝淋巴结样本
23364	2024-08-08	An atlas of cortical arealization identifies dynamic molecular signatures 2021-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03910-8 PMID:34616070	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了人类大脑在神经发生和早期胶质发生高峰期的十个主要结构和六个新皮层区域，揭示了早期皮层区域化的分子特征。	首次通过单细胞RNA测序和单分子荧光原位杂交技术，详细描述了新皮层区域在不同细胞类型中的基因表达差异及其动态变化。	NA	探讨早期大脑区域化和皮层区域化的分子机制。	人类大脑的十个主要结构和六个新皮层区域。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	十个主要大脑结构和六个新皮层区域
23365	2024-08-08	Heterogeneity of Circulating Tumor Cell Neoplastic Subpopulations Outlined by Single-Cell Transcriptomics 2021-Sep-29, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13194885 PMID:34638368	研究论文	本研究通过单细胞转录组学方法分析了转移性乳腺癌患者循环肿瘤细胞（CTCs）的异质性	本研究首次通过单细胞转录组学方法识别了CTCs中的多种免疫细胞群和具有独特基因表达特征的细胞群	研究仅涉及三名转移性乳腺癌患者，样本量较小	揭示循环肿瘤细胞的异质性和转移倾向，以改进治疗策略	转移性乳腺癌患者的循环肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	三名转移性乳腺癌患者
23366	2024-08-08	Clinical Significance of Circulating Tumor Cell Induced Epithelial-Mesenchymal Transition in Patients with Metastatic Colorectal Cancer by Single-Cell RNA-Sequencing 2021-Sep-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13194862 PMID:34638346	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨循环肿瘤细胞（CTCs）在转移性结直肠癌（mCRC）患者中的表型特征及其临床意义	首次在单细胞水平上使用RNA测序技术对mCRC中的CTCs进行表征，并探讨了EMT相关基因表达的CTCs的预后价值	研究样本量较小，仅涉及27名mCRC患者	验证通过单细胞RNA测序技术检测和分离单个CTCs的能力，并识别其在单个CTC水平上的临床意义	转移性结直肠癌患者的循环肿瘤细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	27名转移性结直肠癌患者
23367	2024-08-08	Complex Organ Construction from Human Pluripotent Stem Cells for Biological Research and Disease Modeling with New Emerging Techniques 2021-Sep-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms221910184 PMID:34638524	综述	本文综述了利用人多能干细胞（hPSCs）构建复杂器官及其在疾病模型和药物发现中的应用	介绍了新兴技术如三维类器官、生物工程和器官芯片技术在构建多细胞组织和功能器官中的应用，以及单细胞转录组学、空间转录组学和人工智能在分析复杂组织中的作用	文章未明确提及具体的研究局限	探讨利用hPSCs构建复杂器官及其在生物研究和疾病模型中的应用前景	人多能干细胞（hPSCs）及其衍生的复杂器官	生物工程	NA	三维类器官技术、器官芯片技术、单细胞转录组学、空间转录组学、人工智能	NA	细胞	NA
23368	2024-08-08	Single-cell RNA-seq unravels alterations of the human spermatogonial stem cell compartment in patients with impaired spermatogenesis 2021-09-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100395 PMID:34622232	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了在精子发生受损的患者中，人类精原干细胞隔室的改变	发现了精原干细胞隔室中的主要改变，包括最未分化精原细胞数量的增加和转录因子表达的改变	NA	探索正常和受损精子发生中人类生殖细胞功能的调控机制	人类精原干细胞隔室在精子发生受损患者中的改变	数字病理学	男性不育	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	超过30,000个细胞
23369	2024-08-08	Smooth muscle cells in atherosclerosis: clones but not carbon copies 2021, JVS-vascular science DOI:10.1016/j.jvssci.2021.02.002 PMID:34617064	综述	本文综述了血管平滑肌细胞（SMCs）在动脉粥样硬化中的作用及其表型多样性和命运调控机制	通过命运图谱和单细胞转录组学研究，揭示了SMCs在动脉粥样硬化病变中的选择性扩张和投资，以及其表型和功能的深刻多样性变化	仍需探讨SMCs寡克隆扩张的调控机制，单细胞转录组学在确定SMCs功能和贡献中的可靠性，以及SMCs克隆性和表型可塑性对治疗策略的影响	总结近期在SMCs投资和表型多样性及分子机制方面的进展，并讨论相关未解问题	血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的作用和机制	NA	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
23370	2024-08-08	Differential expression profile of gluten-specific T cells identified by single-cell RNA-seq 2021, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0258029 PMID:34618841	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了未治疗乳糜泻患者血液中通过四聚体染色法分离的麸质特异性T细胞的表达谱	首次使用单细胞RNA测序研究四聚体染色法分离的T细胞，揭示了麸质特异性T细胞独特的转录组特征	NA	探究麸质特异性T细胞在乳糜泻发病机制中的作用	未治疗乳糜泻患者血液中的麸质特异性CD4+ T细胞	NA	乳糜泻	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
23371	2024-08-08	Integration of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq to Analyse the Heterogeneity of Ovarian Cancer Immune Cells and Establish a Molecular Risk Model 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.711020 PMID:34621670	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序数据，分析了卵巢癌免疫细胞的异质性，并建立了一个分子风险模型。	利用scRNA-seq和批量RNA-seq数据整合分析，首次建立了基于卵巢癌免疫细胞异质性的双基因风险模型。	研究主要基于公共数据库中的数据，未提及临床样本的验证。	旨在通过分析卵巢癌免疫细胞的异质性，建立一个准确的预后风险评估模型。	卵巢癌免疫细胞及其分子特征。	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	基因表达数据	整合了两个scRNA-seq数据集（GSE154600和GES158937），共20个细胞集群。
23372	2024-08-08	Case Report: Multi-Omics Analysis and CAR-T Treatment of a Chronic Myeloid Leukemia Blast Crisis Case 5 Years After the Discontinuation of TKI 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.739871 PMID:34621680	病例报告	报道了一例在酪氨酸激酶抑制剂停用5年后突然发生慢性髓性白血病淋巴母细胞危象的病例，并通过多组学分析和CAR-T细胞治疗进行了研究	首次报道了在长期无治疗缓解后突然发生淋巴母细胞危象的慢性髓性白血病病例，并发现除了BCR-ABL1外的其他基因异常可能参与疾病进展	病例报告仅基于单一病例，可能缺乏广泛的代表性	探讨慢性髓性白血病在酪氨酸激酶抑制剂停用后突然发生淋巴母细胞危象的分子特征及治疗策略	慢性髓性白血病病例及其分子特征和治疗反应	NA	慢性髓性白血病	DNA测序、RNA测序、单细胞转录组测序	NA	基因组数据、转录组数据	单一病例
23373	2024-08-08	Fluorescent Multiplex Immunohistochemistry Coupled With Other State-Of-The-Art Techniques to Systematically Characterize the Tumor Immune Microenvironment 2021, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2021.673042 PMID:34621785	研究论文	本文综述了利用荧光多重免疫组织化学与其他先进技术系统地表征肿瘤免疫微环境的方法	介绍了空间转录组学分析和多重免疫组织化学面板的开发，以识别肿瘤微环境中的特定细胞类型	文章未明确提及具体的技术限制	探讨肿瘤免疫微环境的研究方法及其在临床应用中的潜力	肿瘤免疫微环境中的免疫细胞及其在肿瘤进展和治疗反应中的作用	数字病理学	乳腺癌	荧光多重免疫组织化学, 空间转录组学	NA	组织切片	HER2+ 乳腺癌样本, 管腔B型乳腺癌肿瘤样本
23374	2024-08-08	NMDARs Drive the Expression of Neuropsychiatric Disorder Risk Genes Within GABAergic Interneuron Subtypes in the Juvenile Brain 2021, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2021.712609 PMID:34630033	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，探讨了NMDA型谷氨酸受体亚基基因在MGE来源的特定类型中间神经元中的转录调控作用及其对神经发育障碍的影响	首次揭示了NMDAR在特定类型中间神经元中的转录调控作用，并关联到神经精神障碍的风险基因表达	对分子机制的调控细节理解尚不充分	探究NMDAR信号在中间神经元亚型中的系统性作用，寻找可能的MGE特异性遗传靶点	MGE来源的PV+、SST+和NGFC型皮层及海马中间神经元	神经科学	神经精神障碍	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	具体样本数量未提及
23375	2024-08-08	Connexin 43-Mediated Gap Junction Communication Regulates Ameloblast Differentiation via ERK1/2 Phosphorylation 2021, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2021.748574 PMID:34630166	研究论文	本文研究了连接蛋白43（Cx43）通过间隙连接通信调节成釉细胞分化的机制，特别是通过ERK1/2磷酸化途径。	本文首次揭示了Cx43通过间隙连接活动调节TGF-β1介导的ERK信号传导和牙釉质形成的作用，并探讨了Cx43作为钙通道在慢钙内流和ERK1/2磷酸化中的功能。	NA	阐明Cx43在牙釉质形成中的作用及其分子机制。	Cx43在牙齿发育中的表达和功能，以及其在oculodentodigital dysplasia（ODDD）病理性机制中的作用。	NA	口腔疾病	单细胞RNA测序分析，免疫染色	NA	RNA序列，蛋白质表达	包括Cx43突变的小鼠模型和不同细胞密度的细胞培养实验。
23376	2024-08-08	An NMF-based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq data 2020-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqz020 PMID:34632380	研究论文	本文提出了一种基于非负矩阵分解的方法，用于从单细胞RNA测序数据中发现被忽视的差异表达基因区域	该方法通过非负矩阵分解技术，量化差异表达水平，并与基于注释的方法进行比较，以发现先前未注释的差异表达转录本	NA	旨在发现单细胞RNA测序数据中被忽视的差异表达基因区域，以更好地理解细胞状态的调控机制	人类神经干细胞、小鼠胚胎干细胞和原始内胚层细胞、人类胚胎植入前细胞	基因组学	NA	单细胞RNA测序	非负矩阵分解	基因表达数据	包括人类神经干细胞、小鼠胚胎干细胞和原始内胚层细胞、人类胚胎植入前细胞的多个数据集
23377	2024-08-08	Jointly Embedding Multiple Single-Cell Omics Measurements 2019-Sep-03, Algorithms in bioinformatics : ... International Workshop, WABI ..., proceedings. WABI (Workshop) DOI:10.4230/LIPIcs.WABI.2019.10 PMID:34632462	研究论文	本文提出了一种无监督流形对齐算法MMD-MA，用于整合来自同一细胞群体的不同测量数据	MMD-MA算法通过优化目标函数，将来自多个领域的单细胞数据点对齐到学习到的潜在空间中，无需任何跨数据模态的对应信息	NA	开发一种算法，能够整合多种单细胞测序技术数据	单细胞基因表达、DNA可及性、染色质组织、甲基化和成像数据	生物信息学	NA	单细胞测序	MMD-MA算法	基因表达数据、甲基化数据	涉及单细胞基因表达和甲基化数据的实际数据集
23378	2024-08-08	Lineage tracing and single-cell analysis reveal proliferative Prom1+ tumour-propagating cells and their dynamic cellular transition during liver cancer progression 2022-08, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2021-324321 PMID:34588223	研究论文	本研究通过体内谱系追踪和单细胞RNA测序揭示了Prom1+肝细胞癌细胞的异质性和动态变化	结合体内谱系追踪和单细胞RNA测序技术，首次揭示了Prom1+肝细胞癌细胞的异质性和动态变化，以及其在肝细胞癌进展中的机制作用	NA	研究肝细胞癌中Prom1+细胞的异质性和特性	肝细胞癌中的Prom1+细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用Prom1C-L/+; Rosa26tdTomato/+和Prom1C-L/+; Rosa26DTA/+小鼠模型进行研究
23379	2024-08-08	Single-cell analysis of prostaglandin E2-induced human decidual cell in vitro differentiation: a minimal ancestral deciduogenic signal† 2022-01-13, Biology of reproduction IF:3.1Q2 DOI:10.1093/biolre/ioab183 PMID:34591094	研究论文	研究探讨了前列腺素E2（PGE2）在体外诱导人类基蜕膜细胞分化中的作用	首次通过单细胞转录组学分析PGE2介导的蜕膜化过程，并提出PGE2作为体外蜕膜化的替代方法	NA	验证PGE2和孕激素能否激活蜕膜细胞的核心基因调控网络	人类子宫内膜成纤维细胞的蜕膜化过程	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
23380	2024-08-08	Regeneration Roadmap: database resources for regenerative biology 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab870 PMID:34591960	research paper	本文构建了一个名为Regeneration Roadmap的数据库，用于系统地收集和标准化再生生物学研究中产生的大量数据	首次开发了一个开放且全面的数据库，收集并标准化了再生研究中的大量数据，如高通量测序数据	NA	促进再生研究，为延迟衰老提供潜在策略	再生相关的基因、批量和单细胞转录组学、表观基因组学和药物基因组学数据	NA	NA	高通量测序	NA	基因、转录组学、表观基因组学和药物基因组学数据	2.38 million data entries across 11 species and 36 tissues