单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28482 篇文献，本页显示第 23261 - 23280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23261 | 2024-08-08 |
A Deep-Learning Pipeline for TSS Coverage Imputation From Shallow Cell-Free DNA Sequencing
2021, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2021.684238
PMID:34926480
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research paper | 本文介绍了一种用于从浅层游离DNA测序中进行转录起始位点（TSS）覆盖率推算的深度学习流程 | 提出的Autoencoder of cfDNA TSS（AECT）覆盖率推算方法在TSS覆盖率准确性和捕捉潜在生物特征方面优于现有的单细胞测序推算算法 | NA | 开发一种高准确性且成本适中的非侵入性筛查方法 | 游离DNA（cfDNA）的转录起始位点（TSS）覆盖率 | machine learning | breast cancer, rectal cancer | NA | Autoencoder | DNA sequencing data | NA |
| 23262 | 2024-08-08 |
MCC Regulator of WNT Signaling Pathway (MCC) Is a Podocyte Essential Gene
2021, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2021.777563
PMID:34926519
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research paper | 本研究通过单细胞RNA测序技术检测了小鼠足细胞中WNT信号通路调节因子MCC的表达，并证实了MCC对足细胞的重要性 | 首次证实MCC是足细胞的关键基因，并通过RNA测序和生物信息学分析揭示了MCC在足细胞中的作用机制 | 未发现MCC下调对细胞周期和β-catenin信号活性的显著影响，可能存在其他未检测到的机制 | 探讨MCC在足细胞中的作用及其对足细胞疾病的影响 | 小鼠和人类足细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类足细胞样本 |
| 23263 | 2024-08-08 |
FaDA: A web application for regular laboratory data analyses
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0261083
PMID:34928943
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研究论文 | 本文介绍了一个名为FaDA的基于网络的应用程序，用于非计算科学家进行常规实验室数据分析 | FaDA提供了一个免费的、直观的界面，使没有生物信息学技能的生物学家能够轻松快速地进行常见的实验室数据分析 | NA | 开发一个通用的网络工具，用于非计算科学家进行常规实验室数据分析 | 常规实验室数据分析工具 | 生物信息学 | NA | R Shiny包 | NA | 实验室数据 | NA |
| 23264 | 2024-08-08 |
Intra-Tumoral Expression of SLC7A11 Is Associated with Immune Microenvironment, Drug Resistance, and Prognosis in Cancers: A Pan-Cancer Analysis
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.770857
PMID:34938318
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研究论文 | 本文通过泛癌分析研究了肿瘤内SLC7A11表达与免疫微环境、药物抗性和癌症预后的关系。 | 首次系统阐述了SLC7A11在多种癌症中的表达及其对患者生存和免疫治疗反应的影响。 | 研究主要基于生物信息学分析，需要进一步的实验验证。 | 探讨SLC7A11在癌症中的表达与患者生存和免疫治疗反应的关系。 | SLC7A11在多种癌症中的表达及其生物学功能。 | 数字病理学 | 多种癌症 | 单细胞测序, CRISPR, RNAi | NA | 基因表达数据 | 25/27种癌症类型，多种胰腺癌细胞系 |
| 23265 | 2024-08-08 |
CREM Is Correlated With Immune-Suppressive Microenvironment and Predicts Poor Prognosis in Gastric Adenocarcinoma
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.697748
PMID:34938728
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研究论文 | 本研究利用生物信息学方法探讨了转录抑制因子cAMP反应元件调节因子（CREM）在胃腺癌（GAC）中的作用 | 发现CREM的高表达与GAC中的T细胞耗竭和M2极化相关，表明CREM可能作为GAC的预后生物标志物 | NA | 探索CREM在胃腺癌中的作用及其作为预后标志物的潜力 | 胃腺癌（GAC）中的CREM表达及其与免疫微环境的关系 | 数字病理学 | 胃癌 | 生物信息学方法，单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 23266 | 2024-08-08 |
Inflammatory Cells Accelerated Carotid Artery Calcification via MMP9: Evidences From Single-Cell Analysis
2021, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2021.766613
PMID:34938784
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序分析，探讨了炎症细胞通过MMP9加速颈动脉钙化的机制 | 首次揭示了炎症巨噬细胞样VSMCs亚群的存在，并确定了MMP9在VSMCs表型转化中的重要作用 | NA | 研究血管平滑肌细胞在钙化早期的转化过程及其机制 | 颈动脉钙化核心及间质组织的单细胞测序数据 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 23267 | 2024-08-08 |
Interleukin-23 receptor expressing γδ T cells locally promote early atherosclerotic lesion formation and plaque necrosis in mice
2022-11-10, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvab359
PMID:34897380
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研究论文 | 研究探讨了白细胞介素-23受体（IL-23R）在γδ T细胞中的表达及其在动脉粥样硬化早期病变形成和斑块坏死中的作用。 | 首次详细研究了IL-23R在γδ T细胞中的表达及其在动脉粥样硬化中的具体作用。 | 研究主要在老鼠模型中进行，其结果在人类中的适用性需要进一步验证。 | 研究IL-23R在γδ T细胞中的表达及其在动脉粥样硬化中的作用，探索其作为治疗靶点的可能性。 | 主要研究对象为表达IL-23R的γδ T细胞和动脉粥样硬化病变。 | 心血管疾病 | 动脉粥样硬化 | scRNA-seq | NA | 细胞 | 使用了Ldlr-/-Il23rgfp/+和Ldlr-/-Tcrδ-/-两种基因改造的小鼠模型 |
| 23268 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing predicts motility networks in purified human gastric interstitial cells of Cajal
2022-07, Neurogastroenterology and motility
IF:3.5Q2
DOI:10.1111/nmo.14303
PMID:34913225
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了人类胃间质Cajal细胞的运动网络 | 首次使用单细胞RNA测序技术深入研究了人类胃间质Cajal细胞的分子网络，为胃肠动力障碍的治疗提供了新的分子见解和假设 | NA | 探索控制人类胃间质Cajal细胞生物学的分子网络，为胃肠动力障碍的靶向治疗提供新的框架 | 人类胃间质Cajal细胞 | 数字病理学 | 胃肠动力障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用KIT+ CD45- CD11B- 初级人类胃间质Cajal细胞进行了一系列表征实验 |
| 23269 | 2024-08-08 |
3D collagen matrices modulate the transcriptional trajectory of bone marrow hematopoietic progenitors into macrophage lineage commitment
2022-Apr, Bioactive materials
IF:18.0Q1
DOI:10.1016/j.bioactmat.2021.08.032
PMID:34901544
|
研究论文 | 研究使用3D胶原蛋白水凝胶和胶原蛋白-海藻酸盐水凝胶来探讨造血祖细胞的行为，并揭示了3D微环境中造血祖细胞向巨噬细胞分化的转录轨迹 | 首次揭示了3D胶原蛋白水凝胶中造血祖细胞向巨噬细胞分化的独特成熟轨迹，并展示了3D巨噬细胞与其他造血群集之间基于配体-修复相互作用的增强交流 | NA | 探究外基质提供的物理信号对骨髓中造血干细胞和祖细胞命运决定的影响 | 造血祖细胞及其在3D胶原蛋白水凝胶中的行为 | 生物工程 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 从二维和三维水凝胶中随机选择的细胞 |
| 23270 | 2024-08-08 |
Unravelling glioblastoma heterogeneity by means of single-cell RNA sequencing
2022-02-28, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2021.12.008
PMID:34902524
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了胶质母细胞瘤的异质性，并构建了一个更强大的统一知识库 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了胶质母细胞瘤的隐藏组成，包括患者间异质性、肿瘤内组织、癌症干细胞多样性、克隆马赛克现象和肿瘤微环境 | NA | 深入理解塑造胶质母细胞瘤病理生物学的多样性 | 胶质母细胞瘤的异质性 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 涉及多个患者和肿瘤样本 |
| 23271 | 2024-08-08 |
scShaper: an ensemble method for fast and accurate linear trajectory inference from single-cell RNA-seq data
2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab831
PMID:34888622
|
研究论文 | 本文介绍了scShaper，一种用于单细胞RNA测序数据快速准确线性轨迹推断的集成方法 | scShaper通过集成方法生成基于一组离散伪时间的连续平滑伪时间，能够推断多种三角函数轨迹，包括常用主曲线方法失败的轨迹 | NA | 开发更准确、更具泛化能力的细胞分化动态过程轨迹推断方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞轨迹推断 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成方法 | RNA测序数据 | 多种三角函数轨迹数据 |
| 23272 | 2024-08-08 |
On the relation between input and output distributions of scRNA-seq experiments
2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab841
PMID:34908126
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序实验中输入和输出分布之间的关系 | 提出了一个包含PCR扩增和测序的单细胞RNA测序模型，并推导了给定输入分布的输出分布的概率分布函数 | NA | 研究单细胞RNA测序中的技术噪声如何影响观察到的分布与细胞内分布之间的关系 | 单细胞RNA测序实验中的RNA拷贝数分布 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 23273 | 2024-08-08 |
Capillary Endothelial Insulin Transport: The Rate-limiting Step for Insulin-stimulated Glucose Uptake
2022-02-01, Endocrinology
IF:3.8Q2
DOI:10.1210/endocr/bqab252
PMID:34908124
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研究论文 | 本文探讨了胰岛素从微循环到肌肉间质的运输过程，特别是毛细血管内皮对胰岛素运输的限制作用 | 本文提出了胰岛素通过内皮细胞囊泡运输可能是主要的运输途径，并指出了胰岛素受体在肌肉毛细血管中不表达的发现 | 本文指出了在理解跨内皮胰岛素运输过程中的争议和实验方法的挑战 | 研究胰岛素在肌肉中的运输机制及其对胰岛素抵抗的影响 | 研究对象包括毛细血管内皮细胞和肌肉组织 | NA | 胰岛素抵抗 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |
| 23274 | 2024-08-08 |
Sequencing of a Chinese tetralogy of Fallot cohort reveals clustering mutations in myogenic heart progenitors
2022-01-25, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.152198
PMID:34905512
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research paper | 本研究对146个非综合征性TOF的中国父-母-子三联体进行了全基因组测序分析，并与欧洲队列数据进行比较，揭示了TOF发病机制中的基因突变热点。 | 通过整合单细胞和空间转录组学数据，发现了与TOF相关的候选基因在心肌前体细胞中的表达富集，以及在心肌细胞分化轨迹中的特定基因共表达模块。 | NA | 揭示法洛四联症（TOF）的遗传机制及其对早期心脏发育的影响。 | 146个非综合征性TOF的中国父-母-子三联体。 | digital pathology | 先天性心脏病 | 全基因组测序 | NA | 基因组数据 | 146个非综合征性TOF的中国父-母-子三联体 |
| 23275 | 2024-08-08 |
Tumor immune microenvironment lncRNAs
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab504
PMID:34891154
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综述 | 本文综述了长非编码RNA（lncRNA）在肿瘤免疫微环境（TIME）中的细胞类型特异性表达及其调控功能，并强调了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在研究这些特异性功能中的作用 | 本文介绍了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在解决细胞类型特异性lncRNA功能发现中的潜力 | 目前大多数lncRNA研究依赖于批量RNA测序数据，这限制了对细胞类型特异性lncRNA功能的发现 | 探讨lncRNA在肿瘤和免疫细胞中的特异性表达，并总结其在细胞类型层面的调控功能 | 肿瘤免疫微环境中的长非编码RNA（lncRNA） | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 23276 | 2024-08-08 |
scIAE: an integrative autoencoder-based ensemble classification framework for single-cell RNA-seq data
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab508
PMID:34913057
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研究论文 | 本文提出了一种基于集成学习的自编码器框架scIAE，用于单细胞RNA测序数据的分类 | scIAE框架通过集成多个随机投影和综合可分解的自编码器，有效处理了单细胞基因表达数据的高维度和稀疏性问题 | NA | 研究旨在提高单细胞RNA测序数据的细胞类型识别和疾病状态预测的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | NA |
| 23277 | 2024-08-08 |
Reinvestigation of Classic T Cell Subsets and Identification of Novel Cell Subpopulations by Single-Cell RNA Sequencing
2022-01-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2100581
PMID:34911770
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术重新评估经典T细胞亚群，并识别出新的细胞亚群 | 发现并命名了一种新型T细胞亚群——IFN信号相关基因高表达T细胞（ISAG T细胞），并证明了ISAGs是该细胞亚群的主要贡献者 | NA | 探索单细胞RNA测序聚类群体与细胞表面标记定义的经典T细胞亚群之间的关系 | 人类外周血单个核细胞（PBMCs）中的T细胞亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 62,235个单细胞转录组 |
| 23278 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals abnormal fluctuations in human eight-cell embryos associated with blastocyst formation failure
2022-01-04, Molecular human reproduction
IF:3.6Q1
DOI:10.1093/molehr/gaab069
PMID:34904654
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了人类八细胞胚胎的基因表达，特别是那些未能形成囊胚的胚胎 | 首次揭示了人类八细胞胚胎中与囊胚形成失败相关的异常基因表达模式 | 研究样本量较小，且依赖于数据库中的共享数据 | 探究人类早期胚胎发育中导致发育停滞的分子机制 | 人类八细胞胚胎及其发育潜力 | NA | 不孕症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中明确 |
| 23279 | 2024-08-08 |
Advances in single-cell sequencing and its application to musculoskeletal system research
2022-Jan, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13161
PMID:34888976
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在肌肉骨骼系统研究中的应用及其最新进展 | 单细胞测序技术能够分析单个细胞的异质性，推动了多组学研究的发展 | 文章讨论了单细胞测序技术面临的挑战和未来发展潜力 | 探讨单细胞测序技术在肌肉骨骼医学中的应用前景 | 肌肉骨骼系统的细胞或组织异质性研究 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 23280 | 2024-08-08 |
CAMML: Multi-Label Immune Cell-Typing and Stemness Analysis for Single-Cell RNA-sequencing
2022, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:34890149
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CAMML的新型单细胞RNA测序细胞类型分类方法，该方法利用细胞类型特异性加权基因集对每个细胞进行评分，支持单标签和多标签分类 | CAMML方法能够处理免疫微环境中细胞类型重叠的问题，支持多标签分类，相较于现有方法具有更强的适应性和鲁棒性 | NA | 开发一种新的单细胞RNA测序细胞类型分类方法，以解决细胞类型重叠和数据稀疏性问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |