单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27474 篇文献，本页显示第 23221 - 23240 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23221 | 2024-08-08 |
stPlus: a reference-based method for the accurate enhancement of spatial transcriptomics
2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab298
PMID:34252941
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研究论文 | 本文提出了一种基于参考的方法stPlus，利用单细胞RNA测序数据增强空间转录组学 | stPlus通过精心设计的自编码器和加权k近邻方法，提高了基因表达预测的准确性和细胞群识别能力 | NA | 旨在提高空间转录组学中基因表达预测的准确性和细胞群识别能力 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 适用于不同基因检测灵敏度水平、样本大小和空间测量基因数量的数据集 |
| 23222 | 2024-08-08 |
Bayesian information sharing enhances detection of regulatory associations in rare cell types
2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab269
PMID:34252956
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ShareNet的贝叶斯框架，通过跨相关细胞类型的信息共享结构，提高细胞类型特异性基因调控网络的准确性 | ShareNet框架通过自适应优化的信息共享结构，增强了罕见细胞类型中基因调控关联的检测能力 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型特异性基因调控网络的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯框架 | 基因调控网络 | 涉及三个基准单细胞RNA测序数据集 |
| 23223 | 2024-08-08 |
doubletD: detecting doublets in single-cell DNA sequencing data
2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab266
PMID:34252961
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研究论文 | 本文介绍了一种名为doubletD的新方法，用于检测单细胞DNA测序数据中的双细胞现象 | doubletD是首个专门用于检测scDNA-seq数据中双细胞的独立方法，采用简单的最大似然法和封闭形式的解决方案 | NA | 开发一种高效的方法来检测和移除单细胞DNA测序数据中的双细胞现象 | 单细胞DNA测序数据中的双细胞现象 | 生物信息学 | NA | 单细胞DNA测序 (scDNA-seq) | 最大似然法 | DNA测序数据 | 使用模拟数据和真实数据集进行验证 |
| 23224 | 2024-08-08 |
SAILER: scalable and accurate invariant representation learning for single-cell ATAC-seq processing and integration
2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab303
PMID:34252968
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研究论文 | 本文提出了一种名为SAILER的新深度生成模型框架，用于分析单细胞ATAC-seq数据，旨在学习每个细胞的低维非线性潜在表示，该表示定义了其内在染色质状态，不受外部混杂因素影响 | SAILER通过采用传统的编码器-解码器框架并施加额外约束，确保学习的表示不受混杂因素影响，从而在模拟和真实数据集上显示出比其他方法更好的细胞表示 | NA | 开发一种新的计算模型，用于处理和整合单细胞ATAC-seq数据，以解析表观基因组异质性和阐明转录调控机制 | 单细胞ATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 深度生成模型 | 单细胞ATAC-seq数据 | 数百万个细胞 |
| 23225 | 2024-08-08 |
PD-1+CXCR5-CD4+ Th-CXCL13 cell subset drives B cells into tertiary lymphoid structures of nasopharyngeal carcinoma
2021-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2020-002101
PMID:34253636
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研究论文 | 本研究探讨了PD-1+CXCR5-CD4+ Th-CXCL13细胞亚群在鼻咽癌三级淋巴结构中的作用及其机制 | 首次揭示了PD-1+CXCR5-CD4+ Th-CXCL13细胞亚群在鼻咽癌三级淋巴结构中的形成和功能，及其与生存率的关联 | NA | 探索鼻咽癌三级淋巴结构在适应性免疫反应中的作用机制 | PD-1+CXCR5-CD4+ Th-CXCL13细胞亚群及其在鼻咽癌三级淋巴结构中的作用 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 细胞 | NA |
| 23226 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals distinct cellular factors for response to immunotherapy targeting CD73 and PD-1 in colorectal cancer
2021-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-002503
PMID:34253638
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了针对CD73和PD-1的免疫治疗在结直肠癌中的不同细胞因子响应机制 | 首次探讨了CD73抑制剂AB680与PD-1抑制剂在结直肠癌免疫治疗中的不同作用机制，并展示了其潜在的协同效应 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在临床试验中验证这些发现 | 评估CD73抑制剂AB680作为结直肠癌新型免疫治疗药物的价值 | 结直肠癌中的肿瘤浸润淋巴细胞及其对CD73和PD-1抑制剂的响应 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未处理对照组和AB680及PD-1阻断治疗的小鼠结直肠癌模型各3例 |
| 23227 | 2024-08-08 |
Cellular and Behavioral Characterization of Pcdh19 Mutant Mice: subtle Molecular Changes, Increased Exploratory Behavior and an Impact of Social Environment
2021 Jul-Aug, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0510-20.2021
PMID:34272258
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研究论文 | 本文通过结合RNA杂交、免疫组织化学和单细胞RNA测序数据分析，研究了Pcdh19突变小鼠的细胞和行为特征 | 首次揭示了PCDH19在皮质中间神经元中的表达，并描述了小鼠和人脑皮质中表达PCDH19的神经元亚型 | NA | 探究PCDH19突变引起的分子机制和功能 | Pcdh19突变小鼠的细胞和行为特征 | NA | NA | RNA杂交、免疫组织化学、单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类皮质样本 |
| 23228 | 2024-08-08 |
scLink: Inferring Sparse Gene Co-expression Networks from Single-cell Expression Data
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2020.11.006
PMID:34252628
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研究论文 | 提出了一种名为scLink的方法，用于从单细胞基因表达数据中推断稀疏的基因共表达网络 | scLink方法利用统计网络建模来理解基因间的共表达关系，并构建稀疏的基因共表达网络 | NA | 研究基因表达的调控和协调机制，以理解健康和疾病中生物过程的复杂性 | 单细胞基因表达数据中的基因共表达网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计网络模型 | 基因表达数据 | NA |
| 23229 | 2024-08-08 |
Epigenetics in the Pathogenesis and Treatment of Cutaneous T-Cell Lymphoma
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.663961
PMID:34249700
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综述 | 本文综述了表观遗传学在皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）的发病机制和治疗中的最新发现 | 揭示了CTCL恶性T细胞的异质性，并描述了HDACi耐药机制，促进了新HDACi靶点的发现 | CTCL疾病的异质性和发病机制仍不明确 | 探讨表观遗传学在CTCL病理作用和治疗中的具体作用 | 皮肤T细胞淋巴瘤及其表观遗传学机制 | NA | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞测序 | NA | 组织和外周血 | NA |
| 23230 | 2024-08-08 |
Identification of Gene Regulatory Networks from Single-Cell Expression Data
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1534-8_9
PMID:34251624
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研究论文 | 本文描述了一种多步骤计算流程，用于整合单细胞RNA测序数据与DAP-seq和ATAC-seq数据，以预测基因调控网络和关键调控基因 | 利用机器学习方法包括特征选择和稳定性选择来识别候选调控基因，并生成基因调控网络 | NA | 预测植物中的基因调控网络和关键调控基因 | 单细胞RNA测序数据、DAP-seq和ATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、DAP-seq、ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 23231 | 2024-08-08 |
Inference of Gene Regulatory Network from Single-Cell Transcriptomic Data Using pySCENIC
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1534-8_10
PMID:34251625
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研究论文 | 本文介绍了基于单细胞转录组数据推断基因调控网络的快速Python实现方法pySCENIC | 提出了pySCENIC这一快速且高效的基因调控网络推断工具，集成了GRNBoost2和GENIE3两种算法 | NA | 旨在利用单细胞RNA测序数据推断细胞特异性的基因调控网络 | 单细胞转录组数据中的基因及其调控因子——转录因子 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 23232 | 2024-08-08 |
Single Cell Gene Transcriptome Analysis of Ovarian Mature Teratomas
2021, Pathology oncology research : POR
DOI:10.3389/pore.2021.604228
PMID:34257564
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了卵巢成熟畸胎瘤的基因转录组 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究卵巢成熟畸胎瘤的基因表达谱 | 研究样本数量较少，仅分析了两个卵巢成熟畸胎瘤样本 | 探讨卵巢成熟畸胎瘤组织与正常组织在基因表达上的相似性或差异性 | 卵巢成熟畸胎瘤的基因转录组 | 数字病理学 | 卵巢肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因转录组数据 | 两个卵巢成熟畸胎瘤样本 |
| 23233 | 2024-08-08 |
Complement C7 is Specifically Expressed in Mesangial Cells and is a Potential Diagnostic Biomarker for Diabetic Nephropathy and is Regulated by miR-494-3p and miR-574-5p
2021, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy
DOI:10.2147/DMSO.S311725
PMID:34262312
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研究论文 | 本研究通过综合生物信息学分析和验证，探索糖尿病肾病的关键调控通路和潜在生物标志物 | 首次揭示C7在系膜细胞中特异性表达，是糖尿病肾病的潜在诊断生物标志物，并受miR-494-3p和miR-574-5p调控 | NA | 探索糖尿病肾病的关键调控通路和潜在生物标志物 | 糖尿病肾病的关键调控通路和潜在生物标志物 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA），基因本体（GO）注释，基因集富集分析（GSEA），京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析，单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用GSE30528和GSE96804数据集的微阵列数据 |
| 23234 | 2024-08-08 |
Visualization and Analysis of Gene Expression in Stanford Type A Aortic Dissection Tissue Section by Spatial Transcriptomics
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.698124
PMID:34262602
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研究论文 | 本文通过空间转录组学技术，对斯坦福A型主动脉夹层组织切片中的基因表达进行了可视化和分析 | 开发了一种针对低细胞和高纤维斯坦福A型主动脉夹层的分子方法，并初步探索和可视化了升主动脉类型的异质性及细胞类型特异性基因表达 | NA | 旨在通过空间转录组学技术深入理解斯坦福A型主动脉夹层的病理发生和异质性 | 斯坦福A型主动脉夹层患者的主动脉样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 15名斯坦福A型主动脉夹层患者和1例升主动脉样本 |
| 23235 | 2024-08-08 |
Specific Transcriptomic Signatures and Dual Regulation of Steroidogenesis Between Fetal and Adult Mouse Leydig Cells
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.695546
PMID:34262907
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研究论文 | 本研究通过bulk RNA测序和单细胞RNA测序，比较了胎鼠和成年鼠莱迪细胞的转录组特征，揭示了两者在类固醇生成方面的双重调控机制 | 首次揭示了胎鼠和成年鼠莱迪细胞在类固醇生成方面的双重调控机制，并识别了特定的基因表达模式 | NA | 研究胎鼠和成年鼠莱迪细胞的转录组特征及其在类固醇生成方面的调控机制 | 胎鼠和成年鼠莱迪细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 23236 | 2024-08-08 |
Aneuploidy: An Opportunity Within Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2021, Biocell : official journal of the Sociedades Latinoamericanas de Microscopia Electronica ... et. al
IF:0.8Q4
PMID:34267416
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中染色体非整倍体（aneuploidy）的生物信息学应用 | 提出在scRNA-seq数据分析中利用生物信息学管道推断染色体非整倍体，特别是在肿瘤学领域 | NA | 提高各领域对所研究疾病理解的能力 | 单细胞RNA测序数据中的染色体非整倍体 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因计数表 | 数百个基因 |
| 23237 | 2024-08-08 |
Similarity and Dissimilarity Regularized Nonnegative Matrix Factorization for Single-Cell RNA-seq Analysis
2022-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-021-00457-0
PMID:34231183
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研究论文 | 本文提出了一种新的聚类方法——相似性与相异性正则化的非负矩阵分解（SDCNMF），用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析 | SDCNMF方法同时施加相似性和相异性约束于低维表示，既能保持相似细胞在低维空间中更接近，也能将不相似的细胞彼此推开 | NA | 探索单细胞RNA测序数据中的细胞异质性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 非负矩阵分解（NMF） | 基因表达数据 | 五个scRNA-seq数据集 |
| 23238 | 2024-08-08 |
An active learning approach for clustering single-cell RNA-seq data
2022-03, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology
DOI:10.1038/s41374-021-00639-w
PMID:34244616
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研究论文 | 本文提出了一种用于单细胞RNA测序数据聚类的主动学习框架 | 该框架采用主动学习算法，能够主动向生物学家查询标签，并仅对部分细胞进行手动标记，从而提高聚类的生物学解释性 | NA | 解决现有单细胞RNA测序数据聚类方法中生物学解释性差的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 主动学习模型 | 数据 | 四个真实单细胞RNA测序数据集，每个数据集少于1000个标记细胞 |
| 23239 | 2024-08-08 |
Extrafollicular PD-1highCXCR5-CD4+ T cells participate in local immunoglobulin production in nasal polyps
2022-02, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2021.06.023
PMID:34224786
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研究论文 | 本文研究了鼻息肉中非滤泡外的PD-1高表达CXCR5阴性CD4+ T细胞在局部免疫球蛋白产生中的作用 | 发现PD-1高表达CXCR5阴性CD4+ T细胞在鼻息肉中具有独特的表型，与B细胞帮助和组织定居相关，且不同于鼻息肉中的其他CD4+ T细胞亚群 | NA | 旨在识别鼻息肉中独立于异位淋巴组织（eLTs）的局部免疫球蛋白产生相关的T细胞亚群 | 鼻息肉中的CD4+ T细胞亚群及其在局部免疫球蛋白产生中的作用 | 免疫学 | 鼻息肉 | 免疫荧光、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 鼻息肉组织样本 |
| 23240 | 2024-08-08 |
A novel patient stratification strategy to enhance the therapeutic efficacy of dasatinib in glioblastoma
2022-01-05, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noab158
PMID:34232320
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研究论文 | 本文研究了一种新的患者分层策略，以提高达沙替尼在胶质母细胞瘤治疗中的疗效 | 提出了一种基于基因表达分型的患者分层策略，以优化达沙替尼在胶质母细胞瘤治疗中的应用 | NA | 探讨不同亚型胶质母细胞瘤对达沙替尼的反应差异，并提出临床试验中的患者富集策略 | 胶质母细胞瘤及其亚型对达沙替尼的敏感性 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | 来自原发性患者肿瘤的胶质母细胞瘤干细胞样细胞（GSCs） |