单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2301	2025-03-16	Vascular restoration through local delivery of angiogenic factors stimulates bone regeneration in critical size defects 2024-Jun, Bioactive materials IF:18.0Q1 DOI:10.1016/j.bioactmat.2024.07.003 PMID:39100886	研究论文	本文通过局部递送血管生成因子来刺激临界尺寸骨缺损中的骨再生	创新性地将电纺PCL纤维与携带Spp1和Cxcl12的电喷雾PLGA微球结合，实现了这些因子的逐步释放，从而恢复血管生成并加速骨再生	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证其效果	解决临界尺寸骨缺损的复杂修复过程，促进骨再生	临界尺寸骨缺损的小鼠模型	生物医学工程	骨缺损	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
2302	2025-03-16	hdWGCNA identifies co-expression networks in high-dimensional transcriptomics data 2023-06-26, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100498 PMID:37426759	研究论文	本文介绍了hdWGCNA，一个用于分析高维转录组数据中共表达网络的综合框架	hdWGCNA支持系统级分析，能够进行异构体水平的网络分析，并兼容广泛使用的Seurat R包	NA	开发一个支持高维转录组数据系统级分析的工具	高维转录组数据，如单细胞和空间RNA测序数据	生物信息学	自闭症谱系障碍, 阿尔茨海默病	单细胞RNA测序, 空间RNA测序	NA	转录组数据	近100万个细胞的数据集
2303	2025-03-16	Single-nucleus RNA sequencing of human pancreatic islets identifies novel gene sets and distinguishes β-cell subpopulations with dynamic transcriptome profiles 2023-05-01, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-023-01179-2 PMID:37127706	研究论文	本文通过单核RNA测序技术（snRNA-seq）研究了人类胰岛细胞的转录组特征，并识别了新的基因集和β细胞亚群	利用snRNA-seq技术，结合内含子序列信息，识别了人类胰岛细胞中非经典基因标记，并区分了β细胞的三个亚群	研究主要基于体外和体内实验，未涉及大规模临床样本验证	研究人类胰岛细胞的转录组特征及其动态变化	人类胰岛细胞	基因组学	糖尿病	单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	RNA测序数据	来自同一供体的人类胰岛细胞
2304	2025-03-16	APOE modulates microglial immunometabolism in response to age, amyloid pathology, and inflammatory challenge 2023-03-28, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112196 PMID:36871219	研究论文	本文探讨了APOE基因型如何调控小胶质细胞的免疫代谢，特别是在衰老、神经炎症和阿尔茨海默病病理背景下	结合了批量、单细胞和空间转录组学，以及细胞特异性和空间分辨的代谢分析，系统性地研究了APOE在不同条件下的作用	研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类情况	研究APOE基因型对小胶质细胞免疫代谢的调控作用	表达人类APOE的小鼠	神经科学	阿尔茨海默病	RNA测序（RNA-seq）、空间转录组学、质谱成像	NA	转录组数据、代谢数据	NA
2305	2025-03-16	Protocol to isolate live single cells while retaining spatial information by combining cell photolabeling and FACS 2022-12-16, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2022.101795 PMID:36325581	研究论文	本文介绍了一种结合细胞光标记和荧光激活细胞分选（FACS）的方法，用于从原发性乳腺肿瘤中分离活单细胞并保留空间信息	提出了一种名为PADME的新方法，能够在单细胞技术中保留空间定位信息	需要进一步验证该方法在其他类型肿瘤或组织中的适用性	开发一种能够在单细胞分析中保留空间信息的技术	原发性乳腺肿瘤中的活单细胞	生物技术	乳腺癌	细胞光标记, FACS, 单细胞RNA测序	NA	单细胞数据	NA
2306	2025-03-16	Genome-wide analysis of common and rare variants via multiple knockoffs at biobank scale, with an application to Alzheimer disease genetics 2021-12-02, American journal of human genetics IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.ajhg.2021.10.009 PMID:34767756	研究论文	本文提出了一种可扩展的KnockoffScreen-AL方法，用于分析生物库规模的全基因组测序和全基因组插补数据集中的常见和罕见变异，并应用于阿尔茨海默病遗传学分析	提出了一种适用于生物库规模研究的KnockoffScreen-AL方法，能够分析数百万个罕见遗传变异，并在阿尔茨海默病分析中发现了14个传统关联测试未能检测到的显著位点	生成knockoffs的计算成本较高，现有方法无法处理生物库规模的全基因组测序数据	开发一种可扩展的方法，用于分析生物库规模的全基因组测序和全基因组插补数据集中的常见和罕见变异，并应用于阿尔茨海默病遗传学分析	388,051个来自英国生物库的全基因组插补样本，以及94,437个临床诊断的阿尔茨海默病样本	基因组学	阿尔茨海默病	全基因组测序、全基因组插补、单细胞RNA测序、蛋白质组学	KnockoffScreen-AL	基因组数据、单细胞RNA测序数据、蛋白质组数据	388,051个全基因组插补样本，94,437个临床诊断样本，143,793个单核转录组样本，735个蛋白质组样本
2307	2025-03-16	An N-Cadherin 2 expressing epithelial cell subpopulation predicts response to surgery, chemotherapy and immunotherapy in bladder cancer 2021-08-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25103-7 PMID:34385456	研究论文	本研究通过单核RNA测序、空间转录组学和单细胞分辨率空间蛋白质组学分析，识别出膀胱癌中具有治疗反应预测能力的上皮细胞亚群	发现表达N-Cadherin 2（CDH12）的上皮细胞亚群，能够预测膀胱癌患者对手术、化疗和免疫治疗的反应	研究主要基于单细胞和空间组学技术，样本量和临床验证可能有限	探索膀胱癌患者对手术、化疗和免疫治疗反应的预测标志物	膀胱癌患者的上皮细胞亚群	数字病理学	膀胱癌	单核RNA测序、空间转录组学、单细胞分辨率空间蛋白质组学	NA	RNA测序数据、蛋白质组学数据	人类膀胱癌样本
2308	2025-03-15	Pdia3 deficiency exacerbates intestinal injury by disrupting goblet and Paneth cell function during ischemia/reperfusion 2025-Jun, Cellular signalling IF:4.4Q2 DOI:10.1016/j.cellsig.2025.111682 PMID:39988288	研究论文	本研究探讨了PDIA3在肠缺血/再灌注（I/R）损伤中维持肠道完整性和免疫功能的作用	首次揭示了PDIA3在肠I/R损伤中通过影响杯状细胞和潘氏细胞功能来维持肠道屏障完整性的机制，并提出了通过重组防御素α1治疗Pdia3缺陷的可能性	研究主要依赖于小鼠模型，人类样本的应用有限，且未深入探讨PDIA3在其他类型细胞中的作用	探索PDIA3在肠I/R损伤中维持肠道完整性和免疫功能的作用	人类和小鼠的肠上皮细胞，特别是杯状细胞和潘氏细胞	NA	肠缺血/再灌注损伤	单细胞RNA测序、免疫组织化学、转录组分析	NA	RNA测序数据、免疫组织化学数据、转录组数据	人类和小鼠的肠上皮细胞样本
2309	2025-03-15	Timestamp calibration for time-series single cell RNA-seq expression data 2025-May-01, Journal of molecular biology IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.jmb.2025.169021 PMID:40010431	研究论文	本文提出了一种名为ScPace的新时间戳校准模型，用于处理带有噪声标签的时间序列单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据	ScPace模型通过引入潜在变量指示器而非概率采样来有效检测噪声样本，显著提升了时间戳自动注释的性能	当前方法倾向于选择不太关键的清洗样本进行时间戳校准，可能影响校准效果	提高时间序列scRNA-seq数据中时间戳自动注释的准确性和鲁棒性	时间序列单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	ScPace	时间序列单细胞RNA测序数据	模拟和真实时间序列scRNA-seq数据集
2310	2025-03-15	How fish intestinal cells responded to dietary methylmercury exposure? A single-cell transcriptomic analysis 2025-Apr-15, Environmental pollution (Barking, Essex : 1987) DOI:10.1016/j.envpol.2025.125967 PMID:40043872	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析探讨了鱼类肠道细胞对膳食甲基汞暴露的响应	首次在单细胞水平上揭示了不同肠道细胞群体对甲基汞暴露的异质性响应	研究仅限于一种鱼类（金头鲷），未涉及其他物种或更广泛的生态影响	探讨鱼类肠道细胞对膳食甲基汞暴露的响应机制	金头鲷的肠道细胞	单细胞转录组学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
2311	2025-03-15	Hypoxia-Induced Senescent Fibroblasts Secrete IGF1 to Promote Cancer Stemness in Esophageal Squamous Cell Carcinoma 2025-Mar-14, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-1185 PMID:39661488	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，识别了一种与食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤干细胞性相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）亚群，即缺氧诱导的衰老成纤维细胞（hsCAF），并揭示了其通过分泌胰岛素样生长因子1（IGF1）促进肿瘤干细胞性的机制	首次识别并描述了缺氧诱导的衰老成纤维细胞（hsCAF）这一CAF亚群，并揭示了其在促进食管鳞状细胞癌（ESCC）肿瘤干细胞性和化疗抵抗中的关键作用	研究主要基于单细胞RNA测序数据，需要进一步的功能实验验证hsCAF的具体作用机制	阐明癌症相关成纤维细胞（CAF）在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的具体作用及其对肿瘤干细胞性和化疗抵抗的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本中的癌症相关成纤维细胞（CAF）	数字病理学	食管鳞状细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	食管鳞状细胞癌（ESCC）患者样本
2312	2025-03-15	Shaping early neural development by timed elevated tissue oxygen tension: Insights from multiomic analysis on human cerebral organoids 2025-Mar-14, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ado1164 PMID:40073136	研究论文	本研究利用体外人类大脑类器官模型和多组学分析，探讨了在神经发育早期组织氧张力的作用	揭示了在神经发育的第4至6周期间，类器官内氧张力升高、能量稳态改变和快速神经生成的关键时期，并探讨了神经球蛋白在神经发育中的作用	由于技术限制，氧在早期神经发育中的作用很少被研究	探讨氧在早期神经发育中的作用及其对神经生成的影响	人类大脑类器官	神经科学	神经退行性疾病	多组学分析、高级显微镜技术、单细胞RNA测序	人类大脑类器官模型	多组学数据	NA
2313	2025-03-15	Single-cell RNA sequencing revealed changes in the tumor microenvironment induced by radiotherapy for cervical cancer and the molecular mechanism of mast cells in immunosuppression 2025-Mar-14, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01564-7 PMID:40082276	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了宫颈癌患者放疗前后肿瘤微环境的变化，揭示了放疗诱导的细胞异质性及其分子机制	首次应用单细胞RNA测序技术分析宫颈癌患者放疗前后的组织样本，揭示了放疗后肿瘤微环境中细胞组成和基因表达的变化，特别是肥大细胞的上调及其在肿瘤免疫抑制和基质重塑中的关键作用	样本量较小，仅包括三名宫颈癌患者，可能影响结果的普遍性	研究宫颈癌放疗后肿瘤微环境的变化，以提供改善放疗治疗效果的证据	宫颈癌患者放疗前后的组织样本	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	三名宫颈癌患者的52,506个细胞
2314	2025-03-15	Gene print-based cell subtypes annotation of human disease across heterogeneous datasets with gPRINT 2025-Mar-14, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1093/procel/pwaf001 PMID:40083145	研究论文	本研究开发了gPRINT算法，用于在异质单细胞数据集中统一注释疾病特异性细胞亚型（DSCSs）	gPRINT算法受语音识别原理启发，将基因位置和表达信息转化为声纹，结合神经网络减少背景噪音对细胞身份标签映射的影响，实现了跨数据集自动细胞亚型注释	NA	开发一种自动化且统一的方法，用于跨数据集识别疾病特异性细胞亚型，以促进不同疾病状态下特定细胞亚型的阐明，并为探索疾病治疗靶点提供有力工具	人类疾病中的细胞亚型	生物信息学	纤维化相关疾病	单细胞测序	神经网络	单细胞基因表达数据	NA
2315	2025-03-15	Blocking ITGA5 potentiates the efficacy of anti-PD-1 therapy on glioblastoma by remodeling tumor-associated macrophages 2025-Mar-14, Cancer communications (London, England) DOI:10.1002/cac2.70016 PMID:40084746	研究论文	本研究探讨了胶质母细胞瘤（GBM）对PD-1抗体治疗抵抗的分子机制，并发现通过阻断ITGA5可以增强抗PD-1治疗的疗效	揭示了circSDHAF2通过稳定ITGA5蛋白促进MES-GBM细胞形成，并通过N-糖基化促进ITGA5蛋白转运至外泌体，进而诱导SPP1+ MDMs的形成，最终促进GBM免疫逃逸的新机制	研究主要基于单细胞RNA测序和空间转录组学数据，尚未在更大规模的临床试验中验证	解析GBM对PD-1抗体治疗抵抗的分子机制，并探索新的免疫治疗策略	胶质母细胞瘤（GBM）组织中的MES-GBM细胞、SPP1+ MDMs和T细胞	数字病理学	胶质母细胞瘤	单细胞RNA测序、空间转录组学、共免疫沉淀、RNA免疫沉淀、下拉实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	接受抗PD-1治疗的GBM组织样本
2316	2025-03-15	Recent Neuropathology Concepts 2025-Mar-13, Toxicologic pathology IF:1.4Q4 DOI:10.1177/01926233251320056 PMID:40079493	会议摘要	2024年欧洲毒理病理学会大会的最后一场会议专注于最新的神经病理学概念，涵盖了人工智能在毒理病理学中的应用、组织可视化和分析的新技术以及特定病例报告	介绍了人工智能和计算病理学在毒理病理学中的角色、冷冻荧光断层扫描在神经病理学中的应用、血脑屏障类器官在早期药物筛选中的应用以及空间转录组学在毒理病理学中的应用	NA	探讨新兴技术在药物筛选和开发中的当前和未来影响	毒理病理学家、神经病理学技术、药物筛选模型	数字病理	NA	人工智能、冷冻荧光断层扫描、血脑屏障类器官、空间转录组学	NA	组织图像、基因表达数据	NA
2317	2025-03-15	CO-Releasing Polyoxometalates Nanozyme with Gut Mucosal Immunity and Microbiota Homeostasis Remodeling Effects for Restoring Intestinal Barrier Integrity 2025-Mar-13, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500116 PMID:40079617	研究论文	本研究介绍了一种新型CO释放多金属氧酸盐纳米酶（PMC），用于修复炎症性肠病（IBD）中的肠道屏障完整性	PMC通过靶向积累、高效清除活性氧（ROS）和响应性CO释放，展现出多重治疗效果，并能够重塑肠道微生物组成和免疫平衡	研究未明确PMC在长期使用中的安全性和潜在副作用	开发一种多功能治疗剂，用于修复炎症性肠病中的肠道屏障完整性	炎症性肠病（IBD）患者	生物医学工程	炎症性肠病	16S rRNA测序、单细胞RNA测序	NA	基因测序数据	未明确样本数量
2318	2025-03-15	Exploring mechanisms of britannin against colorectal cancer based on experimentally validated network pharmacology 2025-Mar-13, Naunyn-Schmiedeberg's archives of pharmacology DOI:10.1007/s00210-025-03995-2 PMID:40080155	研究论文	本研究探讨了britannin对结直肠癌的治疗机制，结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，并通过体内外实验验证其效果	首次结合网络药理学和单细胞RNA测序技术，系统地探讨了britannin对结直肠癌的治疗机制，并验证了其对肿瘤微环境的调节作用	研究主要基于实验模型，尚未在临床环境中验证britannin的效果	探索britannin在结直肠癌治疗中的机制	结直肠癌细胞及肿瘤微环境	数字病理学	结直肠癌	网络药理学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
2319	2025-03-15	Predictive and personalized approaches for idiopathic pulmonary fibrosis: a Wnt-related gene set scoring framework integrating single-cell sequencing, spatial transcriptomics, and machine learning for diagnosis and prognosis 2025-Mar-13, Functional & integrative genomics IF:3.9Q1 DOI:10.1007/s10142-025-01571-8 PMID:40080215	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2320	2025-03-15	BMP-2 generates a functional bone marrow niche by inducing the differentiation of local mesenchymal cells into CAR cells 2025-Mar-13, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2024014062 PMID:40080674	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和移植模型，首次证明BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）具有与长骨骨髓（LB-BM）相似的微结构、细胞组成和功能性造血能力	首次证明BMP-eBM能够支持造血干细胞和CXCL12丰富的网状细胞（CAR细胞），并能在辐照小鼠中恢复生存能力	未明确说明BMP-eBM在长期使用中的稳定性和安全性	研究BMP-2诱导的异位骨髓是否能够提供与天然骨髓相似的功能性骨髓微环境	BMP-2诱导的异位骨髓（BMP-eBM）和长骨骨髓（LB-BM）	生物医学	骨髓相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	辐照小鼠模型