单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 39643 篇文献，本页显示第 2301 - 2320 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2301 | 2026-04-28 |
Multi-omics analyses of the Alviniconcha holobiont reveal multi-faceted adaptations to deep-sea hydrothermal vents
2026-04, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-025-3148-0
PMID:41692943
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研究论文 | 通过多组学分析揭示了深海热液喷口Alviniconcha蜗牛全生物体多方面适应机制 | 首次提供了两种Alviniconcha蜗牛的染色体水平基因组，并整合空间转录组学揭示了鳃丝功能分区 | 未提及 | 研究深海热液喷口中Alviniconcha全生物体的分子和生理适应机制 | Alviniconcha adamantis和Alviniconcha marisindica两种蜗牛及其共生菌 | 基因组学、空间转录组学 | NA | 染色体级别基因组组装、空间转录组学 | NA | 基因组序列、空间转录组数据 | 两种Alviniconcha蜗牛物种 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2302 | 2026-04-28 |
Single-Cell Profiling Reveals Distinct Immune Communication Networks in Centenarians and Elderly Controls
2026-Apr, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.70486
PMID:41979395
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研究论文 | 通过单细胞转录组学分析，揭示了百岁老人及其后代与老年对照者之间不同的免疫细胞通讯网络，鉴定出与健康衰老相关的免疫重塑模式 | 首次在单细胞水平上系统比较百岁老人、其后代和老年对照者的免疫细胞间通讯网络，发现健康衰老个体中由IL-15和IL-18等正调控因子介导的配体-受体相互作用增强，与效应免疫细胞毒性和免疫监视能力提高一致 | 仅分析外周血单个核细胞的免疫通讯，未涉及其他组织或器官；跨种族或跨队列的验证有限 | 探究免疫细胞间通讯在健康衰老和极端长寿中的变化及其机制 | 百岁老人、其子女以及老年对照者的外周血单个核细胞 | 机器学习 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 表达数据 | 包含百岁老人、其子女和老年对照者共多个样本的PBMC单细胞转录组数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'试剂盒 |
| 2303 | 2026-04-28 |
LAML-Pro: Joint Maximum Likelihood Inference of Cell Genotypes and Cell Lineage Trees
2026-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.27.714879
PMID:41959070
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研究论文 | 提出一种名为LAML-Pro的算法，能够联合推断细胞基因型和细胞谱系树，以克服现有两步法因基因型错误导致谱系树不准确的问题 | 提出基于概率混合型缺失观测（PMMO）模型的联合推断方法，利用状态转移的稀疏性在数千个细胞中快速构建谱系树，并纠正基因型错误 | 仅适用于基于成像的谱系追踪数据，对新一代测序数据适用性未明确说明 | 开发一种能够从动态谱系追踪数据中同时推断细胞基因型和谱系树的算法，以提高谱系重建的准确性 | 模拟数据以及两种基于成像的谱系追踪系统产生的实验数据 | 机器学习 | NA | 基因组编辑诱导突变、单细胞成像 | PMMO（概率混合型缺失观测模型）、最大似然估计 | 成像数据（荧光成像）、模拟基因型数据 | 模拟数据中数千个细胞；实验数据中两种成像谱系追踪系统的样本 | NA | 单细胞成像 | NA | NA |
| 2304 | 2026-04-28 |
Intercellular communication is a heritable dimension of human tissue architecture
2026-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.29.715138
PMID:41959167
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研究论文 | 本研究提出EdgeMap方法，整合空间转录组学与GWAS摘要统计，将性状遗传力分解为细胞内在和细胞间组成部分，并解析细胞间信号为特定配体-受体通道 | 首次将遗传效应定位到细胞间分子界面，建立细胞间通讯作为遗传架构的可遗传维度 | 未明确说明限制 | 探究细胞间通讯在组织架构中的遗传性及其对疾病风险的贡献 | 17种人类性状和5种人体组织 | 机器学习 | 双相情感障碍、心血管疾病、肝脏疾病 | 空间转录组学、GWAS摘要统计 | EdgeMap | 空间转录组数据 | 多种组织切片及独立GWAS队列 | 10x Genomics | 空间转录组学 | Visium HD | 细胞分割的Visium HD |
| 2305 | 2026-04-28 |
The Human Male Mammary Gland has Similar Epithelial Populations to Female but Distinct Composition and Transcriptional Properties
2026-Mar-31, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.27.714915
PMID:41959192
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研究论文 | 论文通过单细胞RNA测序描绘了正常成人男性乳腺的细胞图谱，发现其与女性乳腺具有相同的上皮细胞类型，但组成和转录特性不同 | 首次以单细胞分辨率描述正常男性乳腺的细胞和转录特征，揭示了男性乳腺中管腔成熟细胞比例增加、基底细胞和管腔祖细胞减少的特异性组成，以及区别于女性的基因表达、RNA加工、炎症信号和雌激素受体通路活性差异 | 未提及具体局限性 | 填补正常男性乳腺单细胞层面表征的空白，为男性乳腺癌的细胞基础提供参考 | 正常成人乳腺组织样本（来自3名男性和14名女性捐赠者） | 数字病理学, 机器学习 | 男性乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 17名捐赠者（3名男性、14名女性），共174471个细胞（含18117个男性来源细胞） | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'转录组测序 |
| 2306 | 2026-04-28 |
High-dimensional multiomics reveals perturbations to IL-6/IL-6R axis and RUNX3 in CD4+ T cells during third trimester pregnancy
2026-Mar-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.26.711478
PMID:41959409
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研究论文 | 通过高维多组学分析揭示妊娠晚期CD4+ T细胞中IL-6/IL-6R轴和RUNX3的扰动 | 首次结合流式细胞术筛选>350个表面蛋白和单细胞RNA测序（含>130种CITE-seq条形码抗体）系统分析妊娠期CD4+ T细胞的表面蛋白组和转录组变化 | 研究对象仅限于足月妊娠（>37周）样本，未包含早产或整个妊娠周期的纵向数据 | 理解妊娠期CD4+ T细胞表面蛋白质组和转录组的分子变化及其免疫调节机制 | 正常妊娠女性血液和蜕膜中的CD4+ T细胞，以及非妊娠女性血液中的CD4+ T细胞 | 免疫学 | 妊娠相关疾病 | 流式细胞术, 单细胞RNA测序, CITE-seq | NA | 蛋白质表达数据, 基因表达数据 | 足月妊娠（>37周）女性的血液和蜕膜样本，以及非妊娠女性的血液样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' 结合CITE-seq抗体标记 |
| 2307 | 2026-04-28 |
CosMxScope: Scalable Reconstruction and Digital Pathology Integration of Imaging-Based Spatial Transcriptomics Data
2026-Mar-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.25.713520
PMID:41959506
|
研究论文 | CosMxScope是一个轻量级开源Python框架，用于重建成像型空间转录组学数据并与数字病理学工具整合 | 将CosMx空间分子成像仪数据与广泛使用的数字病理学环境（如QuPath）桥接，提供FOV图像拼接、细胞分割多边形和转录坐标转换为GeoJSON对象的功能，促进空间转录组学与病理学分析工作流的结合 | 该框架专为CosMx SMI平台设计，可能不适用于其他空间转录组学平台 | 开发一个实用的工具，实现空间转录组学数据与数字病理学可视化环境的交互式探索和整合 | 人类和小鼠组织的CosMx空间分子成像数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像和转录坐标 | 多个正在进行的研究项目涉及人类和小鼠组织 | NA | 空间转录组学 | CosMx Spatial Molecular Imager | CosMx空间分子成像仪，用于单细胞空间多组学分析，可测量每个细胞数千个RNA或蛋白质靶标 |
| 2308 | 2026-04-28 |
Bulliform cells: anatomical, physiological, genetic, and computational perspectives on plants' drought adaptation
2026-Mar-19, Planta
IF:3.6Q1
DOI:10.1007/s00425-026-04984-2
PMID:41857245
|
review | 本综述从解剖学、生理学、遗传学和计算学角度综合探讨了泡状细胞在植物干旱适应中的作用 | 提出了多组学、系统生物学和AI驱动建模的综合框架，用于预测泡状细胞行为以优化作物抗逆性 | 对泡状细胞在复合非生物胁迫下的响应机制以及水分保持与叶片热调节之间的生理权衡的理解仍存在显著知识空白 | 整合泡状细胞的结构、功能和调控知识，推动抗胁迫作物品种的开发 | 泡状细胞（禾本科叶片上的特化表皮运动细胞） | machine learning | NA | 单细胞转录组学、全基因组关联分析、QTL定位 | NA | 图像、转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | 高分辨率成像、单细胞转录组学技术 |
| 2309 | 2026-04-28 |
Translation of scRNA-seq to a clinical blood test for infection diagnostics
2026-Feb, Expert review of molecular diagnostics
IF:3.9Q1
DOI:10.1080/14737159.2026.2647154
PMID:41918251
|
评论 | 该文章探讨了将单细胞RNA测序转化为临床血液检测用于感染诊断的前景，并介绍了一种新型的单细胞类型特异性比例基生物标志物方法 | 引入了一种名为DIRECT LS-TA的单核细胞特异性基因表达比例基生物标志物方法，无需细胞分选即可可靠量化单细胞类型特异性基因表达，且成本低于单细胞RNA测序 | 文章未提供DIRECT LS-TA方法的详细验证数据或大规模临床试验结果，其临床实用性尚需进一步验证 | 开发一种适用于临床实验室的单细胞类型特异性基因表达检测方法，用于改善发热患者的感染诊断 | 发热患者的外周血单核细胞基因表达 | 机器学习 | 感染性疾病 | 无 | 无 | 基因表达数据 | 无 | 无 | 单细胞RNA测序 | 无 | 无 |
| 2310 | 2026-04-28 |
Resolving tooth development at single-cell resolution: advancing dental regeneration
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1785805
PMID:41909121
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综述 | 该文章综述了单细胞转录组学在小鼠和人类牙齿发育中的应用，为牙齿再生提供了理论和策略基础 | 通过单细胞分辨率解析牙齿发育过程，揭示了细胞异质性、谱系轨迹和分子信号网络，为牙科再生提供了新见解 | 未明确提及具体局限性 | 总结单细胞转录组学在牙齿发育研究中的进展，并探讨其在牙齿再生中的应用 | 小鼠和人类牙齿发育的细胞和分子机制 | 数字病理学 | 牙科疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2311 | 2026-04-28 |
Integrative pan-cancer analysis of dipeptidyl peptidase 4 with clinical and in vitro validation in prostate cancer
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1616889
PMID:41909664
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研究论文 | 对二肽基肽酶4在泛癌中的综合生物信息学分析，并在前列腺癌中进行临床和体外验证 | 首次对DPP4进行泛癌水平的综合分析，结合转录组、基因组、免疫基因组及单细胞测序等多维度数据，并利用药物处理实验验证其在前列腺癌中的表达变化 | 未明确提及局限性，但样本量有限（仅97例前列腺癌患者），且仅使用两种前列腺癌细胞系进行体外验证 | 探究二肽基肽酶4在泛癌中的表达模式、免疫调节功能及预后价值，重点验证其在前列腺癌中的作用 | 多种癌症类型的肿瘤组织及前列腺癌患者队列（n=97）的临床样本，以及22Rv1和C4-2前列腺癌细胞系 | 机器学习, 生物信息学 | 前列腺癌, 肺癌, ……（泛癌分析涵盖多种癌症） | qPCR, 免疫组化, 单细胞测序, 分子对接, 分子动力学模拟 | NA | 转录组数据, 基因组数据, 单细胞数据, 图像（免疫组化） | 97例前列腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2312 | 2026-04-28 |
Amplification cycles through innate lymphoid cells at the onset of lupus nephritis
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1756560
PMID:41909692
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研究论文 | 基于狼疮易感小鼠的单细胞转录组数据，构建数学模型描述狼疮肾炎中先天免疫细胞的早期动态，揭示先天性淋巴细胞在炎症放大中的作用 | 提出可扩展的数学框架分析免疫细胞相互作用动态，将先天性淋巴细胞作为自身抗体存在下炎症过程的放大器，并通过模型分析揭示正反馈回路、自发炎症事件及环境刺激的影响 | 未提及具体局限性 | 理解狼疮肾炎发病早期的细胞和分子机制，建立定量模型评估疾病严重程度并预测生物治疗反应 | 狼疮易感NZB/W F1小鼠的先天免疫细胞（包括组织相关先天性淋巴细胞和血管相关自然杀伤细胞） | 机器学习 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞转录组测序 | 细胞间相互作用数学模型 | 单细胞转录组数据 | 狼疮易感NZB/W F1小鼠（具体样本量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2313 | 2026-04-28 |
Organoid-microglia system for modeling the immune microenvironment of the brain and retina
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1747589
PMID:41909700
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综述 | 本文总结了将小胶质细胞整合到神经类器官中的策略，并探讨了其在模拟脑和视网膜免疫微环境中的应用 | 系统总结了共分化和移植等将小胶质细胞整合入神经类器官的方法，并介绍了芯片上器官、空间转录组学和多组学等新兴技术如何增强模型生理相关性 | 未明确指出具体限制，但作为综述，可能缺乏原始实验数据验证 | 探讨用于研究神经免疫相互作用的类器官-小胶质细胞模型的建立和应用 | 脑和视网膜类器官以及小胶质细胞 | 数字病理学 | 自闭症谱系障碍、阿尔茨海默病 | NA | NA | NA | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2314 | 2026-04-28 |
Venous endothelial remodeling mediated by MARCKS promotes angiogenesis and tumor progression in hepatocellular carcinoma: insights from single-cell RNA sequencing
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1734982
PMID:41909714
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示MARCKS介导的静脉内皮重塑促进肝细胞癌的血管生成和肿瘤进展 | 首次鉴定静脉内皮细胞为肝细胞癌肿瘤血管生成的关键启动子，并基于静脉内皮细胞富集基因构建预后风险模型（VERS），发现MARCKS是潜在治疗靶点 | NA | 理解肝细胞癌内皮细胞异质性，识别肿瘤血管生成的关键调控因子，以改进抗血管生成治疗策略 | 肝细胞癌微环境中的内皮细胞 | NA | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个单细胞RNA测序数据集 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2315 | 2026-04-28 |
Molecular mechanism of Danshen injection in treating endometrial fibrosis induced by intrauterine adhesions via the LAMC2-CD44-TGF-β1-SMAD2/3 signaling pathway
2026, Frontiers in physiology
IF:3.2Q2
DOI:10.3389/fphys.2026.1794215
PMID:42037995
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研究论文 | 本研究探讨丹参注射液通过LAMC2-CD44-TGF-β1-SMAD2/3信号通路治疗宫腔粘连引起的子宫内膜纤维化的分子机制 | 首次阐明丹参注射液通过调控LAMC2-CD44-TGF-β1-SMAD2/3信号通路减轻子宫内膜纤维化，并结合单细胞RNA测序揭示细胞组成和细胞间通讯的变化 | 仅使用动物模型和体外细胞实验，缺乏临床样本验证；未明确丹参注射液的具体活性成分及其直接靶点 | 揭示丹参注射液治疗宫腔粘连导致的子宫内膜纤维化的分子机制 | 宫腔粘连大鼠模型及LPS刺激的子宫成纤维细胞 | 数字病理学 | 子宫内膜纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 大鼠模型样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2316 | 2026-04-28 |
Therapeutic Targeting of Oxidative Phosphorylation in Microsatellite Instability-High Gastric Cancer
2026, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.127225
PMID:42038020
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了微卫星不稳定型胃癌中氧化磷酸化代谢增强的现象，并识别出五个潜在的治疗靶点基因 | 首次在单细胞分辨率下揭示MSI胃癌相较于GS亚型具有增强的氧化磷酸化代谢特征，并利用LASSO回归筛选出五个关键基因，在PDX模型中验证其与肿瘤生长和ATP水平的相关性 | 文章未说明样本量大小及外部验证数据集的多样性，且PDX模型可能无法完全模拟人类肿瘤微环境 | 探究MSI与GS亚型胃癌在肿瘤微环境，特别是代谢重编程方面的差异 | MSI和GS亚型胃癌患者及PDX模型中的肿瘤组织 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归 | 单细胞转录组数据 | 未明确说明样本数量，但包括GS和MSI亚型患者样本及TCGA数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2317 | 2026-04-28 |
An integrated bulk and single-cell transcriptomic analysis reveals stemness-driven immune regulation and therapeutic vulnerability in colorectal cancer
2026, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.132694
PMID:42038026
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研究论文 | 通过整合型转录组分析揭示结直肠癌中干性驱动的免疫调控和治疗脆弱性 | 首次整合批量转录组和单细胞RNA-seq数据，建立基于干性的风险模型，揭示肿瘤干性对免疫调控和治疗反应的影响 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2318 | 2026-04-28 |
Exploring the expression and prognostic roles of LAD1 in lung adenocarcinoma
2025-Dec-21, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-33277-z
PMID:41423496
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研究论文 | 探索LAD1在肺腺癌中的表达和预后作用 | 首次结合单细胞和批量RNA测序数据全面分析LAD1在肺腺癌中的表达模式和预后价值，并通过实验验证LAD1敲低对细胞迁移和侵袭的影响 | 样本量有限，缺乏LAD1在肺腺癌中作用机制的深入分子生物学验证 | 鉴定肺腺癌的新型生物标志物并理解其潜在机制 | 肺腺癌患者肿瘤组织、相邻正常组织以及A549细胞系 | 机器学习 | 肺癌 | 单细胞RNA测序、批量RNA测序、免疫组化染色、siRNA敲低实验 | 列线图模型 | 单细胞基因表达数据、批量基因表达数据、临床病理数据 | 10名肺腺癌患者（scRNA-seq），36名肺腺癌患者（免疫组化） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2319 | 2026-04-28 |
A novel zinc finger protein gene signature for prognostic prediction, tumor microenvironment characterization, and therapeutic response in uterine corpus endometrial carcinoma
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-28415-6
PMID:41309884
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研究论文 | 利用锌指蛋白基因构建风险评分模型，用于子宫内膜癌的预后预测、肿瘤微环境表征及治疗反应评估 | 首次系统利用锌指蛋白基因确定子宫内膜癌患者的预后结局，并建立风险评分模型 | 基于公开数据库分析，缺乏独立外部验证队列及前瞻性临床验证 | 开发基于锌指蛋白基因的预后预测模型，评估其在子宫内膜癌中的临床应用价值 | 子宫内膜癌患者 | 生物信息学 | 子宫内膜癌 | 转录组测序、单细胞RNA测序、数据非依赖采集定量蛋白质组学分析 | LASSO回归、Cox比例风险回归模型 | 转录组数据、单细胞测序数据、临床数据 | 未明确说明具体样本数量（来自TCGA和GEO数据库的子宫内膜癌样本） | NA | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | NA | NA |
| 2320 | 2026-04-28 |
Lactylation-related gene signatures define immune heterogeneity and provide diagnostic biomarkers for periodontitis
2025-Nov-27, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-30213-z
PMID:41310117
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研究论文 | 通过系统分析牙周炎患者与健康对照的基因表达数据集和单细胞RNA测序数据，鉴定乳酸化相关基因特征，揭示免疫异质性并建立诊断标志物 | 首次系统性地将蛋白质乳酸化修饰与牙周炎的免疫微环境联系起来，通过多级整合分析（包括批量基因表达、单细胞RNA测序和机器学习）识别核心诊断标志物EAF1、NEFL和VIM，并揭示乳酸化相关基因在免疫重塑中的作用 | 数据来源于公开数据集，可能受限于样本大小和异质性；需要更大规模的临床验证来确认诊断标志物的普适性；乳酸化修饰的具体分子机制尚未完全阐明 | 探究乳酸化相关基因在牙周炎免疫异质性中的作用及其作为诊断标志物的潜力 | 牙周炎患者与健康对照者的牙龈组织和外周血单核细胞 | 机器学习 | 牙周炎 | 基因表达微阵列、单细胞RNA测序、免疫组织化学 | LASSO回归、随机森林、极限梯度提升 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | GSE10334和GSE16134两个基因表达数据集，以及来自牙周炎患者和健康对照的外周血单核细胞单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |