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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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2301 | 2025-10-06 |
Developmental molecular signatures define de novo cortico-brainstem circuit for skilled forelimb movement
2025-Mar-26, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-6150344/v1
PMID:40196004
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研究论文 | 本研究识别了一种早期发育形成并持续至成年期的直接皮层-脑干神经回路,该回路对前肢精细运动控制至关重要 | 首次发现限制性投射至脑干的皮层神经元亚群(CBN),并鉴定出其发育期分子标志物神经肽Y(Npy) | NA | 探索皮层向脑干投射在精细运动控制中的发育机制和功能作用 | 小鼠皮层下脑投射神经元(SCPN)中的皮层-脑干神经元(CBN) | 神经科学 | NA | 流式细胞分选(FACS),单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2302 | 2025-10-06 |
Genomic and the tumor microenvironment heterogeneity in multifocal hepatocellular carcinoma
2024-Dec-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000001191
PMID:39666875
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研究论文 | 本研究通过整合全外显子组测序和单细胞RNA测序,深入解析了多灶性肝细胞癌中瘤内转移和多中心发生的肿瘤微环境异质性 | 首次在单细胞分辨率下系统比较了多灶性肝细胞癌中瘤内转移和多中心发生的基因组和肿瘤微环境差异 | 样本量相对有限(7名患者的23个样本),需要在更大队列中验证 | 阐明多灶性肝细胞癌中瘤内转移和多中心发生的肿瘤微环境异质性 | 多灶性肝细胞癌患者组织样本 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 全外显子组测序,单细胞RNA测序,免疫组织化学 | NA | 基因组数据,转录组数据,图像数据 | 7名患者的23个样本,另有验证队列 | NA | 单细胞RNA-seq,全外显子组测序 | NA | NA |
2303 | 2024-08-09 |
Correction to: Prioritizing Candidates of Post-Myocardial Infarction Heart Failure Using Plasma Proteomics and Single-Cell Transcriptomics
2020-Oct-13, Circulation
IF:35.5Q1
DOI:10.1161/CIR.0000000000000926
PMID:33044854
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2304 | 2025-10-06 |
SOX2 regulates foregut squamous epithelial homeostasis and is lost during Barrett's esophagus development
2025-Aug-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI190374
PMID:40587339
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研究论文 | 本研究揭示了SOX2转录因子在食管鳞状上皮稳态维持中的关键作用及其在巴雷特食管发展过程中的丢失机制 | 建立了人类BE类器官生物库,通过单细胞转录组学揭示了SOX2和CDX2在BE分化中的平衡调控机制,并利用条件性基因敲除小鼠模型证实SOX2缺失可诱导鳞状上皮向柱状上皮的化生转变 | 研究主要基于动物模型和类器官,需要进一步在人体中验证SOX2丢失与BE发展的直接因果关系 | 探究巴雷特食管化生过程的分子决定因素 | 食管鳞状上皮细胞、巴雷特食管类器官、Krt5CreER/+ Sox2Δ/Δ ROSA26tdTomato/+基因敲除小鼠 | 分子生物学 | 食管腺癌 | 单细胞转录组学、CUT&RUN分析、类器官培养、基因敲除技术 | NA | 转录组数据、表观遗传数据 | 人类BE类器官生物库、基因敲除小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq、bulk RNA-seq | NA | NA |
2305 | 2025-10-06 |
Immune-responsive gene 1: The mitochondrial key to Th17 cell pathogenicity in CNS autoimmunity
2025-Aug-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2427052122
PMID:40758870
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研究论文 | 本研究揭示了免疫应答基因1在调控致病性Th17细胞中的关键作用及其在中枢神经系统自身免疫病中的保护机制 | 首次发现免疫应答基因1通过NLRP3/IL-1β轴调控巨噬细胞MHC Class II表达,影响致病性Th17细胞极化 | 研究主要基于动物模型,人类样本验证不足 | 探究免疫应答基因1在中枢神经系统自身免疫病中对致病性Th17细胞的调控机制 | 实验性自身免疫性脑脊髓炎(EAE)小鼠模型、原代脑胶质细胞、免疫细胞 | 免疫学 | 多发性硬化症 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, 骨髓嵌合体实验, 过继转移实验 | 基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据, 细胞表型数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | RNA-seq, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2306 | 2025-10-06 |
A recurrent de novo damaging variant in EMP2 causes progressive symmetric erythrokeratoderma
2025-Aug-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2509896122
PMID:40758889
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研究论文 | 发现EMP2基因的复发性新生错义变异导致进行性对称性红斑角皮病 | 首次将EMP2基因变异与进行性对称性红斑角皮病相关联,并揭示其通过EGFR信号通路发挥功能获得性机制 | NA | 研究孟德尔皮肤疾病的遗传病因和发病机制 | 进行性对称性红斑角皮病患者及其组织样本 | 遗传学 | 皮肤疾病 | 单细胞空间转录组学, 蛋白质印迹法 | NA | 遗传数据, 转录组数据, 蛋白质数据 | NA | NA | 单细胞空间转录组学 | NA | NA |
2307 | 2025-10-06 |
Combined Bulk and Single-Cell Transcriptomic Analysis to Reveal the Potential Influences of Intestinal Inflammatory Disease on Multiple Sclerosis
2025-Aug, Inflammation
IF:4.5Q2
DOI:10.1007/s10753-024-02195-z
PMID:39680254
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研究论文 | 通过整合批量转录组和单细胞转录组分析,揭示肠道炎症疾病对多发性硬化的潜在影响机制 | 首次结合批量RNA测序和单细胞RNA测序数据,系统分析IBD和MS的共同炎症相关基因,并利用机器学习筛选诊断标志物 | 研究主要基于公共数据库和动物模型数据,需要进一步临床验证 | 探索多发性硬化与炎症性肠病之间的共同病理生理机制 | 多发性硬化患者、实验性自身免疫性脑脊髓炎小鼠模型、炎症性肠病患者 | 生物信息学 | 多发性硬化, 炎症性肠病 | RNA测序, 单细胞RNA测序, 飞行时间质谱流式细胞术, 机器学习 | 机器学习算法 | 转录组数据, 单细胞数据, 质谱流式数据 | 多个公共数据集(GSE126124等)和PRJCA003980单细胞数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, 质谱流式细胞术 | NA | NA |
2308 | 2025-10-06 |
Tryptamine Metabolism and Functionalization in Gut Commensal Bacteria Expand Human Tryptamine Signaling Responses
2025-Jul-18, ACS chemical biology
IF:3.5Q2
DOI:10.1021/acschembio.5c00313
PMID:40577169
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研究论文 | 本研究通过筛选人类粪便来源的细菌培养物上清液,发现肠道共生菌代谢色胺产生的新型小分子信号分子及其对多种GPCR受体的激动作用 | 首次发现肠道共生菌代谢色胺产生的新型小分子代谢物,并阐明这些代谢物对多种GPCR受体(包括褪黑素受体、P2RY11和GPR55)的激动作用 | 研究主要基于体外实验和动物模型,在人类体内的生理相关性需要进一步验证 | 探索肠道微生物产生的功能性小分子对人类G蛋白偶联受体的调节作用 | 人类粪便来源的肠道共生菌及其代谢产物 | 微生物代谢组学 | NA | 生物活性辅助分离、化学结构表征、单细胞RNA测序 | NA | 化学分析数据、受体活性数据、基因表达数据 | 人类粪便来源的细菌培养物、小鼠肠道组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2309 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing reveals that a high salt diet increases IL6R-JAK1-STAT3 gene signaling pathway activity in intestinal B cells and Tfh cells of salt-sensitive hypertension animal model
2025-Jul-16, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-11100-z
PMID:40670501
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示高盐饮食通过增强肠道B细胞和Tfh细胞中IL6R-JAK1-STAT3信号通路活性促进盐敏感性高血压的机制 | 首次在盐敏感性高血压模型中应用单细胞RNA测序技术分析肠道免疫细胞,发现高盐饮食特异性激活B细胞和Tfh样细胞中IL-6R-JAK-STAT信号通路 | 研究仅使用Dahl SS大鼠模型,样本量较小,未在人类样本中验证 | 阐明肠道免疫在盐敏感性高血压发展中的作用机制 | Dahl盐敏感性高血压大鼠模型的肠道和血液免疫细胞 | 单细胞基因组学 | 高血压 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 6周龄Dahl SS大鼠,正常盐饮食和高盐饮食两组 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2310 | 2025-10-06 |
Targeting HK3 in tumor-associated macrophages enhances antitumor immunity through augmenting antigen cross-presentation in cervical cancer
2025-Jul-15, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-011948
PMID:40664447
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研究论文 | 本研究揭示了肿瘤相关巨噬细胞中HK3通过mTOR-TFEB信号轴抑制抗原交叉呈递的机制,并证明靶向HK3可增强抗肿瘤免疫 | 首次发现HK3在TAMs中作为CD8+ T细胞与巨噬细胞交叉调控的关键节点,并阐明其通过mTOR-TFEB通路影响溶酶体活性的新机制 | 临床样本量有限(119例),机制研究主要基于 preclinical 模型 | 探索靶向肿瘤相关巨噬细胞中HK3增强抗肿瘤免疫的治疗策略 | 宫颈癌患者样本、肿瘤相关巨噬细胞、CD8+ T细胞 | 肿瘤免疫学 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 免疫共沉淀, 共聚焦显微镜, 体外共培养 | NA | 基因表达数据, 蛋白质相互作用数据, 细胞影像数据 | 119例宫颈癌患者 | NA | 单细胞RNA测序, bulk RNA测序 | NA | NA |
2311 | 2025-10-06 |
Cellular senescence and its association with aldose reductase promote cyst growth in autosomal dominant polycystic kidney disease
2025-Jun-25, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2025.05.027
PMID:40578685
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研究论文 | 本研究探讨细胞衰老在常染色体显性多囊肾病中的作用及其与醛糖还原酶的关联 | 首次揭示细胞衰老通过分泌表型促进多囊肾病囊肿生长,并确定AKR1B1为关键SASP因子 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床验证尚需进一步研究 | 阐明细胞衰老在ADPKD发病机制中的作用并探索治疗策略 | Pkd1突变小鼠和人类ADPKD肾脏组织 | 生物医学研究 | 多囊肾病 | 单细胞RNA测序,转基因模型,药物干预 | 转基因小鼠模型 | 基因表达数据,组织学数据 | Pkd1突变小鼠和人类ADPKD肾脏样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2312 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA sequencing analysis reveals the dynamic changes in the tumor microenvironment during NMIBC recurrence
2025-02, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-024-02044-2
PMID:39633115
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析非肌层浸润性膀胱癌复发过程中肿瘤微环境的动态变化 | 识别了复发NMIBC中高表达COL18A1的肿瘤相关成纤维细胞亚型和高表达IL-6的巨噬细胞亚型,并发现尿路上皮癌细胞中雌激素上调现象 | 样本量较小(仅10个样本),研究结果需要在更大规模研究中进一步验证 | 探究膀胱癌复发过程中肿瘤微环境的分子机制 | 非肌层浸润性膀胱癌患者样本 | 单细胞测序分析 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光实验 | 伪时间轨迹分析,细胞间通讯分析,功能富集分析 | 单细胞转录组数据,免疫荧光图像数据 | 10个原发性和复发性NMIBC样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2313 | 2025-10-06 |
Deciphering the senescence-based tumoral heterogeneity and characteristics in pancreatic cancer: Results from parallel bulk and single-cell transcriptome data
2025-01, IUBMB life
IF:3.7Q2
DOI:10.1002/iub.70001
PMID:39865528
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研究论文 | 通过整合分析批量与单细胞RNA测序数据,揭示胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性特征 | 首次在批量和单细胞水平并行分析胰腺癌的衰老相关异质性,识别关键衰老相关基因并验证其功能 | 基于公共数据库的回顾性分析,需要进一步实验验证 | 解析胰腺癌中基于细胞衰老的肿瘤异质性及其特征 | 胰腺癌患者组织样本和胰腺癌细胞 | 生物信息学 | 胰腺癌 | RNA测序, 单细胞RNA测序, ssGSEA算法, infercnv算法 | 无监督聚类分析 | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 来自TCGA-PAAD、PACA-AU、PACA-CA和GSE154778数据集的胰腺癌患者样本 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
2314 | 2025-10-06 |
Integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data reveals the key targets of the combination of cisplatin and saikosaponin D in gastric cancer cells
2025-Sep-08, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152359
PMID:40674817
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据分析,揭示柴胡皂苷D联合顺铂治疗胃癌细胞的关键靶点 | 首次整合单细胞和批量RNA测序数据,系统分析柴胡皂苷D增强胃癌细胞对顺铂敏感性的分子机制,发现FAK/AKT/mTOR信号通路的关键作用 | 研究主要基于细胞系实验,缺乏体内动物模型验证;样本量相对有限 | 探究柴胡皂苷D增强胃癌细胞对顺铂敏感性的分子机制和潜在治疗靶点 | 胃癌细胞系(AGS和SGC-7901)及TCGA-GTEx数据库中的胃腺癌数据 | 生物信息学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 实时PCR, 蛋白质印迹, 网络药理学, 分子对接 | NA | 基因表达数据, 蛋白质表达数据 | 胃癌细胞系和TCGA-GTEx数据库样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
2315 | 2025-10-06 |
HSD17B2 serves as a novel tumor-suppressive regulator in colorectal cancer progression
2025-Sep-08, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2025.152396
PMID:40706248
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研究论文 | 本研究通过多组学分析发现HSD17B2是结直肠癌进展中的新型肿瘤抑制因子 | 首次系统鉴定HSD17B2在结直肠癌中的肿瘤抑制功能,并通过多数据集整合分析和功能验证证实其作用机制 | 研究主要基于数据库分析和细胞系实验,缺乏更深入的体内机制研究和临床前验证 | 探索结直肠癌发病机制中的关键分子调控因子 | 结直肠癌组织、人结直肠癌细胞系(Caco-2, HT-29, HCT-116)和AOM/DSS诱导的小鼠结直肠癌模型 | 生物信息学 | 结直肠癌 | 转录组分析, 单细胞RNA测序, 差异表达分析, WGCNA分析 | NA | 基因表达数据, 单细胞RNA测序数据 | 多个GEO数据集(GSE103512, GSE39923, GSE44076, GSE68468, GSE221575)和3个人类结直肠癌细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
2316 | 2025-10-06 |
Integrating transcriptomics, network analysis, and single-cell RNA sequencing to identify and validate key target genes of gynostemma in the treatment of non-alcoholic fatty liver disease
2025-Sep-01, European journal of pharmaceutical sciences : official journal of the European Federation for Pharmaceutical Sciences
IF:4.3Q1
DOI:10.1016/j.ejps.2025.107214
PMID:40706769
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研究论文 | 本研究通过整合转录组学、网络分析和单细胞RNA测序,探索绞股蓝治疗非酒精性脂肪肝的靶基因和机制 | 首次结合网络分析、机器学习算法和单细胞RNA测序系统鉴定绞股蓝治疗NAFLD的关键靶基因PIM1、TYMS和SLC29A1 | 研究主要基于生物信息学分析和体外细胞实验,缺乏体内动物模型验证 | 探索绞股蓝治疗非酒精性脂肪肝的分子机制和关键靶基因 | 非酒精性脂肪肝疾病相关的基因表达数据和HepG2、HuH7、QSG7701肝细胞系 | 生物信息学 | 非酒精性脂肪肝 | 转录组测序, 单细胞RNA测序, 网络分析, 机器学习, RT-qPCR | 机器学习算法, WGCNA | 基因表达数据, 单细胞转录组数据 | 2569个差异表达基因, 1279个关键模块基因, 532个靶基因, 3种肝细胞系 | NA | 单细胞RNA测序, 转录组测序 | NA | NA |
2317 | 2025-10-06 |
Excitatory synaptic transmission is differentially modulated by opioid receptors along the claustro-cingulate pathway
2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.03.31.646444
PMID:40236172
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研究论文 | 本研究探讨阿片受体在CLA-ACC神经通路中对兴奋性突触传递的调控机制 | 首次揭示KOR、MOR和DOR阿片受体在扣带皮层-屏状核通路中对兴奋性突触传递的差异化调控作用 | 研究仅限于小鼠模型,尚未在更高阶物种中验证 | 阐明阿片受体在扣带皮层-屏状核神经环路中对谷氨酸能信号传递的调控机制 | 小鼠扣带皮层第五层锥体神经元和屏状核神经元 | 神经科学 | 疼痛感知障碍 | 空间转录组学, 脑片电生理学, 光遗传学, 药理学方法 | NA | 电生理信号, 基因表达数据 | 小鼠脑组织样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
2318 | 2025-10-06 |
Benchmarking spatial transcriptomics technologies with the multi-sample SpatialBenchVisium dataset
2025-Mar-28, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03543-4
PMID:40156041
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研究论文 | 本研究通过构建SpatialBenchVisium数据集,对10x Genomics Visium空间转录组技术进行基准测试 | 创建了首个包含多种组织处理方案的空间转录组参考数据集,系统比较了不同样本处理方法的数据质量 | 研究仅针对小鼠脾脏组织,未验证其他组织类型 | 评估空间转录组技术的性能和数据质量 | 小鼠脾脏组织在疟疾感染反应中的空间基因表达 | 空间转录组学 | 疟疾感染 | 空间转录组技术,单细胞RNA测序 | NA | 空间基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | 多个小鼠脾脏组织样本 | 10x Genomics | 空间转录组学,单细胞RNA-seq | 10x Visium | 10x Visium平台,包含新鲜冷冻和FFPE样本处理,支持手动和CytAssist组织放置 |
2319 | 2025-10-06 |
An insight into COVID-19 host immunity at single-cell resolution
2025, International reviews of immunology
IF:4.3Q2
DOI:10.1080/08830185.2024.2443420
PMID:39707914
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综述 | 基于单细胞转录组学研究,系统描述COVID-19感染和疫苗接种过程中宿主免疫细胞的分子行为变化 | 首次在单细胞分辨率下系统总结先天性和适应性免疫细胞在COVID-19感染和疫苗接种过程中的动态变化 | 仅基于过去3-4年发表的研究,未包含最新进展 | 探究SARS-CoV-2感染过程中宿主免疫反应的细胞和分子机制 | 先天性和适应性免疫细胞类型及状态 | 单细胞生物学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2320 | 2025-10-06 |
Next-generation deconvolution of the tumor microenvironment with omnideconv
2025, Methods in cell biology
DOI:10.1016/bs.mcb.2025.01.003
PMID:40683686
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研究论文 | 介绍了一个名为omnideconv的R软件包,用于整合多种肿瘤微环境细胞反卷积方法 | 开发了统一框架整合多种反卷积算法,简化了使用流程并统一了数据语义 | NA | 开发标准化工具来简化肿瘤微环境细胞组成的计算分析 | 乳腺癌肿瘤微环境中的恶性和正常细胞 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,批量RNA测序 | 反卷积算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |