单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
23161	2024-08-08	Single-Cell Sequencing to Identify Six Heat Shock Protein (HSP) Genes-Mediated Progression Subtypes of Clear Cell Renal Cell Carcinoma 2021, International journal of general medicine IF:2.1Q2 DOI:10.2147/IJGM.S318271 PMID:34326662	研究论文	本研究利用单细胞测序数据，通过Cytoscape软件识别了与透明细胞肾细胞癌（ccRCC）进展相关的六个热休克蛋白（HSP）基因，并基于这些基因的表达对TCGA患者进行了亚型分类。	首次基于六个HSP基因揭示了ccRCC的两个分子亚型，并发现了这两个亚型在临床预后、免疫浸润和药物敏感性方面的显著差异。	NA	揭示透明细胞肾细胞癌基于热休克蛋白基因的分子亚型及其临床和免疫学特征。	透明细胞肾细胞癌（ccRCC）及其分子亚型。	数字病理学	肾癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据仓库的ccRCC单细胞测序数据集，以及The Cancer Genome Atlas（TCGA）的患者数据。
23162	2024-08-08	Single-cell transcriptomics reveals heterogeneous progression and EGFR activation in pancreatic adenosquamous carcinoma 2021, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.58886 PMID:34326696	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胰腺腺鳞癌的异质性进展和EGFR激活	首次揭示了胰腺腺鳞癌中细胞亚群的异质性，并定义了癌症相关信号通路和细胞间相互作用	NA	探究胰腺腺鳞癌的异质性及其分子机制	胰腺腺鳞癌的细胞亚群及其分子特征	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	9,887个单细胞
23163	2024-08-08	Single Cell Transcriptomics of Ependymal Cells Across Age, Region and Species Reveals Cilia-Related and Metal Ion Regulatory Roles as Major Conserved Ependymal Cell Functions 2021, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2021.703951 PMID:34335193	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据，探讨了不同年龄、区域和物种中室管膜细胞的基因特征及其保守功能	发现室管膜细胞在金属离子稳态中的未被充分研究的角色，并揭示了其在神经系统不同区域和年龄段的基因表达差异	NA	揭示室管膜细胞在不同条件下的基因表达特征及其保守功能	室管膜细胞	数字病理学	发育障碍, 癌症, 神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	来自公开数据库的多个样本
23164	2024-08-08	Creation of a Single Cell RNASeq Meta-Atlas to Define Human Liver Immune Homeostasis 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.679521 PMID:34335581	研究论文	本研究旨在通过整合多个单细胞RNA测序数据集，创建一个人类肝脏免疫稳态的元图谱，以定义健康人肝脏中免疫细胞亚群的主要表型	本研究提出了一种新颖的方法，通过元分析单细胞RNA测序数据，广泛定义人类肝脏免疫稳态的特征	当不同研究组使用不同的数据模型、标准和处理方法生成单细胞RNA数据时，从聚合数据中得出有意义的结论可能具有挑战性	建立一种方法，通过分析不同研究间的异质性并使用元图谱定义免疫细胞亚群的主要表型，来整合人类肝脏的单细胞RNA测序数据集	人类肝脏的单细胞RNA测序数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA seq）	NA	转录组数据	17名患者的肝脏样本，约32,000个细胞
23165	2024-08-08	Mechanistic models of signaling pathways deconvolute the glioblastoma single-cell functional landscape 2020-Jun, NAR cancer IF:3.4Q2 DOI:10.1093/narcan/zcaa011 PMID:34316686	研究论文	本文通过信号通路的机制模型，揭示了胶质母细胞瘤单细胞水平上的复杂功能景观	首次描述了单个细胞如何通过替代VEGFA来避免靶向治疗效果的机制，解释了某些细胞对治疗的固有抵抗性	NA	研究单细胞RNA测序揭示的基因表达异质性的功能后果及其对细胞群体集体行为的影响	胶质母细胞瘤细胞的信号通路活动和靶向药物抑制效果	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	机制模型	基因表达数据	不同簇的胶质母细胞瘤细胞
23166	2024-08-08	scRAE: Deterministic Regularized Autoencoders With Flexible Priors for Clustering Single-Cell Gene Expression Data 2022 Sep-Oct, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2021.3098394 PMID:34288873	研究论文	本文提出了一种改进的正则化自编码器框架（scRAE），用于单细胞RNA测序数据的有效聚类	scRAE包含一个确定性的自编码器和一个灵活的可学习先验生成网络，共同训练，以在潜在空间中更好地权衡偏差和方差	NA	解决单细胞RNA测序数据聚类中的统计和计算挑战	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	正则化自编码器（RAE）	自编码器（AE）	基因表达数据	多个真实世界的单细胞基因表达数据集
23167	2024-08-08	i2dash: Creation of Flexible, Interactive, and Web-based Dashboards for Visualization of Omics Data 2022-06, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2021.01.007 PMID:34280547	研究论文	本文介绍了一个名为i2dash的R包，用于程序化创建自定义的网络化、交互式仪表盘，以可视化组学数据	i2dash支持跨预定义图形布局的交互式和响应式可视化，并能与任何基于R的分析管道兼容，促进了数据可视化与数据分析任务的分离	NA	开发一种工具，用于简化组学数据处理管道与动态生成交互式仪表盘的结合	组学数据的可视化和交互式探索	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	组学数据	NA
23168	2024-08-08	Exploring the role of autophagy during early human embryonic development through single-cell transcriptome and methylome analyses 2022-05, Science China. Life sciences DOI:10.1007/s11427-021-1948-1 PMID:34302606	研究论文	本研究通过单细胞转录组和甲基组分析，系统探讨了自噬在早期人类胚胎发育中的作用	首次全面揭示了自噬在早期人类胚胎发育中的特征	NA	探索自噬在早期人类胚胎发育中的调控作用	早期人类胚胎细胞中的自噬相关基因	数字病理学	NA	单细胞转录组和甲基组分析	NA	转录组和甲基组数据	365个细胞的转录组数据和265个细胞的甲基组数据
23169	2024-08-08	Exploring the choroidal vascular labyrinth and its molecular and structural roles in health and disease 2022-03, Progress in retinal and eye research IF:18.6Q1 DOI:10.1016/j.preteyeres.2021.100994 PMID:34280556	综述	本文综述了脉络膜在生理和病理生理机制中的作用，特别是脉络膜内皮细胞（CECs）的角色	讨论了CECs的表型特性、亚群以及从尸检眼中提取的原代CEC培养物中测量转录组学的价值	对于这些脉络膜视网膜疾病的临床特征和分子途径的理解仍然相对有限	深入了解脉络膜的特定临床和分子特性，以揭示广泛的脉络膜视网膜疾病的发病机制	脉络膜及其在健康和疾病中的分子和结构作用	NA	脉络膜视网膜疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组学数据	从尸检眼中提取的原代CEC培养物
23170	2024-08-08	Identification and characterization of relapse-initiating cells in MLL-rearranged infant ALL by single-cell transcriptomics 2022-01, Leukemia IF:12.8Q1 DOI:10.1038/s41375-021-01341-y PMID:34304246	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了MLL重排婴儿急性淋巴细胞白血病（MLL-r iALL）中对糖皮质激素药物泼尼松的反应，以识别和表征复发启动细胞	首次通过单细胞RNA测序技术量化了对治疗敏感和抵抗的癌细胞群体，以更好地预测个体患者的未来复发情况	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术识别和表征MLL-r iALL中的复发启动细胞，以改善风险分层和理解白血病治疗抵抗亚群	MLL重排婴儿急性淋巴细胞白血病中的复发启动细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	诊断性骨髓和外周血样本
23171	2024-08-08	FlowGrid enables fast clustering of very large single-cell RNA-seq data 2021-12-22, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab521 PMID:34289014	研究论文	本文介绍了一个名为FlowGrid的开源Python包，用于对大规模单细胞RNA测序数据进行快速聚类	FlowGrid采用了一种快速基于密度的聚类算法，并引入了新的自动参数调整过程，能够在保持高聚类准确性的同时显著减少运行时间	NA	开发可扩展的聚类算法以分析大规模单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	基于密度的聚类算法	基因表达数据	数百万个细胞
23172	2024-08-08	Codependency and mutual exclusivity for gene community detection from sparse single-cell transcriptome data 2021-10-11, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab601 PMID:34291282	研究论文	本文提出了一种基于共表达特性的基因网络社区检测方法，并开发了一种新的指标——独表达指数（EEI），用于从稀疏的单细胞转录组数据中识别互斥基因对	提出了独表达指数（EEI）这一新指标，用于量化和排序稀疏单细胞转录组数据中的互斥基因对表达水平，并保持对低测序深度的鲁棒性	NA	旨在通过单细胞RNA测序数据中的共表达网络重建，识别功能相关的基因集群，并提高捕获细胞异质性的敏感性	单细胞RNA测序数据中的基因网络和互斥基因对	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及胶质母细胞瘤的单细胞RNA测序数据
23173	2024-08-08	Neuroblastoma Formation Requires Unconventional CD4 T Cells and Arginase-1-Dependent Myeloid Cells 2021-10-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-0691 PMID:34301764	研究论文	研究通过遗传学、空间转录组学和免疫操作结合非侵入性纵向成像技术，揭示了神经母细胞瘤形成中非典型CD4 T细胞和依赖精氨酸酶-1的骨髓细胞的作用	开发了一种新的神经母细胞瘤模型，能够实时追踪肿瘤形成和扩展，并识别了CD4 T细胞和巨噬细胞在肿瘤发生中的关键功能	NA	理解免疫细胞与肿瘤之间的协作机制	神经母细胞瘤中的CD4 T细胞和骨髓细胞	免疫学	神经母细胞瘤	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
23174	2024-08-08	Microglia in Alzheimer's disease at single-cell level. Are there common patterns in humans and mice? 2021-09-06, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20202717 PMID:34292312	review	本文综述了阿尔茨海默病（AD）中微胶质细胞在单细胞水平上的反应模式，并探讨了人类和小鼠之间的共性与差异	提出了所有报道的微胶质细胞群可能是单一模式或多种模式的组合，取决于聚类策略和疾病模型	NA	探讨微胶质细胞在AD发病机制中的作用，并比较人类和小鼠的转录组特征	微胶质细胞在AD中的反应模式	NA	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
23175	2024-08-08	Hepatitis B virus compartmentalization and single-cell differentiation in hepatocellular carcinoma 2021-09, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202101036 PMID:34290079	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染导致的肝细胞癌（HCC）中病毒与宿主细胞的相互作用及其分子机制	揭示了HBV与HCC细胞分化之间的显著相关性，并发现了先前未知的病毒致癌途径	NA	研究HBV感染与肝细胞癌发展之间的分子机制	HBV感染的肝细胞癌患者来源的癌细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	患者来源的HCC样本
23176	2024-08-08	RNA-binding protein ELAVL2 plays post-transcriptional roles in the regulation of spermatogonia proliferation and apoptosis 2021-Sep, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13098 PMID:34296486	研究论文	本文研究了RNA结合蛋白ELAVL2在调控精原细胞增殖和凋亡中的后转录作用	本文首次揭示了ELAVL2在精原干细胞中的功能和机制，通过单细胞测序数据识别出ELAVL2并验证了其在人类和小鼠中的表达	NA	研究ELAVL2在精原干细胞维持和分化中的作用及其机制	RNA结合蛋白ELAVL2及其在精原细胞增殖和凋亡中的作用	NA	NA	单细胞测序, RNA免疫沉淀, 质谱	NA	RNA	人类和小鼠的精原干细胞
23177	2024-08-08	Studying the History of Tumor Evolution from Single-Cell Sequencing Data by Exploring the Space of Binary Matrices 2021-09, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2020.0595 PMID:34297621	综述	本文综述了利用单细胞测序数据通过探索二元矩阵空间来重建肿瘤进化历史的计算方法	提出了一种新的树搜索策略，即在二元矩阵空间中进行搜索，直接从最大似然矩阵中获得最大似然树	缺乏对现有方法的理论背景和两种树搜索策略之间相关性的详细讨论	回顾基于二元矩阵空间搜索的肿瘤进化树推断方法的理论背景，并讨论这些方法在实际数据上的应用	单细胞DNA测序数据集	生物信息学	肿瘤	单细胞测序	NA	序列数据	NA
23178	2024-08-08	The Pandora's box of novel technologies that may revolutionize lung cancer 2021-09, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands) DOI:10.1016/j.lungcan.2021.06.022 PMID:34304051	综述	本文综述了空间分析技术在非小细胞肺癌（NSCLC）组织样本分析中的最新进展，旨在为NSCLC提供新的治疗选择。	结合空间转录组学与高级成像技术，为深入理解NSCLC组织生物学提供可能。	NA	探索空间分析技术在NSCLC治疗中的应用。	非小细胞肺癌（NSCLC）组织样本。	数字病理学	肺癌	空间转录组学	NA	组织样本	NA
23179	2024-08-08	Single-Cell Analysis Reveals the Heterogeneity of Monocyte-Derived and Peripheral Type-2 Conventional Dendritic Cells 2021-08-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100094 PMID:34282004	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了人源单核细胞衍生的树突状细胞（moDCs）和血液树突状细胞的异质性	首次揭示了moDCs和外周cDC2s的七个亚型及其潜在的分化轨迹，并阐明了moDCs和cDC2s之间的转录组差异	NA	探究人源单核细胞衍生的树突状细胞和外周树突状细胞的异质性及其相互关系	人源单核细胞衍生的树突状细胞（moDCs）和血液树突状细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
23180	2024-08-08	Expression characteristics of interferon-stimulated genes and possible regulatory mechanisms in lupus patients using transcriptomics analyses 2021-Aug, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2021.103477 PMID:34284174	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和转录组学分析，探讨了系统性红斑狼疮（SLE）患者中干扰素刺激基因（ISGs）的表达特征及其潜在的调控机制。	首次使用AUCell方法描述SLE患者中粒细胞的ISG活性，并探讨了Avacopan作为粒细胞抑制剂在治疗SLE中的潜在应用。	NA	研究SLE患者中ISGs的表达特征及其调控机制。	SLE患者的PBMC细胞和肾脏组织。	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	35,842个PBMC细胞，5名SLE患者和3名健康对照，以及来自GEO数据库的狼疮性肾炎患者肾脏转录组数据。