单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 23021 - 23040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 23021 | 2024-08-08 |
TrajectoryNet: A Dynamic Optimal Transport Network for Modeling Cellular Dynamics
2020-07, Proceedings of machine learning research
PMID:34337419
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研究论文 | 本文提出了一种名为TrajectoryNet的动态最优传输网络，用于模拟细胞动力学 | 将连续归一化流与动态最优传输相结合，能够模拟实体在系统中的连续动态和非线性路径 | 传统的最优传输方法无法模拟连续动态和非线性路径 | 解决现有方法在模拟动态过程中的局限性 | 细胞动力学 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 连续归一化流 | 时间序列数据 | NA |
| 23022 | 2024-08-08 |
NMFLRR: Clustering scRNA-Seq Data by Integrating Nonnegative Matrix Factorization With Low Rank Representation
2022-03, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2021.3099127
PMID:34310328
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研究论文 | 本文提出了一种新的计算框架NMFLRR，通过整合低秩表示（LRR）和非负矩阵分解（NMF）来识别细胞类型，并使用九个真实的scRNA-seq数据集测试了其性能 | NMFLRR框架通过引入局部约束图正则化项来捕获数据的局部几何信息，并使用交替方向乘子法（ADMM）算法同时获得数据的相似矩阵和低维特征 | NA | 开发一种新的计算方法，以准确识别单细胞类型 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 非负矩阵分解（NMF），低秩表示（LRR） | 基因表达数据 | 九个真实的scRNA-seq数据集 |
| 23023 | 2024-08-08 |
Generation of functional human thymic cells from induced pluripotent stem cells
2022-02, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2021.07.021
PMID:34331993
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研究论文 | 本文研究了从诱导多能干细胞（iPSCs）生成功能性人类胸腺细胞的方法 | 开发了一种直接分化协议，能够从多个iPSC系生成患者来源的胸腺上皮祖细胞，并在移植到无胸腺裸鼠后进一步分化为功能性胸腺上皮细胞 | NA | 系统评估信号通路，开发一种精炼的直接分化协议，生成患者来源的胸腺上皮祖细胞 | 诱导多能干细胞（iPSCs）生成的胸腺上皮祖细胞 | 细胞生物学 | NA | 流式细胞术，定量PCR，批量RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个iPSC系生成的胸腺上皮祖细胞 |
| 23024 | 2024-08-08 |
rPanglaoDB: an R package to download and merge labeled single-cell RNA-seq data from the PanglaoDB database
2022-01-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab549
PMID:34320637
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研究论文 | 介绍了一个名为rPanglaoDB的R包，用于从PanglaoDB数据库下载和合并标记的单细胞RNA测序数据 | 首次提供了纤维细胞的无偏转录组图谱报告，并通过比较纤维细胞与同一组织样本中收集的成纤维细胞的转录组图谱，确认了它们与组织损伤和感染愈合过程的关联 | NA | 通过整合多个公共单细胞实验数据，增加目标细胞类型的样本量，实现稳健的细胞类型转录组特征描述 | 纤维细胞，一种罕见的单核细胞衍生细胞类型 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 单细胞RNA测序数据 | 157个纤维细胞 |
| 23025 | 2024-08-08 |
Molecular Fingerprinting by Single Cell Clone Analysis in Adverse Drug Reaction (ADR) Assessment
2022, Current drug safety
IF:1.1Q4
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研究论文 | 本文通过单细胞克隆分析技术，特别是单细胞RNA测序（scRNA-seq），对药物不良反应（ADR）进行分子指纹识别，以区分不同克隆细胞在个体器官中的差异敏感性 | 利用scRNA-seq技术对ADR进行分子指纹识别，识别特定克隆中直接表达的基因（DEG），为靶向治疗策略提供机会 | 成本效益、ADR的频率/严重程度和人群差异等因素仍需考虑 | 开发一种新的框架，用于使用scRNA-seq技术对ADR进行潜在评估，并探讨其对药物警戒和药物开发的潜在监管影响 | 药物不良反应（ADR）的分子指纹识别 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及可活检/采样的组织（如皮肤、肝脏、肾脏、血液、干细胞） |
| 23026 | 2024-08-08 |
Role of laminin and collagen chains in human spermatogenesis - Insights from studies in rodents and scRNA-Seq transcriptome profiling
2022-01, Seminars in cell & developmental biology
IF:6.2Q1
DOI:10.1016/j.semcdb.2021.07.011
PMID:34325997
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综述 | 本文综述了在啮齿动物和单细胞RNA测序转录组分析中，层粘连蛋白和胶原蛋白链在人类精子发生中的作用 | 通过分析公开的单细胞RNA测序转录组数据集，揭示了不同类型的人类睾丸中胶原蛋白链和层粘连蛋白链的差异表达，提出了人类睾丸中可能存在的局部调节网络 | NA | 探讨层粘连蛋白和胶原蛋白链在人类精子发生中的作用及其在不同类型睾丸疾病中的潜在影响 | 人类睾丸中的层粘连蛋白和胶原蛋白链 | NA | 男性不育症 | scRNA-Seq | NA | 转录组数据 | NA |
| 23027 | 2024-08-08 |
Farnesoid X Receptor Is Required for the Redifferentiation of Bipotential Progenitor Cells During Biliary-Mediated Zebrafish Liver Regeneration
2021-12, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1002/hep.32076
PMID:34320243
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研究论文 | 本研究探讨了法尼醇X受体（FXR）在胆管介导的斑马鱼肝脏再生中对双潜能祖细胞（BPPCs）再分化的调控作用 | 首次揭示了FXR通过ERK1和Notch分别调控BPPC向肝细胞和胆管上皮细胞的再分化 | NA | 研究FXR在胆管上皮细胞介导的肝脏再生中的作用及其机制 | 斑马鱼模型中的双潜能祖细胞（BPPCs）及其再分化过程 | NA | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序、定量实时PCR、荧光原位杂交、抗体染色 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 23028 | 2024-08-08 |
Imaging of bone and joints in vivo: pathological osteoclastogenesis in arthritis
2021-11-25, International immunology
IF:4.8Q2
DOI:10.1093/intimm/dxab047
PMID:34324641
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综述 | 本文综述了骨免疫学中骨骼与免疫系统之间的相互作用，并介绍了单细胞RNA测序和活体成像等新技术在关节炎骨破坏发病机制研究中的应用 | 利用单细胞RNA测序和活体成像技术，深入解析了关节炎中骨破坏的细胞相互作用和细胞因子环境 | NA | 探讨骨免疫疾病中骨破坏的发病机制 | 关节炎中的骨和关节 | 数字病理学 | 关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 图像 | NA |
| 23029 | 2024-08-08 |
Heterogeneity and Cancer-Related Features in Lymphangioleiomyomatosis Cells and Tissue
2021-11, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-21-0220
PMID:34312290
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研究论文 | 本研究通过整合基因和蛋白质签名以及单细胞和批量组织转录组数据，探讨了淋巴管平滑肌瘤病（LAM）细胞和组织中的异质性及其与癌症相关特征的关系 | 首次展示了LAM疾病细胞在基因表达谱上的差异，并识别了与激素、代谢、增殖和干细胞特性相关的分子特征 | 研究主要集中在分子和细胞层面，对组织层面的异质性及其与临床表现的关系需要进一步探讨 | 揭示LAM细胞和组织中的分子异质性及其与癌症特征的关联 | LAM细胞和组织 | 数字病理学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 转录组分析 | NA | 基因和蛋白质数据 | 涉及LAM患者的肺部病变组织和血液样本 |
| 23030 | 2024-08-08 |
Integrating single-cell transcriptomics and microcircuit computer modeling
2021-10, Current opinion in pharmacology
IF:4.0Q1
DOI:10.1016/j.coph.2021.06.006
PMID:34325379
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综述 | 本文探讨了将单细胞转录组学与神经微电路计算机模型相结合的系统生物学策略 | 提出了一种新的方法，通过统计反卷积和基因本体论将分子细节与生物物理模型整合，以获得前所未有的机制洞察 | 需要进一步在特定的表型如癫痫或基础生物模型如秀丽隐杆线虫中测试这些整合策略 | 研究如何将单细胞转录组学与神经微电路的计算机模型相结合，以深入理解脑状态间的非线性相互作用 | 单细胞转录组学和神经微电路的计算机模型 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | 计算机模型 | 转录组数据 | NA |
| 23031 | 2024-08-08 |
Metabolic regulation of macrophage proliferation and function in atherosclerosis
2021-10-01, Current opinion in lipidology
IF:3.8Q1
DOI:10.1097/MOL.0000000000000778
PMID:34334628
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综述 | 本文综述了动脉粥样硬化中巨噬细胞的异质性、脂质处理、代谢和增殖的最新见解 | 利用单细胞RNA测序技术揭示了斑块中多种巨噬细胞群体的异质性，并探讨了代谢途径在决定巨噬细胞功能中的关键作用 | NA | 探讨动脉粥样硬化中巨噬细胞的异质性和功能调控机制 | 动脉粥样硬化中的巨噬细胞 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 23032 | 2024-08-08 |
The effect of low-dose IL-2 and Treg adoptive cell therapy in patients with type 1 diabetes
2021-09-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147474
PMID:34324441
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研究论文 | 本研究探讨了低剂量IL-2与Treg细胞移植疗法在1型糖尿病患者中的效果 | 结合多克隆Tregs和低剂量IL-2，以增强Treg的生存和扩增，并评估其对Treg群体和其他免疫细胞随时间的影响 | 研究仅限于第一阶段，需要进一步的研究来验证长期效果和安全性 | 评估低剂量IL-2与Treg细胞移植疗法在1型糖尿病患者中的安全性和有效性 | 1型糖尿病患者 | NA | 1型糖尿病 | 流式细胞术，时间飞行细胞仪，10x Genomics单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 具体样本数量未在摘要中明确提及 |
| 23033 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing of SARS-CoV-2 cell entry factors in the preconceptional human endometrium
2021-09-18, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deab183
PMID:34329437
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序（scRNAseq）分析了人类月经周期中子宫内膜的SARS-CoV-2细胞进入因子表达情况，发现感染风险较低。 | 首次在单细胞水平上分析了人类子宫内膜中SARS-CoV-2细胞进入因子的表达情况，揭示了低感染风险。 | 所有样本均用于scRNAseq分析，无法进行蛋白质表达或空间转录组学分析；子宫内膜细胞的感染情况只能在病毒存在的情况下评估。 | 探究SARS-CoV-2细胞进入因子在人类月经周期中子宫内膜的表达情况。 | 人类子宫内膜细胞中的SARS-CoV-2细胞进入因子。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 基因表达数据 | 73,181个人类子宫内膜细胞，来自27名捐赠者 |
| 23034 | 2024-08-08 |
IFN-γ is essential for alveolar macrophage-driven pulmonary inflammation in macrophage activation syndrome
2021-09-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147593
PMID:34314387
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研究论文 | 本文研究了干扰素-γ在巨噬细胞激活综合征（MAS）中对肺部炎症的作用，特别是在系统性幼年特发性关节炎（SJIA）相关的MAS中。 | 首次在TLR9小鼠模型中机制性地定义了MAS中的肺部炎症，并证实了干扰素-γ驱动的转录变化和MAS特异性巨噬细胞群体的存在。 | NA | 旨在机制性地定义MAS中肺部炎症的潜在新观察。 | 巨噬细胞激活综合征（MAS）中的肺部炎症。 | NA | 幼年特发性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 23035 | 2024-08-08 |
CellCall: integrating paired ligand-receptor and transcription factor activities for cell-cell communication
2021-09-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab638
PMID:34331449
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研究论文 | 本文开发了CellCall工具，通过整合配对的配体-受体和转录因子（TF）活性来推断细胞间和细胞内通信途径 | CellCall不仅能预测细胞间通信途径，还能分析特定细胞类型间的细胞间对话和内部TF活性 | NA | 旨在开发一种工具，用于基于scRNA-seq数据解码细胞间通信及相关内部调控信号 | 细胞间通信途径和转录因子活性 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | scRNA-seq数据 | 人类睾丸细胞和肿瘤免疫微环境的scRNA-seq数据集 |
| 23036 | 2024-08-08 |
Genomic and transcriptomic profiling of hepatoid adenocarcinoma of the stomach
2021-09, Oncogene
IF:6.9Q1
DOI:10.1038/s41388-021-01976-2
PMID:34326469
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research paper | 本文通过全外显子测序、转录组测序和单细胞RNA测序研究胃肝样腺癌的基因组和转录组特征 | 首次提供了胃肝样腺癌的综合基因组图谱，揭示了其起源于多能前体细胞，并具有高干细胞特性和高蛋氨酸循环活性 | NA | 研究胃肝样腺癌的分子特征，以促进其诊断、预后和治疗 | 胃肝样腺癌的基因组和转录组特征 | digital pathology | 胃癌 | 全外显子测序（WES）、转录组测序、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因组数据、转录组数据 | 58个肿瘤样本及匹配的正常对照来自54名胃肝样腺癌患者，30个胃肝样腺癌肿瘤样本，1个胃肝样腺癌肿瘤的单细胞RNA测序 |
| 23037 | 2024-08-08 |
CRISPR Technique Incorporated with Single-Cell RNA Sequencing for Studying Hepatitis B Infection
2021-08-10, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.1c02227
PMID:34328316
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研究论文 | 本研究利用CRISPR-Cas9技术结合单细胞RNA测序，优化了对乙型肝炎病毒（HBV）感染肝细胞中稀有转录本的检测 | 通过CRISPR-Cas9技术优先富集稀有转录本，显著提高了HBV RNA在单细胞RNA测序中的检测率 | NA | 研究乙型肝炎病毒感染及干扰素治疗对肝细胞基因表达的影响 | 乙型肝炎病毒感染的肝细胞 | 数字病理学 | 乙型肝炎 | 单细胞RNA测序 | CRISPR-Cas9 | RNA | 7370个细胞 |
| 23038 | 2024-08-08 |
SARS-CoV-2 activates lung epithelial cell proinflammatory signaling and leads to immune dysregulation in COVID-19 patients
2021-Aug, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2021.103500
PMID:34311326
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了COVID-19患者肺泡灌洗液样本中的细胞类型和免疫反应 | 发现SARS-CoV-2感染导致肺上皮细胞中ACE2和TMPRSS2表达显著增加，并激活了促炎基因和干扰素/细胞因子信号 | NA | 旨在解析SARS-CoV-2感染的细胞类型、宿主免疫反应及其在COVID-19患者肺部的相互作用 | COVID-19患者的肺泡灌洗液样本 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 10名健康捐赠者、6名重症COVID-19患者和3名轻症康复患者 |
| 23039 | 2024-08-08 |
Molecular architecture of the developing mouse brain
2021-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03775-x
PMID:34321664
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研究论文 | 本文报道了从原肠胚形成到出生期间小鼠胚胎大脑的综合单细胞转录组图谱 | 首次全面描述了小鼠胚胎大脑发育过程中的近八百种细胞状态，揭示了大脑及其包膜的功能元素发育程序 | NA | 系统地表征大脑发育过程中整个时空范围内的细胞状态 | 小鼠胚胎大脑的细胞状态和发育基因的空间表达模式 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 小鼠胚胎大脑 |
| 23040 | 2024-08-08 |
Multimodal single-cell omics analysis identifies epithelium-immune cell interactions and immune vulnerability associated with sex differences in COVID-19
2021-07-30, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-021-00709-x
PMID:34330889
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研究论文 | 本文通过多模态单细胞组学分析，揭示了COVID-19中与性别差异相关的上皮细胞-免疫细胞相互作用和免疫脆弱性 | 首次通过单细胞RNA测序和细胞间相互作用网络分析，揭示了COVID-19中性别差异的分子机制 | 研究主要集中在鼻腔、支气管肺泡灌洗液和外周血单个核细胞，可能未涵盖所有相关组织和细胞类型 | 探讨COVID-19中性别差异的生物学机制 | COVID-19患者的鼻腔、支气管肺泡灌洗液和外周血单个核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 多个COVID-19患者的鼻腔、支气管肺泡灌洗液和外周血单个核细胞样本 |