单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 22981 - 23000 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22981 | 2024-08-08 |
A Novel Intercellular Communication-Associated Gene Signature for Prognostic Prediction and Clinical Value in Patients With Lung Adenocarcinoma
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.702424
PMID:34497634
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研究论文 | 本研究旨在识别肺腺癌中的关键细胞间通讯相关基因（ICAGs），并开发基于这些基因的风险评分和机器学习模型以预测肺腺癌的复发 | 本研究首次识别了八个具有预后潜力的ICAGs，并基于这些基因和临床信息开发了预测肺腺癌复发的最佳机器学习模型 | NA | 识别肺腺癌中的关键细胞间通讯相关基因，并开发预后预测模型 | 肺腺癌患者 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | 基因表达数据 | 八个公开可用的数据集 |
| 22982 | 2024-08-08 |
LR Hunting: A Random Forest Based Cell-Cell Interaction Discovery Method for Single-Cell Gene Expression Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.708835
PMID:34497635
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机森林的细胞间相互作用发现方法LR Hunting，用于单细胞基因表达数据 | LR Hunting方法首先使用随机森林数据插补技术连接不同细胞类型的数据，并通过多次计算生成聚合的插补最小深度指数，以识别所有LR配对组合中的显著相互作用 | NA | 解析细胞间相互作用和细胞间通讯 | 单细胞RNA测序数据中的配体-受体基因相互作用 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 使用小鼠细胞转录组和表位测序数据集以及三阴性乳腺癌单细胞RNA测序数据集进行验证 |
| 22983 | 2024-08-08 |
Ribosome Proteins Represented by RPL27A Mark the Development and Metastasis of Triple-Negative Breast Cancer in Mouse and Human
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.716730
PMID:34497807
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据，分析了正常小鼠乳腺组织和乳腺癌组织的基因表达模式，发现RPL27A和RPL15基因在三阴性乳腺癌细胞中显著上调，并探讨了其在乳腺癌发展和转移中的作用。 | 首次揭示了RPL27A和RPL15基因在三阴性乳腺癌中的关键作用，并提出了这些基因作为潜在治疗靶点的可能性。 | 研究主要基于小鼠和人类样本的单细胞RNA测序数据，可能需要进一步的临床试验验证这些发现。 | 探索三阴性乳腺癌的新诊断和治疗靶点。 | 三阴性乳腺癌的发展和转移机制。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四组正常小鼠乳腺组织和四组小鼠乳腺癌组织，以及人类原发性和转移性三阴性乳腺癌组织 |
| 22984 | 2024-08-08 |
The Role of Hemoglobin Subunit Delta in the Immunopathy of Multiple Sclerosis: Mitochondria Matters
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.709173
PMID:34504491
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研究论文 | 本文通过微阵列分析、单细胞测序分析和体外研究，探讨了线粒体应激在多发性硬化症患者外周血单个核细胞中的作用，特别是血红蛋白δ亚基（HBD）的表达及其在免疫调节治疗中的变化。 | 首次详细研究了HBD在多发性硬化症中的表达及其在免疫调节治疗中的调控作用，揭示了HBD在氧化应激中的细胞保护作用。 | 需要进一步研究以阐明HBD在多发性硬化症患者氧化应激中的分子机制。 | 探讨线粒体应激在多发性硬化症发病机制中的作用，特别是血红蛋白δ亚基（HBD）的表达及其调控。 | 多发性硬化症患者的外周血单个核细胞（PBMCs）。 | NA | 多发性硬化症 | 微阵列分析、单细胞测序分析 | NA | 基因表达数据 | 包括健康捐赠者、未治疗的多发性硬化症患者以及接受不同免疫调节治疗的多发性硬化症患者的外周血单个核细胞。 |
| 22985 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Migration of Osteoclasts in Giant Cell Tumor of Bone
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.715552
PMID:34504794
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了骨巨细胞瘤中破骨细胞的迁移情况 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了骨巨细胞瘤中破骨细胞迁移的相关基因和信号通路 | 研究仅基于一名患者的样本，可能存在样本量不足的问题 | 深入理解骨巨细胞瘤的肿瘤微环境，特别是破骨细胞的迁移机制 | 骨巨细胞瘤中的破骨细胞迁移 | 数字病理学 | 骨肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 一名骨巨细胞瘤患者的8,033个细胞 |
| 22986 | 2024-08-08 |
Editorial: Integrative Analysis of Genome-Wide Association Studies and Single-Cell Sequencing Studies
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.752057
PMID:34512737
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22987 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling of infiltrating B cells and tertiary lymphoid structures in the TME of gastric adenocarcinomas
2021, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2021.1969767
PMID:34513317
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、10× Genomics V(D)J分析、多重免疫荧光技术和OSCmap分析，对胃腺癌（gADC）肿瘤微环境（TME）中的免疫细胞进行了综合分析 | 首次在gADC组织中发现大量黏膜相关淋巴组织（MALT）-B细胞，并发现这些细胞具有成熟的淋巴结构（mTLSs），且在mTLSs中的免疫细胞类型和密度均高于正常淋巴结构 | NA | 旨在表征胃腺癌肿瘤微环境中免疫细胞的谱系 | 胃腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 10× Genomics V(D)J分析, 多重免疫荧光技术, OSCmap分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 49,765个单细胞，来自4名胃腺癌患者 |
| 22988 | 2024-08-08 |
Integrative Analysis Identified MCT4 as an Independent Prognostic Factor for Bladder Cancer
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.704857
PMID:34513685
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研究论文 | 本文通过综合分析确定了MCT4作为膀胱癌独立预后因子的地位 | 首次研究了MCT4表达与膀胱癌患者总体生存率之间的关联，并构建了基于多变量Cox分析的列线图 | 研究样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证结果 | 研究MCT4表达与膀胱癌患者总体生存率之间的关系 | 膀胱癌患者及MCT4表达 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学染色 | Cox回归模型 | mRNA表达数据, 蛋白质表达数据 | 49,869个膀胱癌细胞和15,827个正常膀胱黏膜细胞，以及89名接受根治性膀胱切除术的膀胱癌患者 |
| 22989 | 2024-08-08 |
Residual homing of α4β7-expressing β1+PI16+ regulatory T cells with potent suppressive activity correlates with exposure-efficacy of vedolizumab
2022-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2021-324868
PMID:34462337
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研究论文 | 研究探讨了抗α4β7整合素抗体vedolizumab在治疗炎症性肠病（IBD）中的非线性暴露-疗效特性及其机制 | 发现了vedolizumab治疗中一种具有显著调节特性的'抵抗'α4β7表达β1+PI16+调节T细胞亚群 | NA | 确定vedolizumab在治疗炎症性肠病中非线性暴露-疗效特性的机制 | 超过500个样本，来自300多名受试者的T细胞 | 免疫学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 超过500个样本，来自300多名受试者 |
| 22990 | 2024-08-08 |
IL-37 regulates allergic inflammation by counterbalancing pro-inflammatory IL-1 and IL-33
2022-03, Allergy
IF:12.6Q1
DOI:10.1111/all.15072
PMID:34460953
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研究论文 | 本研究探讨了IL-37通过平衡促炎性IL-1和IL-33的作用来调节过敏性炎症的机制 | 首次揭示了IL-37在过敏性哮喘中的抑制作用及其机制 | 研究主要集中在小鼠模型和体外细胞实验，需要进一步的人体临床研究验证 | 旨在识别IL-37控制过敏性炎症的机制 | IL-37的目标细胞、基因表达变化以及在哮喘患者中的表达/生产比率 | NA | 哮喘 | 单细胞RNA测序、激光捕获显微切割、微阵列基因表达分析 | NA | 基因表达数据 | 包括野生型、IL-1R1和IL-33缺陷的小鼠模型，以及哮喘患者的痰液和鼻分泌物样本 |
| 22991 | 2024-08-08 |
Rheumatoid arthritis, systemic lupus erythematosus and primary Sjögren's syndrome shared megakaryocyte expansion in peripheral blood
2022-03, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2021-220066
PMID:34462261
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研究论文 | 本研究旨在识别类风湿关节炎（RA）、系统性红斑狼疮（SLE）和原发性干燥综合征（pSS）等自身免疫疾病在周围血中的共同转录谱和免疫细胞组成 | 发现了在这些自身免疫疾病中，巨核细胞（MK）的扩张是一个共同特征，这为理解这些疾病的病理机制提供了新的视角 | NA | 识别类风湿关节炎、系统性红斑狼疮和原发性干燥综合征等自身免疫疾病在周围血中的共同转录谱和免疫细胞组成 | 类风湿关节炎、系统性红斑狼疮、原发性干燥综合征和多重自身免疫疾病患者的周围血单个核细胞（PBMCs） | NA | 类风湿关节炎, 系统性红斑狼疮, 原发性干燥综合征 | RNA测序, 流式细胞术 | NA | RNA | 119名未经治疗的患者（41名RA，38名pSS，28名SLE和12名多重自身免疫）和20名健康对照 |
| 22992 | 2024-08-08 |
ScCAEs: deep clustering of single-cell RNA-seq via convolutional autoencoder embedding and soft K-means
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab321
PMID:34472585
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞RNA测序深度嵌入聚类方法scCAEs，通过卷积自编码器嵌入和软K均值同时学习特征表示和聚类 | scCAEs方法结合深度学习和卷积自编码器来表征单细胞RNA测序数据，并提出了一种正则化的软K均值算法在学习的潜在空间中聚类细胞群体 | NA | 研究目的是改进单细胞RNA测序数据的聚类和细胞类型分类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 卷积自编码器 | CNN | RNA-seq数据 | 数据集中的聚类数从4到46，细胞数从90到30,302 |
| 22993 | 2024-08-08 |
A comparison of deep learning-based pre-processing and clustering approaches for single-cell RNA sequencing data
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab345
PMID:34472590
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综述 | 本文系统回顾了基于深度学习模型的单细胞RNA测序数据分析方法和工具，涉及数据预处理和聚类任务 | 深度学习技术与单细胞RNA测序数据的高维度、高稀疏性、高噪声和大规模特性相匹配，提供了前所未有的潜力 | 讨论了这些方法的数据偏好和局限性，并为用户选择合适的方法和工具提供建议和指导 | 评估基于深度模型的数据校正和聚类分析方法在11个黄金标准数据集上的表现 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型 | RNA测序数据 | 11个黄金标准数据集 |
| 22994 | 2024-08-08 |
Single-Cell DNA Sequencing Reveals Punctuated and Gradual Clonal Evolution in Hepatocellular Carcinoma
2022-01, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2021.08.052
PMID:34481846
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研究论文 | 本研究通过单细胞DNA测序揭示了肝细胞癌中拷贝数变异的阶段性进化模式 | 提出了双相拷贝数进化模型，即先爆发后渐进的模式，并发现CAD基因与肝细胞癌的快速形成和生存率降低相关 | NA | 探究肝细胞癌中拷贝数变异的进化模式 | 肝细胞癌中的单细胞DNA和RNA | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞DNA测序（scDNA-seq）和单细胞RNA测序 | 统计拟合模型 | DNA和RNA | 1275个细胞来自10名患者，356个细胞来自1名患者，27,344个细胞来自3名患者 |
| 22995 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the epithelial cell heterogeneity and invasive subpopulation in human bladder cancer
2021-12-15, International journal of cancer
IF:5.7Q1
DOI:10.1002/ijc.33794
PMID:34480339
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研究论文 | 本研究利用基于液滴的单细胞RNA测序技术，分析了来自七名膀胱癌患者的36,619个单细胞的转录组，揭示了膀胱癌中上皮细胞的异质性和侵袭性亚群 | 首次详细分析了膀胱肿瘤细胞的侵袭性和细胞间交流，特别是在T1和T3肿瘤中发现了与癌症干细胞标记物高表达相关的特征 | NA | 深入了解与膀胱癌进展相关的肿瘤细胞异质性 | 膀胱癌中的上皮细胞异质性和侵袭性亚群 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 36,619个单细胞来自七名患者 |
| 22996 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq reveals invasive trajectory and determines cancer stem cell-related prognostic genes in pancreatic cancer
2021-12, Bioengineered
IF:4.2Q2
DOI:10.1080/21655979.2021.1962484
PMID:34474642
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤样本和对照胰腺组织，揭示了癌症干细胞（CSC）样导管细胞向具有侵袭潜力的导管细胞的转化过程，并筛选出CSC相关基因（CRGs） | 首次利用单细胞RNA测序技术揭示了胰腺癌中导管细胞的侵袭轨迹，并构建了基于CRGs的风险预测模型 | NA | 揭示胰腺癌中癌症干细胞的侵袭轨迹并确定相关的预后基因 | 胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤样本和对照胰腺组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO和Cox回归模型 | 基因表达数据 | 使用了来自癌症基因组图谱（Cancer Genome Atlas）和基因表达综合（Gene Expression Omnibus）数据库的数据集 |
| 22997 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing analysis of mouse follicular somatic cells†
2021-11-15, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioab163
PMID:34467391
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了从小鼠次级到排卵阶段卵泡中的体细胞，揭示了细胞分化和信号传导机制 | 发现了6883个高变异基因，并将卵泡体细胞聚类为26个细胞群，包括18个颗粒细胞群和4个内分泌细胞群等 | NA | 系统揭示卵泡体细胞中的细胞分化和信号传导 | 小鼠卵泡体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 4888个单细胞 |
| 22998 | 2024-08-08 |
Differential transcript usage analysis of bulk and single-cell RNA-seq data with DTUrtle
2021-11-05, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab629
PMID:34469510
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研究论文 | 本文介绍了R包DTUrtle，用于批量和单细胞RNA-seq数据的差异转录本使用分析 | DTUrtle是首个适用于批量和单细胞RNA-seq数据的DTU分析工作流程，也是首个在单细胞背景下进行'经典'DTU分析的软件包 | NA | 开发和验证用于批量和单细胞RNA-seq数据的差异转录本使用分析工具 | 批量和单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 涉及人类和小鼠的批量和单细胞RNA-seq数据 |
| 22999 | 2024-08-08 |
Ductal Ngn3-expressing progenitors contribute to adult β cell neogenesis in the pancreas
2021-11-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.08.003
PMID:34478642
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研究论文 | 本研究通过结合谱系追踪、三维成像和单细胞RNA测序技术，证明了胰管细胞在成年β细胞新生中的作用 | 首次通过谱系追踪和单细胞RNA测序技术证实了Ngn3表达的胰管细胞在成年β细胞新生中的作用 | NA | 探讨胰管细胞在成年β细胞新生中的作用及其在糖尿病中的意义 | 胰管细胞和β细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及Akita糖尿病小鼠和Ngn3谱系追踪的胰岛细胞 |
| 23000 | 2024-08-08 |
Single-cell omics: Overview, analysis, and application in biomedical science
2021-11, Journal of cellular biochemistry
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/jcb.30134
PMID:34459502
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research paper | 本文综述了单细胞组学技术及其在生物医学科学中的分析和应用 | 单细胞测序方法提供了对细胞异质性的最高分辨率洞察 | NA | 探讨单细胞技术在生物医学科学中的应用，揭示与疾病发病机制和结果相关的机制 | 单细胞方法（基因组学、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学和多组学）及其分析工具 | 生物医学科学 | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 大量细胞 |