单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 2281 - 2300 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2281 | 2025-03-16 |
Differences in immune cells and gene expression in human milk by parity on integrated scRNA sequencing
2025-Feb, Clinical and experimental pediatrics
IF:3.2Q1
DOI:10.3345/cep.2024.01585
PMID:39810510
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研究论文 | 本研究通过整合和分析公开的单细胞RNA测序数据集，探讨了胎次对人类母乳中免疫细胞异质性和基因表达的影响 | 首次通过单细胞RNA测序技术系统地分析了胎次对人类母乳中免疫细胞组成和基因表达的影响 | 研究依赖于公开数据集，可能受限于数据的多样性和样本量 | 阐明胎次对人类母乳中免疫细胞异质性和基因表达的影响 | 人类母乳中的免疫细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 未明确提及具体样本数量，但使用了公开的单细胞RNA测序数据集 |
| 2282 | 2025-03-16 |
Long-read sequencing transcriptome quantification with lr-kallisto
2025-Jan-29, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.19.604364
PMID:39071335
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研究论文 | 本文介绍了一种名为lr-kallisto的工具，用于长读长测序数据的转录组定量分析 | 开发了lr-kallisto工具，将kallisto的RNA-seq定量方法适配到长读长测序技术，提高了长读长数据的定量准确性和速度 | 未提及具体的研究局限性 | 实现长读长测序数据的快速准确转录组定量 | 长读长测序数据 | 生物信息学 | NA | ONT（Oxford Nanopore Technologies） | kallisto | RNA-seq数据 | 未提及具体样本数量 |
| 2283 | 2025-03-16 |
Spatial Transcriptomics in Inflammatory Skin Diseases Using GeoMx Digital Spatial Profiling: A Practical Guide for Applications in Dermatology
2025-Jan, JID innovations : skin science from molecules to population health
DOI:10.1016/j.xjidi.2024.100317
PMID:39559817
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研究论文 | 本文讨论了使用NanoString的GeoMx数字空间分析仪进行炎症性皮肤疾病转录组空间分析的技术和用户体验概述 | 提供了制造商指南中未涵盖的RNA捕获优化方法和潜在陷阱，并通过具体实验示例展示了这些策略 | NA | 探讨数字空间分析在炎症性皮肤疾病中的应用，为其他皮肤生物学研究者提供框架 | 炎症性皮肤疾病，包括银屑病、扁平苔藓和盘状红斑狼疮 | 数字病理学 | 炎症性皮肤疾病 | GeoMx数字空间分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2284 | 2024-12-15 |
Author Correction: Dissection of artifactual and confounding glial signatures by single-cell sequencing of mouse and human brain
2025-Jan, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-024-01855-5
PMID:39672966
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2285 | 2025-03-16 |
Gpnmb and Spp1 mark a conserved macrophage injury response masking fibrosis-specific programming in the lung
2024-Dec-20, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.182700
PMID:39509324
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠肺部损伤后巨噬细胞的不同亚群及其在纤维化和非纤维化修复中的作用 | 揭示了Gpnmb和Spp1标记的巨噬细胞亚群在组织损伤中的保守反应，并发现这些细胞不足以驱动纤维化 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据的验证仍需进一步研究 | 探讨肺部损伤后巨噬细胞亚群在纤维化和非纤维化修复中的作用 | 小鼠肺部巨噬细胞 | 数字病理 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠肺部巨噬细胞样本 |
| 2286 | 2025-03-16 |
Multimodal Spatial Profiling Reveals Immune Suppression and Microenvironment Remodeling in Fallopian Tube Precursors to High-Grade Serous Ovarian Carcinoma
2024-Dec-20, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-1366
PMID:39704522
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研究论文 | 本文通过整合高复杂度成像和空间转录组学技术，分析了人类组织样本在高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）发展不同阶段的分子变化，揭示了前体上皮中的免疫调节机制和肿瘤微环境的逐步转变 | 首次整合高复杂度成像和空间转录组学技术，详细描绘了HGSOC从前体到癌症的分子转变过程，并揭示了免疫调节机制和肿瘤微环境的动态变化 | 研究样本数量未明确，且未涉及长期临床结果验证 | 揭示HGSOC从前体到癌症的分子变化机制，并识别潜在的生物标志物和治疗靶点 | 人类组织样本，包括p53特征、浆液性输卵管上皮内癌（STIC）和侵袭性HGSOC | 数字病理学 | 卵巢癌 | 高复杂度成像、空间转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | NA |
| 2287 | 2025-03-16 |
Predicting lung aging using scRNA-Seq data
2024-Dec, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1012632
PMID:39700255
|
研究论文 | 本文开发了一种名为PolyEN的新回归模型，用于基于单细胞RNA测序数据预测年龄 | 提出了PolyEN模型，该模型能够学习随时间变化的基因表达连续表示，并整合基因信息进行年龄预测 | NA | 基于单细胞RNA测序数据进行年龄预测，以了解患者对多种疾病和状况的易感性 | 肺上皮细胞和肺内皮细胞 | 生物信息学 | 肺病 | scRNA-Seq | PolyEN | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 2288 | 2025-03-16 |
CosGeneGate selects multi-functional and credible biomarkers for single-cell analysis
2024-Nov-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbae626
PMID:39592241
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为CosGeneGate的新模型，用于在单细胞测序分析中选择更具代表性的标记基因 | CosGeneGate结合了基于细胞类型分类准确性和标记基因特异性表达模式的优点，选择非冗余且具有细胞类型特异性表达模式的标记基因 | 未明确提及具体局限性 | 提高单细胞测序分析中标记基因选择的效率和准确性 | 单细胞测序数据中的标记基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | CosGeneGate | 单细胞测序数据 | 公共数据集和新测序数据集 |
| 2289 | 2025-03-16 |
Metastasis of colon cancer requires Dickkopf-2 to generate cancer cells with Paneth cell properties
2024-Nov-13, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.97279
PMID:39535280
|
研究论文 | 本文研究了结肠癌转移过程中Dickkopf-2（DKK2）在生成具有Paneth细胞特性的癌细胞中的作用 | 揭示了DKK2在结肠癌转移过程中通过调控HNF4A蛋白水平促进具有Paneth细胞特性的癌细胞生成的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和患者样本，尚未在更大规模的人群中进行验证 | 探讨结肠癌转移过程中癌细胞获得Paneth细胞特性的分子机制 | 结肠癌细胞、小鼠模型、患者样本 | 癌症研究 | 结肠癌 | 单细胞RNA测序、转录组分析、染色质免疫共沉淀测序 | NA | RNA测序数据、染色质可及性数据 | 小鼠模型和患者样本 |
| 2290 | 2025-03-16 |
Single-cell, spatial, and fate-mapping analyses uncover niche dependent diversity of cochlear myeloid cells
2024-Nov-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.30.621184
PMID:39554030
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学、命运图谱和联体共生实验，揭示了小鼠耳蜗中五种髓系细胞的存在，包括三种组织驻留巨噬细胞亚群，并探讨了它们在耳蜗不同区域的特定功能 | 首次揭示了耳蜗中巨噬细胞的基因表达、空间分布、起源和功能的独特异质性，特别是在感觉器官中的巨噬细胞研究方面填补了空白 | 研究主要集中在小鼠模型上，结果在人类中的适用性尚需进一步验证 | 探讨耳蜗中髓系细胞的多样性和功能，特别是巨噬细胞在耳蜗微环境中的作用 | 小鼠耳蜗中的髓系细胞，特别是组织驻留巨噬细胞 | 单细胞组学 | NA | 单细胞转录组学、命运图谱、联体共生实验 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠耳蜗组织 |
| 2291 | 2025-03-16 |
Spatial transcriptomics reveals organized and distinct immune activation in cutaneous granulomatous disorders
2024-Nov, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.07.021
PMID:39098508
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研究论文 | 本文通过空间转录组学技术研究了非感染性（炎症性）皮肤肉芽肿疾病的免疫激活模式 | 首次在空间分辨率上揭示了皮肤肉芽肿疾病中免疫激活的空间组织和差异 | 未明确提及研究的样本量限制或技术局限性 | 理解皮肤肉芽肿疾病中的空间基因表达特征 | 皮肤肉芽肿疾病（包括皮肤结节病、环状肉芽肿、脂质坏死性肉芽肿和坏死性黄色肉芽肿） | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及样本量 |
| 2292 | 2025-03-16 |
Understanding disease-associated metabolic changes in human colon epithelial cells using i ColonEpithelium metabolic reconstruction
2024-Oct-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.10.22.619644
PMID:39484551
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研究论文 | 本研究通过构建首个特定细胞类型的人类结肠上皮细胞基因组尺度代谢模型iColonEpithelium，揭示了与炎症性肠病相关的代谢变化 | 首次构建了人类结肠上皮细胞的特定细胞类型基因组尺度代谢模型，并整合单细胞RNA测序数据预测了克罗恩病和溃疡性结肠炎的代谢特征 | 模型预测结果需要进一步实验验证，且尚未与肠道微生物组模型整合以探索宿主与微生物组之间的代谢相互作用 | 揭示人类结肠上皮细胞的代谢活动及其在炎症性肠病中的变化 | 人类结肠上皮细胞 | 代谢组学 | 炎症性肠病 | 单细胞RNA测序 | 基因组尺度代谢模型（GEM） | RNA测序数据 | 克罗恩病和溃疡性结肠炎患者的单细胞RNA测序样本 |
| 2293 | 2025-03-16 |
SDePER: a hybrid machine learning and regression method for cell-type deconvolution of spatial barcoding-based transcriptomic data
2024-Oct-14, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03416-2
PMID:39402626
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研究论文 | 本文提出了一种混合机器学习和回归方法SDePER，用于基于空间条形码的转录组数据的细胞类型去卷积 | SDePER方法解决了ST数据和scRNA-seq数据之间的平台效应，确保它们之间的线性关系，同时处理捕获点间细胞类型的稀疏性和空间相关性 | 未明确提及具体局限性 | 提高基于空间条形码的转录组数据的细胞类型去卷积精度和鲁棒性 | 基于空间条形码的转录组数据和参考单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 混合机器学习和回归方法 | 转录组数据 | 模拟数据和四个真实数据集 |
| 2294 | 2025-03-01 |
Single-cell RNA sequencing data identify a conserved population of metallothionein-expressing macrophages that may be ubiquitous in vital human organs
2024-Oct, Clinical and translational discovery
DOI:10.1002/ctd2.348
PMID:40018369
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2295 | 2025-03-16 |
FUSION: A web-based application for in-depth exploration of multi-omics data with brightfield histology
2024-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.07.09.602778
PMID:39026885
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为FUSION的基于Web的应用程序，用于深入探索多组学数据与明场组织学的结合 | 开发了一个新的基于Web的工具FUSION，用于整合分子数据和组织病理学特征，提供深度学习和可视化工具，支持空间组学数据和高分辨率组织学图像的深入分析 | 未明确提及具体限制 | 开发一个工具，用于连接分子数据和组织病理学特征，以提供更深入的生物学机制洞察 | 健康与病变组织的空间转录组学数据（ST），包括福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）和冷冻制备的数据集 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学（ST） | 深度学习算法 | 图像、空间组学数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 2296 | 2025-03-16 |
Teplizumab induces persistent changes in the antigen-specific repertoire in individuals at risk for type 1 diabetes
2024-Aug-13, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI177492
PMID:39137044
|
研究论文 | 本文研究了Teplizumab对1型糖尿病高危人群抗原特异性库的长期影响 | 首次揭示了Teplizumab在1型糖尿病高危人群中诱导操作耐受性的长期效果，包括T细胞的激活、耗竭和调节过程 | 研究样本量有限，且未涉及Teplizumab对其他免疫细胞类型的影响 | 探讨Teplizumab对1型糖尿病高危人群的长期免疫调节效果 | 1型糖尿病高危人群的外周血CD8+ T细胞 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 研究参与者，具体数量未明确 |
| 2297 | 2025-03-16 |
CTHRC1+ fibroblasts and SPP1+ macrophages synergistically contribute to pro-tumorigenic tumor microenvironment in pancreatic ductal adenocarcinoma
2024-07-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-68109-z
PMID:39075108
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研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的细胞群体及其相互作用，特别是SPP1+巨噬细胞和CTHRC1+成纤维细胞的协同作用 | 通过单细胞和空间转录组学技术，首次揭示了SPP1+巨噬细胞和CTHRC1+成纤维细胞在PDAC肿瘤微环境中的协同作用及其对预后的影响 | 研究主要基于转录组学数据，缺乏对蛋白质水平和功能验证的深入分析 | 探索胰腺导管腺癌肿瘤微环境中的细胞群体及其相互作用，以寻找潜在的治疗靶点 | 胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤微环境中的细胞群体 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学, 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 2298 | 2025-03-16 |
Intestinal strictures in Crohn's disease: An update from 2023
2024-07, United European gastroenterology journal
IF:5.8Q1
DOI:10.1002/ueg2.12568
PMID:38546434
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综述 | 本文提供了2023年关于克罗恩病肠道狭窄的最新进展的全面回顾 | 介绍了单细胞测序等新技术，以及血清生物标志物和新型横断面成像技术等非侵入性诊断工具 | 未知的发病机制、缺乏普遍接受的标准以及缺乏有效的管理方法仍然是未解决的挑战 | 旨在提供关于纤维化的前沿信息，并为研究人员和临床医生在肠道狭窄领域取得更大进展奠定基础 | 克罗恩病患者的肠道狭窄 | NA | 克罗恩病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 2299 | 2025-03-16 |
Discovery of optimal cell type classification marker genes from single cell RNA sequencing data
2024-Jun-26, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.04.22.590194
PMID:38712147
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研究论文 | 本文介绍了NS-Forest 4.0及其配套Python包，用于从单细胞RNA测序数据中发现最优的细胞类型分类标记基因 | NS-Forest 4.0通过模块化最终决策树步骤，能够比较用户定义标记基因与NS-Forest计算得出的标记基因的性能，并引入了On-Target Fraction指标来量化标记基因的特异性 | NA | 研究目的是从单细胞RNA测序数据中发现最优的细胞类型分类标记基因 | 研究对象是单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | RNA测序数据 | 数百万个细胞 |
| 2300 | 2025-03-16 |
SpotSweeper: spatially-aware quality control for spatial transcriptomics
2024-Jun-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.06.06.597765
PMID:38895212
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研究论文 | 本文介绍了SpotSweeper，一种用于空间转录组学（SRT）数据的空间感知质量控制方法 | SpotSweeper是首个针对SRT数据的质量控制方法，能够识别局部异常和区域伪影，并减少生物异质性带来的偏差 | 目前的方法尚未完全解决SRT数据中独特的组织学伪影问题 | 开发适用于空间转录组学数据的质量控制方法，以提高数据可靠性和准确性 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序（RNA-seq） | NA | 空间转录组学数据 | 使用公开可用的Visium数据 |