单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 22921 - 22940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22921 | 2024-08-08 |
Understanding the pathogenesis of infectious diseases by single-cell RNA sequencing
2021-Sep-06, Microbial cell (Graz, Austria)
DOI:10.15698/mic2021.09.759
PMID:34527720
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术探讨了感染性疾病的发病机制，并讨论了该技术在研究宿主与病原体相互作用中的应用及未来治疗潜力 | 介绍了单细胞RNA测序技术在分析细胞多样性、免疫反应异质性及感染性疾病分子机制中的最新进展 | NA | 揭示感染性疾病的发病机制，并探索新的干预和治疗方法 | 细菌、病毒、真菌和寄生虫引起的感染性疾病 | 数字病理学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 22922 | 2024-08-08 |
Applying Machine Learning to Stem Cell Culture and Differentiation
2021-Sep, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.261
PMID:34529356
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研究论文 | 本文详细介绍了机器学习技术在干细胞培养和分化中的应用 | 本文首次系统地介绍了机器学习在干细胞研究中的应用，并提供了具体的实例和方法 | NA | 旨在帮助干细胞生物学家理解和设计机器学习工作流程 | 干细胞的培养和分化 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序和基于图像的方法 | 回归、分类和无监督聚类 | 数据 | NA |
| 22923 | 2024-08-08 |
Transcriptomic entropy benchmarks stem cell-derived cardiomyocyte maturation against endogenous tissue at single cell level
2021-09, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009305
PMID:34534204
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研究论文 | 本文通过转录组熵量化多能干细胞（PSC）衍生的心肌细胞（CM）成熟度，并与内源性组织进行单细胞水平的比较 | 开发了一种新的方法来量化PSC衍生的心肌细胞成熟度，通过转录组熵，该方法在不同数据集间具有鲁棒性，不受分离协议、文库准备和其他潜在批次效应的影响 | NA | 建立一个跨研究、跨物种的心肌细胞成熟度参考，并直接比较PSC衍生的心肌细胞与体内发育轨迹 | 多能干细胞衍生的心肌细胞成熟度 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 分析了超过45个scRNA-seq数据集和超过52,000个心肌细胞 |
| 22924 | 2024-08-08 |
The establishment of variant surface glycoprotein monoallelic expression revealed by single-cell RNA-seq of Trypanosoma brucei in the tsetse fly salivary glands
2021-09, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1009904
PMID:34543350
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了舌蝇唾液腺中布氏锥虫的发育过程，特别是变异表面糖蛋白（VSG）单等位基因表达的建立。 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了布氏锥虫在舌蝇唾液腺中VSG单等位基因表达的动态过程，并提出了转录竞赛模型来解释这一现象。 | NA | 深入理解布氏锥虫在舌蝇唾液腺中变异表面糖蛋白单等位基因表达的建立过程。 | 布氏锥虫在舌蝇唾液腺中的发育过程及其变异表面糖蛋白的表达。 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 多个布氏锥虫细胞 |
| 22925 | 2024-08-08 |
Preparation of Drosophila Larval Blood Cells for Single-cell RNA Sequencing
2021-Aug-20, Bio-protocol
IF:1.0Q3
DOI:10.21769/BioProtoc.4127
PMID:34541045
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研究论文 | 本文提供了一种详细的方法，用于从果蝇第三龄幼虫中获取用于单细胞RNA测序的高质量单个血细胞 | 该方法简便且可重复，无需酶解，细胞存活率问题极小 | NA | 提供一种用于单细胞RNA测序的高质量单个血细胞的制备方法 | 果蝇第三龄幼虫的血细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 从果蝇第三龄幼虫中获取的血细胞 |
| 22926 | 2024-08-08 |
A Single-cell Transcriptome Atlas of Cashmere Goat Hair Follicle Morphogenesis
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.07.003
PMID:34534715
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了绒山羊胎儿背部皮肤在不同发育阶段的细胞异质性和细胞命运决定 | 首次通过无监督聚类分析识别了16个细胞集群，并揭示了真皮和表皮细胞系发育路径的详细分子景观 | NA | 探究绒山羊毛发 follicle 发育过程中的转录组特征 | 绒山羊的次级毛发 follicle (SHFs) | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 19,705个单细胞 |
| 22927 | 2024-08-08 |
Identify differential genes and cell subclusters from time-series scRNA-seq data using scTITANS
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.07.016
PMID:34527187
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研究论文 | 本文提出了一种名为scTITANS的方法，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中识别差异基因和细胞亚群 | scTITANS通过使用轨迹推断分析的伪时间来校正细胞异步性，并引入基于时间序列分析方法的时间依赖协变量，从而更准确、定量地处理细胞间的异质性并充分利用生物过程中的时间信息 | NA | 开发一种有效工具，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中识别差异基因和细胞亚群 | 时间序列单细胞RNA测序数据中的差异基因和细胞亚群 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 时间序列数据 | 多个时间点的单细胞样本 |
| 22928 | 2024-08-08 |
Stromal infiltrating mast cells identify immunoevasive subtype high-grade serous ovarian cancer with poor prognosis and inferior immunotherapeutic response
2021, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2021.1969075
PMID:34527431
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研究论文 | 研究探讨了肿瘤浸润肥大细胞（TIMs）在高度浆液性卵巢癌（HGSOC）中的预后、免疫环境和免疫治疗反应的相关性 | 首次揭示了基质TIMs（sTIMs）在HGSOC中的预后价值和与免疫逃逸亚型的关联，并构建了一个基于sTIMs和PD-L1的诺模图来预测患者的5年总生存率 | 研究样本量有限，且仅限于高级别浆液性卵巢癌患者，可能限制了结果的普遍性 | 旨在确定TIMs在HGSOC中的预后、免疫环境和免疫治疗反应的相关性 | 高级别浆液性卵巢癌患者及其肿瘤浸润肥大细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 免疫组织化学（IHC），单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 组织样本 | 197名高级别浆液性卵巢癌患者 |
| 22929 | 2024-08-08 |
HCG18 Participates in Vascular Invasion of Hepatocellular Carcinoma by Regulating Macrophages and Tumor Stem Cells
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.707073
PMID:34527669
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研究论文 | 本研究通过分析肝细胞癌（HCC）的基因组、转录组和免疫微环境数据，探讨了HCG18在HCC血管侵袭中的作用及其调控机制 | 本研究首次揭示了HCG18通过调控巨噬细胞和肿瘤干细胞参与HCC血管侵袭的机制，并发现了三个关键转录因子YBX1、ILF2和HMGA1 | 研究主要基于公共数据库数据，未进行体内外实验验证 | 旨在识别肝细胞癌中参与血管侵袭的关键基因及其调控机制，并探索HCC的免疫微环境 | 肝细胞癌（HCC）的基因组、转录组和免疫微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | 基因组学、转录组学、免疫微环境分析 | NA | 基因组数据、转录组数据、免疫细胞数据 | 373例HCC样本 |
| 22930 | 2024-08-08 |
The Many Faces of Astrocytes in Alzheimer's Disease
2021, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2021.619626
PMID:34531807
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综述 | 本文综述了星形胶质细胞在阿尔茨海默病中的作用及其在正常和病理条件下的发展 | 利用单细胞测序技术来描绘与阿尔茨海默病中反应性星形胶质细胞相关的特定生物标志物 | NA | 深入理解星形胶质细胞在阿尔茨海默病中的贡献及其表型变化，以寻找更有效的治疗靶点 | 星形胶质细胞在阿尔茨海默病中的作用及其表型变化 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序 | NA | NA | NA |
| 22931 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Analysis Reveals Greater Epithelial Ridge Cells Degeneration During Postnatal Development of Cochlea in Rats
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.719491
PMID:34540839
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了在幼鼠耳蜗发育过程中，大上皮嵴细胞的退化情况及其分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术，详细分析了幼鼠耳蜗发育过程中大上皮嵴细胞的亚型及其退化机制 | 研究仅限于幼鼠耳蜗发育的两个时间点（P1和P7），可能需要更多时间点的数据以全面理解细胞退化过程 | 探讨幼鼠耳蜗发育过程中大上皮嵴细胞的退化机制 | 幼鼠耳蜗中的大上皮嵴细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 幼鼠耳蜗在出生后第1天和第7天的样本 |
| 22932 | 2024-08-08 |
Autophagy protects murine preputial glands against premature aging, and controls their sebum phospholipid and pheromone profile
2022-05, Autophagy
IF:14.6Q1
DOI:10.1080/15548627.2021.1966716
PMID:34491140
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研究论文 | 本文研究了自噬在保护小鼠包皮腺免受过早衰老中的作用，并探讨了其对皮脂磷脂和信息素谱的调控 | 首次揭示了自噬在小鼠包皮腺衰老防护中的作用及其对皮脂成分的调控机制 | NA | 探究自噬在小鼠包皮腺衰老防护及其对皮脂和信息素成分调控中的作用 | 小鼠包皮腺 | NA | NA | 高分辨率液相色谱-质谱法（HPLC-MS），单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | NA | NA |
| 22933 | 2024-08-08 |
Visualization and Analysis of Single Cell RNA-Seq Data by Maximizing Correntropy Based Non-Negative Low Rank Representation
2022-04, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2021.3110766
PMID:34495855
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MccNLRR的新型scRNA-seq数据分析模型，用于处理高技术噪声和数据丢失问题 | 采用最大相关熵准则作为有效的损失函数，对高噪声和大数据异常值更为鲁棒，同时利用低秩表示捕捉数据的全局和局部结构 | NA | 探索单细胞RNA测序技术在生物问题分析中的应用 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | MccNLRR | 数据 | NA |
| 22934 | 2024-08-08 |
Resident vascular endothelial progenitor definition and function: the age of reckoning
2022-02, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-021-09817-2
PMID:34499264
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综述 | 本文综述了近年来对血管内皮祖细胞在体内的定义和功能的研究进展 | 利用单细胞测序技术深入理解内皮细胞在稳态和病理状态下的特性 | 对体内能够产生ECFC的内皮细胞群体的了解仍然有限 | 描述和分析体内祖细胞群体的研究，特别是通过小鼠研究反映ECFC的自更新和干细胞能力 | 血管内皮祖细胞的定义和功能 | NA | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 22935 | 2024-08-08 |
Murine AGM single-cell profiling identifies a continuum of hemogenic endothelium differentiation marked by ACE
2022-01-20, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020007885
PMID:34517413
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了小鼠AGM区域中造血内皮细胞（HE）的分化过程，并揭示了ACE在其分化中的标志性作用 | 首次通过全长的单细胞RNA测序揭示了HE分化的连续性，并发现ACE在HE分化中的特异性标记作用 | NA | 旨在解析胚胎中造血干细胞形成的分子和细胞途径，以促进体外造血干细胞的生成和扩展 | 小鼠AGM区域的造血内皮细胞及其分化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 使用Runx1b和Gfi1/1b转基因报告小鼠模型分离的HE细胞 |
| 22936 | 2024-08-08 |
scAPAdb: a comprehensive database of alternative polyadenylation at single-cell resolution
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab795
PMID:34508354
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scAPAdb的综合数据库，该数据库提供了单细胞分辨率下的替代多聚腺苷酸化（APA）信息 | scAPAdb是首个提供单细胞分辨率APA信息的数据库，填补了现有APA数据库在这一领域的空白 | NA | 旨在为研究单细胞水平上APA异构体使用和APA介导的基因调控提供有价值的资源 | 单细胞分辨率下的APA信息 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 数据库 | 超过360个scRNA-seq实验，涵盖六种物种，包括人类、小鼠和其他几种植物物种 |
| 22937 | 2024-08-08 |
VeloViz: RNA velocity-informed embeddings for visualizing cellular trajectories
2022-01-03, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab653
PMID:34500455
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研究论文 | 本文介绍了VeloViz工具，该工具利用RNA速度分析信息创建单细胞转录组数据的2D和3D嵌入，以可视化细胞轨迹 | VeloViz通过考虑RNA速度分析预测的未来转录状态，能够更可靠地捕捉和展示细胞轨迹，即使在缺失中间细胞状态的情况下 | NA | 开发一种新的方法来可视化从RNA速度分析推断的细胞状态变化，以更好地理解细胞轨迹 | 单细胞转录组数据及其通过RNA速度分析推断的细胞状态变化 | 生物信息学 | NA | RNA速度分析 | NA | 转录组数据 | 使用真实和模拟数据进行验证 |
| 22938 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq reveals the transcriptional landscape in ischemic stroke
2022-01, Journal of cerebral blood flow and metabolism : official journal of the International Society of Cerebral Blood Flow and Metabolism
IF:4.9Q1
DOI:10.1177/0271678X211026770
PMID:34496660
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了缺血性中风中的转录组图谱 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了小鼠MCAO模型中脑细胞群的细胞类型特异性基因表达模式及其在不同通路中的功能 | NA | 探索缺血性中风的疾病机制及基于细胞亚型特异性分子的药物发现 | 缺血性中风中的脑细胞群及其基因表达模式 | 数字病理学 | 脑血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠MCAO模型中的脑细胞群 |
| 22939 | 2024-08-08 |
Cancer stem cells in hepatocellular carcinoma - from origin to clinical implications
2022-01, Nature reviews. Gastroenterology & hepatology
DOI:10.1038/s41575-021-00508-3
PMID:34504325
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综述 | 本文综述了肝细胞癌中癌症干细胞（CSC）的起源及其临床意义 | 探讨了肝CSC的异质性和独特的免疫生物学特性，为新的研究方向和潜在疗法提供了机会 | NA | 总结当前对肝CSC标记物和肝细胞癌中干细胞调控因子的认识，并描述肝CSC领域的最新进展 | 肝细胞癌中的癌症干细胞 | NA | 肝细胞癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA |
| 22940 | 2024-08-08 |
Delineating chromatin accessibility re-patterning at single cell level during early stage of direct cardiac reprogramming
2022-01, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2021.09.002
PMID:34509499
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研究论文 | 本研究通过单细胞ATAC-seq技术，探讨了心脏重编程早期阶段染色质可及性的重塑模式及其对转录组重塑的影响 | 首次揭示了Smad3作为双模态转录因子在心脏重编程中的作用，并发现了心脏基因在重编程轨迹中的顺式调控相互作用的全球重构 | NA | 探讨心脏重编程早期阶段染色质景观的改变如何驱动转录组重塑 | 心脏成纤维细胞向诱导心肌细胞（iCMs）的直接转化过程中的染色质可及性变化 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞ATAC-seq | NA | 基因组数据 | 早期重编程的诱导心肌细胞（iCMs） |