单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28751 篇文献，本页显示第 22901 - 22920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22901 | 2024-08-08 |
Revisiting hematopoiesis: applications of the bulk and single-cell transcriptomics dissecting transcriptional heterogeneity in hematopoietic stem cells
2022-05-21, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elac002
PMID:35265979
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综述 | 本文综述了利用批量和单细胞转录组学技术解析造血干细胞转录异质性的最新发现和计算方法 | 利用下一代测序技术（NGS）在批量和单细胞水平上增加了对造血干细胞工作模型的理解 | NA | 深入理解造血干细胞稳态及其扰动的整体调控景观，以解析保护性免疫与自身免疫 | 造血干细胞及其在免疫系统中的作用 | NA | NA | 下一代测序（NGS） | NA | 转录组数据 | NA |
| 22902 | 2024-08-08 |
Bibliometric review of ATAC-Seq and its application in gene expression
2022-05-13, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbac061
PMID:35255493
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综述 | 本文综述了ATAC-Seq技术及其在基因表达研究中的应用，并分析了相关文献的特征 | 构建了使用ATAC-Seq研究过的物种的系统发育树，并总结了人类疾病和其他物种的研究发现 | 主要集中在Mus musculus和Homo sapiens的研究，其他物种的数据仍在积累中 | 探讨ATAC-Seq技术在基因表达研究中的应用及其在多组学数据分析中的作用 | ATAC-Seq技术及其在不同物种中的应用 | 测序技术 | NA | ATAC-Seq, ChIP-seq, RNA-seq | NA | 基因组数据 | Mus musculus和Homo sapiens的研究占ATAC-Seq数据的约90% |
| 22903 | 2024-08-08 |
Construction and evaluation of an integrated predictive model for chronic kidney disease based on the random forest and artificial neural network approaches
2022-05-07, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.02.099
PMID:35276459
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研究论文 | 本研究旨在通过结合随机森林和人工神经网络方法，构建并评估一个用于慢性肾脏病早期预测的综合预测模型 | 本研究通过结合随机森林和人工神经网络方法，构建了一个新的综合预测模型，并发现了与慢性肾脏病发展相关的关键基因 | NA | 识别关键生物标志物并构建一个用于慢性肾脏病早期预测的综合模型 | 慢性肾脏病患者 | 机器学习 | 慢性肾脏病 | RNA-seq | 随机森林 (RF) 和人工神经网络 (ANN) | 基因表达数据和临床信息 | 来自Gene Expression Omnibus (GEO)数据库的慢性肾脏病患者数据 |
| 22904 | 2024-08-08 |
Complement protein C1q activates lung fibroblasts and exacerbates silica-induced pulmonary fibrosis in mice
2022-05-07, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.02.090
PMID:35278885
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研究论文 | 研究探讨了补体蛋白C1q在肺纤维化中的作用及其对肺成纤维细胞的影响 | 首次揭示了C1q在硅诱导的肺纤维化中的作用，并提出了C1q作为肺纤维化治疗靶点的可能性 | NA | 探究C1q在肺纤维化中的作用及其对肺成纤维细胞的影响 | C1q蛋白、肺成纤维细胞、硅诱导的肺纤维化小鼠模型 | NA | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | C1q缺陷小鼠和正常小鼠 |
| 22905 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing of mycosis fungoides reveals a cluster of actively proliferating lymphocytes
2022-May, The Australasian journal of dermatology
DOI:10.1111/ajd.13794
PMID:35254671
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了一位70岁男性患者皮肤病变中的淋巴细胞增殖情况 | 使用单细胞RNA测序技术揭示了活跃增殖的淋巴细胞群 | NA | 探索皮肤淋巴瘤中的个性化医疗方法 | 皮肤病变中的淋巴细胞 | 数字病理学 | 皮肤淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 一位70岁男性患者的皮肤病变样本 |
| 22906 | 2024-08-08 |
Museum of spatial transcriptomics
2022-05, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01409-2
PMID:35273392
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综述 | 本文综述了自1987年以来空间转录组学技术及其数据分析方法的发展历程，并分析了该领域的趋势 | 提供了对空间转录组学技术及其数据分析方法的全面回顾，并将其置于历史背景下进行分析 | NA | 全面记录空间基因表达技术和数据分析方法，并分析该领域的趋势 | 空间转录组学技术及其数据分析方法 | 基因组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 22907 | 2024-08-08 |
Single cell sequencing coupled with bioinformatics reveals PHYH as a potential biomarker in kidney ischemia reperfusion injury
2022-04-30, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2022.02.095
PMID:35276556
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术结合生物信息学方法，揭示了PHYH作为肾缺血再灌注损伤的潜在生物标志物 | 首次通过单细胞RNA测序技术识别出近端小管细胞在肾缺血再灌注损伤中的重要作用，并验证了PHYH的高表达 | NA | 旨在识别肾缺血再灌注损伤中的重要细胞类型和潜在生物标志物 | 肾缺血再灌注损伤中的细胞类型和生物标志物 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了来自GEO数据库的GSE139506数据集，并构建了小鼠缺血再灌注损伤模型进行验证 |
| 22908 | 2024-08-08 |
Supervised capacity preserving mapping: a clustering guided visualization method for scRNA-seq data
2022-04-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac131
PMID:35253834
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研究论文 | 提出了一种名为supCPM的监督可视化方法，用于单细胞RNA测序数据，该方法能够分离不同簇、保留全局结构并跟踪簇的方差 | supCPM方法在保留全局几何结构和数据方差方面优于其他六种可视化方法 | NA | 开发一种新的计算方法，用于分析单细胞RNA测序数据，特别是在聚类和可视化方面 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 数据 | NA |
| 22909 | 2024-08-08 |
scGate: marker-based purification of cell types from heterogeneous single-cell RNA-seq datasets
2022-04-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac141
PMID:35258562
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scGate的算法，用于从异质性单细胞RNA测序数据集中基于标记自动化纯化特定细胞群体 | scGate无需训练数据或参考基因表达谱，通过层次结构组织的标记来纯化细胞群体，类似于流式细胞术中的门控策略，并优于现有的单细胞分类器 | NA | 开发一种新的算法，用于从异质性单细胞数据集中纯化特定细胞类型 | 单细胞RNA测序数据集中的特定细胞群体 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 单细胞数据 | NA |
| 22910 | 2024-08-08 |
spatialGE: quantification and visualization of the tumor microenvironment heterogeneity using spatial transcriptomics
2022-04-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac145
PMID:35258565
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研究论文 | 本文介绍了spatialGE软件，用于通过基因表达表面、空间异质性统计、点级细胞分解和空间感知聚类等方法，量化和可视化肿瘤微环境的异质性 | 开发了spatialGE软件，提供了一种新的方法来探索肿瘤空间异质性与临床数据之间的关联 | NA | 提高对肿瘤微环境的理解，并改善癌症的预后和治疗 | 肿瘤微环境的空间异质性 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 22911 | 2024-08-08 |
NewWave: a scalable R/Bioconductor package for the dimensionality reduction and batch effect removal of single-cell RNA-seq data
2022-04-28, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btac149
PMID:35266509
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研究论文 | 本文介绍了NewWave，一个用于单细胞RNA测序数据降维和批次效应去除的可扩展R/Bioconductor包 | NewWave采用小批量优化方法，能够处理内存外数据，使用户能够分析包含数百万细胞的数据集 | NA | 开发一个可扩展的工具，用于单细胞RNA测序数据的降维和批次效应去除 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 序列数据 | 数百万细胞 |
| 22912 | 2024-08-08 |
STRIDE: accurately decomposing and integrating spatial transcriptomics using single-cell RNA sequencing
2022-04-22, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkac150
PMID:35253896
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研究论文 | 本文介绍了一种名为STRIDE的计算方法，通过利用单细胞转录组学训练的主题轮廓来分解空间混合物中的细胞类型，从而准确估计细胞类型比例并提高空间定位基因和域的识别。 | STRIDE方法通过主题建模技术，能够准确分解和整合空间转录组数据，提高了对稀有细胞类型空间定位的识别能力。 | NA | 开发一种新的计算方法，以克服现有空间转录组技术在单细胞水平上探索细胞定位和相互作用的局限性。 | 空间转录组数据中的细胞类型分解和整合。 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 主题建模 | 转录组数据 | NA |
| 22913 | 2024-08-08 |
Keratin filaments mediate the expansion of extra-embryonic membranes in the post-gastrulation mouse embryo
2022-04-04, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021108747
PMID:35266581
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研究论文 | 本文通过两光子活体成像技术研究了角质纤维在胚胎后期外胚膜扩张中的作用 | 首次揭示了角质纤维在胚胎外结构扩张中的新作用，并提出了中胚层适应环境的机制 | NA | 探讨角质纤维在胚胎外膜扩张中的作用及其机制 | 小鼠胚胎的中胚层及其外胚膜 | NA | NA | 两光子活体成像技术，单细胞RNA测序 | NA | 图像，RNA序列 | 多个小鼠胚胎 |
| 22914 | 2024-08-08 |
Transcriptome analysis revealed a two-step transformation of vascular smooth muscle cells to macrophage-like cells
2022-04, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
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研究论文 | 本文通过转录组分析揭示了血管平滑肌细胞向巨噬细胞样细胞的两步转化过程 | 研究首次详细描述了血管平滑肌细胞在特定信号通路抑制下向巨噬细胞样细胞转化的分子机制 | 研究主要基于体外实验和病理样本分析，可能需要进一步的体内实验验证 | 探讨血管平滑肌细胞在相同环境压力下执行不同功能的机制及其向巨噬细胞样细胞转化的细胞重编程过程 | 血管平滑肌细胞及其向巨噬细胞样细胞的转化 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 22915 | 2024-08-08 |
A single factor elicits multilineage reprogramming of astrocytes in the adult mouse striatum
2022-03-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2107339119
PMID:35254903
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研究论文 | 本研究通过一系列体内筛选实验，揭示单一因子能够诱导成年小鼠纹状体中的星形胶质细胞转化为诱导性神经前体细胞（iNPCs），进而生成神经元、星形胶质细胞和少突胶质细胞 | 发现了在非神经发生区域，单一因子能够诱导成年大脑中的星形胶质细胞转化为多能性前体细胞，这一发现对再生医学具有重要意义 | NA | 探索成年大脑中细胞的可塑性及再生能力 | 成年小鼠纹状体中的星形胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 22916 | 2024-08-08 |
FibROAD: a manually curated resource for multi-omics level evidence integration of fibrosis research
2022-03-12, Database : the journal of biological databases and curation
DOI:10.1093/database/baac015
PMID:35277958
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研究论文 | 本文介绍了FibROAD数据库的开发，该数据库整合了来自文献和多组学数据的纤维化相关疾病的证据 | FibROAD数据库整合了来自多种器官和物种的多组学数据，为纤维化研究提供了全面的证据 | NA | 开发一个开放访问的数据库，以帮助研究人员和临床医生更好地理解和治疗纤维化疾病 | 纤维化相关基因和多组学数据 | 数字病理学 | 纤维化 | RNA-seq, 单细胞RNA-seq, miRNA-seq, ChIP-seq, ATAC-seq, MeDIP-seq, MBD-seq | NA | 多组学数据 | 超过4000个样本，来自17种不同器官的5个物种 |
| 22917 | 2024-08-08 |
Subcellular progression of mesenchymal transition identified by two discrete synchronous cell lines derived from the same glioblastoma
2022-Mar-12, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-022-04188-3
PMID:35278143
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研究论文 | 本研究从同一胶质母细胞瘤组织样本中分离并建立了两种具有不同形态和生物学特性的癌细胞系，并通过基因组和转录组分析揭示了它们在间质转化过程中的差异 | 成功分离并建立了两种源自同一胶质母细胞瘤组织的不同癌细胞系，并通过转录组分析揭示了间质转化过程的差异 | NA | 研究胶质母细胞瘤中间质转化的亚细胞过程 | 胶质母细胞瘤的癌细胞系及其间质转化过程 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 两种癌细胞系及四份肿瘤样本 |
| 22918 | 2024-08-08 |
Recent advances in the developmental origin of neuroblastoma: an overview
2022-Mar-11, Journal of experimental & clinical cancer research : CR
IF:11.4Q1
DOI:10.1186/s13046-022-02281-w
PMID:35277192
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综述 | 本文综述了神经母细胞瘤（NB）的发育起源及其复杂的表观遗传景观的最新进展 | 通过单细胞RNA测序和空间转录组学，揭示了参与正常发育和NB癌变的神经嵴细胞后代，并发现了NB特异性调控回路，为设计针对NB遗传和表观遗传决定因素的创新疗法提供了新视角 | NA | 探讨神经母细胞瘤的发育起源及其表观遗传调控机制，以设计新的靶向治疗策略 | 神经母细胞瘤及其发育起源和表观遗传调控机制 | 数字病理学 | 儿童疾病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学，染色质免疫沉淀测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 22919 | 2024-08-08 |
Distinct outcomes, ABL1 mutation profile, and transcriptome features between p190 and p210 transcripts in adult Philadelphia-positive acute lymphoblastic leukemia in the TKI era
2022-Mar-11, Experimental hematology & oncology
IF:9.4Q1
DOI:10.1186/s40164-022-00265-2
PMID:35277197
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研究论文 | 本研究探讨了在酪氨酸激酶抑制剂时代，费城染色体阳性急性淋巴细胞白血病（Ph+ ALL）患者中p190和p210转录本的临床特征、治疗结果、ABL1突变谱和转录组特征的差异 | 首次系统研究了Ph+ ALL患者中p190和p210转录本的差异信号传导和治疗结果，并利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析了两种转录本的转录组特征 | 研究样本量相对较小，且仅包括成人患者 | 探究Ph+ ALL患者中p190和p210转录本的临床特征、治疗结果、ABL1突变谱和转录组特征的差异 | 305名接受化疗加酪氨酸激酶抑制剂治疗的Ph+ ALL成年患者 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 305名患者 |
| 22920 | 2024-08-08 |
Fully-automated and ultra-fast cell-type identification using specific marker combinations from single-cell transcriptomic data
2022-03-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28803-w
PMID:35273156
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研究论文 | 本文开发了一种名为ScType的计算平台，用于基于scRNA-seq数据和细胞标记数据库实现全自动和超快速的细胞类型识别 | ScType平台能够提供无偏见且准确的细胞类型注释，确保正负标记基因在细胞簇和细胞类型中的特异性，并能区分健康和恶性细胞群体 | NA | 开发一种全自动和超快速的细胞类型识别方法 | 人类和小鼠组织的scRNA-seq数据 | 单细胞测序 | NA | scRNA-seq | NA | scRNA-seq数据 | 六个scRNA-seq数据集 |