单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22841	2024-08-08	A harmonized atlas of mouse spinal cord cell types and their spatial organization 2021-09-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25125-1 PMID:34588430	研究论文	本文基于单细胞转录组数据生成小鼠脊髓细胞类型图谱，整合现有数据集到一个共同的参考框架中	首次整合了小鼠脊髓细胞类型的单细胞RNA测序数据，并开发了一个开源的细胞类型分类器SeqSeek	NA	研究小鼠脊髓细胞类型的分子多样性和空间组织	小鼠脊髓细胞类型及其基因表达特征和分子组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
22842	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals markers of disease progression in primary cutaneous T-cell lymphoma 2021-09-28, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-021-01419-2 PMID:34583709	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了原发性皮肤T细胞淋巴瘤中疾病进展的标志物	发现了与疾病进展相关的特定生物标志物面板，这些标志物的表达变化可能解释了晚期MF临床表型的转变	NA	揭示原发性皮肤T细胞淋巴瘤中疾病进展的生物标志物	早期和晚期MF患者的皮肤样本，以及非病变MF和健康对照皮肤	数字病理学	皮肤T细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
22843	2024-08-08	Multi-species single-cell transcriptomic analysis of ocular compartment regulons 2021-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25968-8 PMID:34584087	研究论文	本文构建了人类和小猪眼部的首个单细胞图谱，并研究了视网膜的种间差异，识别了虹膜组织中的假定成体干细胞，创建了眼部各部分疾病相关的基因图谱，并探讨了不同细胞群的调控网络。	首次构建了人类和小猪眼部的单细胞图谱，识别了虹膜中的假定成体干细胞，创建了眼部疾病基因图谱，并揭示了眼部细胞类型间的独特信号传导。	NA	研究跨物种视网膜的整合性研究，并探讨眼部不同细胞群的调控网络。	人类和小猪的眼部组织，特别是视网膜和虹膜。	数字病理学	眼部疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	人类和小猪的眼部组织样本
22844	2024-08-08	Confronting false discoveries in single-cell differential expression 2021-09-28, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25960-2 PMID:34584091	研究论文	本文探讨了单细胞转录组学中差异表达分析方法的性能及其对生物学重复变异的考虑	揭示了不同方法在考虑生物学重复变异方面的差异，并指出了广泛使用的方法在缺乏生物学差异时可能产生大量假阳性的问题	文章未明确提及具体的方法局限性	旨在阐明单细胞差异表达分析中统计方法的性能和区分原则	研究对象为受伤的小鼠脊髓中的差异表达基因	单细胞转录组学	NA	差异表达分析	NA	转录组数据	研究未明确提及样本数量
22845	2024-08-08	Integration and gene co-expression network analysis of scRNA-seq transcriptomes reveal heterogeneity and key functional genes in human spermatogenesis 2021-09-27, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-98267-3 PMID:34580317	研究论文	本研究通过整合多个正常生精过程的scRNA-seq数据集，分析了超过33,000个睾丸细胞的单细胞转录组，以揭示人类精子发生过程中的细胞异质性和关键功能基因	本研究首次整合多个scRNA-seq数据集，通过加权基因共表达网络分析揭示了精子发生过程中不同阶段的关键基因，为男性不育提供了新的见解	NA	揭示人类精子发生过程中的细胞异质性和关键功能基因	人类精子发生过程中的睾丸细胞	数字病理学	男性不育	scRNA-seq	NA	转录组数据	超过33,000个睾丸细胞
22846	2024-08-08	Nuclei Isolation from Adult Mouse Kidney for Single-Nucleus RNA-Sequencing 2021-09-20, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/62901 PMID:34605813	研究论文	本文介绍了一种从成年小鼠肾脏中分离细胞核并进行单核RNA测序的方法	该方法避免了传统酶解组织分离方法的局限，如需要新鲜组织、引入转录应激反应以及过度代表肾皮质细胞等问题	NA	旨在改进肾脏研究中单细胞转录组学的标准化方法	成年小鼠肾脏细胞核	数字病理学	NA	单核RNA测序	NA	RNA	从包含皮质、外髓和内髓的中央小鼠肾脏部分分离的细胞核
22847	2024-08-08	Single-cell Transcriptomes Reveal Characteristics of MicroRNAs in Gene Expression Noise Reduction 2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2021.05.002 PMID:34606979	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了微小RNA（miRNA）在减少小鼠细胞mRNA水平基因表达噪声中的作用	本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析，证明了miRNA在减少基因表达噪声中的作用，并构建了后转录调控的物理模型，通过合成基因电路观察，展示了miRNA目标加速降解与转录激活对抵抗外部波动的贡献	NA	探究miRNA在减少基因表达噪声中的作用及其机制	小鼠细胞中的miRNA及其目标基因	基因表达调控	NA	单细胞RNA测序	物理模型	RNA表达谱	NA
22848	2024-08-08	Inferring Copy Number from Triple-Negative Breast Cancer Patient Derived Xenograft scRNAseq Data Using scCNA 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1740-3_16 PMID:34590283	研究论文	本文描述了一种从三阴性乳腺癌患者来源的异种移植模型中分离单细胞悬液，并使用scRNAseq技术进行单细胞RNA测序，以获取推断的拷贝数变异轮廓的方法	本文采用scCNA技术从单细胞RNA测序数据中推断拷贝数变异，有助于深入理解肿瘤内异质性	NA	研究旨在通过单细胞分辨率的数据分析，增强对肿瘤内异质性的理解，并识别遗传脆弱性，开发有效疗法	三阴性乳腺癌患者来源的异种移植模型的单细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNAseq	NA	转录组数据	从TNBC患者来源的异种移植模型中分离的单细胞悬液
22849	2024-08-08	Immune Cell Landscape of Patients With Diabetic Macular Edema by Single-Cell RNA Analysis 2021, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2021.754933 PMID:34594230	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了糖尿病黄斑水肿患者的免疫细胞图谱	首次构建了糖尿病黄斑水肿患者的免疫细胞图谱，并证实了外周血中先天免疫失调的存在	NA	确定糖尿病黄斑水肿患者外周免疫细胞的表型和功能	糖尿病黄斑水肿患者的外周血单个核细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞数据	57,650个外周血单个核细胞（24,919个健康对照，32,731个糖尿病黄斑水肿患者）
22850	2024-08-08	Characterization of Organ-Specific Regulatory B Cells Using Single-Cell RNA Sequencing 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.711980 PMID:34594327	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞B细胞受体测序（scBCR-seq）技术，对小鼠不同器官（脾脏、肝脏、肠系膜淋巴结、骨髓和腹腔）的B细胞进行分析，以更好地定义这些细胞的表型	本研究首次鉴定了19个在调节性B细胞（Breg）中显著表达的共同基因，并分析了这些细胞中的转录因子活性，揭示了七个器官特异性的Breg细胞亚群	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现	旨在深入了解调节性B细胞（Breg）在不同器官中的异质性及其功能	小鼠不同器官（脾脏、肝脏、肠系膜淋巴结、骨髓和腹腔）的B细胞	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞B细胞受体测序（scBCR-seq）	NA	基因表达数据	多个小鼠器官的B细胞样本
22851	2024-08-08	A Systematic Review of the Tumor-Infiltrating CD8+ T-Cells/PD-L1 Axis in High-Grade Glial Tumors: Toward Personalized Immuno-Oncology 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.734956 PMID:34603316	综述	本文通过系统综述探讨了高级别胶质瘤中肿瘤浸润性CD8+ T细胞/PD-L1轴的临床意义及其对患者抗癌治疗反应率的影响	通过单细胞测序技术分析肿瘤微环境中细胞的抑制性免疫检查点表达模式，为基于数据的免疫检查点抑制剂治疗提供新策略	综述主要基于已发表的研究，可能存在样本选择偏倚和研究质量不一的问题	旨在阐明肿瘤浸润性CD8+ T细胞/PD-L1轴在高级别胶质瘤中的临床意义及其对患者治疗反应的影响	高级别胶质瘤患者及其肿瘤浸润性CD8+ T细胞和PD-L1表达	数字病理学	脑肿瘤	单细胞测序	NA	细胞	具体样本数量未在摘要中提及
22852	2024-08-08	Multiomics Analysis Reveals the Prognostic Non-tumor Cell Landscape in Glioblastoma Niches 2021, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2021.741325 PMID:34603399	研究论文	本研究旨在全面描述原发性胶质母细胞瘤微环境中非肿瘤细胞的特征及其预后影响	研究首次详细描述了胶质母细胞瘤微环境中非恶性细胞的预后效应，并发现了不同细胞类型在免疫反应中的作用	NA	揭示胶质母细胞瘤微环境中非肿瘤细胞的预后效应	胶质母细胞瘤微环境中的非肿瘤细胞	数字病理学	脑肿瘤	基因表达谱分析	NA	基因表达数据	967例胶质母细胞瘤样本
22853	2024-08-08	Tumor-Infiltrating PD-1hiCD8+-T-Cell Signature as an Effective Biomarker for Immune Checkpoint Inhibitor Therapy Response Across Multiple Cancers 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.695006 PMID:34604032	研究论文	本文构建了一种基于PD-1hiCD8+ T细胞转录组特征的生物标志物，用于预测多种癌症对免疫检查点抑制剂治疗的反应	首次利用RNA测序数据量化PD-1hiCD8+ T细胞，并验证其在多种癌症类型中的应用	NA	开发一种有效的生物标志物，用于预测患者对免疫检查点抑制剂治疗的反应	PD-1hiCD8+ T细胞在肿瘤浸润免疫细胞中的作用	数字病理学	多种癌症	RNA测序	NA	RNA-seq数据	581个临床样本和204个鼠模型
22854	2024-08-08	The Dynamic Changes of Transcription Factors During the Development Processes of Human Biparental and Uniparental Embryos 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.709498 PMID:34604214	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术系统地研究了早期胚胎发育过程中转录因子的表达谱，揭示了人类双亲和单亲胚胎发育过程中转录因子的动态变化	首次系统地研究了单亲胚胎发育过程中转录因子的作用，并发现了多种特定类型的转录因子	NA	研究转录因子在人类双亲和单亲胚胎发育过程中的作用	转录因子在早期胚胎发育中的表达和功能	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多种类型的胚胎样本
22855	2024-08-08	SH2 Domain-Containing Phosphatase 2 Inhibition Attenuates Osteoarthritis by Maintaining Homeostasis of Cartilage Metabolism via the Docking Protein 1/Uridine Phosphorylase 1/Uridine Cascade 2022-03, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.41988 PMID:34569725	研究论文	本研究探讨了SH2域包含的磷酸酶2（SHP-2）在骨关节炎（OA）中的作用及其机制	首次揭示了SHP-2在骨关节炎中的作用，并阐明了其通过调节docking protein 1/uridine phosphorylase 1/uridine级联反应维持软骨代谢平衡的机制	NA	识别特定参与骨关节炎的蛋白酪氨酸磷酸酶（PTPs）并研究其作用机制	人骨关节炎软骨中的107个PTP基因表达，SHP-2酶活性，以及SHP-2抑制剂对骨关节炎进展的影响	NA	骨关节炎	单细胞测序，tandem mass tag labeling-based global proteomic analysis，稳定同位素标记氨基酸细胞培养标记的酪氨酸磷蛋白组分析	NA	基因表达数据，酶活性数据，蛋白质表达数据	人骨关节炎软骨样本，IL-1β处理后的原代软骨细胞，以及经过SHP-2抑制剂或celecoxib处理的DMM小鼠和IL-1β刺激的小鼠原代软骨细胞
22856	2024-08-08	Integrating single-cell datasets with ambiguous batch information by incorporating molecular network features 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab366 PMID:34553223	研究论文	本文介绍了一种基于网络的集成方法SCORE，用于整合具有模糊批次信息的单细胞RNA测序数据集	SCORE方法通过纳入经过筛选的分子网络特征来推断细胞状态，并生成统一的流程，以整合单细胞RNA测序数据集	NA	开发一种新的方法来整合具有不同组织来源、发育阶段和/或少量重叠的单细胞RNA测序数据集	单细胞RNA测序数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	网络模型	基因表达数据	多个真实单细胞数据集
22857	2024-08-08	Consensus-based clustering of single cells by reconstructing cell-to-cell dissimilarity 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab379 PMID:34553226	研究论文	本研究介绍了一种新的单细胞聚类方法SD-h，通过最优合成常用的距离度量来为不同数据集生成适用的距离度量，并基于此进行层次聚类以更准确地进行细胞类型聚类	提出了新的单细胞聚类方法SD-h，通过合成多种距离度量来适应不同数据集，提高了聚类准确性	NA	开发一种新的单细胞聚类方法，以提高细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	层次聚类	基因表达数据	九个常用的scRNA-seq数据集
22858	2024-08-08	High-throughput single-cell RNA-seq data imputation and characterization with surrogate-assisted automated deep learning 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab368 PMID:34553763	研究论文	本文提出了一种名为SEDIM的自动深度学习模型，用于单细胞RNA测序数据中的基因表达水平插补，无需手动调整神经网络架构	SEDIM通过构建离线代理模型加速架构搜索的计算效率，并在插补和聚类性能上显著优于其他基准方法	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据中的基因稀疏性问题，并自动设计深度神经网络架构以提高插补性能	单细胞RNA测序数据中的基因表达水平	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度神经网络	基因表达数据	NA
22859	2024-08-08	scDEA: differential expression analysis in single-cell RNA-sequencing data via ensemble learning 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab402 PMID:34571530	研究论文	本文提出了一种基于集成学习的单细胞RNA测序数据差异表达分析方法scDEA	scDEA通过集成12种不同的差异表达分析方法的P值，生成更稳定和准确的结果	NA	开发一种新的差异表达分析方法，以提高单细胞RNA测序数据分析的准确性和稳定性	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成学习	基因表达数据	NA
22860	2024-08-08	The spatially resolved transcriptional profile of acute T cell-mediated rejection in a kidney allograft 2022-01, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2021.09.004 PMID:34555393	研究论文	研究使用GeoMX数字空间分析平台分析肾移植中急性T细胞介导排斥反应的空间转录组特征	通过空间转录组学揭示了T细胞介导排斥反应中不同区域与移植反应相关的先前未被重视的变异性	NA	探索肾移植中T细胞介导排斥反应的转录组特征及其临床相关性	肾移植中的T细胞介导排斥反应和正常肾组织的转录组特征	数字病理学	肾病	GeoMX Digital Space Profiling	NA	转录组数据	包括一个慢性活动性T细胞介导排斥反应的肾移植患者和两个正常肾组织对照的活检样本