单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 22821 - 22840 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22821 | 2024-08-08 |
ScCAEs: deep clustering of single-cell RNA-seq via convolutional autoencoder embedding and soft K-means
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab321
PMID:34472585
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞RNA测序深度嵌入聚类方法scCAEs，通过卷积自编码器嵌入和软K均值同时学习特征表示和聚类 | scCAEs方法结合深度学习和卷积自编码器来表征单细胞RNA测序数据，并提出了一种正则化的软K均值算法在学习的潜在空间中聚类细胞群体 | NA | 研究目的是改进单细胞RNA测序数据的聚类和细胞类型分类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 卷积自编码器 | CNN | RNA-seq数据 | 数据集中的聚类数从4到46，细胞数从90到30,302 |
| 22822 | 2024-08-08 |
A comparison of deep learning-based pre-processing and clustering approaches for single-cell RNA sequencing data
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab345
PMID:34472590
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综述 | 本文系统回顾了基于深度学习模型的单细胞RNA测序数据分析方法和工具，涉及数据预处理和聚类任务 | 深度学习技术与单细胞RNA测序数据的高维度、高稀疏性、高噪声和大规模特性相匹配，提供了前所未有的潜力 | 讨论了这些方法的数据偏好和局限性，并为用户选择合适的方法和工具提供建议和指导 | 评估基于深度模型的数据校正和聚类分析方法在11个黄金标准数据集上的表现 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度学习模型 | RNA测序数据 | 11个黄金标准数据集 |
| 22823 | 2024-08-08 |
Single-Cell DNA Sequencing Reveals Punctuated and Gradual Clonal Evolution in Hepatocellular Carcinoma
2022-01, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2021.08.052
PMID:34481846
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研究论文 | 本研究通过单细胞DNA测序揭示了肝细胞癌中拷贝数变异的阶段性进化模式 | 提出了双相拷贝数进化模型，即先爆发后渐进的模式，并发现CAD基因与肝细胞癌的快速形成和生存率降低相关 | NA | 探究肝细胞癌中拷贝数变异的进化模式 | 肝细胞癌中的单细胞DNA和RNA | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞DNA测序（scDNA-seq）和单细胞RNA测序 | 统计拟合模型 | DNA和RNA | 1275个细胞来自10名患者，356个细胞来自1名患者，27,344个细胞来自3名患者 |
| 22824 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the epithelial cell heterogeneity and invasive subpopulation in human bladder cancer
2021-12-15, International journal of cancer
IF:5.7Q1
DOI:10.1002/ijc.33794
PMID:34480339
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研究论文 | 本研究利用基于液滴的单细胞RNA测序技术，分析了来自七名膀胱癌患者的36,619个单细胞的转录组，揭示了膀胱癌中上皮细胞的异质性和侵袭性亚群 | 首次详细分析了膀胱肿瘤细胞的侵袭性和细胞间交流，特别是在T1和T3肿瘤中发现了与癌症干细胞标记物高表达相关的特征 | NA | 深入了解与膀胱癌进展相关的肿瘤细胞异质性 | 膀胱癌中的上皮细胞异质性和侵袭性亚群 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 36,619个单细胞来自七名患者 |
| 22825 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq reveals invasive trajectory and determines cancer stem cell-related prognostic genes in pancreatic cancer
2021-12, Bioengineered
IF:4.2Q2
DOI:10.1080/21655979.2021.1962484
PMID:34474642
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤样本和对照胰腺组织，揭示了癌症干细胞（CSC）样导管细胞向具有侵袭潜力的导管细胞的转化过程，并筛选出CSC相关基因（CRGs） | 首次利用单细胞RNA测序技术揭示了胰腺癌中导管细胞的侵袭轨迹，并构建了基于CRGs的风险预测模型 | NA | 揭示胰腺癌中癌症干细胞的侵袭轨迹并确定相关的预后基因 | 胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤样本和对照胰腺组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO和Cox回归模型 | 基因表达数据 | 使用了来自癌症基因组图谱（Cancer Genome Atlas）和基因表达综合（Gene Expression Omnibus）数据库的数据集 |
| 22826 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing analysis of mouse follicular somatic cells†
2021-11-15, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioab163
PMID:34467391
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了从小鼠次级到排卵阶段卵泡中的体细胞，揭示了细胞分化和信号传导机制 | 发现了6883个高变异基因，并将卵泡体细胞聚类为26个细胞群，包括18个颗粒细胞群和4个内分泌细胞群等 | NA | 系统揭示卵泡体细胞中的细胞分化和信号传导 | 小鼠卵泡体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 4888个单细胞 |
| 22827 | 2024-08-08 |
Differential transcript usage analysis of bulk and single-cell RNA-seq data with DTUrtle
2021-11-05, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab629
PMID:34469510
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研究论文 | 本文介绍了R包DTUrtle，用于批量和单细胞RNA-seq数据的差异转录本使用分析 | DTUrtle是首个适用于批量和单细胞RNA-seq数据的DTU分析工作流程，也是首个在单细胞背景下进行'经典'DTU分析的软件包 | NA | 开发和验证用于批量和单细胞RNA-seq数据的差异转录本使用分析工具 | 批量和单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 涉及人类和小鼠的批量和单细胞RNA-seq数据 |
| 22828 | 2024-08-08 |
Ductal Ngn3-expressing progenitors contribute to adult β cell neogenesis in the pancreas
2021-11-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.08.003
PMID:34478642
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研究论文 | 本研究通过结合谱系追踪、三维成像和单细胞RNA测序技术，证明了胰管细胞在成年β细胞新生中的作用 | 首次通过谱系追踪和单细胞RNA测序技术证实了Ngn3表达的胰管细胞在成年β细胞新生中的作用 | NA | 探讨胰管细胞在成年β细胞新生中的作用及其在糖尿病中的意义 | 胰管细胞和β细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及Akita糖尿病小鼠和Ngn3谱系追踪的胰岛细胞 |
| 22829 | 2024-08-08 |
Single-cell omics: Overview, analysis, and application in biomedical science
2021-11, Journal of cellular biochemistry
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/jcb.30134
PMID:34459502
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research paper | 本文综述了单细胞组学技术及其在生物医学科学中的分析和应用 | 单细胞测序方法提供了对细胞异质性的最高分辨率洞察 | NA | 探讨单细胞技术在生物医学科学中的应用，揭示与疾病发病机制和结果相关的机制 | 单细胞方法（基因组学、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学和多组学）及其分析工具 | 生物医学科学 | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 大量细胞 |
| 22830 | 2024-08-08 |
Single Cell and Plasma RNA Sequencing for RNA Liquid Biopsy for Hepatocellular Carcinoma
2021-11-01, Clinical chemistry
IF:7.1Q1
DOI:10.1093/clinchem/hvab116
PMID:34463757
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和血浆RNA测序，探索了用于肝细胞癌检测的新型非侵入性癌症标记物的开发 | 结合单细胞转录组分析和血浆RNA测序，开发新型非侵入性癌症标记物 | NA | 开发新型非侵入性癌症标记物用于肝细胞癌的检测 | 肝细胞癌（HCC）样本的单细胞转录组和患者血浆RNA | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 14名肝细胞癌患者和49名非肝细胞癌参与者的血浆RNA样本 |
| 22831 | 2024-08-08 |
B-Cell Compartmental Features and Molecular Basis for Therapy in Autoimmune Disease
2021-11, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation
DOI:10.1212/NXI.0000000000001070
PMID:34465614
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研究论文 | 评估神经脊髓炎光谱障碍（NMOSD）患者不同B细胞亚群在不同组织中的分子特征 | 发现NMOSD患者的B细胞在不同组织中表现出不同的炎症和代谢活性，且对I型干扰素高度反应 | NA | 研究NMOSD患者B细胞的分子特征及其在不同组织中的表现 | NMOSD患者的B细胞亚群 | NA | 神经脊髓炎光谱障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 22832 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics of suprachiasmatic nuclei reveal a Prokineticin-driven circadian network
2021-10-18, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021108614
PMID:34487375
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了视交叉上核的组织型切片，揭示了由Prokineticin驱动的昼夜节律网络 | 研究首次定义了视交叉上核中神经肽信号轴及其特定的网络拓扑结构，并展示了这些结构在昼夜节律中的时间可塑性 | NA | 旨在阐明视交叉上核中不同细胞群体的拓扑结构及其在网络功能中的特定作用 | 视交叉上核中的细胞及其昼夜节律网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 20,000个时钟细胞 |
| 22833 | 2024-08-08 |
FRMC: a fast and robust method for the imputation of scRNA-seq data
2021-10-15, RNA biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1080/15476286.2021.1960688
PMID:34459719
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FRMC的新型单细胞RNA测序数据插补软件，采用快速准确的奇异值阈值近似方法 | FRMC软件创新性地采用了快速准确的奇异值阈值近似方法，能够精确区分‘真实零值’与丢失事件，并正确插补由技术噪声引起的缺失值 | NA | 开发一种更快速、稳定且准确的插补方法，以解决单细胞RNA测序数据中高缺失值的问题 | 单细胞RNA测序数据中的基因-细胞表达矩阵 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 22834 | 2024-08-08 |
ADGRG1 enriches for functional human hematopoietic stem cells following ex vivo expansion-induced mitochondrial oxidative stress
2021-10-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI148329
PMID:34464351
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研究论文 | 本研究探讨了体外扩增诱导的线粒体氧化应激条件下，人类造血干细胞（HSCs）和造血祖细胞（HPCs）的异质性 | 首次证明ADGRG1在体外扩增应激下富集功能性人类HSCs，为HSC扩增激动剂的药物筛选提供了可靠靶点 | NA | 研究体外扩增诱导的线粒体氧化应激对人类HSCs和HPCs功能的影响 | 人类造血干细胞（HSCs）和造血祖细胞（HPCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 脐带血（CB）CD34+ HSCs和HPCs |
| 22835 | 2024-08-08 |
Developmental single-cell transcriptomics in the Lytechinus variegatus sea urchin embryo
2021-10-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.198614
PMID:34463740
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）结合计算方法，研究了海胆胚胎在发育至幼虫阶段的细胞状态转录变化 | 首次使用Waddington-OT计算方法构建了海胆胚胎的发育轨迹，并发现了早期分裂阶段骨骼形成和原始生殖细胞轨迹的分化 | NA | 研究海胆胚胎发育过程中的细胞状态转录变化 | Lytechinus variegatus海胆胚胎 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | Waddington-OT | 转录组数据 | 18个时间点的样本，覆盖海胆胚胎发育的前24小时 |
| 22836 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling reveals distinct immune phenotypes that contribute to ischaemia-reperfusion injury after steatotic liver transplantation
2021-Oct, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13116
PMID:34469018
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了脂肪肝移植后的缺血再灌注损伤中的免疫细胞表型 | 发现了在脂肪肝移植后，库普弗细胞和树突状细胞的特定亚型与缺血再灌注损伤加剧有关 | NA | 探讨脂肪肝移植后缺血再灌注损伤的机制 | 脂肪肝移植后的免疫细胞表型及其在缺血再灌注损伤中的作用 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 23675个细胞 |
| 22837 | 2024-08-08 |
Intra- and intertumoral heterogeneity of liver metastases in a patient with uveal melanoma revealed by single-cell RNA sequencing
2021-10, Cold Spring Harbor molecular case studies
IF:1.8Q3
DOI:10.1101/mcs.a006111
PMID:34470851
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了来自一位转移性葡萄膜黑色素瘤患者的肝脏转移瘤的细胞内和细胞间异质性 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了葡萄膜黑色素瘤肝脏转移瘤的异质性，并发现了染色体3的获得性变化及其对基因表达途径的影响 | 研究仅基于单个病例，结果的普遍性和可重复性有待进一步验证 | 深入理解肿瘤异质性，为癌症患者的临床管理提供依据 | 转移性葡萄膜黑色素瘤患者的肝脏转移瘤 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 两个肝脏转移瘤样本 |
| 22838 | 2024-08-08 |
Meta-analysis of single-cell RNA-seq data reveals phenotypic switching of immune cells in severe COVID-19 patients
2021-10, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2021.104792
PMID:34478921
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meta-analysis | 本研究通过对公开的单细胞RNA测序数据进行meta分析，揭示了COVID-19重症患者中免疫细胞表型转换的现象 | 首次通过meta分析整合不同来源和技术的单细胞RNA测序数据，揭示了COVID-19重症患者中免疫细胞的表型转换和免疫反应失调 | 研究受限于可用样本数量少以及不同研究中使用的技术和组织类型的差异 | 更好地理解COVID-19中的细胞景观和疾病严重程度 | COVID-19患者的周围血液和肺样本 | digital pathology | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 包括不同严重程度的COVID-19患者 |
| 22839 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq reveals functionally distinct biomaterial degradation-related macrophage populations
2021-10, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了植入生物材料周围不同细胞类型的转录组特征，揭示了与生物材料降解相关的特定巨噬细胞亚群 | 本研究首次在单细胞水平上解析了生物材料降解的细胞和分子基础，并提供了开发功能性组织工程支架的概念框架 | NA | 揭示植入生物材料降解相关的巨噬细胞亚群及其功能 | 生物材料降解相关的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 多种细胞类型 |
| 22840 | 2024-08-08 |
scLINE: A multi-network integration framework based on network embedding for representation of single-cell RNA-seq data
2021-10, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2021.103899
PMID:34481921
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研究论文 | 本文提出了一种名为scLINE的新方法，用于学习单细胞RNA测序数据的低维表示，该方法基于网络嵌入模型，综合考虑多个基因-基因相互作用网络 | scLINE方法通过联合考虑多个基因-基因相互作用网络，有效地整合了先验生物学知识，提高了信号提取的准确性 | NA | 开发一种新的方法来处理和分析单细胞RNA测序数据中的高稀疏性和变异性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 网络嵌入模型 | 基因表达数据 | 八个单细胞数据集 |