单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28534 篇文献，本页显示第 22781 - 22800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22781 | 2024-08-08 |
The SpliZ generalizes 'percent spliced in' to reveal regulated splicing at single-cell resolution
2022-03, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01400-x
PMID:35241832
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研究论文 | 本文介绍了一种名为splicing Z score（SpliZ）的无注释统计方法，用于检测单细胞RNA测序中的调控剪接 | SpliZ方法能够揭示单细胞分辨率下的调控剪接，为单细胞水平上的剪接调控研究提供了新的工具 | NA | 开发一种新的统计方法来检测单细胞水平上的调控剪接 | 人类肺细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计方法 | RNA测序数据 | 数百个具有细胞类型特异性剪接模式的基因 |
| 22782 | 2024-08-08 |
Rod genesis driven by mafba in an nrl knockout zebrafish model with altered photoreceptor composition and progressive retinal degeneration
2022-03, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1009841
PMID:35245286
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research paper | 本研究通过CRISPR-Cas9技术生成了nrl敲除斑马鱼模型，观察到杆状细胞数量减少和绿色锥状细胞过度生长的表型，并发现mafba基因在nrl非依赖的杆状细胞发育中的新作用。 | 首次揭示了mafba基因在斑马鱼杆状细胞发育中的新功能，并提出了关于杆状和绿色锥状光感受器发育和调控机制的工作模型。 | NA | 探究nrl基因在斑马鱼光感受器发育和维持中的确切作用。 | 斑马鱼的视网膜光感受器发育和退化。 | digital pathology | NA | CRISPR-Cas9, bulk and single-cell RNA sequencing | NA | RNA sequencing data | 野生型和nrl敲除斑马鱼的视网膜细胞 |
| 22783 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic profiling unravels the adenoma-initiation role of protein tyrosine kinases during colorectal tumorigenesis
2022-02-28, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-022-00881-8
PMID:35221332
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了54,788个来自匹配组织样本的细胞，揭示了蛋白酪氨酸激酶在结直肠肿瘤发生中的腺瘤起始作用。 | 首次在单细胞水平上定义了正常、良性及恶性阶段的上皮细胞分子特征，并验证了蛋白酪氨酸激酶BMX和HCK在腺瘤起始中的潜在作用。 | NA | 研究结直肠肿瘤发生过程中的腺瘤起始机制。 | 结直肠肿瘤发生过程中的细胞类型、转录特征及差异表达基因。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 54,788个细胞样本，包括血液、正常组织、癌旁组织、息肉及结直肠癌组织 |
| 22784 | 2024-08-08 |
[Quantifying the state of cell differentiation based on the gene networks entropy]
2022-Feb-25, Sheng wu gong cheng xue bao = Chinese journal of biotechnology
DOI:10.13345/j.cjb.210140
PMID:35234401
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研究论文 | 本文提出了一种名为基因交互网络熵（GINE）的方法，用于量化细胞分化状态，以研究细胞动力学 | GINE方法通过构建基于基因关联的细胞特异性网络并定义GINE，将不稳定的基因表达数据转换为相对稳定的GINE，避免了额外复杂性和不确定性，并一定程度上规避了掉落事件的影响 | NA | 探索单细胞无序化水平的动态信息，从而研究生物系统过程的动力学 | 头颈鳞状细胞癌和慢性髓性白血病的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 癌症 | RNA测序 | 基因交互网络熵（GINE） | 基因表达数据 | 两个单细胞RNA测序数据集 |
| 22785 | 2024-08-08 |
Unbiased visualization of single-cell genomic data with SCUBI
2022-01-24, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100135
PMID:35224531
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research paper | 本文介绍了一种名为SCUBI的无偏见方法，用于可视化单细胞基因组数据的低维表示 | SCUBI通过在非重叠方块内可视化细胞的聚合信息来解决第一个偏差，并通过可视化样本间细胞比例的差异来解决第二个偏差 | NA | 开发一种无偏见的方法来可视化单细胞基因组数据的低维表示 | 单细胞基因组数据的低维表示可视化 | digital pathology | NA | RNA-seq | NA | image | NA |
| 22786 | 2024-08-08 |
Single-cell Transcriptomic Architecture Unraveling the Complexity of Tumor Heterogeneity in Distal Cholangiocarcinoma
2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2022.02.014
PMID:35219893
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术解析了远端胆管癌的细胞异质性和肿瘤微环境 | 首次通过单细胞转录组学揭示了远端胆管癌的细胞多样性和肿瘤微环境组成 | NA | 探索远端胆管癌的细胞多样性和肿瘤微环境，以揭示其进展机制 | 远端胆管癌及其邻近正常胆管样本 | 数字病理学 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 共测序了来自人类远端胆管癌及其邻近组织的49,717个单细胞 |
| 22787 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Characterizes the Molecular Heterogeneity of the Larval Zebrafish Optic Tectum
2022, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2022.818007
PMID:35221915
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了斑马鱼幼体视顶盖（OT）的转录组特征，识别了25种潜在的OT细胞群体 | 首次应用scRNA-seq技术深入探索斑马鱼幼体视顶盖的细胞异质性 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序技术揭示斑马鱼幼体视顶盖的分子异质性 | 斑马鱼幼体视顶盖的细胞类型及其功能 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 13,320个细胞 |
| 22788 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies Intra-Graft Population Heterogeneity in Acute Heart Allograft Rejection in Mouse
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.832573
PMID:35222420
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠心脏移植模型中与急性排斥反应相关的移植物浸润细胞的细胞类型和状态 | 首次详细描述了移植物内细胞异质性，并鉴定了特定巨噬细胞和内皮细胞群体在排斥反应中的作用，以及提供了一个潜在的临床排斥反应预测生物标志物 | NA | 研究心脏移植排斥反应中移植物内细胞的异质性 | 小鼠心脏移植模型中的移植物浸润细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 21种不同的细胞群体 |
| 22789 | 2024-08-08 |
Investigating the Intercellular Communication Network of Immune Cell in Acute Respiratory Distress Syndrome with Sepsis
2022, Computational and mathematical methods in medicine
DOI:10.1155/2022/4586648
PMID:35222683
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据构建了急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中免疫细胞的细胞间通信网络，并分析了其在脓毒症诱导的ARDS中的作用 | 本研究首次揭示了脓毒症诱导的ARDS中与趋化因子-趋化因子受体相关的独特细胞间信号，并探讨了其在巨噬细胞M1/M2极化中的关键作用 | 本研究仅基于有限的样本（三名脓毒症诱导的ARDS患者和四名仅脓毒症患者）进行分析，可能需要更多样本以验证结果的普遍性 | 阐明ARDS中免疫系统的复杂动态反应过程，并识别关键的细胞间通信和转录因子 | 急性呼吸窘迫综合征（ARDS）中的免疫细胞及其细胞间通信网络 | 数字病理学 | 急性呼吸窘迫综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 三名脓毒症诱导的ARDS患者和四名仅脓毒症患者 |
| 22790 | 2024-08-08 |
Single-Cell Sequencing Technologies in Precision Oncology
2022, Advances in experimental medicine and biology
DOI:10.1007/978-3-030-91836-1_15
PMID:35230694
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在精准肿瘤学中的应用现状和未来潜力 | 单细胞测序技术能够解析肿瘤内异质性和亚克隆细胞群体，实现靶向药物再利用，并进行多组学数据整合及单细胞分辨率的细胞信号评估 | NA | 探讨单细胞测序技术在精准肿瘤学中的应用 | 单细胞DNA和RNA测序技术及其数据分析工具 | 数字病理学 | 肿瘤学 | 单细胞测序 | NA | DNA和RNA数据 | NA |
| 22791 | 2024-08-08 |
Laser Capture Microdissection-Based mRNA Expression Microarrays and Single-Cell RNA Sequencing in Atherosclerosis Research
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1924-7_43
PMID:35237997
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研究论文 | 本文描述了一种结合激光捕获显微切割（LCM）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的方法，以克服各自在动脉粥样硬化研究中的局限性 | 提出了一种结合LCM和scRNA-seq技术的方法，以充分利用两者的优势并避免各自的缺陷 | scRNA-seq技术存在每个细胞转录本数量低和完全失去空间信息的局限性 | 旨在通过大规模基因表达分析方法，获取单个细胞在组织解剖结构中的转录特征信息 | 动脉粥样硬化斑块中的单细胞转录组 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 激光捕获显微切割（LCM），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 每个阵列/少量RNA覆盖10-16,000个基因 |
| 22792 | 2024-08-08 |
Combined Single-Cell RNA and Single-Cell α/β T Cell Receptor Sequencing of the Arterial Wall in Atherosclerosis
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1924-7_44
PMID:35237998
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞α/β T细胞受体测序（scTCR-seq），研究了动脉粥样硬化中的T细胞免疫反应 | 首次在单细胞水平上同时分析了T细胞的转录组和TCR，为理解动脉粥样硬化中的T细胞免疫提供了新的视角 | NA | 探讨T细胞免疫在动脉粥样硬化进展中的作用，以及是否可以通过T细胞依赖的治疗策略来干预这一过程 | 动脉粥样硬化中的T细胞亚群及其免疫反应 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞α/β T细胞受体测序（scTCR-seq） | NA | RNA，TCR | 涉及动脉粥样硬化中的三个重要组织的单细胞样本 |
| 22793 | 2024-08-08 |
Single-Cell Antibody Sequencing in Atherosclerosis Research
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1924-7_46
PMID:35238000
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研究论文 | 本文介绍了通过单细胞抗体测序（scAb-Seq）补充单细胞RNA测序（scRNA-seq）获得的转录组信息，特别是在免疫细胞中，这种方法的重要性在于mRNA与细胞表面表达之间的相关性很弱。 | scAb-Seq技术利用商业化的抗体和抗体混合物，能够检测到多达200种抗体，通过三部分DNA序列同时检测抗体特异性DNA序列和cDNA的延伸。 | NA | 探讨单细胞抗体测序在动脉粥样硬化研究中的应用。 | 研究对象包括组织或血液细胞的表面蛋白表达。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞抗体测序（scAb-Seq） | NA | 序列数据 | 涉及多达200种抗体 |
| 22794 | 2024-08-08 |
Identification of Rat Testicular Leydig Precursor Cells by Single-Cell-RNA-Sequence Analysis
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.805249
PMID:35242757
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，识别了大鼠睾丸间质前体细胞，并探讨了其在成年睾丸中的特性与调控机制 | 研究揭示了间质细胞在成年睾丸中的再生机制，并提出了关于干细胞身份、增殖、分化及调控的新理论 | NA | 探讨大鼠睾丸间质干细胞在成年睾丸中的识别、特性及其调控机制 | 大鼠睾丸间质干细胞及其前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多个间质细胞群 |
| 22795 | 2024-08-08 |
Investigation of an FGFR-Signaling-Related Prognostic Model and Immune Landscape in Head and Neck Squamous Cell Carcinoma
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.801715
PMID:35237609
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研究论文 | 本文研究了头颈鳞状细胞癌（HNSCC）中与FGFR信号相关的预后模型和免疫景观 | 首次系统地研究了基于纤维化信号、缺氧和糖酵解的可靠预后标志物 | NA | 建立一个与纤维化-缺氧-糖酵解相关的预测模型，用于HNSCC的预后和相关免疫浸润 | 头颈鳞状细胞癌（HNSCC） | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 微阵列数据分析，ssGSEA算法，LASSO方法，免疫组化（IHC），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据，免疫细胞浸润数据 | 发现队列来自TCGA数据库，独立验证队列来自GEO数据库，单细胞RNA测序数据集用于澄清相关免疫浸润 |
| 22796 | 2024-08-08 |
Single-Cell Sequencing Unveils the Heterogeneity of Nonimmune Cells in Chronic Apical Periodontitis
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.820274
PMID:35237614
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research paper | 本研究通过单细胞测序技术揭示了慢性根尖周炎中非免疫细胞的异质性 | 首次构建了慢性根尖周炎的单细胞图谱，并揭示了非免疫细胞的多样性和异质性 | NA | 帮助理解根尖周组织的病理生理学 | 慢性根尖周炎中的非免疫细胞 | digital pathology | 口腔疾病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 26,737个高质量细胞 |
| 22797 | 2024-08-08 |
Mapping the developing human cardiac endothelium at single-cell resolution identifies MECOM as a regulator of arteriovenous gene expression
2022-11-10, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvac023
PMID:35212715
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人类胎儿心脏内皮细胞的转录组，揭示了内皮细胞亚型的多样性和转录动态，并识别出MECOM作为动静脉基因表达的调节因子 | 首次在单细胞分辨率下描绘了人类胎儿心脏内皮细胞的转录组，揭示了内皮细胞亚型的多样性和转录动态，并发现了MECOM在动静脉基因表达中的调节作用 | 研究主要基于人类胎儿心脏内皮细胞，未涉及成人心脏内皮细胞，且数据比较仅限于小鼠心脏发育 | 旨在通过单细胞RNA测序技术揭示人类胎儿心脏内皮细胞的细胞异质性和转录动态，以深入理解心脏血管发育 | 人类胎儿心脏内皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过10,000个胎儿心脏内皮细胞 |
| 22798 | 2024-08-08 |
CoSpar identifies early cell fate biases from single-cell transcriptomic and lineage information
2022-07, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01209-1
PMID:35190690
|
研究论文 | 本文开发了一种名为CoSpar的计算方法，用于从单细胞转录组学和谱系追踪信息中推断细胞动态 | CoSpar基于过渡图的连贯性和稀疏性假设，对严重降采样和分散的谱系数据具有鲁棒性，能够识别早期命运偏倚 | NA | 旨在从单细胞基因组广泛分析中重建细胞分化、疾病发生和药物反应的动态过渡 | 单细胞转录组学和谱系追踪信息 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | CoSpar | 转录组数据 | 涉及造血、重编程和定向分化的数据集 |
| 22799 | 2024-08-08 |
Mitochondrial variant enrichment from high-throughput single-cell RNA sequencing resolves clonal populations
2022-07, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-022-01210-8
PMID:35210612
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研究论文 | 本文结合单细胞转录组学和线粒体DNA变异检测，通过增加线粒体转录组富集的覆盖率，提高了复杂组织中线粒体变异的检测能力 | 本文采用3'单细胞RNA测序协议与线粒体转录组富集相结合的方法，使覆盖率提高了50倍以上，实现了高置信度的突变检测 | NA | 研究如何在复杂组织中建立人类细胞的谱系关系 | 人类细胞的线粒体变异和谱系关系 | 数字病理学 | 克隆性造血 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 22800 | 2024-08-08 |
Single-cell atlases: shared and tissue-specific cell types across human organs
2022-07, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-022-00449-w
PMID:35217821
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综述 | 本文综述了单细胞和空间转录组学技术在构建人类细胞图谱中的应用，并探讨了不同器官中细胞类型的共性和特异性 | 介绍了单细胞基因表达数据在人类和鼠类中的应用，对比了两者在细胞类型上的差异 | NA | 旨在生成一个整合的人类细胞图谱，涵盖人体所有细胞 | 研究了人类器官中的上皮细胞、成纤维细胞、血管细胞和免疫细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞和空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |