单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27504 篇文献，本页显示第 22781 - 22800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22781 | 2024-08-08 |
An NMF-based approach to discover overlooked differentially expressed gene regions from single-cell RNA-seq data
2020-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqz020
PMID:34632380
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研究论文 | 本文提出了一种基于非负矩阵分解的方法，用于从单细胞RNA测序数据中发现被忽视的差异表达基因区域 | 该方法通过非负矩阵分解技术，量化差异表达水平，并与基于注释的方法进行比较，以发现先前未注释的差异表达转录本 | NA | 旨在发现单细胞RNA测序数据中被忽视的差异表达基因区域，以更好地理解细胞状态的调控机制 | 人类神经干细胞、小鼠胚胎干细胞和原始内胚层细胞、人类胚胎植入前细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 非负矩阵分解 | 基因表达数据 | 包括人类神经干细胞、小鼠胚胎干细胞和原始内胚层细胞、人类胚胎植入前细胞的多个数据集 |
| 22782 | 2024-08-08 |
Jointly Embedding Multiple Single-Cell Omics Measurements
2019-Sep-03, Algorithms in bioinformatics : ... International Workshop, WABI ..., proceedings. WABI (Workshop)
DOI:10.4230/LIPIcs.WABI.2019.10
PMID:34632462
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研究论文 | 本文提出了一种无监督流形对齐算法MMD-MA，用于整合来自同一细胞群体的不同测量数据 | MMD-MA算法通过优化目标函数，将来自多个领域的单细胞数据点对齐到学习到的潜在空间中，无需任何跨数据模态的对应信息 | NA | 开发一种算法，能够整合多种单细胞测序技术数据 | 单细胞基因表达、DNA可及性、染色质组织、甲基化和成像数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | MMD-MA算法 | 基因表达数据、甲基化数据 | 涉及单细胞基因表达和甲基化数据的实际数据集 |
| 22783 | 2024-08-08 |
Lineage tracing and single-cell analysis reveal proliferative Prom1+ tumour-propagating cells and their dynamic cellular transition during liver cancer progression
2022-08, Gut
IF:23.0Q1
DOI:10.1136/gutjnl-2021-324321
PMID:34588223
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研究论文 | 本研究通过体内谱系追踪和单细胞RNA测序揭示了Prom1+肝细胞癌细胞的异质性和动态变化 | 结合体内谱系追踪和单细胞RNA测序技术，首次揭示了Prom1+肝细胞癌细胞的异质性和动态变化，以及其在肝细胞癌进展中的机制作用 | NA | 研究肝细胞癌中Prom1+细胞的异质性和特性 | 肝细胞癌中的Prom1+细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用Prom1C-L/+; Rosa26tdTomato/+和Prom1C-L/+; Rosa26DTA/+小鼠模型进行研究 |
| 22784 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis of prostaglandin E2-induced human decidual cell in vitro differentiation: a minimal ancestral deciduogenic signal†
2022-01-13, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioab183
PMID:34591094
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研究论文 | 研究探讨了前列腺素E2（PGE2）在体外诱导人类基蜕膜细胞分化中的作用 | 首次通过单细胞转录组学分析PGE2介导的蜕膜化过程，并提出PGE2作为体外蜕膜化的替代方法 | NA | 验证PGE2和孕激素能否激活蜕膜细胞的核心基因调控网络 | 人类子宫内膜成纤维细胞的蜕膜化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 22785 | 2024-08-08 |
Regeneration Roadmap: database resources for regenerative biology
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab870
PMID:34591960
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research paper | 本文构建了一个名为Regeneration Roadmap的数据库，用于系统地收集和标准化再生生物学研究中产生的大量数据 | 首次开发了一个开放且全面的数据库，收集并标准化了再生研究中的大量数据，如高通量测序数据 | NA | 促进再生研究，为延迟衰老提供潜在策略 | 再生相关的基因、批量和单细胞转录组学、表观基因组学和药物基因组学数据 | NA | NA | 高通量测序 | NA | 基因、转录组学、表观基因组学和药物基因组学数据 | 2.38 million data entries across 11 species and 36 tissues |
| 22786 | 2024-08-08 |
Crafting a blueprint for single-cell RNA sequencing
2022-01, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2021.08.016
PMID:34580023
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研究论文 | 本文讨论了基于液滴的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术在实验设计中的关键考虑因素和实用建议 | 提供了针对scRNA-Seq实验设计的实用技巧，以确保最佳结果 | 未明确提及 | 最大化scRNA-Seq技术的潜力 | 单细胞RNA测序技术的关键考虑因素 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA序列 | 未明确提及 |
| 22787 | 2024-08-08 |
The transcriptomic revolution and radiation biology
2022, International journal of radiation biology
IF:2.1Q2
DOI:10.1080/09553002.2021.1987562
PMID:34586968
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review | 本文简要回顾了功能基因组学的起源和演变，重点介绍了实验技术、数据分析和可视化方法，并强调了功能基因组学在辐射生物学中的应用 | 文章探讨了非编码RNA、基因组的替代阅读和单细胞转录组学等创新领域，这些领域可能有助于塑造未来辐射生物学和肿瘤学的研究 | NA | 回顾功能基因组学的发展，并探讨其在辐射生物学和肿瘤学中的应用 | 功能基因组学技术及其在辐射生物学中的应用 | NA | NA | 功能基因组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 22788 | 2024-08-08 |
IL13 Acts Directly on Gastric Epithelial Cells to Promote Metaplasia Development During Chronic Gastritis
2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.09.012
PMID:34587523
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研究论文 | 本研究探讨了白细胞介素13（IL13）在慢性胃炎中促进胃上皮细胞化生的机制 | 首次鉴定了六种独特的IL13产生免疫细胞亚群，并揭示了IL13直接作用于胃上皮细胞诱导化生表型的机制 | NA | 旨在识别产生IL13的免疫细胞，确定胃上皮细胞对IL13的反应，并确立IL13在化生发展中的作用 | 慢性胃炎中的免疫细胞和细胞因子如何调节化生细胞变化的机制 | NA | 胃癌 | 流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 使用TxA23、TxA23×Il4ra-/-和TxA23×Il13-Yfp小鼠模型，以及人胃类器官进行实验 |
| 22789 | 2024-08-08 |
High-throughput single-cell RNA sequencing
2022-01, Trends in plant science
IF:17.3Q1
DOI:10.1016/j.tplants.2021.09.003
PMID:34598882
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22790 | 2024-08-08 |
MLG: multilayer graph clustering for multi-condition scRNA-seq data
2021-12-16, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab823
PMID:34581807
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研究论文 | 本文介绍了一种多层图聚类方法（MLG），用于整合多条件单细胞RNA测序数据的多维降维 | MLG方法通过生成多层共享最近邻细胞图，提高了信噪比，并在大规模基准测试实验中表现出优于当前最佳实践的聚类准确性 | NA | 开发一种新的方法来整合多条件单细胞RNA测序数据的多维降维 | 多条件单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 多层图聚类（MLG） | 单细胞转录组数据 | 多种数据集 |
| 22791 | 2024-08-08 |
Neuropeptide repertoire and 3D anatomy of the ctenophore nervous system
2021-12-06, Current biology : CB
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.cub.2021.09.005
PMID:34587474
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研究论文 | 本文研究了栉水母神经系统的神经肽组和三维结构 | 首次通过机器学习工具NeuroPID预测了129个新的假定神经肽前体，并验证了其中16个在特定神经结构中的定位，揭示了栉水母神经细胞类型的分子身份 | NA | 揭示栉水母神经系统的分子机制和结构特征 | 栉水母Mnemiopsis leidyi的神经肽组和神经系统 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 机器学习模型 | 转录组数据 | NA |
| 22792 | 2024-08-08 |
Cancer stem cells in gliomas: evolving concepts and therapeutic implications
2021-12-01, Current opinion in neurology
IF:4.1Q2
DOI:10.1097/WCO.0000000000000994
PMID:34581301
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综述 | 本文综述了癌症干细胞（CSCs）在胶质瘤中的作用及其治疗意义 | 近期研究发现CSCs具有更深层次的复杂性，包括发育起源、可塑性、细胞状态及其与微环境的相互作用 | CSCs的治疗靶向尚未完全实现 | 探讨CSCs的复杂本质及其在恶性脑肿瘤发病机制和治疗抵抗中的作用 | 癌症干细胞（CSCs）及其在胶质瘤中的作用 | NA | 脑肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 使用小鼠和患者来源的模型进行研究 |
| 22793 | 2024-08-08 |
A Study of Gene Expression, Structure, and Contractility of iPSC-Derived Cardiac Myocytes from a Family with Heart Disease due to LMNA Mutation
2021-Dec, Annals of biomedical engineering
IF:3.0Q3
DOI:10.1007/s10439-021-02850-8
PMID:34585335
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研究论文 | 研究了由LMNA基因突变引起的家族性心脏病患者的iPSC衍生的心肌细胞的基因表达、结构和收缩性 | 结合单细胞RNA测序和组织结构及收缩功能的分析，揭示了LMNA突变引起的心脏病的可能机制 | 使用iPSC衍生的心肌细胞引入了成熟度和功能的异质性，复杂化了实验结果的解释 | 探索LMNA突变引起的心脏病的机制 | iPSC衍生的心肌细胞的基因表达、结构和收缩性 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 五个iPSC衍生的心肌细胞系，包括三个对照组和两个患者组 |
| 22794 | 2024-08-08 |
From cell to cell: Identification of actionable targets in bone marrow fibrosis using single-cell technologies
2021-12, Experimental hematology
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.exphem.2021.09.006
PMID:34601067
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研究论文 | 本文利用单细胞技术在骨髓纤维化中识别可操作的靶点 | 利用单细胞RNA测序技术成功识别和表征疾病驱动细胞群，并发现S100A8/A9作为骨髓纤维化的重要介质和强效治疗靶点 | NA | 识别和验证骨髓纤维化中的可操作靶基因 | 骨髓纤维化中的细胞群和靶点 | 数字病理学 | 骨髓增生性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 涉及患者和鼠模型的骨髓细胞 |
| 22795 | 2024-08-08 |
The changing landscape of the vulnerable plaque: a call for fine-tuning of preclinical models
2021-12, Vascular pharmacology
IF:3.5Q2
DOI:10.1016/j.vph.2021.106924
PMID:34607015
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研究论文 | 本文探讨了易损斑块的病理定义及其对心肌梗死和卒中机制的理解，并介绍了单细胞转录组学和其他组学方法在寻找细胞特异性决定因素中的应用 | 文章提出了基于单细胞转录组学和其他组学方法的新见解，这些方法有助于细化对易血栓形成病变的描述 | 文章提出了将细胞特异性见解转化为实际功能和转化发现的挑战 | 旨在细化临床前模型的描述，以更好地理解易损斑块及其相关机制 | 研究对象包括易损斑块的细胞组成、细胞可塑性以及与心血管事件相关的临床表现 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据 | 涉及从人类动脉粥样硬化组织中提取的原代斑块细胞 |
| 22796 | 2024-08-08 |
CDC26 is a key factor in human oocyte aging
2021-11-18, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deab217
PMID:34590680
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研究论文 | 本研究探讨了CDC26在人类卵母细胞老化中的关键作用，发现CDC26的缺乏会扰乱卵母细胞成熟过程，导致卵母细胞老化，但这些缺陷可以通过CDC26蛋白的过度表达部分挽救 | 首次揭示了CDC26在人类卵母细胞老化中的关键作用，并证明了CDC26蛋白的过度表达可以部分挽救老化卵母细胞的缺陷 | 研究需要进一步探讨其他信号通路是否通过CDC26调节卵母细胞成熟，以及哪些基因是CDC26的直接分子靶点 | 探讨CDC26在人类卵母细胞老化中的作用 | 人类卵母细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序技术，q-PCR，免疫细胞化学分析，转染技术 | NA | RNA | 年轻和老年女性的卵母细胞，KM雌性小鼠的卵母细胞，老年女性的卵母细胞 |
| 22797 | 2024-08-08 |
NK and CD8+ T cell phenotypes predict onset and control of CMV viremia after kidney transplant
2021-11-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.153175
PMID:34609965
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研究论文 | 本研究分析了31名肾移植受者在CMV病毒血症前后的NK和CD8+ T细胞表型变化 | 首次详细描述了肾移植受者在CMV病毒血症前后NK和CD8+ T细胞的表型变化及其与病毒控制的关系 | 样本量相对较小，且仅限于肾移植受者 | 深入了解免疫功能受损导致CMV再激活的机制，指导抗病毒治疗并评估CMV对实体器官移植结果的影响 | 肾移植受者的NK和CD8+ T细胞表型及其与CMV病毒血症的关系 | 免疫学 | 器官移植 | RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, Luminex | NA | 细胞, 蛋白质 | 31名肾移植受者 |
| 22798 | 2024-08-08 |
Sciviewer enables interactive visual interrogation of single-cell RNA-Seq data from the Python programming environment
2021-11-05, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab689
PMID:34601589
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Sciviewer的工具，该工具允许在Python编程环境中进行单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据的交互式可视化分析 | Sciviewer实现了一种新方法，用于识别嵌入中沿用户指定方向局部变化的基因，并支持在Python环境中快速灵活地迭代交互式和编程式scRNA-Seq探索模式 | 现有的交互式工具在实际应用中受限，因为它们不支持数据和结果在编程环境中的快速移动，打断了迭代过程 | 开发一种工具，以克服现有工具在scRNA-Seq数据分析中的局限性，提高分析效率 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 数据嵌入（如UMAP或tSNE） | NA |
| 22799 | 2024-08-08 |
Electromagnetized gold nanoparticles improve neurogenesis and cognition in the aged brain
2021-11, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 研究显示电磁化金纳米颗粒（AuNPs）能促进老年小鼠海马体中的神经发生，从而改善认知功能和记忆巩固 | 首次证明电磁化金纳米颗粒能显著增加神经干细胞和神经前体细胞的数量，并通过激活Kat2a促进组蛋白H3K9乙酰化，有效增加老年小鼠海马体的神经发生 | NA | 探索电磁化金纳米颗粒作为治疗与年龄相关脑疾病的新疗法 | 老年小鼠和Hutchinson-Gilford早衰症小鼠 | NA | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 老年小鼠和Hutchinson-Gilford早衰症小鼠 |
| 22800 | 2024-08-08 |
The landscape of tumor cell states and ecosystems in diffuse large B cell lymphoma
2021-10-11, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2021.08.011
PMID:34597589
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研究论文 | 本研究利用机器学习框架EcoTyper，通过整合转录组反卷积和单细胞RNA测序技术，对弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的肿瘤细胞状态和生态系统进行了系统性解析 | 首次大规模解析DLBCL中的肿瘤细胞状态及其临床相关性，并揭示了肿瘤微环境中的细胞状态交互作用 | NA | 解析弥漫大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境，并识别治疗靶点 | 弥漫大B细胞淋巴瘤中的肿瘤细胞状态和生态系统 | 机器学习 | 淋巴瘤 | 转录组反卷积和单细胞RNA测序 | 机器学习框架EcoTyper | 转录组数据 | NA |