单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2261	2025-07-02	An insight into COVID-19 host immunity at single-cell resolution 2025, International reviews of immunology IF:4.3Q2 DOI:10.1080/08830185.2024.2443420 PMID:39707914	综述	本文系统性地描述了COVID-19感染及不同疫苗接种期间，单细胞转录组学揭示的宿主免疫细胞类型和状态的相对丰度及分子行为的病毒诱导失调	利用单细胞转录组学高分辨率研究COVID-19宿主免疫反应，识别和表征疾病相关特定细胞群	基于过去三到四年发表的单细胞研究，可能未涵盖最新进展	探讨COVID-19宿主免疫反应的细胞和分子机制	先天和适应性免疫细胞类型及状态	单细胞转录组学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	单细胞RNA测序数据	NA
2262	2025-07-02	Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1556739 PMID:40160460	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了桦褐孔菌（Chaga）对叶酸诱导的小鼠肾纤维化的治疗作用及其细胞和分子机制	首次使用单细胞RNA测序技术研究Chaga在肾纤维化中的治疗作用，揭示了其通过调节巨噬细胞和T细胞的炎症反应及近端肾小管细胞的基因表达来减轻纤维化的潜在机制	需要进一步的实验验证以确立其临床应用	探讨桦褐孔菌（Chaga）对肾纤维化的治疗作用及其机制	叶酸诱导的肾纤维化小鼠模型	数字病理	肾脏疾病	单细胞RNA测序、空间转录组学、UPLC-MS、H&E和Masson三色染色	小鼠模型	基因表达数据、图像数据	82,496个肾脏细胞
2263	2025-07-02	Corrigendum: Inonotus obliquus (chaga) ameliorates folic acid-induced renal fibrosis in mice: the crosstalk analysis among PT cells, macrophages and T cells based on single-cell sequencing 2025, Frontiers in pharmacology IF:4.4Q1 DOI:10.3389/fphar.2025.1629322 PMID:40510421	correction	本文是对先前发表文章的更正	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
2264	2025-07-02	Candida albicans: a historical overview of investigations into an important human pathogen 2025-Jan-01, Canadian journal of microbiology IF:1.8Q4 DOI:10.1139/cjm-2025-0036 PMID:40522159	综述	本文回顾了白色念珠菌研究的历史发展，从早期临床观察到现代高通量基因组技术	整合了基因组学、转录组学和基因组编辑技术（如CRISPR-Cas9）在白色念珠菌研究中的应用	主要关注历史和技术进展，未深入讨论具体实验数据或临床案例	追踪白色念珠菌研究的演变并探讨新技术在对抗侵袭性念珠菌病中的应用	白色念珠菌（Candida albicans）	病原微生物学	真菌感染	基因组测序、功能基因组学、单细胞转录组学、CRISPR-Cas9	NA	基因组数据、转录组数据	NA
2265	2025-07-02	Integrated Mendelian randomization and single-cell RNA-sequencing analyses identified OAS1 as a novel therapeutic target for erectile dysfunction via targeting fibroblasts 2024-Dec-24, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-024-00587-7 PMID:39716299	研究论文	通过整合孟德尔随机化和单细胞RNA测序分析，确定了OAS1作为通过靶向成纤维细胞治疗勃起功能障碍的新治疗靶点	首次整合单细胞RNA测序、孟德尔随机化分析与表达数量性状位点和蛋白质数量性状位点数据，寻找勃起功能障碍的新治疗靶点	需要进一步的实验和临床研究来验证OAS1在勃起功能障碍病理中的功能作用和治疗相关性	识别勃起功能障碍的新治疗靶点	勃起功能障碍患者	生物医学研究	勃起功能障碍	单细胞RNA测序(scRNA-Seq), 孟德尔随机化(MR), 表达数量性状位点(eQTL), 蛋白质数量性状位点(pQTL)	NA	基因表达数据	NA
2266	2025-07-02	MAIT cell plasticity enables functional adaptation that drives antibacterial immune protection 2024-12-06, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adp9841 PMID:39642244	研究论文	本文探讨了黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）的可塑性及其在抗菌免疫保护中的功能适应	定义了MAIT1和MAIT17细胞亚群在体内的可塑性，揭示了MAIT17细胞向MAIT1/17和MAIT1细胞的表型和功能转换	未提及具体样本量或实验设计的局限性	理解MAIT细胞在抗感染中的作用及其在疫苗开发中的潜在应用	MAIT细胞及其亚群（MAIT1和MAIT17细胞）	免疫学	细菌感染	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
2267	2025-07-02	iGTP: Learning interpretable cellular embedding for inferring biological mechanisms underlying single-cell transcriptomics 2024-Nov-25, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2024.03.29.24305092 PMID:39649598	research paper	本文提出了一种名为iGTP的新型可解释生成转录程序框架，用于从单细胞转录组数据中推断生物学机制	iGTP框架首次整合了转录程序空间和蛋白质-蛋白质相互作用网络，能够建模不同生物状态间的相互作用	NA	开发可解释的深度学习模型来揭示单细胞转录组数据背后的生物学机制	单细胞转录组数据	bioinformatics	NA	single-cell transcriptomics	Variational AutoEncoder, graph neural network, latent diffusion model	gene expression data	NA
2268	2025-07-02	Single-cell transcriptional mapping reveals genetic and non-genetic determinants of aberrant differentiation in AML 2024-Nov-01, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.12.26.573390 PMID:38234771	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究急性髓系白血病(AML)中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	构建了一个包含263,519个单细胞转录组的人类骨髓造血参考图谱，并利用该图谱分析了超过120万个AML、MPAL和AEL样本的单细胞转录组，揭示了12种AML异常分化的常见模式	正常造血过程的参考图谱不够精确，患者队列样本量较小	研究AML中遗传和非遗传因素对异常分化的影响	急性髓系白血病(AML)、混合表型急性白血病(MPAL)和急性红系白血病(AEL)患者样本	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	单细胞转录组数据	263,519个正常造血单细胞转录组和1,200,000个AML、MPAL和AEL样本单细胞转录组
2269	2025-07-02	Identification of conserved and tissue-restricted transcriptional profiles for lipid associated macrophages (LAMs) 2024-Sep-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.24.614807 PMID:39386558	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，在小鼠和人类中分析了多种组织和无菌炎症条件下的脂质相关巨噬细胞（LAMs）的转录组特征	揭示了LAMs在多种组织和炎症条件下共享的保守转录特征以及组织特异性的基因程序，并与人类慢性炎症环境中的LAM群体高度保守	研究主要基于小鼠和人类的scRNA-seq数据，可能无法完全反映LAMs在活体中的全部功能特性	探究脂质相关巨噬细胞（LAMs）在不同组织和炎症条件下的转录特征及其在代谢和慢性炎症疾病中的作用	小鼠和人类中的脂质相关巨噬细胞（LAMs）	免疫学	代谢相关疾病（如动脉粥样硬化、肥胖、非酒精性脂肪肝病）	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	多种小鼠和人类组织样本
2270	2025-07-02	Spatial transcriptomic characterization of pathologic niches in IPF 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl5473 PMID:39121212	研究论文	本研究利用空间转录组学技术对特发性肺纤维化（IPF）和对照患者的肺组织进行了分析，结合单细胞RNA测序数据，识别了三种与疾病相关的微环境	首次通过空间转录组学技术揭示了IPF中三种具有独特细胞组成和定位的疾病相关微环境，包括纤维化微环境、气道巨噬细胞微环境和免疫微环境	研究样本量未明确说明，可能限制结果的普遍性	揭示特发性肺纤维化（IPF）的病理微环境特征，以促进药物靶点的识别和相关体外模型的开发	特发性肺纤维化（IPF）患者和对照患者的肺组织	数字病理学	肺纤维化	空间转录组学, scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
2271	2025-07-02	3D chromatin architecture, BRD4, and Mediator have distinct roles in regulating genome-wide transcriptional bursting and gene network 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adl4893 PMID:39121214	研究论文	本文通过数学模型和单细胞RNA测序数据，研究了转录爆发的调控机制及其在全基因组范围内的动态变化	揭示了MED26、MYC、cohesin和BRD4在转录爆发调控中的不同作用，并发现MED26的急性缺失对基因调控网络影响最大	研究主要基于数学模型和单细胞RNA测序数据，可能缺乏实验验证	探究转录爆发的调控机制及其在全基因组范围内的动态变化	基因调控网络和转录爆发动态	基因组学	NA	单细胞RNA测序	数学模型	RNA测序数据	NA
2272	2025-07-02	Integrated single-cell RNA-seq analysis reveals mitochondrial calcium signaling as a modulator of endothelial-to-mesenchymal transition 2024-08-09, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.adp6182 PMID:39121218	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析揭示了线粒体钙信号作为内皮细胞向间充质细胞转化（EndMT）的调节因子	首次发现线粒体钙摄取是EndMT的关键驱动因素，并验证了线粒体钙单向转运蛋白（MCU）在EndMT中的调节作用	研究主要基于体外模型和小鼠实验，人类患者样本验证有限	探索内皮细胞向间充质细胞转化（EndMT）的分子机制及其在心血管疾病中的作用	内皮细胞（ECs）及其向间充质细胞的转化过程	单细胞测序分析	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	体外EndMT模型和小鼠肢体缺血模型	单细胞RNA测序数据	三个体外EndMT模型、胚胎心脏发育样本、外周动脉疾病样本和严重肢体缺血患者组织样本
2273	2025-07-02	Spatial transcriptomics at the brain-electrode interface in rat motor cortex and the relationship to recording quality 2024-07-31, Journal of neural engineering IF:3.7Q2 DOI:10.1088/1741-2552/ad5936 PMID:38885679	研究论文	本研究利用空间转录组学技术研究了大鼠运动皮层中电极植入后的基因表达变化，并与传统的胶质细胞反应、神经元损失和电生理记录质量指标进行了比较	首次将空间转录组学应用于脑电极界面的研究，识别出与电极植入相关的差异表达基因，并发现与记录质量相关的潜在生物标志物	研究仅限于大鼠模型，结果可能无法直接推广到人类	探索电极植入后脑组织的生理变化及其对设备功能和寿命的影响	大鼠运动皮层	神经科学	NA	空间转录组学(ST), 免疫标记	NA	基因表达数据, 电生理记录数据	植入功能性密歇根式微电极阵列的大鼠，在植入后24小时、1周和6周进行采样
2274	2025-07-02	Integrating spatial and single-cell transcriptomics reveals tumor heterogeneity and intercellular networks in colorectal cancer 2024-05-10, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06598-6 PMID:38729966	研究论文	通过整合空间转录组学和单细胞转录组学技术，揭示了结直肠癌肿瘤微环境中的肿瘤异质性和细胞间网络	结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，首次在结直肠癌中揭示了肿瘤异质性和细胞间相互作用的空间特征	研究样本量较小（仅3对肿瘤-正常-血液样本），且空间转录组数据分辨率有限	探究结直肠癌肿瘤微环境中的细胞异质性和细胞间相互作用	结直肠癌患者的肿瘤组织、正常组织和血液样本	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq, 空间转录组学	NA	单细胞转录组数据, 空间转录组数据	3对结直肠癌患者的肿瘤-正常-血液样本（共41,700个细胞)
2275	2025-07-02	Modeling acute myocardial infarction and cardiac fibrosis using human induced pluripotent stem cell-derived multi-cellular heart organoids 2024-05-01, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-024-06703-9 PMID:38693114	研究论文	本研究利用人类诱导多能干细胞生成多细胞心脏类器官，模拟急性心肌梗死和心脏纤维化	使用多细胞心脏类器官（HOs）模拟成人心脏疾病，包括心肌梗死和心脏纤维化，克服了单细胞模型无法复现复杂心脏疾病的局限	类器官模型可能无法完全复现体内心脏的所有生理和病理特征	开发临床相关的心脏疾病体外模型，用于疾病研究和药物筛选	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）生成的多细胞心脏类器官	干细胞与再生医学	心血管疾病	免疫组化、流式细胞术、q-PCR、单细胞RNA测序	心脏类器官模型	细胞和分子数据	NA
2276	2025-07-02	A randomized, placebo-controlled trial of the BTK inhibitor zanubrutinib in hospitalized patients with COVID-19 respiratory distress: immune biomarker and clinical findings 2024, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2024.1369619 PMID:39906744	研究论文	一项关于BTK抑制剂zanubrutinib在COVID-19呼吸窘迫住院患者中的随机、安慰剂对照试验，评估其免疫生物标志物和临床效果	评估新一代BTK抑制剂zanubrutinib在SARS-CoV-2感染患者中的效果，特别是对免疫反应和炎症信号的影响	zanubrutinib在临床恢复方面未显示出优于安慰剂的效果，可能与大多数患者同时使用类固醇和抗病毒治疗有关	评估zanubrutinib在COVID-19呼吸窘迫患者中的免疫调节作用和临床效果	SARS-CoV-2感染的住院患者，包括需要住院治疗但无需机械通气的患者（队列1）和机械通气≤24小时的患者（队列2）	医学研究	COVID-19	随机对照试验，单细胞转录组分析	NA	临床数据，生物标志物数据	队列1：63名患者（zanubrutinib组30名，安慰剂组33名）；队列2：4名患者
2277	2025-07-02	MitoTracer facilitates the identification of informative mitochondrial mutations for precise lineage reconstruction 2023-Nov-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.22.568285 PMID:38045409	研究论文	本文介绍了一种名为MitoTracer的开源计算算法，用于准确识别克隆信息性线粒体突变并从单细胞RNA-seq或ATAC-seq样本中推断进化谱系	MitoTracer算法能够自动化识别信息性线粒体突变，并在多种单细胞测序平台上表现出优于现有方法的性能	NA	开发一种工具以捕获真实的线粒体突变信息并追踪细胞间的谱系关系	单细胞RNA-seq或ATAC-seq样本中的线粒体突变	生物信息学	癌症	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	单细胞测序数据	NA
2278	2025-07-02	Spatial proteo-transcriptomic profiling reveals the molecular landscape of borderline ovarian tumors and their invasive progression 2023-Nov-13, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2023.11.13.23298409 PMID:38014221	research paper	该研究通过空间蛋白质组学和空间转录组学的整合，揭示了卵巢交界性肿瘤（SBT）向低级别浆液性癌（LGSC）及其转移的分子演化过程	首次结合空间蛋白质组学和空间转录组学技术，系统解析了SBT向LGSC转化的分子机制，并识别了关键的分子标记物如NOVA2	研究样本可能有限，且未涉及其他类型的卵巢肿瘤	阐明卵巢交界性肿瘤向侵袭性癌转化的分子机制	卵巢交界性肿瘤（SBT）及其进展为低级别浆液性癌（LGSC）的样本	digital pathology	ovarian cancer	spatial proteomics, spatial transcriptomics	NA	proteomic data, transcriptomic data	未明确提及具体样本数量，但涉及SBT、SBT-MP、LGSC及其转移样本
2279	2025-07-02	Single-Nucleus Transcriptome Profiling of Dorsolateral Prefrontal Cortex: Mechanistic Roles for Neuronal Gene Expression, Including the 17q21.31 Locus, in PTSD Stress Response 2023-10-01, The American journal of psychiatry DOI:10.1176/appi.ajp.20220478 PMID:37491937	研究论文	首次使用单核RNA测序技术研究创伤后应激障碍(PTSD)和重度抑郁症(MDD)患者背外侧前额叶皮层(DLPFC)的细胞类型特异性转录组病理学	首次在PTSD研究中应用单核RNA测序技术，揭示了细胞类型特异性的基因表达机制	样本量相对较小(11名PTSD患者、10名MDD患者和11名对照)，且仅研究了DLPFC区域	阐明PTSD和MDD在细胞类型特异性水平上的转录组病理学机制	人脑背外侧前额叶皮层(DLPFC)组织	神经科学	精神疾病	单核RNA测序(snRNA-seq), 诱导多能干细胞(iPSC)技术	NA	RNA测序数据	47个DLPFC样本(约575K细胞核)，包括11名PTSD患者、10名MDD患者和11名对照
2280	2025-07-01	PIK3R1 and G0S2 are human placenta-specific imprinted genes associated with germline-inherited maternal DNA methylation 2025-Dec, Epigenetics IF:2.9Q2 DOI:10.1080/15592294.2025.2523191 PMID:40568952	研究论文	本研究发现了两个人类胎盘特异性印记基因PIK3R1和G0S2，它们与种系遗传的母源DNA甲基化相关	发现了两个新的胎盘特异性印记基因，并揭示了它们与种系遗传的母源DNA甲基化的关联	未能发现这些基因在宫内生长受限或先兆子痫样本与对照组之间的差异	扩展胎盘特异性印记基因的列表并研究其特性	人类胎盘特异性印记基因PIK3R1和G0S2	基因组学	NA	全基因组筛查、单细胞RNA测序、甲基化分析	NA	甲基化数据、RNA-seq数据	多种体细胞组织、胎盘样本