单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2261	2025-03-16	NAD+ Promotes Superovulation of Huaxi Cattle Through Regulation of Cumulus Cell Proliferation and Oocyte Maturation 2025-Mar-04, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052276 PMID:40076893	研究论文	本研究探讨了烟酰胺腺嘌呤二核苷酸（NAD）在提高华西牛超排卵效率中的作用及其机制	首次发现NAD通过调节卵丘细胞增殖和卵母细胞成熟，显著提高华西牛超排卵后可移植胚胎的数量和质量	研究仅针对华西牛，未涉及其他品种或物种，且机制研究尚需进一步深入	提高华西牛超排卵效率，改善胚胎质量和数量	华西牛及其卵丘细胞和卵母细胞	动物繁殖学	NA	血清代谢组学和单细胞RNA测序	NA	代谢组数据和RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但涉及华西牛的卵丘细胞和卵母细胞
2262	2025-03-16	MLLT3 Regulates Melanoma Stemness and Progression by Inhibiting HMGB1 Nuclear Entry and MAGEA1 M5C Modification 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202408529 PMID:39716999	研究论文	本研究揭示了MLLT3作为转录因子在调节黑色素瘤干细胞特性和进展中的作用	首次发现MLLT3通过与HMGB1和YBX1的相互作用，抑制HMGB1核进入和MAGEA1的m5C修饰，从而调控黑色素瘤的干细胞特性和进展	NA	探讨MLLT3在黑色素瘤干细胞特性和进展中的调控机制	黑色素瘤干细胞	分子生物学	黑色素瘤	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
2263	2025-03-16	Exosome-Mediated Lectin Pathway and Resistin-MIF-AA Metabolism Axis Drive Immune Dysfunction in Immune Thrombocytopenia 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202412378 PMID:39792656	研究论文	本研究探讨了外泌体介导的凝集素途径和resistin-MIF-AA代谢轴在免疫性血小板减少症（ITP）中的免疫功能障碍作用	揭示了外泌体介导的凝集素补体途径在ITP发病机制中的作用，并识别了resistin和MIF作为糖皮质激素治疗抵抗的潜在因素	研究中未明确触发ITP的确切病因，且缺乏全面的高通量数据支持	探索ITP的发病机制及潜在治疗靶点	免疫性血小板减少症（ITP）患者	免疫学	免疫性血小板减少症	流式细胞术（FCM）、蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	生物样本	ITP患者的样本
2264	2025-03-16	Intratumoral Collagen Deposition Supports Angiogenesis Suggesting Anti-angiogenic Therapy in Armored and Cold Tumors 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202409147 PMID:39823457	研究论文	本研究分析了胶原沉积与肿瘤血管生成之间的关系，特别是在装甲和冷肿瘤中，并探讨了抗血管生成治疗的应用	揭示了胶原沉积在肿瘤血管生成中的关键作用，并提出了装甲和冷肿瘤作为抗血管生成治疗选择的潜在生物标志物	研究主要集中在肺腺癌（LUAD），其他癌症类型的普遍性尚需进一步验证	探讨胶原沉积与肿瘤血管生成的关系，并评估抗血管生成治疗的效果	肺腺癌（LUAD）及其他多种癌症类型	肿瘤学	肺癌	单细胞转录组学、空间转录组学、体外实验	NA	转录组数据、实验数据	多种癌症类型的样本，具体数量未明确
2265	2025-03-16	Targeting MAPK14 by Lobeline Upregulates Slurp1-Mediated Inhibition of Alternative Activation of TAM and Retards Colorectal Cancer Growth 2025-Mar, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202407900 PMID:39840525	研究论文	本文探讨了中药成分洛贝林通过靶向MAPK14上调Slurp1介导的TAM替代激活抑制，从而延缓结直肠癌生长的机制	首次发现洛贝林通过靶向MAPK14上调Slurp1表达，抑制TAM的M2样极化，增强抗肿瘤效果，并提出洛贝林与抗PD1联合治疗的潜在策略	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	探索洛贝林在结直肠癌免疫抑制微环境中的抗肿瘤机制	结直肠癌细胞和肿瘤相关巨噬细胞（TAM）	癌症免疫治疗	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和靶向响应可及性分析	小鼠肿瘤模型	基因表达数据	小鼠模型中的结直肠癌细胞和TAM
2266	2025-03-16	Single-cell transcriptome-wide Mendelian randomization and colocalization reveals immune-mediated regulatory mechanisms and drug targets for COVID-19 2025-Mar, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105596 PMID:39933264	研究论文	本文通过单细胞转录组孟德尔随机化和共定位分析，揭示了COVID-19的免疫介导调控机制和潜在药物靶点	首次在14种外周血免疫细胞中使用26,597个单细胞表达数量性状位点（sc-eQTL）进行孟德尔随机化和共定位分析，发现了58个先前未报道的基因	研究依赖于GWAS元分析数据，可能存在样本选择和统计偏差	揭示COVID-19的免疫介导调控机制并识别潜在药物靶点	14种外周血免疫细胞中的16,597个基因	生物信息学	COVID-19	单细胞转录组测序、孟德尔随机化、共定位分析、深度学习模型	深度学习模型	基因表达数据	26,597个单细胞表达数量性状位点（sc-eQTL）
2267	2025-03-16	Biases in machine-learning models of human single-cell data 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01619-8 PMID:39972066	研究论文	本文讨论了在基于机器学习的单细胞数据分析过程中出现的各种偏差	系统地识别和分类了从样本收集到结果解释整个流程中可能出现的偏差，并提出了评估和缓解这些偏差的方法	未提供具体的实验数据或案例研究来验证所提出方法的有效性	探讨机器学习在单细胞数据分析中的偏差问题，并提出解决方案	人类单细胞数据	机器学习	NA	单细胞测序	弱监督或无监督机器学习模型	单细胞数据	NA
2268	2025-03-16	Intratumour oxidative hotspots provide a niche for cancer cell dissemination 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01617-w PMID:39984655	研究论文	本文开发了一种名为T-AP1的肿瘤靶向探针，用于追踪细胞外HO，从而可视化和表征暴露于氧化应激的肿瘤细胞	T-AP1探针首次实现了对肿瘤内HO富集微环境（HO热点）的可视化和表征，揭示了肿瘤细胞通过p38-MYC轴激活进行部分上皮-间质转化并迁移的机制	研究未涉及NRF2过度激活肿瘤的详细机制，且对正常上皮细胞的逃逸机制缺乏深入探讨	研究肿瘤内氧化应激微环境对肿瘤细胞扩散的影响	肿瘤细胞和正常上皮细胞	肿瘤生物学	癌症	单细胞测序，T-AP1探针	NA	细胞图像和分子数据	未明确提及具体样本数量
2269	2025-03-16	Systematic reconstruction of molecular pathway signatures using scalable single-cell perturbation screens 2025-Mar, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-025-01622-z PMID:40011560	研究论文	本文利用Perturb-seq技术系统地识别了不同生物背景下信号调节因子的靶标，并提出了改进的计算框架Mixscale来处理扰动效率的细胞变异	提出了改进的计算框架Mixscale，并展示了Perturb-seq在推断信号通路激活变化中的精确性	NA	系统重建分子通路签名，增强对信号调节因子及其靶标的理解	六种细胞系和五种生物信号背景下的1500多次扰动	功能基因组学	NA	Perturb-seq, 组合索引, 下一代测序	Mixscale	单细胞测序数据	1500多次扰动，涉及六种细胞系和五种生物信号背景
2270	2025-03-16	TCL1A in naïve B cells as a therapeutic target for type 1 diabetes 2025-Mar, EBioMedicine IF:9.7Q1 DOI:10.1016/j.ebiom.2025.105593 PMID:39946833	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术等方法，探讨了1型糖尿病（T1D）早期阶段中B细胞的作用，并开发了一种基于siRNA的纳米药物用于治疗T1D	发现了T1D早期阶段中naïve B细胞数量的增加及其与TCL1A表达的关系，并开发了一种针对Tcl1a mRNA的siRNA纳米药物，展示了其在T1D治疗中的潜力	研究主要基于小鼠模型，临床转化仍需进一步验证	探讨1型糖尿病早期阶段中B细胞的作用，并开发新的治疗方法	1型糖尿病患者、NOD小鼠	免疫学	1型糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、磷酸化蛋白微阵列分析	NA	RNA序列数据、蛋白质磷酸化数据	新诊断的T1D患者、对照组、年龄匹配的健康对照组、NOD小鼠
2271	2025-03-16	Spatial Transcriptomics Reveals Novel Mechanisms Involved in Perineural Invasion in Pancreatic Ductal Adenocarcinomas 2025-Mar-01, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17050852 PMID:40075699	研究论文	本研究利用空间转录组学技术揭示了胰腺导管腺癌（PDAC）中神经周围侵袭（PNI）的新机制	通过空间转录组学技术，首次揭示了PNI病灶对肿瘤微环境（TME）免疫景观的影响，并发现了内源性大麻素和多胺代谢在PNI、癌症生长和癌症疼痛中的作用	样本量较小，仅涉及13名PDAC患者	探索胰腺导管腺癌中神经周围侵袭的分子机制及其对肿瘤微环境的影响	胰腺导管腺癌患者的癌症和神经细胞	数字病理学	胰腺癌	Nanostring GeoMx Digital Spatial Profiler	NA	转录组数据	13名PDAC患者
2272	2025-03-16	InfoScan: A New Transcript Identification Tool Based on scRNA-Seq and Its Application in Glioblastoma 2025-Feb-28, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052208 PMID:40076844	研究论文	本文介绍了一种名为InfoScan的新型生物信息学工具，用于全面分析单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，并在胶质母细胞瘤（GBM）中应用，识别出具有癌症干细胞特征的罕见细胞亚群	InfoScan工具的创新之处在于能够识别未注释的转录本和罕见细胞群体，为转录组特征分析提供了强大的平台	本文未明确提及研究的局限性	研究目的是开发和应用InfoScan工具，以探索胶质母细胞瘤的复杂转录组景观并表征罕见细胞群体	研究对象是胶质母细胞瘤（GBM）中的罕见细胞亚群，特别是具有癌症干细胞特征的细胞	生物信息学	胶质母细胞瘤	scRNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
2273	2025-03-16	Single-Cell Sequencing: Genomic and Transcriptomic Approaches in Cancer Cell Biology 2025-Feb-27, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052074 PMID:40076700	综述	本文综述了单细胞测序（SCS）在癌症生物学研究中的影响	SCS提供了基因组、转录组和表观基因组的高分辨率分析，揭示了癌症和肿瘤异质性、克隆进化以及癌细胞与肿瘤微环境之间的复杂相互作用	NA	探讨单细胞测序在癌症生物学研究中的应用及其对个性化癌症诊断、预后和治疗的推动作用	癌细胞和肿瘤微环境	癌症生物学	癌症	单细胞测序（SCS）、空间转录组学、原位测序	NA	基因组、转录组、表观基因组数据	NA
2274	2025-03-16	Single cell analysis identifies distinct CD4 + T cells associated with the pathobiology of pediatric obesity related asthma 2025-Feb-26, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-88423-4 PMID:40000680	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，识别了与儿童肥胖相关哮喘病理生物学相关的不同CD4+ T细胞亚型	首次揭示了CDC42上调在CD4+ T细胞中的具体亚型及其对类固醇抵抗的贡献	研究局限于儿童肥胖相关哮喘，未涉及其他类型哮喘或成人患者	探讨儿童肥胖相关哮喘中CD4+ T细胞的分子机制及其对类固醇抵抗的影响	儿童肥胖相关哮喘患者的CD4+ T细胞	生物信息学	哮喘	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	涉及肥胖哮喘、单纯肥胖和健康体重对照组的CD4+ T细胞
2275	2025-03-16	Cancer-Associated Fibroblasts Genes and Transforming Growth Factor Beta Pathway in Gastric Cancer for Novel Therapeutic Strategy 2025-Feb-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers17050795 PMID:40075643	综述	本文综述了胃癌中癌症相关成纤维细胞基因（CAFGs）的分子特征及其在肿瘤进展和预后中的作用，探讨了其与TGFB通路的相互作用，以开发新的治疗策略	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析揭示了CAFGs不仅在CAFs中表达，还可能反映周围细胞的激活状态，并验证了多个CAFGs在胃癌中的预后相关性	与其他癌症相比，CAFGs在胃癌中的功能机制尚不明确，且由于现有微解剖数据的限制，CAFGs在胃癌中的表达模式尚未得到确认	探讨CAFGs在胃癌中的分子特征及其与TGFB通路的相互作用，以开发新的治疗策略	胃癌中的癌症相关成纤维细胞基因（CAFGs）	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	NA
2276	2025-03-16	Comprehensive SHAP Values and Single-Cell Sequencing Technology Reveal Key Cell Clusters in Bovine Skeletal Muscle 2025-Feb-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26052054 PMID:40076676	研究论文	本研究通过SHAP值和单细胞测序技术揭示了牛骨骼肌中的关键细胞群	首次结合SHAP值和单细胞测序技术，成功构建了476基因的SHAP值矩阵，并绘制了骨骼肌的单细胞图谱	研究仅针对牛骨骼肌，未涉及其他物种或组织	揭示牛骨骼肌中不同类型细胞群的重要性排序及其在肌肉生长和发育中的关键作用	牛骨骼肌中的细胞群	生物信息学	NA	单细胞测序技术	SHAP值分析模型	基因表达数据	NA
2277	2025-03-16	Identification of Prognostic Genes Related to Cell Senescence and Lipid Metabolism in Glioblastoma Based on Transcriptome and Single-Cell RNA-Seq Data 2025-Feb-21, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26051875 PMID:40076502	研究论文	本研究旨在通过转录组和单细胞RNA测序数据，识别与细胞衰老和脂质代谢相关的预后基因，以改善胶质母细胞瘤的预后和治疗	结合细胞衰老和脂质代谢相关基因，构建了具有优秀预测能力的风险模型和列线图，并识别了SOCS1和PHB2作为预后标志物	研究依赖于公共数据库的数据，可能存在数据偏差或局限性	改善胶质母细胞瘤的预后和治疗	胶质母细胞瘤（GBM）	数字病理学	胶质母细胞瘤	转录组测序, 单细胞RNA测序（scRNA-seq）	WGCNA, 单变量Cox回归	RNA-seq数据	公共数据库中的胶质母细胞瘤样本
2278	2025-03-16	Uncovering the Signatures of Cellular Senescence in the Human Dorsolateral Prefrontal Cortex 2025-Feb-20, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639091 PMID:40027780	研究论文	本文通过Visium空间转录组学和单核RNA测序技术，构建了人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）衰老和细胞衰老的转录组图谱	结合空间转录组学和单核RNA测序技术，首次在非病理人类组织中揭示了dlPFC衰老和细胞衰老的异质性特征	研究局限于非病理组织，未涉及疾病状态下的细胞衰老特征	探索人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）衰老和细胞衰老的转录组特征	人类背外侧前额叶皮层（dlPFC）的非病理组织	生物信息学	NA	Visium空间转录组学（ST）、单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
2279	2025-03-16	Spatial Transcriptomic Analysis of Surgical Resection Specimens of Primary Head and Neck Squamous Cell Carcinoma Treated with Afatinib in a Window-of-Opportunity Study (EORTC90111-24111) 2025-Feb-20, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26051830 PMID:40076457	研究论文	本研究通过空间转录组学技术评估了阿法替尼治疗头颈部鳞状细胞癌后肿瘤及其微环境的变化	首次在阿法替尼治疗的头颈部鳞状细胞癌手术标本中应用空间转录组学技术，揭示了肿瘤在抗HER治疗下的演变和组成变化	研究样本量较小，仅分析了三个患者的样本	探索抗HER治疗下头颈部鳞状细胞癌的肿瘤演变和组成	头颈部鳞状细胞癌患者的手术标本和肿瘤活检	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学, RNA测序	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	三个患者的样本（ID08, ID15, ID30）
2280	2025-03-16	Deciphering the generation of heterogeneity in esophageal squamous cell carcinoma metastasis via single-cell multiomics analysis 2025-Feb-04, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-025-06154-6 PMID:39905485	研究论文	通过单细胞多组学分析揭示食管鳞状细胞癌转移中异质性的生成机制	首次在单细胞水平上结合scATAC-seq、scRNA-seq、ChIP-seq、CUT&Tag、Hi-C、bulk RNA-seq和bulk ATAC-seq数据，全面解析了ESCC转移过程中的染色质可及性及其对细胞异质性的影响	样本量较小，仅包括四名ESCC患者	研究食管鳞状细胞癌（ESCC）转移过程中染色质可及性对细胞异质性的影响	四名病理分期为T1a、T2b、T3b或T4a的ESCC患者的癌组织和邻近非癌组织	数字病理学	食管鳞状细胞癌	scATAC-seq, scRNA-seq, ChIP-seq, CUT&Tag, Hi-C, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq	NA	单细胞多组学数据	四名ESCC患者的癌组织和邻近非癌组织