单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 2261 - 2280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2261 | 2025-10-06 |
New insights into tuft cell formation: Implications for structure-function relationships
2022-06, Current opinion in cell biology
IF:6.0Q1
DOI:10.1016/j.ceb.2022.102082
PMID:35468541
|
综述 | 总结簇细胞形成与功能的最新研究进展，重点关注不同疾病状态和器官系统中的发育机制 | 利用单细胞转录组学和计算生物学方法揭示簇细胞形成与成熟的遗传和环境调控机制 | NA | 探讨簇细胞的发育过程及其在不同器官系统中的功能作用 | 簇细胞（哨兵化学感应细胞） | 计算生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2262 | 2025-10-06 |
Sox13 is a novel flow-sensitive transcription factor that prevents inflammation by repressing chemokine expression in endothelial cells
2022, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2022.979745
PMID:36247423
|
研究论文 | 本研究通过单细胞测序技术发现SOX13是一种新型流动敏感转录因子，能够抑制内皮细胞中炎症趋化因子的表达 | 首次鉴定SOX13为流动敏感转录因子，并揭示其在稳定血流条件下抑制内皮细胞炎症反应的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外培养的人主动脉内皮细胞，需要在更复杂的体内环境中进一步验证 | 探索血流动力学调节内皮细胞炎症反应的分子机制，寻找新的动脉粥样硬化治疗靶点 | 小鼠颈动脉模型和培养的人主动脉内皮细胞 | 单细胞生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序, RNA干扰, RNA测序, qPCR, ELISA | 小鼠部分颈动脉结扎模型 | 基因表达数据, 染色质可及性数据 | 未明确说明具体样本数量 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 2263 | 2025-10-06 |
Effective single-cell clustering through ensemble feature selection and similarity measurements
2020-08, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 提出一种基于集成特征选择和相似性测量的有效单细胞聚类算法 | 通过集成特征选择和多种特征采样方法构建细胞间相似性网络，提高单细胞聚类准确性 | NA | 开发准确可靠的单细胞聚类计算方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于网络的聚类算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2264 | 2025-10-06 |
Interactions of Monocytes, HIV, and ART Identified by an Innovative scRNAseq Pipeline: Pathways to Reservoirs and HIV-Associated Comorbidities
2020-07-28, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.01037-20
PMID:32723919
|
研究论文 | 开发了一种创新的单细胞RNA测序流程，用于同时检测HIV和宿主转录本，研究成熟单核细胞中HIV病毒库的形成机制 | 开发了能够同时检测HIV病毒和宿主转录本的单细胞RNA测序新方法 | NA | 研究HIV病毒库在抗逆转录病毒治疗下的持续存在机制及HIV相关并发症 | 人类成熟单核细胞（CD14+CD16+） | 单细胞测序分析 | HIV/艾滋病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2265 | 2025-10-06 |
Deep learning-based cell composition analysis from tissue expression profiles
2020-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.aba2619
PMID:32832661
|
研究论文 | 开发了一种基于深度学习的细胞解卷积工具Scaden，用于从组织表达谱中推断细胞组成 | 使用深度神经网络直接从基因表达信息进行细胞解卷积，无需复杂数据预处理和特征选择，对偏差和噪声具有鲁棒性 | NA | 开发一种能够准确推断组织样本中细胞组成的计算方法 | 人类和小鼠的组织表达数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序，bulk RNA-seq，微阵列 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 2266 | 2025-10-06 |
scClassify: sample size estimation and multiscale classification of cells using single and multiple reference
2020-06, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20199389
PMID:32567229
|
研究论文 | 开发了一个基于集成学习和细胞类型层次结构的多尺度分类框架scClassify，用于单细胞RNA测序数据的自动细胞类型识别 | 提出了样本量估计方法和多参考数据集联合分类能力，在114对参考和测试数据上表现优于其他监督分类方法 | NA | 开发单细胞RNA测序数据的自动细胞类型识别方法 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习，多尺度分类框架 | 单细胞RNA测序数据 | 114对参考和测试数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2267 | 2025-10-06 |
The liver as an immunological barrier redefined by single-cell analysis
2020-06, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13193
PMID:32176810
|
综述 | 通过单细胞分析技术重新定义肝脏作为免疫屏障的功能 | 应用单细胞RNA测序技术揭示肝脏免疫细胞网络的特殊适应性 | NA | 总结单细胞技术如何推进对肝脏免疫屏障功能的理解 | 小鼠和人类肝脏中的免疫细胞 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2268 | 2025-10-06 |
Linked optical and gene expression profiling of single cells at high-throughput
2020-02-24, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-020-01958-9
PMID:32093753
|
研究论文 | 开发了一种高通量平台，能够同时进行单细胞光学分析和基因表达谱分析 | 首次实现了高通量的单细胞光学与基因表达关联分析，突破了现有方法的通量限制 | 未提及具体的技术验证样本数量或应用范围的局限性 | 开发多模态单细胞分析平台，实现光学特征与基因表达的关联分析 | 单细胞 | 单细胞分析技术 | NA | 单细胞RNA测序，荧光成像 | NA | 基因表达数据，荧光图像数据 | 数千个细胞（单次实验） | NA | 单细胞RNA-seq，光学分析 | NA | 高通量单细胞光学与基因表达关联分析平台 |
| 2269 | 2025-10-06 |
Realistic in silico generation and augmentation of single-cell RNA-seq data using generative adversarial networks
2020-01-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-019-14018-z
PMID:31919373
|
研究论文 | 提出使用条件单细胞生成对抗网络(cscGAN)来真实生成单细胞RNA-seq数据 | 首次将条件生成对抗网络应用于单细胞RNA-seq数据的生成和增强，能够学习复杂的基因间非线性依赖关系 | 未提及具体的数据集规模和验证方法的局限性 | 解决生物医学研究中样本数量不足的问题，提高分析结果的稳健性和可重复性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | GAN, cscGAN | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 2270 | 2025-10-06 |
Sources of variation in cell-type RNA-Seq profiles
2020, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0239495
PMID:32956417
|
研究论文 | 研究细胞类型RNA测序谱变异来源及其对细胞比例反卷积方法的影响 | 系统评估了实验室间技术变异、组织来源和测序方法对细胞类型基因表达谱的影响，首次量化了这些因素对细胞比例反卷积的混淆效应 | 仅分析了公开可用的B细胞和T细胞数据集，未涵盖其他细胞类型 | 识别影响细胞类型特异性基因表达谱变异的主要因素 | B细胞和T细胞 | 生物信息学 | NA | RNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个公开可用的bulk和单细胞RNA-Seq数据集 | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | UMI-based单细胞RNA测序 |
| 2271 | 2025-10-06 |
Integrated Bayesian analysis of rare exonic variants to identify risk genes for schizophrenia and neurodevelopmental disorders
2017-Dec-20, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-017-0497-y
PMID:29262854
|
研究论文 | 本研究通过整合贝叶斯分析罕见外显子变异，识别精神分裂症和神经发育障碍的风险基因 | 将用于自闭症研究的分析流程扩展到精神分裂症和四种神经发育障碍，识别了98个新的发育障碍风险基因 | 仅基于外显子测序数据，可能遗漏非编码区域的罕见变异 | 识别精神分裂症和神经发育障碍的罕见变异风险基因 | 精神分裂症患者和神经发育障碍患者（自闭症、智力障碍、发育障碍、癫痫） | 生物信息学 | 精神分裂症,神经发育障碍 | 全外显子测序,层次贝叶斯建模,蛋白质-蛋白质相互作用网络分析,单细胞RNA-seq | 层次贝叶斯模型 | 基因组测序数据 | 精神分裂症：1,077个三重样本，6,699个病例，13,028个对照；神经发育障碍：10,792个三重样本，4,058个病例和对照 | NA | 全外显子测序,单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2272 | 2025-10-06 |
Scalable spatial transcriptomics through computational array reconstruction
2025-Apr-03, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-025-02612-0
PMID:40181168
|
研究论文 | 提出一种无需成像的空间转录组学方法，通过分子扩散和降维技术重建空间条形码位置 | 开发了不依赖成像设备的空间转录组学方法，利用计算重建实现空间定位 | NA | 提高空间转录组学的可及性和通量，实现大规模组织研究 | 厘米级尺寸的组织样本 | 空间转录组学 | NA | 分子扩散分析，降维技术 | 计算重建模型 | 基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2273 | 2025-10-06 |
RUNX2 promotes fibrosis via an alveolar-to-pathological fibroblast transition
2025-Apr, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-024-08542-2
PMID:39910313
|
研究论文 | 本研究通过小鼠模型揭示了RUNX2在肺纤维化中通过肺泡成纤维细胞向病理性成纤维细胞转化促进纤维化的机制 | 首次发现LEPR成纤维细胞中的SCUBE2肺泡成纤维细胞是CTHRC1+POSTN+病理性成纤维细胞的主要来源，并证实RUNX2是调控纤维化基因表达的关键因子 | 研究仅使用小鼠模型，尚未在人类样本中验证 | 探索肺纤维化中病理性成纤维细胞的来源及其调控机制 | 小鼠肺组织中的成纤维细胞 | 单细胞生物学 | 肺纤维化 | scRNA-seq, scATAC-seq, 基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据, 单细胞表观基因组数据 | 两种肺纤维化小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞ATAC测序 | NA | NA |
| 2274 | 2025-10-06 |
A microfluidic platform for anterior-posterior human endoderm patterning via countervailing morphogen gradients in vitro
2025-Mar-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.111744
PMID:40040808
|
研究论文 | 本研究开发了一种微流控平台，通过对抗性形态发生素梯度在体外实现人类内胚层前后轴模式形成 | 利用广泛可用的微流控设备使hPSC来源的内胚层细胞暴露于前部化和后部化信号的对抗性梯度中，实现空间模式化培养 | NA | 研究形态发生素梯度如何空间模式化组织，这是发育生物学的基本问题 | hPSC来源的内胚层细胞 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 微流控平台 |
| 2275 | 2025-10-06 |
Single-cell sequencing of human Langerhans cells identifies altered gene expression profiles in patients with atopic dermatitis
2025-01-24, ImmunoHorizons
DOI:10.1093/immhor/vlae009
PMID:39849992
|
研究论文 | 通过单细胞测序分析特应性皮炎患者朗格汉斯细胞的基因表达谱变化 | 首次在单细胞水平识别出朗格汉斯细胞的4个亚群，并发现其中2个促炎/成熟亚群在AD皮肤中富集 | 样本来源仅限于皮肤活检，未涉及其他组织或更大规模验证 | 探究朗格汉斯细胞在特应性皮炎发病机制中的作用 | 特应性皮炎患者和健康对照者的表皮朗格汉斯细胞和真皮T细胞 | 单细胞生物学 | 特应性皮炎 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序, 糖分析 | NA | 基因表达数据 | AD患者和健康对照者的皮肤活检样本 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2276 | 2025-10-06 |
Unraveling pathogenesis and potential biomarkers for autism spectrum disorder associated with HIF1A pathway based on machine learning and experiment validation
2025-01, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2024.106763
PMID:39657846
|
研究论文 | 基于机器学习和实验验证，揭示与HIF1A通路相关的自闭症谱系障碍发病机制及潜在生物标志物 | 首次结合机器学习与实验验证系统研究HIF1A通路在自闭症中的作用，识别出四个新的诊断标志物并阐明IL-6/JUN/HIF1A通路在发病机制中的关键作用 | 研究主要基于动物模型和细胞实验，需要进一步在人类样本中验证 | 探索HIF1A通路在自闭症谱系障碍发病机制中的作用并寻找潜在生物标志物 | 自闭症谱系障碍患者基因数据、ASD小鼠模型、小胶质细胞BV-2细胞系 | 机器学习 | 自闭症谱系障碍 | 单细胞RNA测序, Western Blot, qPCR, 免疫荧光 | 机器学习模型 | 基因表达数据, 行为测试数据, 蛋白质数据 | GEO数据库中的ASD相关数据集, 母体免疫激活诱导的ASD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2277 | 2025-10-06 |
Single-cell analysis reveals the loss of FABP4-positive proliferating valvular endothelial cells relates to functional mitral regurgitation
2024-12-20, BMC medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1186/s12916-024-03791-4
PMID:39707349
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析功能性二尖瓣反流患者二尖瓣叶的细胞组成和分子变化 | 首次在功能性二尖瓣反流中发现FABP4阳性增殖性瓣膜内皮细胞亚群的异常减少及其在疾病中的作用 | 样本量较小（仅6例患者），需要更大规模研究验证 | 研究功能性二尖瓣反流的发病机制和分子变化 | 二尖瓣反流患者的二尖瓣叶组织和原代瓣膜内皮细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序，生物信息学分析，免疫组织化学，体外细胞实验 | NA | 单细胞转录组数据，图像数据 | 6例心脏移植患者（3例二尖瓣反流，3例对照） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2278 | 2025-10-06 |
Integrated single-cell and bulk transcriptome analysis of R-loop score-based signature with regard to immune microenvironment, lipid metabolism and prognosis in HCC
2024, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2024.1487372
PMID:39850878
|
研究论文 | 本研究通过整合单细胞和批量转录组分析，构建了基于R-loop评分的特征模型，探索其在肝细胞癌免疫微环境、脂质代谢和预后中的作用 | 首次构建了基于R-loop评分的预后模型，揭示了R-loop调节因子CLTC通过调控脂质代谢促进肝癌进展的新机制 | 研究主要基于生物信息学分析，实验验证相对有限；样本来源和数量可能存在限制 | 探索R-loop在肝细胞癌进展中的作用机制，并构建预后预测模型 | 肝细胞癌患者样本和细胞系 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, WGCNA分析, 体外实验, 体内实验 | R-loop评分模型, 预后风险模型 | 单细胞RNA测序数据, 批量转录组数据 | 来自GSE149614和CRA002308数据集的HCC患者单细胞数据，TCGA数据库的批量数据 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 2279 | 2025-10-06 |
Dose-escalation studies of mesenchymal stromal cell therapy for decompensated liver cirrhosis: phase Ia/Ib results and immune modulation insights
2025-Jul-29, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-025-02318-4
PMID:40721581
|
研究论文 | 本研究通过Ia/Ib期剂量递增试验评估间充质基质细胞治疗失代偿性肝硬化的安全性和免疫调节机制 | 首次在人体中揭示MSC治疗的剂量效应关系和最佳给药方案，并鉴定MX1单核细胞作为MSC诱导免疫调节的关键介质 | 单臂设计、样本量有限、随访时间较短（仅28天） | 评估MSC治疗失代偿性肝硬化的安全性、耐受性和免疫调节作用 | 失代偿性肝硬化患者 | 临床医学 | 肝硬化 | 单细胞RNA测序, 飞行时间细胞术, 多组学分析 | NA | 临床数据, 分子数据 | 多个剂量队列患者（具体数量未明确说明） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2280 | 2025-10-06 |
Multimodal glioma immunotherapy combining TLR9-targeted STAT3 antisense oligodeoxynucleotides with PD1 immune checkpoint blockade
2025-Apr-11, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaf099
PMID:40214214
|
研究论文 | 本研究开发了一种新型双链STAT3反义寡核苷酸联合PD1免疫检查点阻断的多模式胶质瘤免疫疗法 | 开发了细胞选择性的双链STAT3反义寡核苷酸(CpG-STAT3dsASO)，可特异性靶向胶质瘤细胞和胶质瘤相关髓系细胞而不影响T细胞，且不引发神经毒性 | 单药治疗无法达到治愈效果，仅能招募有限数量的耗竭性CD8+ T细胞 | 开发针对胶质母细胞瘤的多模式免疫疗法 | 人U251胶质母细胞瘤异种移植模型、小鼠GL261和QPP8胶质瘤模型 | 肿瘤免疫治疗 | 胶质母细胞瘤 | 反义寡核苷酸技术、免疫检查点阻断、空间转录组学 | NA | 体内实验数据、免疫细胞分析数据 | 免疫健全和免疫缺陷小鼠模型 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |