单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28333 篇文献，本页显示第 22761 - 22780 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22761 | 2024-08-08 |
CA9-Related Acidic Microenvironment Mediates CD8+ T Cell Related Immunosuppression in Pancreatic Cancer
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.832315
PMID:35155218
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研究论文 | 本研究整合了胰腺癌TCGA、GEO和单细胞RNA测序数据集，通过生物信息学方法、体外和体内实验探索胰腺癌免疫微环境的潜在预后标志物和潜在机制。 | 研究揭示了胰腺癌细胞通过CA9抑制CD8+ T细胞浸润的机制，为胰腺癌的免疫逃逸途径和免疫靶向治疗提供了新的视角。 | NA | 探索胰腺癌免疫微环境的潜在预后标志物和潜在机制。 | 胰腺癌的免疫微环境及其对CD8+ T细胞的影响。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了TCGA、GEO和单细胞测序数据集，具体样本数量未详细说明。 |
| 22762 | 2024-08-08 |
Interpreting Functional Impact of Genetic Variations by Network QTL for Genotype-Phenotype Association Study
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.720321
PMID:35155440
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研究论文 | 本文提出了一种新的网络QTL框架，用于解析遗传变异对表型的功能影响，通过识别基因型与表型之间的网络关联，而非传统的表达QTL方法。 | 本文创新性地提出了网络QTL（nQTL）框架，通过识别基因型与表型之间的网络关联，能够更全面地解析遗传变异对表型的影响，特别是在复杂生物过程中。 | 本文未明确提及具体的研究局限性。 | 研究旨在通过网络QTL框架，解析遗传变异对表型的功能影响，特别是在疾病亚型、疾病预后、药物反应和病原因子关联中的应用。 | 研究对象包括遗传变异、基因网络、表型及其在生物医学数据中的应用。 | 基因组学 | NA | 网络QTL分析 | 网络QTL框架 | 基因表达数据 | 研究中使用了多种生物医学数据集，但具体样本数量未明确提及。 |
| 22763 | 2024-08-08 |
IsoCell: An Approach to Enhance Single Cell Clustering by Integrating Isoform-Level Expression Through Orthogonal Projection
2023 Jan-Feb, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2022.3147193
PMID:35100120
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研究论文 | 本文提出了一种通过正交投影整合isoform水平表达来增强单细胞聚类的方法IsoCell | 首次提出将isoform水平表达信息与基因水平表达信息结合，以增强单细胞聚类分析 | NA | 探索通过整合isoform水平表达信息来提高单细胞聚类分析的性能 | 单细胞RNA测序数据中的isoform水平表达信息 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 正交投影矩阵 | 基因表达数据 | 十六个scRNA-seq数据集 |
| 22764 | 2024-08-08 |
A decade of molecular cell atlases
2022-08, Trends in genetics : TIG
IF:13.6Q1
DOI:10.1016/j.tig.2022.01.004
PMID:35105475
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评论 | 本文讨论了利用单细胞转录组测序技术创建细胞图谱的历史和技术创新 | 介绍了单细胞转录组测序技术在创建细胞图谱方面的进展 | NA | 探讨细胞图谱的发展及其对理解细胞类型多样性的贡献 | 细胞类型的分子特征 | NA | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 22765 | 2024-08-08 |
Integrated Analysis of Single-Cell and Spatial Transcriptomics in Keloids: Highlights on Fibrovascular Interactions in Keloid Pathogenesis
2022-08, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2022.01.017
PMID:35123990
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，分析了瘢痕疙瘩组织及其正常皮肤对照样本，揭示了瘢痕疙瘩发病机制中的纤维血管相互作用。 | 首次结合单细胞RNA测序和空间转录组学技术，详细描绘了瘢痕疙瘩的细胞图谱，并发现了纤维细胞与内皮细胞之间的显著相互作用。 | 研究仅限于瘢痕疙瘩组织样本，未涉及其他类型的皮肤病变，可能限制了结果的普遍性。 | 探究瘢痕疙瘩的病理生理机制，特别是纤维细胞与内皮细胞在瘢痕疙瘩形成中的相互作用。 | 瘢痕疙瘩组织及其正常皮肤对照样本，以及患者匹配的瘢痕疙瘩和正常成熟瘢痕。 | 数字病理学 | 瘢痕疙瘩 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 22766 | 2024-08-08 |
SLRRSC: Single-Cell Type Recognition Method Based on Similarity and Graph Regularization Constraints
2022-07, IEEE journal of biomedical and health informatics
IF:6.7Q1
DOI:10.1109/JBHI.2022.3148286
PMID:35120014
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研究论文 | 本文提出了一种基于相似性和图正则化约束的单细胞类型识别方法SLRRSC，用于解决scRNA-seq数据中细胞类型识别的挑战 | 引入基于流形的图正则化和相似性约束到低秩表示方法中，以保留数据的局部几何结构并提高全局结构的学习能力 | NA | 开发一种新的子空间聚类算法，以更有效地从大量细胞混合物中识别细胞类型 | scRNA-seq数据中的单细胞聚类 | 生物信息学 | NA | 低秩表示模型 | SLRRSC算法 | scRNA-seq数据 | 模拟数据和真实单细胞数据集 |
| 22767 | 2024-08-08 |
Temporal modelling using single-cell transcriptomics
2022-06, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-021-00444-7
PMID:35102309
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综述 | 本文综述了利用单细胞转录组学进行时间序列分析的方法，重点讨论了时间序列单细胞RNA测序（scRNA-seq）的分析和建模问题 | 单细胞转录组学方法革新了我们对多个生物过程和系统的研究能力，包括发育、分化、响应程序和疾病进展 | 时间序列单细胞RNA测序提出了新的分析和建模问题，如确定何时以及如何深入地分析细胞、连接不同时间点的细胞、学习连续轨迹以及整合批量和单细胞数据以重建动态网络模型 | 探讨时间序列单细胞RNA测序的分析和建模方法 | 单细胞转录组学数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 22768 | 2024-08-08 |
Signatures of malignant cells and novel therapeutic targets revealed by single-cell sequencing in lung adenocarcinoma
2022-06, Cancer medicine
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/cam4.4547
PMID:35102706
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组数据分析肺腺癌中的恶性细胞特异性基因，探索诊断和治疗标志物 | 发现了369个在单个恶性细胞中特异性表达的基因，其中70个编码分泌或膜结合蛋白的基因在肿瘤生物学中的细胞间通讯中发挥作用 | 需要进一步验证这些基因在更多类型的肿瘤中的作用 | 探索肺腺癌中单细胞转录组数据中的恶性细胞特异性基因，以发现新的诊断和治疗标志物 | 肺腺癌患者的单细胞转录组数据 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | LASSO回归模型 | 转录组数据 | 22,491个肿瘤细胞和181,666个正常细胞 |
| 22769 | 2024-08-08 |
Integrating bulk and single-cell RNA sequencing reveals cellular heterogeneity and immune infiltration in hepatocellular carcinoma
2022-06, Molecular oncology
IF:5.0Q1
DOI:10.1002/1878-0261.13190
PMID:35124891
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研究论文 | 本文通过整合批量和单细胞RNA测序数据，揭示了肝细胞癌中的细胞异质性和免疫浸润 | 首次通过非负矩阵分解（NMF）聚类进行共识分子亚型分析，并结合单细胞数据识别转录因子BATF及其在免疫抑制中的作用 | NA | 解析肝细胞癌中的肿瘤间和肿瘤内异质性，并探讨其对免疫抑制微环境的影响 | 肝细胞癌（HCC）的肿瘤异质性和免疫抑制微环境 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序 | 非负矩阵分解（NMF） | RNA | 来自癌症基因组图谱（TCGA）的肝细胞癌肿瘤样本被分为三个亚型（S1, S2, S3），以及单细胞数据集中的S3-like亚型（CS3） |
| 22770 | 2024-08-08 |
Innate lymphoid cell characterization in the rat and their correlation to gut commensal microbes
2022-05, European journal of immunology
IF:4.5Q2
DOI:10.1002/eji.202149639
PMID:35099074
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研究论文 | 本文深入研究了大鼠的先天淋巴细胞（ILCs），并探讨了它们与肠道共生微生物的关系 | 首次详细描述了大鼠ILCs的特征，并发现了与ILCs频率相关的特定细菌类群 | NA | 研究大鼠ILCs的特征及其与肠道微生物的关联 | 大鼠的先天淋巴细胞及其与肠道共生微生物的关系 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及脾脏和肝脏细胞的单细胞转录组数据 |
| 22771 | 2024-08-08 |
Allopregnanolone suppresses glioblastoma survival through decreasing DPYSL3 and S100A11 expression
2022-05, The Journal of steroid biochemistry and molecular biology
IF:2.7Q3
DOI:10.1016/j.jsbmb.2022.106067
PMID:35114375
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研究论文 | 研究探讨了Allopregnanolone（allo）通过降低DPYSL3和S100A11表达来抑制胶质母细胞瘤（GBM）生存的效果 | 发现allo增强替莫唑胺（TMZ）抑制的细胞迁移和TMZ诱导的细胞凋亡，并通过iTRAQ定量蛋白质组学分析证实allo显著降低DPYSL3、S100A11和S100A4的水平 | NA | 旨在确定allo是否对GBM具有治疗效果 | 胶质母细胞瘤（GBM）细胞 | 数字病理学 | 脑瘤 | iTRAQ定量蛋白质组学分析 | NA | 蛋白质组学数据 | NA |
| 22772 | 2024-08-08 |
Identifying and antagonizing the interactions between layilin and glycosylated collagens
2022-04-21, Cell chemical biology
IF:6.6Q1
DOI:10.1016/j.chembiol.2022.01.003
PMID:35104453
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研究论文 | 本文研究了layilin与糖基化胶原蛋白之间的相互作用，并探索了通过抗体阻断这些相互作用的方法 | 利用钙离子依赖性揭示了layilin与多种糖基化胶原蛋白的相互作用，并通过差异噬菌体展示策略设计了能阻断这些相互作用的跨物种反应性抗体 | NA | 探索layilin在疾病中的作用及其与胶原蛋白相互作用的调节机制 | layilin与糖基化胶原蛋白的相互作用 | NA | NA | RNA测序 | NA | NA | NA |
| 22773 | 2024-08-08 |
A rice single cell transcriptomic atlas defines the developmental trajectories of rice floret and inflorescence meristems
2022-04, The New phytologist
DOI:10.1111/nph.18008
PMID:35118670
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研究论文 | 本文利用高通量单细胞RNA测序技术，分析了37,571个水稻花序细胞，构建了一个覆盖花序到小花转变的基因表达资源，并重建了小花和腋生分生组织（AMs）的分化轨迹。 | 本文首次提供了水稻花序早期发育的高分辨率单细胞转录组图谱，并鉴定了高度异质性年轻花序中的离散细胞类型和调控因子。 | NA | 研究水稻花序发育的分子机制，特别是花序到小花的转变过程。 | 水稻花序细胞及其在早期生殖发育中的分化轨迹。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 37,571个水稻花序细胞 |
| 22774 | 2024-08-08 |
Vec2image: an explainable artificial intelligence model for the feature representation and classification of high-dimensional biological data by vector-to-image conversion
2022-03-10, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab584
PMID:35106553
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研究论文 | 本文介绍了Vec2image模型，这是一个可解释的人工智能框架，通过向图像转换的方法来表示和分类高维生物数据 | Vec2image模型通过主成分坐标转换、深度残差神经网络和嵌入式k-最近邻表示在伪图像上进行特征工程、特征选择和分类器训练，提高了性能并提供了机制上的解释 | NA | 开发一个可解释的人工智能模型，用于高维生物数据的有效学习和分类 | 高维生物数据，特别是组织特异性单细胞数据和多个人胰岛scRNA-seq数据 | 机器学习 | 糖尿病 | scRNA-seq | CNN | 图像 | 多个人的胰岛scRNA-seq数据集 |
| 22775 | 2024-08-08 |
FlyPhoneDB: an integrated web-based resource for cell-cell communication prediction in Drosophila
2022-03-03, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyab235
PMID:35100387
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研究论文 | 本文介绍了FlyPhoneDB，一个用于预测果蝇细胞间通信的集成式网络资源 | FlyPhoneDB是首个针对果蝇的细胞间通信预测工具，通过计算交互分数来预测细胞间的配体-受体相互作用 | NA | 开发一个工具来预测果蝇中的细胞间通信 | 果蝇的细胞间通信 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 量化算法 | 转录组数据 | 成年果蝇的中肠、腹部和血液的单细胞RNA测序数据集 |
| 22776 | 2024-08-08 |
microRNA-252 and FoxO repress inflammaging by a dual inhibitory mechanism on Dawdle-mediated TGF-β pathway in Drosophila
2022-03-03, Genetics
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/genetics/iyab234
PMID:35100390
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研究论文 | 本文通过使用果蝇研究了microRNA-252和FoxO通过双重抑制机制抑制Dawdle介导的TGF-β通路，从而抑制炎症老化 | 揭示了microRNA-252和FoxO通过合作抑制Dawdle，从而促进健康长寿的新机制 | NA | 研究内在信号通路如何引发衰老过程中的先天免疫基因 | 果蝇的microRNA目标组和先天免疫基因 | NA | NA | 单细胞测序分析 | NA | 基因表达数据 | 年轻和年老的果蝇 |
| 22777 | 2024-08-08 |
How Single-Cell Technologies Have Provided New Insights Into Atherosclerosis
2022-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.121.315849
PMID:35109673
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综述 | 本文综述了单细胞技术如何为动脉粥样硬化的细胞组成和功能状态提供新的见解 | 单细胞技术揭示了动脉粥样硬化斑块组织的新细胞异质性，并更好地理解了动脉粥样硬化背景下的不同免疫功能状态 | NA | 探讨单细胞技术在动脉粥样硬化研究中的应用和发现 | 动脉粥样硬化斑块的细胞组成及其在饮食扰动或遗传操作下的响应 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、细胞转录组和表位索引测序、转座酶可及染色质高通量测序、飞行时间流式细胞术 | NA | 转录组、蛋白质组 | NA |
| 22778 | 2024-08-08 |
Mouse genomic and cellular annotations
2022-03, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society
IF:2.7Q2
DOI:10.1007/s00335-021-09936-7
PMID:35124726
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综述 | 本文综述了C57BL/6 J小鼠参考基因组的基因组和细胞注释的不同方面及其对小鼠遗传学研究的相关性 | 介绍了新的测序技术如3D基因组结构和单细胞测序在遗传研究中的应用 | NA | 总结小鼠参考基因组的基因组和细胞注释，并探讨其在小鼠遗传学研究中的相关性 | C57BL/6 J小鼠的基因组和细胞注释 | 基因组学 | NA | 3D基因组结构分析，单细胞测序 | NA | 基因组数据，转录组数据 | NA |
| 22779 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics uncovers an instructive T-cell receptor role in adult γδ T-cell lineage commitment
2022-03-01, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021110023
PMID:35128689
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研究论文 | 本研究利用缺乏LAT表达的小鼠模型，通过单细胞转录组学分析，探讨了γδ T细胞受体在成年γδ T细胞谱系承诺中的指导作用 | 发现即使在缺乏LAT的情况下，部分DN3 γδ细胞仍能进行活跃增殖并进展到DN4阶段，但未能激活与γδ T细胞谱系相关的转录程序，表明γδ TCR-LAT信号轴在未承诺的γδ T细胞谱系状态上构建，以完全指导成年γδ T细胞谱系特异性 | 研究仅限于缺乏LAT表达的小鼠模型，可能无法完全代表所有情况下的γδ T细胞发育 | 确定γδ T细胞受体在γδ T细胞谱系承诺中的作用 | 缺乏LAT表达的小鼠的DN3 γδ细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 0.3%的DN3细胞表达中等水平的γδ TCR，其中25%的LAT缺陷DN3 γδ细胞处于活跃增殖状态 |
| 22780 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing uncovers the individual alteration of intestinal mucosal immunocytes in Dusp6 knockout mice
2022-Feb-18, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2022.103738
PMID:35128351
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了Dusp6敲除小鼠肠道黏膜免疫细胞的个体变化 | 首次通过scRNA-seq技术详细解析了Dusp6敲除小鼠肠道白细胞的个体组成和转录变化 | NA | 探索Dusp6敲除小鼠肠道白细胞的个体组成和转录变化 | Dusp6敲除小鼠的肠道白细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |