单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 22721 - 22740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22721 | 2024-08-08 |
LEARNING GENERAL TRANSFORMATIONS OF DATA FOR OUT-OF-SAMPLE EXTENSIONS
2020-Sep, IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing : [proceedings]. IEEE International Workshop on Machine Learning for Signal Processing
DOI:10.1109/mlsp49062.2020.9231660
PMID:34557339
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研究论文 | 本文提出了一种新的神经网络模型NTNet，用于从数据中隔离出代表转换本身的信号，以便将其应用于新的数据分布 | NTNet能够隔离数据转换信号，并将其应用于训练过程中未见的新数据分布，从而实现数据转换的泛化 | NA | 解决生成模型如GAN在训练过程中无法泛化数据转换到新分布的问题 | NTNet模型在合成和生物医学单细胞RNA测序数据上的应用 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NTNet | 数据 | 超过一打合成和生物医学单细胞RNA测序数据集 |
| 22722 | 2024-08-08 |
Accurate Estimation of Single-Cell Differentiation Potency Based on Network Topology and Gene Ontology Information
2022 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2021.3112951
PMID:34529570
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研究论文 | 本文提出了一种新的中心性度量方法NCG，结合网络拓扑属性和基因本体功能相似性分数来估计单细胞的分化潜能 | NCG度量方法结合了网络拓扑特性和基因功能信息，提高了单细胞分化潜能估计的可靠性和鲁棒性 | NA | 开发一种新的方法来准确估计单细胞的分化潜能 | 单细胞的分化潜能 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因本体信息 | NA |
| 22723 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing profiling of mouse endothelial cells in response to pulmonary arterial hypertension
2022-08-24, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvab296
PMID:34528097
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肺动脉高压条件下内皮细胞的转录组变化 | 揭示了肺动脉高压诱导的内皮细胞转录组变化，并发现了新的潜在治疗靶点 | NA | 旨在以单细胞分辨率表征肺动脉高压中的内皮细胞动态 | 小鼠肺内皮细胞 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 来自内皮细胞系追踪小鼠模型的肺内皮细胞，分别在对照和SU5416/低氧诱导的肺动脉高压条件下 |
| 22724 | 2024-08-08 |
Multiomic Analysis Reveals Comprehensive Tumor Heterogeneity and Distinct Immune Subtypes in Multifocal Intrahepatic Cholangiocarcinoma
2022-05-02, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-1157
PMID:34526363
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研究论文 | 本研究通过多组学分析揭示了多灶性肝内胆管癌的全面肿瘤异质性和独特的免疫亚型 | 首次详细描述了多灶性肝内胆管癌的免疫基因组和表观基因组异质性，并基于此提出了免疫分类方法 | 研究样本量相对较小，且需要进一步的独立队列验证 | 旨在通过多组学分析揭示多灶性肝内胆管癌的免疫基因组和表观基因组异质性，以指导治疗决策 | 多灶性肝内胆管癌的肿瘤异质性和免疫反应 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 全外显子测序、批量和单细胞RNA测序、甲基化微阵列、多重免疫染色 | NA | 基因组数据、转录组数据、表观基因组数据 | 66个肿瘤样本来自16名患者 |
| 22725 | 2024-08-08 |
Network-based analysis revealed significant interactions between risk genes of severe COVID-19 and host genes interacted with SARS-CoV-2 proteins
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab372
PMID:34535795
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研究论文 | 本研究通过开发的用户友好型软件Network Calculator，采用基于网络的方法，揭示了严重COVID-19风险基因与SARS-CoV-2蛋白相互作用的主机基因之间的显著相互作用 | 本研究首次通过网络分析方法，识别了严重COVID-19风险基因与SARS-CoV-2相互作用的主机基因之间的网络关系，并发现了关键基因HNRNPK | NA | 探索严重COVID-19的风险基因是否通过与SARS-CoV-2蛋白相互作用的主机基因相互作用来发挥其调控作用 | 严重COVID-19的风险基因与SARS-CoV-2蛋白相互作用的主机基因 | 生物信息学 | COVID-19 | 网络分析 | NA | RNA-seq数据 | 13个风险基因和28个SARS-CoV-2相互作用的主机基因 |
| 22726 | 2024-08-08 |
Enhancing discoveries of molecular QTL studies with small sample size using summary statistic imputation
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab370
PMID:34545927
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研究论文 | 本文提出了一种名为xQTLImp的计算框架，用于在小样本量的分子QTL研究中填补缺失的分子QTL关联 | xQTLImp框架通过利用已知的关联统计和连锁不平衡（LD）信息，在局部区域和全基因组范围内提高了填补准确性和新QTL的发现能力 | NA | 解决小样本量分子QTL研究中因样本限制和成本导致的分子性状-变异关联缺失问题 | 分子QTL研究中的缺失关联填补 | NA | NA | NA | 多元高斯模型 | 多组学数据 | 小样本量 |
| 22727 | 2024-08-08 |
Identifying transcriptional programs underlying cancer drug response with TraCe-seq
2022-01, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01005-3
PMID:34531539
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研究论文 | 本文开发了一种名为TraCe-seq的方法，通过单细胞RNA测序技术追踪癌细胞克隆对不同治疗的早期适应性转录程序，并评估了下一代双表皮生长因子受体（EGFR）降解剂与标准EGFR激酶抑制剂在EGFR突变肺癌细胞中的效果 | TraCe-seq方法能够以克隆分辨率捕获复杂细胞群体中细胞的起源、命运及对不同治疗的早期适应性转录程序 | NA | 研究预存的转录程序如何影响治疗反应 | EGFR突变肺癌细胞对不同EGFR抑制剂的反应 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 22728 | 2024-08-08 |
Cellular heterogeneity and immune microenvironment revealed by single-cell transcriptome in venous malformation and cavernous venous malformation
2022-01, Journal of molecular and cellular cardiology
IF:4.9Q2
DOI:10.1016/j.yjmcc.2021.09.004
PMID:34536440
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了静脉畸形（VM）和海绵状静脉畸形（CVM）的细胞异质性和免疫微环境 | 首次揭示了VM和CVM在细胞组成和信号通路上的差异，并识别了多种免疫细胞类型及其在疾病发展中的作用 | 研究样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 探究VM和CVM的分子差异及其与疾病发展的关系 | 静脉畸形（VM）和海绵状静脉畸形（CVM）的细胞和免疫微环境 | 数字病理学 | 静脉畸形 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 35,245个细胞，来自两个VM样本和三个CVM样本 |
| 22729 | 2024-08-08 |
Biallelic variants in YRDC cause a developmental disorder with progeroid features
2021-Dec, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-021-02347-3
PMID:34545459
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研究论文 | 本文报道了一个因YRDC基因双等位变异导致的新生儿严重早衰表型的病例，并通过全外显子测序和功能分析揭示了该变异对YRDC功能的影响及其对tRNA修饰和端粒维持的影响。 | 本文首次报道了YRDC基因的双等位变异与发育障碍和早衰特征的关联，并开发了一种新的高灵敏度3-D Q-FISH分析方法来研究YRDC对端粒维持的影响。 | 本文主要基于单一病例的研究，需要更多的病例来验证YRDC变异与早衰表型的普遍性和相关性。 | 研究YRDC基因变异与发育障碍和早衰表型的关联及其分子机制。 | 一个具有严重早衰表型的新生儿及其衍生的成纤维细胞。 | NA | 发育障碍 | 全外显子测序，3-D Q-FISH分析，单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据，转录组数据 | 单一病例 |
| 22730 | 2024-08-08 |
Plant Cell Identity in the Era of Single-Cell Transcriptomics
2021-11-23, Annual review of genetics
IF:8.7Q1
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综述 | 本文综述了高通量单细胞转录组学方法在植物学中的应用，及其对理解植物细胞多样性、分化和功能的影响 | 提供了对植物细胞身份的新见解，包括细胞转换的全新视角和罕见及新型细胞类型的定义 | 指出了当前应用和分析单细胞转录组学在植物中的挑战 | 探讨单细胞转录组学在植物学中的应用及其对植物细胞身份理解的影响 | 植物器官和组织的单细胞转录组分析 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个植物器官和组织 |
| 22731 | 2024-08-08 |
Single-Cell Analyses Reveal Mechanisms of Cancer Stem Cell Maintenance and Epithelial-Mesenchymal Transition in Recurrent Bladder Cancer
2021-11-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-4796
PMID:34526362
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和ATAC-seq技术，分析了13名不同复发风险膀胱癌患者的肿瘤细胞，揭示了膀胱癌复发中癌症干细胞维持和上皮-间质转化的分子机制 | 研究首次在单细胞水平上揭示了EZH2通过H3K27me3介导的NCAM1基因抑制，维持癌症干细胞特性，并阐明了TCF7在膀胱癌上皮-间质转化中的作用 | NA | 揭示膀胱癌复发中癌症干细胞维持和上皮-间质转化的分子机制 | 膀胱癌患者的肿瘤细胞 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序，ATAC-seq | NA | 单细胞数据 | 13名患者，共54,971个单细胞 |
| 22732 | 2024-08-08 |
Functional coordination of non-myocytes plays a key role in adult zebrafish heart regeneration
2021-11-04, EMBO reports
IF:6.5Q1
DOI:10.15252/embr.202152901
PMID:34523214
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研究论文 | 本文通过LIGER算法分析了斑马鱼心脏再生过程中非心肌细胞（non-CMs）的单细胞RNA测序数据，揭示了non-CMs的多样性和功能状态的动态变化 | 首次构建了斑马鱼心脏再生过程中non-CMs的细胞状态图谱，并开发了Topologizer算法来分析功能状态之间的拓扑关系和动态转换 | NA | 探究斑马鱼心脏再生过程中非心肌细胞的分子和细胞基础 | 斑马鱼心脏再生过程中的非心肌细胞 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | LIGER算法, Topologizer算法 | 单细胞RNA测序数据 | 61,977个非心肌细胞样本 |
| 22733 | 2024-08-08 |
Visualization of individual cell division history in complex tissues using iCOUNT
2021-11-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.08.012
PMID:34525348
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研究论文 | 本文开发了一种诱导性细胞分裂计数器（iCOUNT），用于在体外和体内报告人类和小鼠组织的细胞分裂事件，并通过分析神经干细胞/祖细胞（NSPCs）的分裂历史，揭示了干细胞行为的新的见解。 | 开发了iCOUNT工具，能够报告细胞分裂事件，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）识别与细胞分裂历史相关的功能性分子途径。 | NA | 研究干细胞的分裂潜力及其连续增殖的分子后果。 | 神经干细胞/祖细胞（NSPCs）及其后代。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 22734 | 2024-08-08 |
Single-cell analyses of human pancreas: characteristics of two populations of acinar cells in chronic pancreatitis
2021-11-01, American journal of physiology. Gastrointestinal and liver physiology
DOI:10.1152/ajpgi.00482.2020
PMID:34523348
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了慢性胰腺炎患者胰腺组织中的细胞特征，特别是两种独特的腺泡细胞群 | 首次在单细胞水平上研究了慢性胰腺炎患者胰腺腺泡细胞的生理特性，并探讨了这些细胞对激动剂刺激的响应 | 研究样本量较小，仅包括五名患者，可能影响结果的普遍性 | 探讨慢性胰腺炎患者胰腺组织中细胞的特征及其对特定刺激的响应 | 慢性胰腺炎患者的胰腺组织及其中的腺泡细胞 | 数字病理学 | 慢性胰腺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 五名患者 |
| 22735 | 2024-08-08 |
Cell-specific gene association network construction from single-cell RNA sequence
2021-11, Cell cycle (Georgetown, Tex.)
DOI:10.1080/15384101.2021.1978265
PMID:34530677
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研究论文 | 本文利用网络扰动理论和显著性分析，开发了一种细胞特异性网络，该网络基于单细胞分辨率下的分子表达来揭示基因-基因关联 | 本文首次利用单细胞RNA测序数据构建细胞特异性基因关联网络，并通过网络度理论识别枢纽基因 | NA | 开发一种新的方法来构建细胞特异性基因关联网络，并探索其在个性化药物设计和治疗中的应用 | 单细胞RNA测序数据中的基因关联 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 网络扰动理论 | 基因表达数据 | NA |
| 22736 | 2024-08-08 |
Adipose tissue and adipose secretome in systemic sclerosis
2021-11-01, Current opinion in rheumatology
IF:5.2Q1
DOI:10.1097/BOR.0000000000000838
PMID:34534166
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综述 | 本文综述了脂肪组织及其分泌组在系统性硬化症（SSc）病理中的作用，特别关注了脂肪细胞在脂肪向间充质转分化（AMT）中的局部效应，脂肪间质血管部分对SSc发病机制的影响，以及脂肪组织分泌组的系统效应。 | 新发现的从脂肪组织演化而来的成纤维细胞群体，如从脂肪源性间质细胞分化而来的COL11+癌症相关成纤维细胞，以及使用非常规标记物描述的人类肺部脂成纤维细胞，这些发现有助于进一步阐明脂肪细胞在SSc中的作用。 | NA | 探讨脂肪组织及其分泌组在系统性硬化症发病机制中的重要作用。 | 脂肪组织及其分泌组在系统性硬化症中的作用。 | NA | 系统性硬化症 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）和代谢组学 | NA | NA | NA |
| 22737 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis reveals defective decidua stromal niche attributes to recurrent spontaneous abortion
2021-Nov, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13125
PMID:34546587
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了复发性自然流产中母体蜕膜基质微环境的缺陷特征 | 首次揭示了复发性自然流产中蜕膜基质细胞的异常分化和细胞间通讯障碍 | NA | 探讨复发性自然流产中母体蜕膜细胞异质性的作用 | 复发性自然流产患者和健康对照者的蜕膜样本 | 数字病理学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 66,078个单细胞样本 |
| 22738 | 2024-08-08 |
Transcription factor FOXF1 identifies compartmentally distinct mesenchymal cells with a role in lung allograft fibrogenesis
2021-11-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI147343
PMID:34546975
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研究论文 | 本研究展示了转录因子FOXF1在成人肺部特定解剖位置的间质基质细胞群中的保留，并识别出这些表达胶原蛋白的特定亚群细胞在肺同种异体移植重塑和纤维化中的关键作用 | 首次揭示了FOXF1+细胞在肺同种异体移植纤维化中的作用，并阐明了其与Sonic hedgehog信号通路的相互作用 | NA | 研究转录因子FOXF1在肺同种异体移植纤维化中的作用及其分子机制 | 肺部间质基质细胞及其在肺同种异体移植中的作用 | NA | 肺纤维化 | Bulk和单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用Foxf1-tdTomato BAC和Foxf1-tdTomato Col1a1-GFP小鼠模型进行研究 |
| 22739 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Sequencing and Proteomics Reveal Neonatal Ileum Dynamic Developmental Potentials
2021-Oct-26, mSystems
IF:5.0Q1
DOI:10.1128/mSystems.00725-21
PMID:34546071
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序和蛋白质组学分析，揭示了新生期回肠动态发育的潜力 | 发现了先前未知的发育变化，包括未分化细胞的特定增加、独特的肠细胞分化以及分泌细胞的时间依赖性减少 | NA | 探讨新生期小肠发育和成熟过程中的细胞分化和分子相互作用 | 新生期猪回肠的40,186个回肠上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 40,186个回肠上皮细胞 |
| 22740 | 2024-08-08 |
Microfluidic single-cell transcriptomics: moving towards multimodal and spatiotemporal omics
2021-10-12, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d1lc00607j
PMID:34541590
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review | 本文综述了微流控单细胞转录组学的最新进展，重点介绍了其方法学和技术趋势 | 文章讨论了微流控技术在单细胞转录组学中的应用，特别是向多模态和时空组学的转变，以及单细胞空间转录组学和时间转录组学的新进展 | 文章提到了当前微流控单细胞转录组学面临的挑战，包括需要解决的技术问题和未来的发展方向 | 综述微流控单细胞转录组学的方法和技术，探讨其未来发展 | 微流控单细胞转录组学技术及其在生物学中的应用 | digital pathology | NA | 微流控技术 | NA | 转录组数据 | 单细胞 |