单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 28393 篇文献，本页显示第 22581 - 22600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22581 | 2024-08-08 |
Epithelial GPR35 protects from Citrobacter rodentium infection by preserving goblet cells and mucosal barrier integrity
2022-03, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1038/s41385-022-00494-y
PMID:35264769
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研究论文 | 本研究探讨了上皮细胞中的GPR35在维持杯状细胞功能和肠道黏膜屏障完整性中的作用，特别是在抵御Citrobacter rodentium感染中的重要性。 | 首次揭示了上皮细胞中的GPR35在维持杯状细胞功能和肠道黏膜屏障中的关键作用，并通过scRNA-seq分析阐明了其信号传导机制。 | 研究主要在老鼠模型中进行，其结果在人类中的适用性需要进一步验证。 | 探讨GPR35在肠道上皮细胞中的作用及其对杯状细胞功能和肠道健康的影响。 | 上皮细胞中的GPR35及其在杯状细胞功能和肠道微生物群共生中的作用。 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 老鼠模型中的上皮细胞和巨噬细胞 |
| 22582 | 2024-08-08 |
Generation and network analysis of an RNA-seq transcriptional atlas for the rat
2022-Mar, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqac017
PMID:35265836
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研究论文 | 本文通过整合和下载7700个大鼠RNA-seq数据集，生成一个全面的大鼠转录组图谱，并进行基因共表达网络分析 | 该研究揭示了特定组织或细胞类型限制的转录本簇，并发现了与生物过程相关的转录本富集簇，其中一些是这些数据独有的 | NA | 生成一个全面的大鼠转录组图谱，并进行基因共表达网络分析 | 大鼠的转录组数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | 基因共表达网络 | 转录组数据 | 7700个大鼠RNA-seq数据集，涵盖585种大鼠组织和细胞 |
| 22583 | 2024-08-08 |
A copula based topology preserving graph convolution network for clustering of single-cell RNA-seq data
2022-03, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009600
PMID:35271564
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研究论文 | 本文介绍了一种基于copula的拓扑保持图卷积网络（sc-CGconv），用于单细胞RNA-seq数据的聚类 | sc-CGconv能够在较小的样本量下识别同质聚类，能够模拟大量基因的表达共变性，通过copula相关性度量构建细胞-细胞图来保持细胞间的变异性，并在低维空间中提供拓扑保持的细胞嵌入 | NA | 开发一种新的方法用于单细胞RNA-seq数据的聚类 | 单细胞RNA-seq数据 | 机器学习 | NA | 图卷积网络 | CNN | 文本 | 较小样本量 |
| 22584 | 2024-08-08 |
Alevin-fry unlocks rapid, accurate and memory-frugal quantification of single-cell RNA-seq data
2022-03, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-022-01408-3
PMID:35277707
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research paper | 本文介绍了alevin-fry框架，用于快速、准确且节省内存地量化单细胞和单核RNA测序数据 | alevin-fry框架比其他准确量化方法更快且更节省内存，同时改善了其他轻量级工具的内存可扩展性和假阳性表达问题 | NA | 开发新的计算方法以准确高效地量化单细胞和单核RNA测序数据 | 单细胞和单核RNA测序数据 | RNA测序 | NA | RNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA |
| 22585 | 2024-08-08 |
Metastatic Tumor Cell-Specific FABP7 Promotes NSCLC Metastasis via Inhibiting β-Catenin Degradation
2022-02-25, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells11050805
PMID:35269427
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序数据，发现脂肪酸结合蛋白7（FABP7）在转移性非小细胞肺癌（NSCLC）患者的肿瘤细胞中特异性上调，并可能作为不良预后的标志物。实验研究表明，FABP7促进了NSCLC细胞的转移能力，并通过抑制β-catenin的降解来激活Wnt信号通路。 | 本研究首次揭示了FABP7作为转移性肿瘤细胞特异性的促转移基因，并通过FABP7介导的细胞质β-catenin降解障碍，揭示了Wnt信号过度激活的新调控机制。 | NA | 探讨非小细胞肺癌转移的细胞特异性机制和关键分子。 | 非小细胞肺癌（NSCLC）细胞中的脂肪酸结合蛋白7（FABP7）及其对转移能力的影响。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 转移性非小细胞肺癌患者的肿瘤细胞 |
| 22586 | 2024-08-08 |
Quantifying the Epithelial-to-Mesenchymal Transition (EMT) from Bench to Bedside
2022-Feb-23, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers14051138
PMID:35267444
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综述 | 本文综述了上皮-间质转化（EMT）及其逆转过程在乳腺癌和其他实体瘤转移中的重要性，并讨论了将EMT生物学知识从实验室转移到临床的进展 | 文章介绍了多种检测和量化肿瘤中EMT状态的方法，包括免疫荧光染色、流式细胞术、单细胞测序和多重肿瘤映射 | 目前尚未常规进行EMT状态的定义，以确定患者预后或指导临床治疗决策 | 探讨如何将EMT生物学知识从实验室转移到临床，并开发用于检测和测量患者肿瘤中EMT状态的诊断工具 | 上皮-间质转化（EMT）及其在肿瘤进展中的作用 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 免疫荧光染色、流式细胞术、单细胞测序 | NA | 图像 | NA |
| 22587 | 2024-08-08 |
Prognostic Significance and Therapeutic Target of CXC Chemokines in the Microenvironment of Lung Adenocarcinoma
2022, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S352511
PMID:35250303
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研究论文 | 研究分析了CXC趋化因子在肺腺癌微环境中的异常表达及其作为预后标志物和治疗靶点的潜力 | 首次明确了CXC趋化因子家族在肺腺癌中的差异表达模式、预后价值及具体机制 | NA | 探讨CXC趋化因子在肺腺癌中的表达模式及其对患者预后的影响 | CXC趋化因子在肺腺癌微环境中的作用及其作为治疗靶点的可能性 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 转录组表达谱数据分析 | NA | 转录组数据 | 使用了来自TIMER和TCGA的数据，具体样本数量未详细说明 |
| 22588 | 2024-08-08 |
The Dynamic Change of Immune Responses Between Acute and Recurrence Stages of Rodent Malaria Infection
2022, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2022.844975
PMID:35250958
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research paper | 本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了啮齿动物疟疾感染急性期与复发期之间免疫反应的动态变化 | 首次揭示了急性期与复发期疟疾感染中免疫细胞类型和功能的差异，特别是适应性免疫反应与先天免疫反应在控制复发中的互补作用 | NA | 探讨疟疾感染急性期与复发期之间不同的免疫反应机制 | 啮齿动物疟疾感染中的免疫细胞及其功能 | NA | 疟疾 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | RNA | 未明确提及具体样本数量 |
| 22589 | 2024-08-08 |
Increased Expression of Tim-3 Is Associated With Depletion of NKT Cells In SARS-CoV-2 Infection
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.796682
PMID:35250975
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了Tim-3在SARS-CoV-2感染中对NKT细胞消耗的影响及其机制 | 首次揭示了Tim-3表达上调在COVID-19进展阶段导致NKT细胞消耗和功能障碍的新机制 | NA | 探讨SARS-CoV-2感染中NKT细胞消耗的机制及其与疾病严重程度和预后的关系 | COVID-19患者中的NKT细胞和Tim-3表达 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三个大型COVID-19患者队列 |
| 22590 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomics Reveals Peripheral Immune Responses in Anti-Synthetase Syndrome-Associated Interstitial Lung Disease
2022, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2022.804034
PMID:35250976
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析，探讨了抗合成酶综合征相关间质性肺病的外周免疫反应 | 首次使用单细胞RNA测序技术描绘了抗合成酶综合征相关间质性肺病患者外周血单个核细胞的高分辨率细胞景观 | 样本量较小，仅包括5名患者和3名健康对照 | 旨在通过研究外周免疫反应，理解抗合成酶综合征相关间质性肺病的病理机制 | 抗合成酶综合征相关间质性肺病患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 间质性肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 5名抗合成酶综合征相关间质性肺病患者和3名健康对照 |
| 22591 | 2024-08-08 |
Deciphering Cell-Type-Specific Gene Expression Signatures of Cardiac Diseases Through Reconstruction of Bulk Transcriptomes
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.792774
PMID:35252172
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研究论文 | 本研究通过计算重建大量转录组数据，揭示了心脏疾病中细胞类型特异性的基因表达特征 | 利用CIBERSORTx技术对大量转录组数据进行细胞类型特异性的计算重建，揭示了心脏疾病中细胞类型特异性的基因表达特征和信号通路 | 由于技术困难，心脏组织中进行单细胞RNA测序的研究仍然较少 | 揭示心脏疾病中细胞类型特异性的基因表达特征，促进对其病理生理机制的理解 | 心脏疾病中的细胞类型特异性基因表达和信号通路 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | CIBERSORTx | 转录组数据 | 110个样本来自12项研究，涵盖四种常见心脏疾病小鼠模型 |
| 22592 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Reveals the Metabolic and Clinical Features of a Highly Malignant Cell Subpopulation in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.798165
PMID:35252177
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研究论文 | 本研究基于单细胞转录组技术探索了胰腺导管腺癌（PDAC）中高度恶性细胞亚群的代谢和临床特征 | 本研究首次通过单细胞RNA测序数据识别出PDAC中高度恶性的肿瘤细胞亚群，并揭示了其增强的糖酵解代谢特征 | NA | 揭示胰腺导管腺癌中高度恶性细胞亚群的代谢和临床特征 | 胰腺导管腺癌中的高度恶性细胞亚群 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 22593 | 2024-08-08 |
Progress of Single-Cell RNA Sequencing Technology in Myocardial Infarction Research
2022, Frontiers in cardiovascular medicine
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fcvm.2022.768834
PMID:35252379
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序技术在心肌梗死研究中的进展 | 利用单细胞转录组测序技术探索单细胞多样性，全面阐明心肌梗死的自然史和分子机制 | NA | 理解心肌梗死后心脏重塑和修复过程中细胞变化，发现新的潜在治疗靶点 | 心肌梗死后心脏中的心肌细胞、免疫细胞、成纤维细胞、内皮细胞等 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 22594 | 2024-08-08 |
Identification of Significant Modules and Targets of Xian-Lian-Jie-Du Decoction Based on the Analysis of Transcriptomics, Proteomics and Single-Cell Transcriptomics in Colorectal Tumor
2022, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S344861
PMID:35256851
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研究论文 | 本研究通过转录组学、蛋白质组学和单细胞转录组学分析，探讨了仙莲解毒汤在治疗溃疡性结肠炎相关结直肠癌中的作用机制 | 首次通过多组学分析揭示了仙莲解毒汤在抑制结直肠肿瘤发生发展中的具体机制，并识别了关键的mRNA和蛋白质模块以及潜在的治疗靶点 | 研究主要基于AOM/DSS小鼠模型，未来需在临床试验中验证这些发现 | 探讨仙莲解毒汤在治疗溃疡性结肠炎相关结直肠癌中的作用机制 | 仙莲解毒汤及其主要成分对AOM/DSS小鼠模型的影响 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 高通量测序技术 | NA | 转录组学、蛋白质组学和单细胞转录组学数据 | 使用AOM/DSS小鼠模型进行实验 |
| 22595 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Comparison of Bladder Cancer Reveals Its Ecosystem
2022, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2022.818147
PMID:35265520
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了膀胱癌不同临床样本的转录组，揭示了肿瘤生态系统的异质性 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了膀胱癌不同阶段的肿瘤微环境特征，并发现了与疾病进展相关的生物标志物 | 研究样本数量有限，需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性 | 探索膀胱癌的生物学行为及其在不同临床状态下的肿瘤微环境 | 膀胱癌及其相关病理状态的单细胞转录组 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 26,792个细胞转录组来自三个患者的四个不同等级临床样本 |
| 22596 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing of the Nucleus Pulposus Reveals Chondrocyte Differentiation and Regulation in Intervertebral Disc Degeneration
2022, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2022.824771
PMID:35265617
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了椎间盘退变过程中髓核细胞的发育路径和调控机制 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了髓核细胞在椎间盘退变过程中的三种细胞谱系家族和七种软骨细胞亚型，并定义了软骨细胞谱系家族的两个发育路径 | NA | 探索椎间盘退变过程中髓核细胞的发育和调控机制 | 髓核细胞在椎间盘退变中的发育路径和调控机制 | 数字病理学 | 脊柱疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 六个髓核样本，包括正常、轻度退变和重度退变 |
| 22597 | 2024-08-08 |
IL-11 Is Elevated and Drives the Profibrotic Phenotype Transition of Orbital Fibroblasts in Thyroid-Associated Ophthalmopathy
2022, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2022.846106
PMID:35273577
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研究论文 | 本研究探讨了白细胞介素-11（IL-11）在甲状腺相关眼病（TAO）中对眼眶成纤维细胞纤维化表型转变的作用 | 首次揭示了IL-11在TAO患者中的表达模式及其与病理纤维化的机制联系，并证明了IL-11通过诱导肌成纤维细胞分化标记物的表达介导纤维化表型转变 | NA | 研究IL-11在TAO中的表达及其与病理纤维化的关系 | TAO患者的血清和眼眶结缔组织中的IL-11水平及其与疾病活动的关系 | NA | 甲状腺相关眼病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | TAO患者的血清和眼眶结缔组织样本 |
| 22598 | 2024-08-08 |
Spatially Annotated Single Cell Sequencing for Unraveling Intratumor Heterogeneity
2022, Frontiers in bioengineering and biotechnology
IF:4.3Q2
DOI:10.3389/fbioe.2022.829509
PMID:35273957
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研究论文 | 本文介绍了一种基于功能性单细胞测序（FUNseq）技术的新型空间注释单细胞测序方法，用于在单细胞分辨率下空间分析肿瘤细胞，揭示肿瘤内异质性。 | 该方法结合了单细胞RNA测序（scRNA-seq）的深度和空间转录组学方法的空间分布信息，实现了对肿瘤细胞的空间注释和深度特征分析。 | NA | 研究目的是通过空间注释单细胞测序技术揭示肿瘤内异质性的机制。 | 研究对象是肿瘤细胞及其在二维上皮细胞团中的空间分布和行为。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞数据 | 研究中分析了位于2D上皮细胞团不同距离的细胞，具体样本数量未详细说明。 |
| 22599 | 2024-08-08 |
Non-parametric Vignetting Correction for Sparse Spatial Transcriptomics Images
2021 Sep-Oct, Medical image computing and computer-assisted intervention : MICCAI ... International Conference on Medical Image Computing and Computer-Assisted Intervention
DOI:10.1007/978-3-030-87237-3_45
PMID:35274110
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研究论文 | 本文介绍了一种新颖的非参数渐晕校正工具，用于空间转录组图像，通过高效的迭代切片直方图归一化程序估计光照场和背景 | 提出了一种非参数渐晕校正方法，该方法在光照和背景场估计方面优于现有技术，并且需要更少的输入图像进行充分估计 | NA | 开发一种新的渐晕校正工具，以提高空间转录组图像的分析质量 | 空间转录组图像中的渐晕效应 | 数字病理学 | NA | 迭代切片直方图归一化 | NA | 图像 | NA |
| 22600 | 2024-08-05 |
Multisource single-cell data integration by MAW barycenter for Gaussian mixture models
2023-06, Biometrics
IF:1.4Q2
DOI:10.1111/biom.13630
PMID:35220585
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研究论文 | 提出了一种集成多来源单细胞数据聚类结果的新方法 | 通过最小化聚合Wasserstein距离（MAW）来近似Wasserstein度量并计算GMM的重心，克服了现有方法的局限性 | GMM的重心可能不会是一个包含合理数量成分的GMM | 提升多来源单细胞数据的聚类整合效果 | 来自多个来源的单细胞RNA-seq数据集 | 机器学习 | NA | Gaussian mixture models (GMM) | NA | RNA-seq | 多个单细胞RNA-seq数据集 |