单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2241	2025-03-19	MuCST: restoring and integrating heterogeneous morphology images and spatial transcriptomics data with contrastive learning 2025-Mar-13, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01449-1 PMID:40082941	研究论文	本文提出了一种名为MuCST的多模态对比学习方法，用于整合空间转录组学数据，包括去噪、异质性消除和兼容特征学习	MuCST方法通过对比学习整合多模态空间转录组学数据，能够准确识别空间域，并适用于多种数据集平台	NA	开发一种灵活的多模态对比学习方法，用于整合空间转录组学数据，以更好地理解生物机制	空间转录组学数据，包括空间位置、组织学图像和转录组数据	生物信息学	NA	对比学习	MuCST	图像、空间位置数据、转录组数据	NA
2242	2025-03-19	Structure and function relationships of mucociliary clearance in human and rat airways 2025-Mar-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-57667-z PMID:40069153	研究论文	本文研究了人类和老鼠气道中黏液纤毛清除功能的结构与功能关系，揭示了物种间在纤毛和分泌细胞分布及纤毛摆动上的差异，并建立了评估人类气道功能的通用基准	通过结合多种实验和基于物理的建模，建立了评估人类气道功能的通用基准，并揭示了实验室培养物与人类气道在清除效率上的结构差异	研究主要依赖于动物模型和实验室培养物，可能无法完全反映人类气道的复杂性	研究气道结构对黏液纤毛清除功能的影响，并建立评估人类气道功能的基准	人类和老鼠的气道	NA	慢性阻塞性肺疾病（COPD）和哮喘	单细胞转录组学	基于物理的建模	NA	NA
2243	2025-03-19	Myeloid Fatty Acid Metabolism Activates Neighboring Hematopoietic Stem Cells to Promote Heart Failure With Preserved Ejection Fraction 2025-Mar-12, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.124.070248 PMID:40071347	研究论文	本文探讨了心力衰竭伴射血分数保留（HFpEF）中髓系脂肪酸代谢对邻近造血干细胞激活的作用及其对系统性炎症和心脏舒张功能障碍的促进作用	发现了HFpEF患者外周血造血干细胞增多的现象，并揭示了髓系脂肪酸代谢在其中的关键作用	研究主要基于动物模型和体外实验，临床样本的验证仍需进一步研究	研究HFpEF的病理机制，特别是炎症和代谢在其中的作用	HFpEF患者样本和动物模型	心血管疾病	心力衰竭	流式细胞术、单细胞RNA测序、质谱分析、碳标记	高脂饮食和高血压小鼠模型	RNA测序数据、质谱数据	患者样本和动物模型
2244	2025-03-19	Blocking MIF secretion enhances CAR T-cell efficacy against neuroblastoma 2025-Mar-11, European journal of cancer (Oxford, England : 1990) DOI:10.1016/j.ejca.2025.115263 PMID:39908652	研究论文	本研究通过多组学方法识别神经母细胞瘤肿瘤微环境中的免疫抑制因子，并探索通过PROTAC技术靶向MIF以增强CAR T细胞疗效	首次揭示了神经母细胞瘤肿瘤微环境中MIF的关键免疫抑制作用，并利用PROTAC技术成功增强CAR T细胞的活性	研究主要基于体外和体内功能实验，尚未进行大规模临床试验验证	提高CAR T细胞疗法在神经母细胞瘤中的疗效	神经母细胞瘤的肿瘤微环境及CAR T细胞	肿瘤免疫治疗	神经母细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱分析、PROTAC技术	NA	RNA测序数据、质谱数据	24个神经母细胞瘤肿瘤样本
2245	2025-03-19	Single-cell RNA-seq data have prevalent blood contamination but can be rescued by Originator, a computational tool separating single-cell RNA-seq by genetic and contextual information 2025-Mar-11, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-025-03495-9 PMID:40069819	研究论文	本文提出了一种名为Originator的计算工具，用于从单细胞RNA测序数据中分离出血液污染细胞和预期组织驻留细胞	Originator通过遗传和上下文信息分离单细胞RNA测序数据，解决了样本制备过程中普遍存在的血液细胞污染问题	NA	开发一种计算工具，用于从复杂的单细胞RNA测序数据中分离出血液污染细胞和不同遗传来源的细胞	单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	Originator	RNA测序数据	多种人工混合和真实数据集，包括胰腺癌和胎盘样本
2246	2025-03-19	Disturbed Flow Induces Reprogramming of Endothelial Cells to Immune-like and Foam Cells under Hypercholesterolemia during Atherogenesis 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.06.641843 PMID:40093090	研究论文	本研究探讨了在动脉粥样硬化形成过程中，紊乱血流（d-flow）和高胆固醇血症条件下内皮细胞向免疫样细胞和泡沫细胞的重编程	首次验证了d-flow和高胆固醇血症共同作用下内皮细胞向免疫样细胞和泡沫细胞的重编程，并提供了单细胞RNA测序和免疫组化染色证据	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中完全验证	研究动脉粥样硬化形成过程中内皮细胞的重编程机制	小鼠的颈动脉内皮细胞	生物医学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），免疫组化染色	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据	95只小鼠，98,553个单细胞
2247	2025-03-19	Dynamic responses to rejection in the transplanted human heart revealed through spatial transcriptomics 2025-Mar-06, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.28.640852 PMID:40093136	研究论文	本研究利用基于图像的空间转录组学在亚细胞分辨率下对纵向人类心脏活检样本进行分析，以表征62名成人和儿童心脏移植受者在组织学诊断的排斥反应期间和之后的转录异质性	首次在亚细胞分辨率下应用空间转录组学技术，揭示了心脏移植排斥反应期间的转录异质性，并识别了与长期预后相关的基因	研究样本量相对较小（62名受者），且主要依赖于组织学诊断的排斥反应，可能存在诊断变异性的问题	研究心脏移植后排斥反应的分子表型，以分层治疗反应并改善移植后的短期和长期结果	62名成人和儿童心脏移植受者	数字病理学	心血管疾病	空间转录组学	NA	图像	62名心脏移植受者
2248	2025-03-19	TrAGEDy-trajectory alignment of gene expression dynamics 2025-Mar-04, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaf073 PMID:40065693	研究论文	本文介绍了一种名为TrAGEDy的新方法，用于对齐基因表达动态的独立轨迹，避免了容易出错的整合步骤	TrAGEDy方法能够对齐独立轨迹，克服了现有工具在处理不对称对齐时的复杂性，并在模拟和真实数据集中表现优异	NA	开发一种新方法来对齐单细胞转录组测序数据中的基因表达动态轨迹	单细胞转录组测序数据	生物信息学	NA	单细胞转录组测序	NA	基因表达数据	模拟数据集和真实数据集（包括T细胞和Trypanosoma brucei的血液形式）
2249	2025-03-19	The role and mechanism of JAK2 inhibitor in endothelial mesenchymal transition in systemic sclerosis 2025-Mar, Journal of dermatological science IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.jdermsci.2025.02.001 PMID:40023747	研究论文	本文研究了JAK2抑制剂在系统性硬化症（SSc）皮肤内皮间质转化（EndoMT）中的作用及其分子机制	首次探讨了JAK2抑制剂对SSc皮肤EndoMT的潜在治疗效果及其分子机制	研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，尚未在人体中进行验证	探讨JAK2抑制剂对SSc皮肤EndoMT的影响及其分子机制	野生型雌性C57BL/6小鼠和人脐静脉内皮细胞（HUVECs）	生物医学	系统性硬化症	H&E染色、Masson染色、免疫荧光、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、定量RT-PCR、RNA测序、Western blot	NA	图像、RNA测序数据	野生型雌性C57BL/6小鼠和培养的HUVECs
2250	2025-03-19	Identification and Validation of Four Serum Biomarkers With Optimal Diagnostic and Prognostic Potential for Gastric Cancer Based on Machine Learning Algorithms 2025-Mar, Cancer medicine IF:2.9Q2 DOI:10.1002/cam4.70659 PMID:40084401	研究论文	本研究通过机器学习和多种生物信息学分析方法，识别并验证了四种具有最佳诊断和预后潜力的胃癌血清生物标志物	结合LASSO回归和随机森林算法，从TCGA和GEO数据库中识别出18个关键基因，并进一步验证了四种具有临床实用性的生物标志物	研究依赖于公共数据库数据，实验验证样本量可能有限	识别和验证胃癌的诊断和预后生物标志物	胃癌患者血清样本	机器学习	胃癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、RT-PCR、ELISA	LASSO回归、随机森林（RF）	基因表达数据、血清样本数据	TCGA和GEO数据库中的胃癌样本
2251	2025-03-19	Altered Arginine Metabolism Affects Proliferation and Radiosensitivity of Keloids 2025-Mar, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.70077 PMID:40095415	研究论文	本文通过代谢组学、转录组学和单细胞RNA测序数据，研究了瘢痕疙瘩中精氨酸和脯氨酸代谢的改变及其对细胞增殖和放射敏感性的影响	首次通过多组学整合分析揭示了瘢痕疙瘩中精氨酸和脯氨酸代谢的上调，并发现精氨酸剥夺疗法（ADT）可以抑制瘢痕疙瘩来源的成纤维细胞增殖并增强其放射敏感性	研究主要基于体外实验，缺乏体内实验验证	探讨瘢痕疙瘩中细胞代谢与生物学行为之间的关系，以发现新的治疗策略	瘢痕疙瘩及其邻近皮肤组织	代谢组学	瘢痕疙瘩	代谢组学、转录组学、单细胞RNA测序	NA	代谢组数据、转录组数据、单细胞RNA测序数据	瘢痕疙瘩及邻近皮肤组织样本
2252	2025-03-19	Novel therapeutic strategy: Nrf2 activation in targeting senescence-related changes in chronic obstructive pulmonary disease 2025-Feb-28, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-24-710 PMID:40083491	研究论文	本研究探讨了核因子红细胞2相关因子2（Nrf2）激活在靶向衰老相关变化以缓解慢性阻塞性肺疾病（COPD）进展中的治疗潜力	首次提出Nrf2激活作为靶向衰老相关分泌表型（SASP）以缓解COPD进展的治疗策略	研究主要基于体外细胞模型和小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证	探讨Nrf2激活在缓解COPD进展中的治疗潜力	COPD患者的衰老纤毛上皮细胞及COPD小鼠模型	NA	慢性阻塞性肺疾病	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	COPD患者样本及COPD小鼠模型
2253	2025-03-19	Persistent dopamine-dependent remodeling of the neural transcriptome in response to pregnancy and postpartum 2025-Feb-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.20.639313 PMID:40060435	研究论文	本研究通过全脑转录组分析，揭示了怀孕和产后经历对母体大脑神经可塑性的长期影响，特别是背侧海马体在转录重塑中的关键作用	首次将多巴胺确定为怀孕诱导的神经适应的核心调节因子，揭示了女性生殖经历通过转录机制重塑母体大脑以维持长期行为适应的基本机制	研究主要关注背侧海马体，可能忽略了其他脑区在怀孕和产后神经适应中的作用	探讨怀孕和产后经历对母体大脑神经可塑性的分子机制	母体大脑，特别是背侧海马体	神经科学	NA	单细胞RNA测序，化学遗传学	NA	转录组数据	未明确说明样本数量，但涉及母体小鼠及其幼崽
2254	2025-03-19	Laser-capture microdissection for spatial transcriptomics of immunohistochemically detected neurons 2025-Feb, The Journal of biological chemistry IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jbc.2024.108150 PMID:39736395	研究论文	开发了一种名为'IHC/LCM-Seq'的多功能方法，用于对免疫组化检测到的神经元进行空间转录组学研究	使用铝试剂和聚乙烯磺酸作为创新的RNA保存策略，在4%甲醛固定的大脑切片中保持RNA完整性	NA	研究免疫组化检测到的神经元的转录组特征	纹状体胆碱能中间神经元和促性腺激素释放激素（GnRH）神经元	数字病理学	NA	激光捕获显微切割（LCM），RNA-seq	NA	RNA序列数据	成年雄性大鼠和小鼠的GnRH神经元
2255	2025-03-19	Single-cell RNA-Seq data have prevalent blood contamination but can be rescued by Originator, a computational tool separating single-cell RNA-Seq by genetic and contextual information 2025-Jan-13, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.04.588144 PMID:38617220	研究论文	本文提出了一种名为Originator的计算工具，用于从单细胞RNA测序数据中分离出血液污染细胞和预期组织驻留细胞	Originator通过遗传和上下文信息分离单细胞RNA测序数据，解决了样本制备过程中普遍存在的血液细胞污染问题	研究主要依赖于人工混合和真实数据集进行验证，可能在实际应用中存在一定局限性	解决单细胞RNA测序数据中的血液污染问题，确保下游功能分析的准确性	单细胞RNA测序数据	生物信息学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	单细胞RNA测序数据	多种人工混合和真实数据集
2256	2025-03-19	A cell atlas of the human fallopian tube throughout the menstrual cycle and menopause 2025-Jan-03, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-55440-2 PMID:39753552	研究论文	本文通过单细胞RNA和ATAC测序技术，构建了人类输卵管在月经周期和更年期期间的全面细胞图谱	首次在单细胞水平上揭示了输卵管在月经周期和更年期期间的分子变化，包括细胞类型频率、基因表达、转录因子活性和细胞间通讯的显著变化	研究主要关注健康人类输卵管，未涉及疾病状态下的输卵管变化	研究人类输卵管在月经周期和更年期期间的分子变化	健康人类输卵管细胞	单细胞组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞ATAC测序	NA	单细胞RNA和ATAC测序数据	85,107个更年期前和46,111个更年期后输卵管细胞
2257	2025-03-19	Molecular Mechanisms of Ischemia/Reperfusion Injury and Graft Dysfunction in Liver Transplantation: Insights from Multi-Omics Studies in Rodent Animal Models 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.109449 PMID:40083684	review	本文综述了啮齿动物缺血再灌注损伤和肝移植模型在多组学研究中的应用，探讨了移植损伤和免疫排斥的分子机制及治疗策略	整合多组学数据和单细胞RNA测序等先进技术，扩展了对肝移植病理生理过程的理解	需要跨物种验证以提高治疗潜力，未来需结合单细胞、空间组学技术和机器学习算法进一步研究	探讨肝移植中缺血再灌注损伤和移植功能障碍的分子机制，并评估治疗方法的疗效	啮齿动物模型	生物医学	肝移植	单细胞RNA测序、多组学技术	NA	多组学数据	啮齿动物模型
2258	2025-03-19	YBX1/CD36 positive feedback loop-mediated lipid accumulation drives metabolic dysfunction-associated steatotic liver disease 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.105798 PMID:40083711	研究论文	本研究探讨了YBX1在代谢功能障碍相关脂肪性肝病（MASLD）中的作用及其机制	揭示了YBX1/CD36正反馈环路在肝脏脂质积累中的作用，为MASLD治疗提供了新的潜在靶点	研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步在人体中验证	研究MASLD的机制及YBX1在其中的作用	小鼠模型、人类肝脏样本、原代肝细胞	代谢疾病研究	代谢功能障碍相关脂肪性肝病	单细胞测序、透射电子显微镜、生物学和组织学分析	小鼠模型	基因表达数据、组织样本	小鼠模型和人类肝脏样本
2259	2025-03-19	Contact Cooling-Induced ELOVL4 Enhances Skin Wound Healing by Promoting the Inflammation-to-Proliferation Phase Transition 2025, International journal of biological sciences IF:8.2Q1 DOI:10.7150/ijbs.107871 PMID:40083712	研究论文	本文探讨了适宜温度通过诱导ELOVL4表达促进皮肤伤口愈合的机制	揭示了接触冷却通过上调ELOVL4表达促进伤口愈合的新机制，并识别了DHA和EPA作为ELOVL4的关键产物在调控炎症反应中的作用	研究主要基于皮肤损伤和皮肤类器官模型，未涉及人体临床试验	研究适宜温度如何通过调控ELOVL4表达促进皮肤伤口愈合	皮肤伤口愈合过程	生物医学	皮肤损伤	bulk-和单细胞RNA测序、空间转录组分析、功能扰动实验	NA	RNA测序数据、空间转录组数据	NA
2260	2025-03-19	NSUN2-mediated m5C modification drives alternative splicing reprogramming and promotes multidrug resistance in anaplastic thyroid cancer through the NSUN2/SRSF6/UAP1 signaling axis 2025, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.104713 PMID:40083919	研究论文	本文探讨了NSUN2介导的m5C修饰在未分化甲状腺癌（ATC）中的多药耐药性（MDR）中的作用及其机制	揭示了NSUN2通过调控SRSF6 mRNA的m5C修饰，诱导选择性剪接重编程，进而影响UAP1基因的剪接形式，从而增强ABC转运蛋白的N-连接糖基化，防止其通过泛素化介导的降解，最终促进ATC的多药耐药性	研究主要基于体外实验和动物模型，尚未在临床患者中进行验证	阐明NSUN2在ATC多药耐药性中的生物学机制，并探索新的治疗靶点	未分化甲状腺癌（ATC）	癌症生物学	甲状腺癌	RNA测序（RNA-seq）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、MeRIP-seq、流式细胞术、IC实验、糖蛋白染色、去泛素化IP、核质分离、PCR	NSUN2敲除的ATC小鼠模型	RNA测序数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据	ATC样本的批量RNA测序和单细胞RNA测序数据