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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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2241 | 2025-10-06 |
Functional genomics of the human epididymis: Further characterization of efferent ducts and model systems by single-cell RNA sequencing analysis
2024-Jul, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.13477
PMID:37301539
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术分析人类附睾输出管细胞组成并与体外培养模型进行比较 | 首次在单细胞水平上揭示人类附睾输出管的细胞类型组成,并发现具有膀胱和尿路上皮标记基因的特殊上皮细胞亚群 | 样本来源有限,组织获取困难 | 阐明人类附睾输出管的细胞身份特征及其与附睾头部的差异 | 人类附睾组织、原代人类附睾上皮细胞和类器官培养模型 | 单细胞基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类附睾组织样本及体外培养模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Genomics Chromium平台 |
2242 | 2025-10-06 |
Impending HCC diagnosis in patients with cirrhosis after HCV cure features a natural killer cell signature
2024-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000804
PMID:38381525
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研究论文 | 本研究通过分析自然杀伤细胞特征,识别HCV治愈后肝硬化患者发生肝细胞癌的早期指标 | 首次发现TIM-3hi和CD38+在NK细胞上的持续共表达可作为HCV相关HCC发展的早期预测标志物 | 研究样本量有限,仅针对HCV相关肝硬化患者,需要更大规模验证 | 探索HCV治愈后肝硬化患者发生肝细胞癌的自然杀伤细胞特征 | HCV感染后肝硬化患者(发展为HCC和未发展为HCC两组)及健康对照 | 免疫学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序,功能分析实验 | NA | 单细胞测序数据,流式细胞术数据 | 8个队列覆盖HCC发展全过程 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2243 | 2025-10-06 |
Oleic acid-PPARγ-FABP4 loop fuels cholangiocarcinoma colonization in lymph node metastases microenvironment
2024-07-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000784
PMID:38377465
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研究论文 | 本研究揭示了油酸-PPARγ-FABP4正反馈环路在促进胆管癌淋巴结转移微环境定植中的作用机制 | 首次发现淋巴结转移中胆管癌细胞的脂代谢重编程特征,并鉴定出油酸-PPARγ-FABP4正反馈环路的关键调控作用 | NA | 探究胆管癌在淋巴结微环境中定植的代谢重编程机制 | 胆管癌患者的原发肿瘤病灶和配对淋巴结转移灶 | 单细胞测序分析 | 胆管癌 | 单细胞RNA测序,代谢组学,CRISPR/Cas9筛选 | NA | 单细胞转录组数据,代谢组数据 | 胆管癌患者的原发灶和淋巴结转移灶样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
2244 | 2024-08-07 |
Alveolar macrophage-CD8 T cell interactions after acute lung allograft dysfunction: Insights from single-cell RNA sequencing
2024-07, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation
DOI:10.1016/j.healun.2024.03.003
PMID:38490571
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
2245 | 2025-10-06 |
Unveiling the hidden role of disulfidptosis in kidney renal clear cell carcinoma: a prognostic signature for personalized treatment
2024-06, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-023-01933-2
PMID:38296888
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研究论文 | 本研究构建了一个基于二硫化物死亡相关基因的肾透明细胞癌预后特征模型,用于个性化治疗 | 首次在肾透明细胞癌中系统研究二硫化物死亡的作用,并开发了包含四个基因的预后特征模型 | 需要进一步验证模型在更广泛人群中的适用性 | 探索二硫化物死亡在肾透明细胞癌中的作用并建立预后预测模型 | 肾透明细胞癌患者 | 生物信息学 | 肾癌 | 单细胞测序, 空间转录组学, RT-qPCR, 免疫组化 | 机器学习, 生存模型 | 基因表达数据, 临床数据 | 发现队列和外部验证队列的肾透明细胞癌患者 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
2246 | 2025-10-06 |
Amelioration of NAFLD by sleeve gastrectomy-triggered hepatocyte regeneration in mice - experimental research
2024-Jun-01, International journal of surgery (London, England)
DOI:10.1097/JS9.0000000000001387
PMID:38573134
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研究论文 | 本研究探讨了袖状胃切除术通过触发肝细胞再生改善非酒精性脂肪肝病的机制 | 首次发现袖状胃切除术通过Yes1蛋白而非YAP信号通路增强肝脏再生能力 | 研究仅在饮食诱导肥胖小鼠模型中进行,尚未在人类中验证 | 阐明袖状胃切除术改善非酒精性脂肪肝病的作用机制 | 饮食诱导肥胖小鼠模型 | NA | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞RNA测序,实时定量逆转录PCR,Olink蛋白质组学 | NA | 基因表达数据,蛋白质组数据,组织图像 | 饮食诱导肥胖小鼠 | NA | 单细胞RNA测序,蛋白质组学 | NA | NA |
2247 | 2025-10-06 |
Single-cell dissection of the multicellular ecosystem and molecular features underlying microvascular invasion in HCC
2024-06-01, Hepatology (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/HEP.0000000000000673
PMID:37972953
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了肝细胞癌中微血管侵袭相关的多细胞生态系统和分子特征 | 首次在单细胞水平系统解析了HCC中MVI形成的肿瘤微环境特征,发现了TRM2+巨噬细胞与恶性细胞之间以midkine为主导的相互作用机制 | 样本量相对有限(10例患者),需要在更大队列中验证发现 | 探究肝细胞癌中微血管侵袭的细胞和分子机制 | 肝细胞癌患者肿瘤组织 | 数字病理 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序,空间转录组学,多重免疫荧光 | NA | 单细胞转录组数据,空间转录组数据,免疫荧光图像 | 10例患者样本,46,789个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq,空间转录组学 | NA | NA |
2248 | 2025-10-06 |
A novel mitochondrial unfolded protein response-related risk signature to predict prognosis, immunotherapy and sorafenib sensitivity in hepatocellular carcinoma
2024-06, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-024-01945-6
PMID:38493408
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研究论文 | 基于线粒体未折叠蛋白反应相关基因构建肝细胞癌预后预测模型 | 首次利用线粒体未折叠蛋白反应相关基因构建肝细胞癌预后特征模型 | NA | 建立预测肝细胞癌患者预后、免疫细胞浸润、免疫治疗和化疗反应的生物标志物 | 肝细胞癌患者 | 生物信息学 | 肝细胞癌 | 转录组分析, Cox回归, LASSO回归, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序, 空间转录组分析 | 风险评分模型 | 基因表达数据, 临床数据 | 来自TCGA和ICGC数据库的肝细胞癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组 | NA | NA |
2249 | 2025-10-06 |
Transcriptomic and Proteomic Characterization of the Immune Response to Elective Spinal Reconstructive Surgery: Impact of Aging and Comparison with Traumatic Injury Response
2024-May-01, Journal of the American College of Surgeons
IF:3.8Q1
DOI:10.1097/XCS.0000000000000922
PMID:38095316
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研究论文 | 本研究通过转录组学和蛋白质组学方法,比较了择期脊柱重建手术与创伤性损伤的免疫反应差异,并分析了年龄对免疫反应的影响 | 首次系统比较择期大手术与多发伤患者的免疫反应时序和细胞特征差异,揭示年龄对手术免疫反应的特异性影响 | 样本量较小(老年组5例,年轻组6例,创伤组8例),可能影响统计效力 | 探究择期脊柱重建手术与创伤性损伤的免疫应激反应差异及年龄因素的影响 | 接受择期脊柱重建手术的患者(分为老年组和年轻组)和匹配的创伤患者 | 免疫学 | 脊柱疾病 | 转录组测序,蛋白质组分析,单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据,蛋白质组数据,单细胞数据 | 19例患者(手术组11例,创伤组8例) | SomaLogic, O-link | 单细胞RNA测序,蛋白质组分析 | NA | 双平台蛋白质组分析(SomaLogic和O-link),细胞转录组和表位测序索引 |
2250 | 2025-10-06 |
Specific photoreceptor cell fate pathways are differentially altered in NR2E3-associated diseases
2024-05, Neurobiology of disease
IF:5.1Q1
DOI:10.1016/j.nbd.2024.106463
PMID:38485095
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析NR2E3基因突变对视网膜光感受器细胞命运分化的影响 | 发现了一种先前未报道的锥细胞通路,可产生同时表达锥细胞和视杆细胞相关基因的杂交锥细胞 | 研究仅使用小鼠模型,未直接验证人类患者样本 | 解析NR2E3基因在视杆细胞和锥细胞转录网络中的精确功能 | 野生型和两种不同Nr2e3突变小鼠模型的视网膜组织 | 单细胞基因组学 | 视网膜营养不良 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 野生型和两种Nr2e3突变小鼠模型的视网膜样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2251 | 2025-10-06 |
MAPPING ALZHEIMER'S DISEASE PSEUDO-PROGRESSION WITH MULTIMODAL BIOMARKER TRAJECTORY EMBEDDINGS
2024-May, Proceedings. IEEE International Symposium on Biomedical Imaging
DOI:10.1109/isbi56570.2024.10635249
PMID:39371469
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研究论文 | 本研究提出了一种利用多模态生物标志物轨迹嵌入来映射阿尔茨海默病伪进展的新方法 | 将单细胞转录组学领域的PHATE和Slingshot机器学习方法应用于神经退行性疾病的多模态生物标志物数据分析 | 研究依赖于ADNI数据集,可能需要更多样化的数据验证方法的普适性 | 开发更精确的阿尔茨海默病进展建模和早期诊断方法 | 阿尔茨海默病患者的纵向多模态生物标志物数据 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | PHATE, Slingshot, 轨迹嵌入 | PHATE, Slingshot | 医学影像, 多模态生物标志物数据 | ADNI数据集中的多个疾病阶段个体 | NA | NA | NA | NA |
2252 | 2025-10-06 |
Single-molecule RNA-FISH analysis reveals stochasticity in reactivation of latent HIV-1 regulated by Nuclear Orphan Receptors NR4A and cMYC
2024-Apr-19, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-4166090/v1
PMID:38699331
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研究论文 | 通过单分子RNA-FISH技术研究HIV-1潜伏病毒再激活的随机性及其受核孤儿受体NR4A和cMYC调控的机制 | 首次使用单分子RNA-FISH技术揭示HIV-1前病毒再激活具有细胞间高度变异的随机性特征,并发现cMYC和NR4A3作为调控该过程的外在因子 | 研究主要基于细胞系和有限的原代CD4 T细胞样本,需要更大规模的临床验证 | 研究HIV-1潜伏病毒再激活的机制及其调控因素 | HIV-1潜伏感染的细胞系和艾滋病病毒抑制患者的原代CD4 T细胞 | 分子生物学 | 艾滋病 | 单分子RNA-FISH, FISH-Quant分析, 单细胞RNA-seq | NA | 图像数据, 基因表达数据 | 细胞系和原代CD4 T细胞(具体数量未明确说明) | NA | 单分子RNA-FISH, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2253 | 2025-10-06 |
Redox signalling regulates breast cancer metastasis via phenotypic and metabolic reprogramming due to p63 activation by HIF1α
2024-04, British journal of cancer
IF:6.4Q1
DOI:10.1038/s41416-023-02522-5
PMID:38238426
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学揭示氧化还原信号通过HIF1α激活p63调控乳腺癌转移的表型和代谢重编程机制 | 首次发现GPx2敲低通过HIF1α-p63轴驱动混合上皮-间质转化状态,揭示其在原发灶和转移灶中不同的代谢适应性 | 研究基于PyMT乳腺肿瘤模型,结果在人类乳腺癌中的普适性需要进一步验证 | 阐明氧化还原信号调控乳腺癌转移的细胞亚群和转录调控机制 | PyMT乳腺肿瘤模型中的肿瘤细胞亚群及其肺转移灶 | 单细胞转录组学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序,伪时间轨迹分析 | NA | 单细胞转录组数据 | PyMT/GPx2 KD原发肿瘤及配对肺转移灶样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2254 | 2025-10-06 |
Revealing the role of necroptosis microenvironment: FCGBP + tumor-associated macrophages drive primary liver cancer differentiation towards cHCC-CCA or iCCA
2024-04, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-023-01908-3
PMID:38017206
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析,揭示了FCGBP+肿瘤相关巨噬细胞通过调控坏死性凋亡微环境驱动原发性肝癌向cHCC-CCA或iCCA分化的机制 | 首次识别FCGBP+SPP1+肿瘤相关巨噬细胞是调控坏死性凋亡微环境的关键细胞,并发现S100A6在癌前细胞向iCCA和cHCC-CCA进展中的重要作用 | 样本量较小(34个单细胞样本和3个空间转录组样本),主要基于生物信息学分析,实验验证相对有限 | 探究坏死性凋亡微环境在原发性肝癌分化中的作用机制 | 原发性肝癌患者组织样本,包括HCC、iCCA和cHCC-CCA | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 免疫荧光, 免疫组织化学 | Seurat, monocle2, AUCell, geneSwitches, SpaCET, CellChat | 单细胞RNA测序数据, 空间转录组数据, 图像数据 | 34个单细胞样本(4例HCC患者和3例iCCA患者),3个空间转录组样本(各1例HCC、iCCA和cHCC-CCA) | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
2255 | 2025-10-06 |
Apoptosis-related prognostic biomarkers and potential targets for acute kidney injury based on machine learning algorithm and in vivo experiments
2024-04, Apoptosis : an international journal on programmed cell death
IF:6.1Q1
DOI:10.1007/s10495-023-01896-4
PMID:37789227
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研究论文 | 本研究通过机器学习算法和体内实验识别了三个与细胞凋亡相关的急性肾损伤诊断生物标志物 | 首次结合WGCNA、差异表达分析和机器学习算法鉴定出CBFB、EGF和COL1A1三个核心凋亡相关基因作为AKI诊断标志物,并构建了诊断模型 | 研究样本来源和数量未明确说明,诊断模型需要在更大临床样本中进一步验证 | 开发急性肾损伤的精确诊断生物标志物和治疗方法 | 急性肾损伤患者和AKI小鼠模型 | 机器学习 | 急性肾损伤 | 单细胞RNA测序,加权基因共表达网络分析,差异表达分析,逻辑回归分析,CIBERSORT免疫浸润分析 | 逻辑回归,ROC曲线分析 | 基因表达数据,单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2256 | 2025-10-06 |
Recent advances in differential expression analysis for single-cell RNA-seq and spatially resolved transcriptomic studies
2024-03-20, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad011
PMID:37022699
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综述 | 本文系统综述了单细胞RNA测序和空间转录组学数据中差异表达分析的最新进展与挑战 | 首次针对多条件、多样本实验设计下的scRNA-seq和SRT数据差异表达分析工具进行系统性梳理,并提供方法选择与开发指导 | 未进行实证方法比较,主要提供理论框架和综述性指导 | 探讨单细胞和空间转录组数据中差异表达分析的特殊挑战与发展方向 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间解析转录组学(SRT)数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
2257 | 2025-10-06 |
An improved hierarchical variational autoencoder for cell-cell communication estimation using single-cell RNA-seq data
2024-03-20, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elac056
PMID:36752035
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研究论文 | 提出一种改进的层次变分自编码器模型,利用单细胞RNA-seq数据自动估计细胞间通讯 | 结合层次变分自编码器和传递熵方法,无需依赖先验知识即可自动推断细胞间通讯关系 | 仅在人皮肤疾病和黑色素瘤数据集上进行了验证,需要更多数据集验证通用性 | 开发新方法准确估计肿瘤微环境中的细胞间通讯 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间通讯关系 | 生物信息学 | 皮肤疾病, 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | 层次变分自编码器(HiVAE) | 基因表达数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
2258 | 2025-10-06 |
Single-cell RNA-seq data clustering by deep information fusion
2024-03-20, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad017
PMID:37208992
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研究论文 | 提出一种基于深度信息融合的单细胞RNA-seq数据聚类方法scDeepFC | 通过深度信息融合网络同时利用基因属性信息和细胞拓扑结构,结合ZINB模型处理dropout事件 | NA | 解决单细胞转录组数据聚类和插补的计算挑战 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA-seq | 深度自编码器, 图卷积网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
2259 | 2025-10-06 |
Integrating single-cell RNA sequencing data to genome-wide association analysis data identifies significant cell types in influenza A virus infection and COVID-19
2024-03-20, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elad025
PMID:37340787
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研究论文 | 通过整合单细胞RNA测序数据和全基因组关联分析数据,识别与甲型流感病毒感染和COVID-19相关的显著细胞类型 | 首次将流感GWAS数据与scRNA-seq数据整合分析,识别不同人群中的疾病相关细胞类型 | 需要更多后续研究的关注和验证 | 揭示与流感疾病相关的细胞类型,为理解发病机制提供线索 | 甲型流感病毒和COVID-19 | 生物信息学 | 呼吸道传染病 | 单细胞RNA测序, 全基因组关联分析 | RolyPoly, LDSC-cts | 基因组数据, 单细胞转录组数据 | 约70,000个细胞 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
2260 | 2025-10-06 |
Molecular Signatures of Glomerular Neovascularization in a Patient with Diabetic Kidney Disease
2024-Feb-01, Clinical journal of the American Society of Nephrology : CJASN
IF:8.5Q1
DOI:10.2215/CJN.0000000000000276
PMID:37533147
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研究论文 | 通过空间转录组学技术分析糖尿病肾病患者肾活检样本中肾小球新生血管的分子特征 | 首次使用三维免疫荧光成像和空间转录组学揭示糖尿病肾病中肾小球周围新生血管的分子特征,突破了传统病理学评估的局限 | 仅基于单个病例分析,样本量有限,需要更大规模研究验证 | 探索糖尿病肾病中肾小球新生血管的分子机制 | 66岁女性糖尿病肾病患者 | 数字病理学 | 糖尿病肾病 | 空间转录组学,三维免疫荧光成像 | NA | 基因表达数据,影像数据 | 1例患者肾活检样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |