单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27864 篇文献，本页显示第 22521 - 22540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22521 | 2024-08-08 |
scDIOR: single cell RNA-seq data IO software
2022-Jan-06, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04528-3
PMID:34991457
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research paper | 本文介绍了一种名为scDIOR的软件，用于在R和Python平台之间进行单细胞RNA-seq数据转换 | scDIOR通过HDF5格式实现了跨平台的数据转换，支持多种数据类型，并能在IDE或命令行界面中使用少量代码进行快速操作 | NA | 开发一种高效且用户友好的软件，用于解决R和Python平台间单细胞组学数据转换的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA-seq和空间解析转录组学数据 | NA |
| 22522 | 2024-08-08 |
Integrating pathway knowledge with deep neural networks to reduce the dimensionality in single-cell RNA-seq data
2022-Jan-03, BioData mining
IF:4.0Q1
DOI:10.1186/s13040-021-00285-4
PMID:34980200
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研究论文 | 本文提出了一种结合通路知识的深度神经网络，用于降低单细胞RNA测序数据的维度，并提高结果的可解释性 | 将通路知识与深度神经网络结合，提供了一种生物学上有意义的单细胞RNA测序数据表示方法 | NA | 旨在通过结合通路知识和深度神经网络，提高单细胞RNA测序数据分析的可解释性和准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 基因表达数据 | 数千个人类和小鼠细胞 |
| 22523 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals a pro-invasive cancer-associated fibroblast subgroup associated with poor clinical outcomes in patients with gastric cancer
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.60540
PMID:34976204
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了胃癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）亚群及其在肿瘤微环境中的动态交流 | 发现了四种具有不同特性的CAF亚群，并揭示了它们与肿瘤微环境中免疫细胞亚群的相互作用 | NA | 深入理解胃癌中CAF亚群的分类、功能、激活阶段和空间分布，以推动针对CAFs的转化研究 | 胃癌中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 8对胃癌和邻近黏膜样本 |
| 22524 | 2024-08-08 |
Antigen presentation and interferon signatures in B cells driven by localized ablative cancer immunotherapy correlate with extended survival
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.65773
PMID:34976205
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研究论文 | 研究通过结合光热疗法和免疫刺激剂N-二氢半乳糖基壳聚糖的局部消融免疫疗法，探讨了B细胞在肿瘤微环境中的转录变化及其与乳腺癌患者生存期的关联。 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析了局部消融免疫疗法对B细胞的激活作用，并发现了与延长生存期相关的免疫反应和抗原呈递基因表达模式。 | 研究主要在鼠模型中进行，需要进一步的人体临床试验来验证结果。 | 探讨局部消融免疫疗法对B细胞激活的影响及其在乳腺癌治疗中的潜在应用。 | B细胞在肿瘤微环境中的转录变化及其与乳腺癌患者生存期的关联。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 鼠模型中的B细胞 |
| 22525 | 2024-08-08 |
Mitochondrial STAT3 exacerbates LPS-induced sepsis by driving CPT1a-mediated fatty acid oxidation
2022, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.63751
PMID:34976224
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研究论文 | 研究揭示了线粒体STAT3通过诱导CPT1a稳定化介导的脂肪酸氧化在LPS诱导的脓毒症中的作用 | 首次发现线粒体STAT3在巨噬细胞中通过调节CPT1a的稳定性和脂肪酸氧化加剧LPS诱导的脓毒症 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类中进行验证 | 探讨线粒体STAT3在LPS诱导的脓毒症中的功能及其机制 | 线粒体STAT3在巨噬细胞中的作用及其对脂肪酸氧化的影响 | NA | 脓毒症 | 流式细胞术, 免疫荧光染色, 代谢分析, 单细胞RNA测序, 微阵列分析, 质谱分析, ChIP实验 | NA | RNA, 蛋白质 | 诱导性线粒体STAT3敲入小鼠模型 |
| 22526 | 2024-08-08 |
Advancement of Single-Cell Sequencing in Medulloblastoma
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1952-0_7
PMID:34978689
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研究论文 | 本文介绍了单细胞测序技术在脑癌中的应用及其进展 | 单细胞测序技术从手动方法发展到自动化，为肿瘤学领域提供了新的见解 | NA | 探讨单细胞测序技术在脑癌研究中的应用 | 单细胞测序技术及其在脑癌中的应用 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞测序 | NA | 基因组、转录组和多组学数据 | 小规模和商业平台 |
| 22527 | 2024-08-08 |
Correction: SDImpute: A statistical block imputation method based on cell-level and gene-level information for dropouts in single-cell RNA-seq data
2022-Jan, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009770
PMID:34986151
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correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22528 | 2024-08-08 |
Role of synovial fibroblast subsets across synovial pathotypes in rheumatoid arthritis: a deconvolution analysis
2022-01, RMD open
IF:5.1Q1
DOI:10.1136/rmdopen-2021-001949
PMID:34987094
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研究论文 | 本研究通过整合已发表的单细胞RNA测序数据和未发表的内部数据，评估了不同滑膜成纤维细胞亚群对早期未治疗关节炎中滑膜病理类型的贡献及其与临床特征的关系 | 本研究揭示了滑膜病理类型与滑膜成纤维细胞亚型之间的先前未探索的关联，为个性化治疗提供了新的见解 | NA | 评估滑膜成纤维细胞亚群在早期未治疗关节炎中对滑膜病理类型的贡献及其与临床特征的关系 | 滑膜成纤维细胞亚群及其在不同滑膜病理类型中的分布和作用 | 数字病理学 | 风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 87名早期未治疗关节炎患者 |
| 22529 | 2024-08-08 |
Decoding gene regulation in the fly brain
2022-01, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-04262-z
PMID:34987221
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研究论文 | 本文通过单细胞染色质可及性分析和单细胞转录组数据整合，研究了果蝇大脑中细胞类型水平的基因调控网络 | 本文利用DeepFlyBrain揭示了增强子结构，为理解神经元调控多样性提供了新的视角，并可用于设计特定时间点的细胞类型的遗传驱动线 | NA | 研究果蝇大脑中细胞类型水平的基因调控网络 | 果蝇大脑中的神经元和胶质细胞类型及其基因调控网络 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组分析，三维形态分类，电子显微镜连接组映射 | DeepFlyBrain | 单细胞染色质可及性数据，单细胞转录组数据 | 240,919个单细胞，跨越9个发育时间点 |
| 22530 | 2024-08-08 |
CRISPRi links COVID-19 GWAS loci to LZTFL1 and RAVER1
2022-Jan, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2021.103806
PMID:34998241
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研究论文 | 本研究利用CRISPRi技术分析了与COVID-19疾病严重程度相关的基因组位点对LZTFL1和RAVER1基因表达的影响 | 首次通过CRISPRi技术验证了COVID-19 GWAS位点对LZTFL1和RAVER1基因表达的调控作用 | 研究主要集中在肺上皮细胞，可能无法完全代表所有受影响的细胞类型 | 确定与COVID-19疾病严重程度相关的遗传变异如何影响邻近基因的表达 | COVID-19疾病严重程度相关的遗传变异及其对LZTFL1和RAVER1基因表达的影响 | 基因组学 | COVID-19 | CRISPRi | NA | RNA-seq | 涉及人类和猴子的肺单核/细胞样本 |
| 22531 | 2024-08-08 |
Landscape of cancer-associated fibroblasts identifies the secreted biglycan as a protumor and immunosuppressive factor in triple-negative breast cancer
2022, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2021.2020984
PMID:35003899
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研究论文 | 研究癌症相关成纤维细胞（CAFs）在三阴性乳腺癌（TNBC）中的作用，并鉴定出分泌型蛋白biglycan作为促肿瘤和免疫抑制因子 | 首次在TNBC中详细探讨了CAFs与肿瘤细胞及免疫细胞的相互作用，并发现了biglycan作为新的促肿瘤和免疫抑制因子 | 研究主要集中在CAFs和biglycan的作用，对其他潜在的免疫调节因子的探索有限 | 探讨CAFs在TNBC中的作用及潜在的介导因子 | 癌症相关成纤维细胞（CAFs）、三阴性乳腺癌（TNBC）、biglycan蛋白 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA测序、质谱分析 | NA | RNA、细胞培养介质 | 包括来自正常和肿瘤样本的初级成纤维细胞，以及TNBC队列中的CAFs |
| 22532 | 2024-08-08 |
Differential analysis of binarized single-cell RNA sequencing data captures biological variation
2021-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqab118
PMID:34988441
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研究论文 | 本文提出使用二值化表达谱来识别单细胞RNA测序数据中的生物变异效应 | 采用二值化表达数据来更准确地表示生物变异，并揭示转录本的相对丰度 | NA | 识别单细胞RNA测序数据中的生物变异 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 16个公开可用和模拟的数据集 |
| 22533 | 2024-08-08 |
Cross-Tissue Characterization of Heterogeneities of Mesenchymal Stem Cells and Their Differentiation Potentials
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.781021
PMID:34977025
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序数据分析了来自四种组织的间充质干细胞（MSCs）的异质性及其分化潜能 | 首次在单细胞水平上比较了不同组织来源的MSCs，并识别了其亚群及其在不同诱导分化过程中的基因和转录因子 | NA | 优化MSCs在再生医学和自身免疫疾病治疗中的临床应用 | 间充质干细胞（MSCs）及其在不同组织中的异质性和分化潜能 | 再生医学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 来自脐带、骨髓、滑膜组织和脂肪组织的MSCs样本 |
| 22534 | 2024-08-08 |
Midkine Prevents Calcification of Aortic Valve Interstitial Cells via Intercellular Crosstalk
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.794058
PMID:34977035
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序分析描述了主动脉瓣细胞的综合转录组景观和细胞间相互作用，并探讨了midkine通过细胞间对话防止主动脉瓣间质细胞钙化的机制 | 首次揭示了midkine通过MK途径与激活的主动脉瓣间质细胞和补体激活的主动脉瓣间质细胞相互作用，抑制钙化的机制 | NA | 阐明钙化主动脉瓣疾病进展的机制并开发治疗靶点 | 主动脉瓣间质细胞的钙化 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 22535 | 2024-08-08 |
A Single-Cell Transcriptome Atlas of the Human Retinal Pigment Epithelium
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.802457
PMID:34977041
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，对来自三个供体的9,302个人类视网膜色素上皮细胞进行了转录组图谱分析 | 首次报道了人类视网膜色素上皮细胞的多样性，并识别出两个具有显著基因表达模式和功能差异的亚群 | NA | 揭示人类视网膜色素上皮细胞的转录组特征，为理解视网膜生物学和疾病提供关键信息 | 人类视网膜色素上皮细胞 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 9,302个细胞，来自三个供体 |
| 22536 | 2024-08-08 |
Role of Calcium Signaling Pathway-Related Gene Regulatory Networks in Ischemic Stroke Based on Multiple WGCNA and Single-Cell Analysis
2021, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2021/8060477
PMID:34987704
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研究论文 | 本研究旨在通过多重加权基因共表达网络分析（WGCNA）和单细胞分析，探讨缺血性中风（IS）后相关通路的变化及基因表达的差异表达。 | 本研究首次结合多重WGCNA和单细胞分析，揭示了钙信号通路相关基因和转录因子在缺血性中风中的关键作用。 | NA | 探讨缺血性中风后相关通路的变化及基因表达的差异表达。 | 缺血性中风样本的转录组表达数据和脑血管组织的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据。 | 数字病理学 | 中风 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | WGCNA | 基因表达数据 | 40个样本的微阵列表达谱 |
| 22537 | 2024-08-08 |
Heterogeneous Pancreatic Stellate Cells Are Powerful Contributors to the Malignant Progression of Pancreatic Cancer
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.783617
PMID:34988078
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研究论文 | 研究探讨了胰腺星状细胞（PSC）在胰腺癌恶性进展中的作用及其亚型对肿瘤发展和治疗抵抗的影响 | 利用单细胞测序技术分析了PSC的群体异质性，并揭示了两种功能互补且可逆的PSC亚型与肿瘤发展的关系 | NA | 深入理解PSC的分化及其在胰腺癌治疗中的作用 | 胰腺星状细胞及其在胰腺癌中的作用 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 具体样本数量未提及 |
| 22538 | 2024-08-08 |
CTLA4-Mediated Immunosuppression in Glioblastoma is Associated with the Infiltration of Macrophages in the Tumor Microenvironment
2021, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S341981
PMID:34992419
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研究论文 | 本研究探讨了CTLA4在胶质母细胞瘤（GBM）中的免疫抑制作用及其与肿瘤微环境中巨噬细胞浸润的关系 | 开发了一个预测模型来计算每个GBM病例的风险评分，并发现CTLA4表达与巨噬细胞在GBM肿瘤微环境中的浸润水平和功能正相关 | CTLA4抑制剂在GBM中的临床效果有限 | 全面评估CTLA4在GBM中的作用 | CTLA4在GBM中的免疫抑制作用及其与肿瘤微环境中巨噬细胞浸润的关系 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | 预测模型 | 组织样本 | 471例GBM病例 |
| 22539 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals CXCLs Enriched Fibroblasts Within Odontogenic Keratocysts
2021, Journal of inflammation research
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JIR.S342951
PMID:34992422
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了牙源性角化囊肿中的细胞亚群，特别是与血管生成相关的细胞亚群，并探讨了血管生成的潜在调控机制 | 首次揭示了CXCLs富集的成纤维细胞在牙源性角化囊肿中的重要作用，并发现静水压力可以部分调控这些细胞的CXCL12分泌 | 研究样本仅来自3名捐赠者，可能影响结果的普遍性 | 定义牙源性角化囊肿的细胞亚群，特别是与血管生成相关的细胞亚群，并探索血管生成的潜在调控机制 | 牙源性角化囊肿中的细胞亚群及其与血管生成的关系 | 数字病理学 | 口腔疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 14,072个细胞来自3名捐赠者 |
| 22540 | 2024-08-08 |
Prognostic Significance of NLR About NETosis and Lymphocytes Perturbations in Localized Renal Cell Carcinoma With Tumor Thrombus
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.771545
PMID:34993135
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研究论文 | 本文探讨了中性粒细胞与淋巴细胞比率（NLR）在伴有肿瘤血栓的局部肾细胞癌中的预后意义，特别是与NETosis和淋巴细胞扰动的关系。 | 首次证明了中性粒细胞相关的NETosis和系统性淋巴细胞扰动在伴有肿瘤血栓的局部肾细胞癌患者中的肿瘤进展作用，并指出NLR≥4是一个独立的预后风险因素。 | NA | 研究NLR在伴有肿瘤血栓的非转移性肾细胞癌中的预后意义，特别是与NETosis和淋巴细胞扰动的关系。 | 214名接受手术治疗的伴有肿瘤血栓的肾细胞癌患者。 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | RNA测序, TCR测序, 单细胞RNA测序 | NA | 临床数据, 基因表达数据 | 214名患者 |