单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 22461 - 22480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22461 | 2024-08-08 |
Epithelial-to-Mesenchymal Transition-Derived Heterogeneity in Head and Neck Squamous Cell Carcinomas
2021-Oct-26, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13215355
PMID:34771518
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综述 | 本文综述了头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中由上皮间质转化（EMT）引起的异质性及其对治疗反应的影响 | 通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）揭示了与细胞周期、细胞应激、缺氧、上皮分化及部分上皮间质转化（pEMT）相关的RNA表达特征，这些特征与不良临床特征相关 | NA | 探讨HNSCC中分子异质性的机制及其对治疗反应的影响 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的上皮间质转化（EMT）及其相关分子特征 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | NA |
| 22462 | 2024-08-08 |
Inferring gene regulation dynamics from static snapshots of gene expression variability
2021-Oct, Physical review. E
DOI:10.1103/PhysRevE.104.044406
PMID:34781497
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研究论文 | 本文展示了如何利用基因表达变异性的静态群体快照来严格推断基因表达动力学的特性 | 本文提出了一种利用荧光蛋白不同成熟时间的双报告实验方法，将实验缺陷转化为分析特征，并推导出检测基因调控网络中闭环反馈调控存在的相关条件 | NA | 从单细胞测序或流式细胞术实验获得的细胞异质性数据中推断基因调控动力学 | 基因调控网络中的功能关系和基因表达动力学 | 系统生物学 | NA | 单细胞测序，流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 22463 | 2024-08-08 |
Application of single-cell RNA sequencing technology in liver diseases: a narrative review
2021-Oct, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm-21-4824
PMID:34790804
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在肝脏疾病中的应用 | 单细胞RNA测序技术为健康和疾病肝脏提供了许多新的见解，有助于揭示肝脏发育、再生和疾病的分子机制 | NA | 总结单细胞转录组测序技术在肝脏疾病中的应用，并探讨其挑战和未来应用潜力 | 肝脏疾病 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | NA |
| 22464 | 2024-08-08 |
Fast and memory-efficient scRNA-seq k-means clustering with various distances
2021-Aug, ACM-BCB ... ... : the ... ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine. ACM Conference on Bioinformatics, Computational Biology and Biomedicine
DOI:10.1145/3459930.3469523
PMID:34778889
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研究论文 | 本文介绍了一种新的方法和开源库minicore，用于高效地对单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据进行k-means聚类 | minicore库引入了向量化的加权水库抽样算法，能够快速找到初始的k-means++中心，并支持多种距离度量，如欧几里得距离、Jensen-Shannon散度、Kullback-Leibler散度和Bhattachaiyya距离 | NA | 开发一种快速且内存高效的scRNA-seq数据k-means聚类方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | k-means聚类 | 基因表达矩阵 | 400万细胞 |
| 22465 | 2024-08-08 |
Single-Cell Sequencing Reveals the Novel Role of Ezh2 in NK Cell Maturation and Function
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.724276
PMID:34764950
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索Ezh2在NK细胞成熟和功能中的新作用 | 发现Ezh2通过激活AP-1家族基因表达在NK细胞发育中起关键作用，并揭示了Ezh2-AP-1-Klrg1轴在改变NK细胞成熟轨迹和细胞毒性中的新角色 | NA | 探索Ezh2在NK细胞成熟过程中的作用 | NK细胞的成熟和功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及六个不同阶段的NK细胞 |
| 22466 | 2024-08-08 |
GeneMarkeR: A Database and User Interface for scRNA-seq Marker Genes
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.763431
PMID:34764987
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research paper | 本文介绍了一个名为GeneMarkeR的数据库和用户界面，用于scRNA-seq标记基因的检索 | GeneMarkeR采用了一种新算法，能够跨物种、方法和样本类型检索显示细胞类型特异性的标记基因，并支持在线提交和更新 | NA | 开发一个标准化的数据库和用户界面，以支持scRNA-seq分析中的细胞类型识别 | scRNA-seq标记基因 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | text | 261,000行标准化标记基因结果，来自25项研究，涉及21,012个独特的基因组实体和99种独特的细胞类型 |
| 22467 | 2024-08-08 |
6-Phosphogluconolactonase Promotes Hepatocellular Carcinogenesis by Activating Pentose Phosphate Pathway
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.753196
PMID:34765603
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研究论文 | 本研究通过分析肝细胞癌患者和健康个体的肝细胞单细胞测序数据，发现6-磷酸葡萄糖酸内酯酶（PGLS）与未分化型肝细胞癌亚型相关，并揭示了PGLS通过激活戊糖磷酸途径促进肝细胞癌发生发展的机制。 | 首次揭示PGLS在肝细胞癌中的作用及其通过调节戊糖磷酸途径影响癌细胞代谢的机制。 | NA | 探讨6-磷酸葡萄糖酸内酯酶在肝细胞癌中的作用及其机制。 | 肝细胞癌（HCC）细胞及其代谢途径。 | NA | 肝细胞癌 | 单细胞测序 | NA | 测序数据 | 肝细胞癌患者和健康个体的肝细胞 |
| 22468 | 2024-08-08 |
Plasma Gradient of Soluble Urokinase-Type Plasminogen Activator Receptor Is Linked to Pathogenic Plasma Proteome and Immune Transcriptome and Stratifies Outcomes in Severe COVID-19
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.738093
PMID:34777349
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研究论文 | 研究探讨了可溶性尿激酶型纤溶酶原激活物受体（suPAR）在严重COVID-19患者中的水平及其与疾病结果的关系 | 首次报道了suPAR在严重COVID-19患者中的高水平与特定的血浆蛋白质组和免疫转录组相关，并能有效预测患者死亡率 | 研究基于印度COVID-19患者群体，结果的普遍性可能受限 | 研究suPAR在严重COVID-19患者中的作用及其对疾病结果的影响 | 严重COVID-19患者，特别是伴有急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的患者 | 数字病理学 | COVID-19 | 流式细胞术、下一代测序、基于质谱的蛋白质组学 | NA | 血浆样本、单细胞RNA测序数据 | 印度COVID-19患者群体 |
| 22469 | 2024-08-08 |
Maximizing the Utility of Transcriptomics Data in Inflammatory Skin Diseases
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.761890
PMID:34777377
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综述 | 本文综述了转录组学数据在炎症性皮肤病中的应用，并讨论了如何最大化这些数据以推动诊断生物标志物和治疗靶点的发展 | 介绍了单细胞RNA测序和空间转录组学在揭示炎症性皮肤病潜在转化靶点中的应用 | NA | 阐明典型炎症性皮肤病的分子因素，并推动诊断和治疗策略的改进 | 炎症性皮肤病，如银屑病和特应性皮炎 | 转录组学 | 炎症性皮肤病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 22470 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA Sequencing Reveals Heterogeneity of Cultured Bovine Satellite Cells
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.742077
PMID:34777469
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了牛卫星细胞的组成，揭示了其异质性 | 首次使用单细胞RNA测序技术深入分析牛卫星细胞的基因表达谱，揭示了不同细胞群的转录状态和肌源性状态的差异 | 研究中仍有六个细胞群的身份无法确定 | 了解牛骨骼肌组成的遗传和生理机制，以提高牛骨骼肌生长效率或质量 | 牛卫星细胞及其在骨骼肌发育和生长中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 从2周龄雄性小牛中分离的卫星细胞，共19,096个单细胞 |
| 22471 | 2024-08-08 |
Comprehensive Analysis of N6-Methyladenosine RNA Methylation Regulators Expression Identify Distinct Molecular Subtypes of Myocardial Infarction
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.756483
PMID:34778266
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研究论文 | 本研究通过分析N6-甲基腺苷（m6A）修饰调控因子的表达水平，确定了心肌梗死（MI）的不同分子亚型，并探讨了这些亚型在基因表达和信号通路中的差异。 | 首次通过全面分析m6A调控因子的表达，揭示了心肌梗死的三种分子亚型，并发现了与这些亚型相关的关键基因和信号通路。 | 研究主要基于数据库和生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认这些发现。 | 探讨m6A修饰在心肌梗死中的作用，并识别可能的生物标志物用于心肌梗死的治疗和诊断。 | 心肌梗死患者的心脏组织和m6A调控因子的表达。 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 全基因组关联研究数据分析、单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了GSE5406数据库中的数据，具体样本数量未详细说明。 |
| 22472 | 2024-08-08 |
Kdm6a deficiency restricted to mouse hematopoietic cells causes an age- and sex-dependent myelodysplastic syndrome-like phenotype
2021, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0255706
PMID:34780480
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研究论文 | 研究Kdm6a基因在造血细胞中的缺失如何导致与年龄和性别相关的骨髓增生异常综合征样表型 | 首次展示了Kdm6a基因在造血干细胞和祖细胞中的缺失会导致性别特异性的骨髓增生异常综合征样表型，并随着年龄增长而出现 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未完全阐明KDM6A基因在人类急性髓系白血病中的作用 | 探讨Kdm6a基因在正常造血和急性髓系白血病发病机制中的作用 | Kdm6a基因缺失的小鼠造血干细胞和祖细胞 | 数字病理学 | 血液疾病 | ChIP-seq, ATAC-seq, scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | Kdm6a-WT和Kdm6a-KO小鼠 |
| 22473 | 2024-08-08 |
Immune infiltration and prognostic and diagnostic use of LGALS4 in colon adenocarcinoma and bladder urothelial carcinoma
2021, American journal of translational research
IF:1.7Q4
PMID:34786063
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研究论文 | 本研究分析了免疫相关基因在结肠腺癌（COAD）中的预后和诊断特征，并发现LGALS4基因在COAD和膀胱尿路上皮癌（BLCA）中的下调现象 | 识别了LGALS4作为多种癌症类型的预后和诊断标志物，并揭示了一系列新的候选药物靶点和分子标志物 | NA | 评估免疫相关基因在结肠腺癌中的预后和诊断价值 | 结肠腺癌（COAD）和膀胱尿路上皮癌（BLCA）中的免疫相关基因 | 数字病理学 | 结肠癌 | TIMER（肿瘤免疫评估资源）解卷积方法 | NA | 基因表达谱 | 17个COAD和健康样本的基因表达谱 |
| 22474 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptomic Analysis of Ecosystems in Papillary Thyroid Carcinoma Progression
2021, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2021.729565
PMID:34790166
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术分析了乳头状甲状腺癌（PTC）进展中的生态系统 | 首次详细描述了PTC生态系统中的细胞组成和相互作用，特别是在原发肿瘤和淋巴结转移中的差异 | 研究仅基于单一患者样本，可能限制了结果的普遍性 | 深入理解乳头状甲状腺癌的生物学特性，为个性化治疗提供依据 | 乳头状甲状腺癌的原发肿瘤、淋巴结转移和癌旁组织 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞转录组测序（Sc-RNA seq） | NA | 转录组数据 | 11,805个细胞转录组 |
| 22475 | 2024-08-08 |
Profiling chromatin regulatory landscape: insights into the development of ChIP-seq and ATAC-seq
2020, Molecular biomedicine
IF:6.3Q1
DOI:10.1186/s43556-020-00009-w
PMID:34765994
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综述 | 本文综述了染色质调控景观的研究进展，特别是ChIP-seq和ATAC-seq技术的发展及其在科学研究中的应用 | 介绍了从低通量到高通量、从批量样本到单细胞层面的表观基因组测序技术的演变 | NA | 探讨表观基因组测序技术的发展及其在科学研究中的应用 | 染色质调控景观及其在疾病过程和胚胎发育中的作用 | NA | NA | ChIP-seq, ATAC-seq | NA | 序列数据 | NA |
| 22476 | 2024-08-08 |
scCDG: A Method Based on DAE and GCN for scRNA-Seq Data Analysis
2022 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2021.3126641
PMID:34752401
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研究论文 | 本文介绍了一种基于去噪自编码器和图卷积网络的单细胞RNA测序数据分析方法scCDG | 提出了一种新的方法scCDG，结合去噪自编码器和图卷积网络，有效处理单细胞RNA测序数据中的大量噪声 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据的细胞类型识别和聚类分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | DAE, GCN | RNA测序数据 | 七个真实单细胞RNA测序数据集 |
| 22477 | 2024-08-08 |
CXCL13 is expressed in a subpopulation of neuroendocrine cells in the murine trachea and lung
2022-Oct, Cell and tissue research
IF:3.2Q3
DOI:10.1007/s00441-021-03552-2
PMID:34762185
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研究论文 | 本文研究了小鼠气管和肺中神经内分泌细胞亚群中CXCL13的表达情况 | 首次鉴定了在小鼠气管上皮中的孤立神经内分泌细胞中CXCL13的高表达，并指出了这些细胞在支气管相关淋巴组织形成和B细胞稳态中的潜在免疫调节作用 | NA | 评估CXCL13在神经内分泌细胞中的表达，并探讨其在免疫调节中的作用 | 小鼠气管和肺中的神经内分泌细胞 | 数字病理学 | 小细胞肺癌 | RT-PCR, 免疫组化, 免疫电子显微镜, 单细胞RNA测序 | NA | mRNA序列数据 | 小鼠气管上皮细胞中的神经内分泌细胞（约70% CXCL13）和肺内支气管上皮细胞中的神经内分泌细胞（<10% CXCL13） |
| 22478 | 2024-08-08 |
Aging weakens Th17 cell pathogenicity and ameliorates experimental autoimmune uveitis in mice
2022-06, Protein & cell
IF:13.6Q1
DOI:10.1007/s13238-021-00882-3
PMID:34748200
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了老年和年轻小鼠的颈部引流淋巴结（CDLNs）在实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）中的免疫细胞图谱，发现老年小鼠的EAU症状较轻，且Th17细胞的致病性减弱。 | 首次详细描述了衰老对淋巴结及其相关自身免疫疾病的影响，并揭示了衰老通过下调Th17细胞的IL-23R表达和GM-CSF分泌来减轻EAU症状的机制。 | NA | 探讨衰老对免疫系统及实验性自身免疫性葡萄膜炎的影响。 | 老年和年轻小鼠的颈部引流淋巴结（CDLNs）及其在实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）中的免疫细胞变化。 | 免疫学 | 自身免疫性疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术 | NA | 细胞 | 老年和年轻小鼠的颈部引流淋巴结（CDLNs）样本 |
| 22479 | 2024-08-08 |
Hif-1a suppresses ROS-induced proliferation of cardiac fibroblasts following myocardial infarction
2022-02-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.10.009
PMID:34762860
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研究论文 | 研究报告了心脏成纤维细胞（CFs）和间充质前体细胞在心肌梗死后表现出更高的缺氧状态，表达更多的缺氧诱导因子1α（HIF-1α），并具有增强的糖酵解代谢。 | 通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）展示了CF特异性删除Hif-1a后的影响，并发现线粒体靶向抗氧化剂MitoTEMPO能挽救Hif-1a突变体的表型。 | NA | 探讨HIF-1α在心肌梗死后心脏成纤维细胞中的作用及其对线粒体活性氧（ROS）的调控机制。 | 心脏成纤维细胞（CFs）和间充质前体细胞。 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 涉及心肌梗死后的心脏成纤维细胞和间充质前体细胞，具体样本数量未详细说明。 |
| 22480 | 2024-08-08 |
SPICA: Swiss portal for immune cell analysis
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab1055
PMID:34747477
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research paper | SPICA是一个专注于探索和分析免疫细胞单细胞RNA-seq数据的网络资源 | SPICA与其他单细胞数据库不同，它托管了经过精心策划的、特定细胞类型的参考图谱，这些图谱以高分辨率描述免疫细胞状态，并分析了在这些图谱背景下发表的单细胞数据 | NA | 开发一个用于免疫细胞单细胞转录组数据探索和分析的网络资源 | 免疫细胞的单细胞RNA-seq数据 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | NA |