单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 22421 - 22440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22421 | 2024-08-08 |
Fibromine is a multi-omics database and mining tool for target discovery in pulmonary fibrosis
2021-11-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-01069-w
PMID:34741074
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研究论文 | 本文介绍了Fibromine数据库及其挖掘工具，用于肺纤维化中的靶点发现 | Fibromine是一个集成数据库和探索环境，包含重新分析和手动整理的转录组和蛋白质组肺纤维化数据集，提供动态数据探索和实时集成功能 | NA | 旨在通过比较分析和挖掘公开的肺纤维化相关数据集，验证和创建新的研究假设 | 肺纤维化的治疗靶点 | 数字病理学 | 肺纤维化 | scRNA-seq | NA | 转录组和蛋白质组数据 | 涵盖广泛的实验设计和患者及动物模型 |
| 22422 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq of out-of-thaw mesenchymal stromal cells shows tissue-of-origin differences and inter-donor cell-cycle variations
2021-11-04, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-021-02627-9
PMID:34736534
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了来自不同组织来源的人间充质基质细胞（hMSCs）在解冻后的转录组特征和组织特异性差异 | 首次揭示了解冻后人源间充质基质细胞的单细胞转录组景观及其组织特异性差异，并发现了与免疫调节和细胞周期状态相关的差异表达基因 | 研究仅限于从健康供体获得的hMSCs，且样本量相对较小 | 探讨解冻后人源间充质基质细胞的单细胞转录组特征及其组织特异性差异 | 来自骨髓和脐带组织的人源间充质基质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 13个hMSC样本来自10名健康供体 |
| 22423 | 2024-08-08 |
Construction and external validation of a 5-gene random forest model to diagnose non-obstructive azoospermia based on the single-cell RNA sequencing of testicular tissue
2021-11-04, Aging
DOI:10.18632/aging.203675
PMID:34738918
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研究论文 | 本文基于单细胞RNA测序数据构建并验证了一个用于诊断非阻塞性无精症的5基因随机森林模型 | 开发了一种新的基因标记，并基于单细胞RNA测序分析进行了外部验证，为揭示非阻塞性无精症的潜在机制提供了新的生物标志物 | NA | 开发和验证一种新的诊断非阻塞性无精症的基因模型 | 非阻塞性无精症和阻塞性无精症的诊断 | 数字病理学 | 男性不育症 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 随机森林 (RF) | 单细胞RNA测序数据 | 432个睾丸细胞样本，58个训练集样本，20个外部验证集样本，20个阻塞性无精症和20个非阻塞性无精症的精液和睾丸活检样本 |
| 22424 | 2024-08-08 |
Single-cell spatial transcriptomics
2021-11, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-021-00778-8
PMID:34750575
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22425 | 2024-08-08 |
Temporal controls over inter-areal cortical projection neuron fate diversity
2021-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-04048-3
PMID:34754107
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研究论文 | 本文通过结合MAPseq和单细胞RNA测序技术，研究了小鼠新皮层中单个ICPN的连接组和转录组，揭示了不同类型ICPN在分子和功能分化上的时间差异 | 首次将连接组和转录组数据结合，揭示了ICPN在分子和功能分化上的时间差异，并发现SOX11转录因子在不同类型ICPN中的差异表达 | 仅限于小鼠新皮层中的ICPN研究，未涉及其他物种或其他脑区 | 探究新皮层中ICPN的分子和功能分化机制 | 小鼠新皮层中的ICPN | 神经科学 | NA | MAPseq, 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠新皮层中的单个ICPN |
| 22426 | 2024-08-08 |
A conserved expression signature predicts growth rate and reveals cell & lineage-specific differences
2021-11, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009582
PMID:34762642
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研究论文 | 研究通过RNA测序分析快速和慢速增殖的同源细胞，发现了一种进化上保守的与增殖相关的转录组特征，并揭示了细胞类型和谱系特异性的差异 | 识别了一种在所有真核生物中保守的与增殖相关的转录组特征，并能准确预测酵母和癌细胞的生长速率 | 研究主要集中在小鼠胚胎干细胞和成纤维细胞，可能需要进一步验证在其他细胞类型中的适用性 | 探究快速和慢速增殖细胞之间的差异，并识别与增殖相关的转录组特征 | 小鼠胚胎干细胞和成纤维细胞的快速和慢速增殖亚群 | 基因组学 | NA | RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠胚胎干细胞和成纤维细胞的快速和慢速增殖亚群 |
| 22427 | 2024-08-08 |
Combined Mechanical and Enzymatic Dissociation of Mouse Brain Hippocampal Tissue
2021-10-21, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/63007
PMID:34747412
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research paper | 本文介绍了一种结合机械和酶解的神经解离协议，用于优化小鼠海马组织处理，以便进行详细的下游分析如流式细胞术或单细胞测序 | 该方法通过结合自动化机械解离和酶解消化，能够持续产生高存活率（>90%）的单细胞悬液，克服了传统方法中获取高存活率单细胞悬液的困难 | 部分步骤需要手动操作，这可能增加样本处理和潜在的细胞损失 | 优化小鼠海马组织的解离过程，以便进行下游的单细胞分析 | 小鼠海马组织 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞悬液 | 小量神经组织 |
| 22428 | 2024-08-08 |
Discovery and construction of prognostic model for clear cell renal cell carcinoma based on single-cell and bulk transcriptome analysis
2021-Sep, Translational andrology and urology
IF:1.9Q3
DOI:10.21037/tau-21-581
PMID:34733651
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研究论文 | 本研究基于单细胞和批量转录组分析，发现并构建了透明细胞肾细胞癌的预后模型 | 本研究整合了单细胞和批量转录组数据，发现了两种具有不同生物学特性的透明细胞肾细胞癌亚型及两个潜在的生物标志物，并构建了一个新的预后模型 | NA | 发现透明细胞肾细胞癌的新生物标志物并构建预后模型 | 透明细胞肾细胞癌 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 5,933个细胞 |
| 22429 | 2024-08-08 |
Identification of the distinctive role of DPT in dilated cardiomyopathy: a study based on bulk and single-cell transcriptomic analysis
2021-Sep, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm-21-2913
PMID:34733953
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞转录组分析，识别了DPT在扩张型心肌病中的独特作用 | 首次揭示了DPT在扩张型心肌病中的关键作用，并提出了DPT+成纤维细胞作为心脏重塑过程的新调节因子 | NA | 旨在通过批量和单细胞转录组分析，寻找扩张型心肌病中的潜在关键基因和调节因子 | 扩张型心肌病中的关键基因和调节因子 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 转录组分析 | LASSO回归, SVM-RFE, PPI网络 | 转录组数据 | 使用了三个微阵列数据集（GSE57338, GSE42955, GSE79962）和一个验证数据集（GSE116250），以及两个单细胞RNA测序数据集（GSE109816和GSE121893） |
| 22430 | 2024-08-08 |
Identification and Validation of a Malignant Cell Subset Marker-Based Polygenic Risk Score in Stomach Adenocarcinoma Through Integrated Analysis of Bulk and Single-Cell RNA Sequencing Data
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.720649
PMID:34733840
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研究论文 | 本研究旨在基于恶性细胞标记物的表达，构建胃腺癌（STAD）患者不良生存的多元风险评分（PRS） | 通过综合分析批量和单细胞RNA测序数据，揭示了胃腺癌中有限的但显著的肿瘤内异质性，并提出了一种基于恶性细胞亚群标记物的PRS | NA | 构建并验证基于恶性细胞标记物的多元风险评分，以预测胃腺癌患者的预后 | 胃腺癌患者的恶性细胞标记物及其预后影响 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | Cox回归分析 | RNA测序数据 | 涉及胃腺癌和正常胃组织的批量和单细胞RNA测序数据，以及两个独立的外部验证数据集 |
| 22431 | 2024-08-08 |
Integrated Single-Cell Bioinformatics Analysis Reveals Intrinsic and Extrinsic Biological Characteristics of Hematopoietic Stem Cell Aging
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.745786
PMID:34737765
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研究论文 | 本研究通过整合三个独立的造血干细胞（HSC）单细胞转录组数据集，揭示了HSC衰老的内在和外在生物学特征 | 首次识别出Stat3和Ifngr1作为偏向凋亡和炎症的衰老HSC的标志物，并发现Skp2诱导的信号通路在衰老HSC中加速G1期过渡 | NA | 阐明造血干细胞衰老的生物学特征及其潜在的标志物和治疗靶点 | 造血干细胞（HSC）的衰老机制 | 干细胞研究 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 三个独立的HSC单细胞转录组数据集 |
| 22432 | 2024-08-08 |
Discussion of "Exponential-family Embedding with Application to Cell Developmental Trajectories for Single-cell RNA-seq Data"
2021, Journal of the American Statistical Association
IF:3.0Q1
DOI:10.1080/01621459.2021.1880920
PMID:34744216
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comments | 本文讨论了指数族奇异值分解（eSVD）在单细胞RNA-seq数据中细胞发育轨迹应用的新方法及其面临的挑战 | eSVD提供了一个灵活的降维框架，能够处理单参数指数族分布并已证明其一致性 | 本文讨论了eSVD及其他类似方法在未来需要解决的多个开放问题和挑战 | 探讨eSVD及其类似方法的潜力和未来研究方向 | eSVD方法及其在数据分析中的应用 | NA | NA | 指数族奇异值分解（eSVD） | NA | 单细胞RNA-seq数据 | NA |
| 22433 | 2024-08-08 |
Meta-Analysis Reveals Transcription Factor Upregulation in Cells of Injured Mouse Sciatic Nerve
2021, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2021.688243
PMID:34744629
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meta-analysis | 本研究通过分析四个微阵列数据集和一个批量mRNA测序数据集，识别并验证了在小鼠坐骨神经损伤后远端神经节中至少两倍上调的55个转录因子 | 首次系统地分析了小鼠坐骨神经损伤后远端神经节中转录因子的上调情况，并通过单细胞RNA测序数据进行了验证 | NA | 旨在理解关键转录因子在外周神经再生中的功能，并为未来研究设计提供实验依据 | 小鼠坐骨神经损伤后的转录因子上调情况 | NA | NA | 微阵列数据分析，mRNA测序，单细胞RNA测序 | NA | mRNA | 涉及四个微阵列数据集和一个批量mRNA测序数据集，以及单细胞RNA测序数据集 |
| 22434 | 2024-08-08 |
A Dynamic Transcriptome Map of Different Tissue Microenvironment Cells Identified During Gastric Cancer Development Using Single-Cell RNA Sequencing
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.728169
PMID:34745098
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，生成了胃癌发展过程中不同组织微环境细胞的动态转录图谱 | 本研究首次揭示了组织微环境细胞在胃癌发展过程中的关键转变标志物和动态致癌轨迹 | NA | 揭示胃癌发展过程中组织微环境细胞的关键病理机制 | 胃癌发展过程中的组织微环境细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 22435 | 2024-08-08 |
Ductal Macrophages Predominate in the Immune Landscape of the Lactating Mammary Gland
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.754661
PMID:34745127
|
研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序、流式细胞术和三维共聚焦显微镜技术，研究了哺乳期小鼠乳腺组织的免疫景观，发现巨噬细胞在免疫细胞中占主导地位，并可分为至少两种亚型：导管和基质巨噬细胞 | 首次精确描述了哺乳期乳腺组织的免疫组成，特别是导管巨噬细胞的高比例及其在乳腺免疫中的作用 | 研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 研究哺乳期乳腺组织的免疫组成，以改进乳腺炎的预防和治疗策略 | 哺乳期小鼠乳腺组织的免疫细胞组成 | 数字病理学 | 乳腺炎 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、三维共聚焦显微镜 | NA | 细胞 | 未明确提及具体样本数量 |
| 22436 | 2024-08-08 |
The Single-Cell Sequencing: A Dazzling Light Shining on the Dark Corner of Cancer
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.759894
PMID:34745998
|
研究论文 | 本文讨论了单细胞测序（SCS）在肿瘤研究中的应用及其对肿瘤内异质性（ITH）的理解 | SCS能够测量单个细胞中的基因组序列分布和肿瘤细胞间的遗传变异性，从而提高对ITH的理解 | NA | 探讨SCS的进展及其在肿瘤中的应用 | 肿瘤细胞及其遗传变异性和肿瘤微环境 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞测序（SCS） | NA | 基因组序列 | 单个细胞 |
| 22437 | 2024-08-08 |
Data-Driven Modeling of Breast Cancer Tumors Using Boolean Networks
2021, Frontiers in big data
IF:2.4Q2
DOI:10.3389/fdata.2021.656395
PMID:34746770
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研究论文 | 本文提出了一种基于布尔网络的数据驱动模型，用于模拟乳腺癌肿瘤 | 结合单细胞RNA测序和相互作用组数据，研究上调基因的恶性子网络动态 | NA | 开发一种方法来检测与恶性吸引子稳定性相关的关键基因，这些基因的抑制可能应用于癌症治疗 | 乳腺癌肿瘤 | 数字病理学 | 乳腺癌 | RNA-seq | 布尔网络 | 基因表达数据 | 来自癌症基因组图谱的单细胞乳腺癌数据集 |
| 22438 | 2024-08-08 |
Heterogeneity and Molecular Markers for CNS Glial Cells Revealed by Single-Cell Transcriptomics
2022-Nov, Cellular and molecular neurobiology
IF:3.6Q2
DOI:10.1007/s10571-021-01159-3
PMID:34704168
|
综述 | 本文综述了通过单细胞转录组学技术揭示的中枢神经系统（CNS）胶质细胞的异质性和分子标志物 | 利用单细胞测序技术（scRNA-seq）从转录组层面扩展了对胶质细胞异质性的理解 | NA | 总结CNS中主要胶质细胞的标志基因，并揭示其在不同物种、CNS区域、发育阶段和病理状态下的异质性 | 中枢神经系统中的胶质细胞，包括星形胶质细胞、少突胶质细胞和微胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | NA |
| 22439 | 2024-08-08 |
Translational pediatrics: clinical perspective for Phelan-McDermid syndrome and autism research
2022-08, Pediatric research
IF:3.1Q1
DOI:10.1038/s41390-021-01806-x
PMID:34702975
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研究论文 | 本文探讨了Phelan-McDermid综合征（PMS）及其与自闭症谱系障碍（ASD）的关系，利用诱导多能干细胞（iPS）技术开发脑类器官和微胶质细胞，并通过单细胞RNA测序探索神经发育障碍的病理生理学 | 利用iPS细胞技术开发脑类器官和微胶质细胞，以及通过单细胞RNA测序揭示人类特异性基因在皮质发育中的独特表达 | NA | 旨在通过患者来源的疾病模型识别SHANK3在人类大脑发育中的未知功能，并为PMS和其他疾病提供治疗见解 | Phelan-McDermid综合征患者及其脑类器官和微胶质细胞 | 数字病理学 | 自闭症 | 单细胞RNA测序 | 脑类器官 | 细胞 | NA |
| 22440 | 2024-08-08 |
Nuclear Factor I in neurons, glia and during the formation of Müller glia-derived progenitor cells in avian, porcine and primate retinas
2022-06, The Journal of comparative neurology
IF:2.3Q1
DOI:10.1002/cne.25270
PMID:34729776
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研究论文 | 研究探讨了核因子I（NFI）在不同发育阶段和损伤后的鸡视网膜中的表达模式，以及在猪和猴视网膜中的表达情况 | 首次详细描述了NFI在鸡、猪和猴视网膜中的表达模式，并提出NFI可能抑制鸡视网膜中Müller胶质细胞衍生前体细胞（MGPCs）的神经发生潜力 | 研究主要集中在NFI的表达模式上，未深入探讨NFI如何具体抑制MGPCs的神经发生潜力 | 研究NFI在不同物种视网膜中的表达模式及其对MGPCs神经发生潜力的影响 | 鸡、猪和猴的视网膜中的NFI表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和免疫标记 | NA | RNA | 包括鸡、猪和猴的视网膜样本 |