单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22401	2024-08-08	Comprehensive Analysis of N6-Methyladenosine RNA Methylation Regulators Expression Identify Distinct Molecular Subtypes of Myocardial Infarction 2021, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2021.756483 PMID:34778266	研究论文	本研究通过分析N6-甲基腺苷（m6A）修饰调控因子的表达水平，确定了心肌梗死（MI）的不同分子亚型，并探讨了这些亚型在基因表达和信号通路中的差异。	首次通过全面分析m6A调控因子的表达，揭示了心肌梗死的三种分子亚型，并发现了与这些亚型相关的关键基因和信号通路。	研究主要基于数据库和生物信息学分析，需要进一步的实验验证来确认这些发现。	探讨m6A修饰在心肌梗死中的作用，并识别可能的生物标志物用于心肌梗死的治疗和诊断。	心肌梗死患者的心脏组织和m6A调控因子的表达。	数字病理学	心血管疾病	全基因组关联研究数据分析、单细胞测序	NA	基因表达数据	使用了GSE5406数据库中的数据，具体样本数量未详细说明。
22402	2024-08-08	Kdm6a deficiency restricted to mouse hematopoietic cells causes an age- and sex-dependent myelodysplastic syndrome-like phenotype 2021, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0255706 PMID:34780480	研究论文	研究Kdm6a基因在造血细胞中的缺失如何导致与年龄和性别相关的骨髓增生异常综合征样表型	首次展示了Kdm6a基因在造血干细胞和祖细胞中的缺失会导致性别特异性的骨髓增生异常综合征样表型，并随着年龄增长而出现	研究主要集中在小鼠模型上，尚未完全阐明KDM6A基因在人类急性髓系白血病中的作用	探讨Kdm6a基因在正常造血和急性髓系白血病发病机制中的作用	Kdm6a基因缺失的小鼠造血干细胞和祖细胞	数字病理学	血液疾病	ChIP-seq, ATAC-seq, scRNA-seq	NA	基因表达数据	Kdm6a-WT和Kdm6a-KO小鼠
22403	2024-08-08	Immune infiltration and prognostic and diagnostic use of LGALS4 in colon adenocarcinoma and bladder urothelial carcinoma 2021, American journal of translational research IF:1.7Q4 PMID:34786063	研究论文	本研究分析了免疫相关基因在结肠腺癌（COAD）中的预后和诊断特征，并发现LGALS4基因在COAD和膀胱尿路上皮癌（BLCA）中的下调现象	识别了LGALS4作为多种癌症类型的预后和诊断标志物，并揭示了一系列新的候选药物靶点和分子标志物	NA	评估免疫相关基因在结肠腺癌中的预后和诊断价值	结肠腺癌（COAD）和膀胱尿路上皮癌（BLCA）中的免疫相关基因	数字病理学	结肠癌	TIMER（肿瘤免疫评估资源）解卷积方法	NA	基因表达谱	17个COAD和健康样本的基因表达谱
22404	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomic Analysis of Ecosystems in Papillary Thyroid Carcinoma Progression 2021, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2021.729565 PMID:34790166	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术分析了乳头状甲状腺癌（PTC）进展中的生态系统	首次详细描述了PTC生态系统中的细胞组成和相互作用，特别是在原发肿瘤和淋巴结转移中的差异	研究仅基于单一患者样本，可能限制了结果的普遍性	深入理解乳头状甲状腺癌的生物学特性，为个性化治疗提供依据	乳头状甲状腺癌的原发肿瘤、淋巴结转移和癌旁组织	数字病理学	甲状腺癌	单细胞转录组测序（Sc-RNA seq）	NA	转录组数据	11,805个细胞转录组
22405	2024-08-08	Profiling chromatin regulatory landscape: insights into the development of ChIP-seq and ATAC-seq 2020, Molecular biomedicine IF:6.3Q1 DOI:10.1186/s43556-020-00009-w PMID:34765994	综述	本文综述了染色质调控景观的研究进展，特别是ChIP-seq和ATAC-seq技术的发展及其在科学研究中的应用	介绍了从低通量到高通量、从批量样本到单细胞层面的表观基因组测序技术的演变	NA	探讨表观基因组测序技术的发展及其在科学研究中的应用	染色质调控景观及其在疾病过程和胚胎发育中的作用	NA	NA	ChIP-seq, ATAC-seq	NA	序列数据	NA
22406	2024-08-08	scCDG: A Method Based on DAE and GCN for scRNA-Seq Data Analysis 2022 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics DOI:10.1109/TCBB.2021.3126641 PMID:34752401	研究论文	本文介绍了一种基于去噪自编码器和图卷积网络的单细胞RNA测序数据分析方法scCDG	提出了一种新的方法scCDG，结合去噪自编码器和图卷积网络，有效处理单细胞RNA测序数据中的大量噪声	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据的细胞类型识别和聚类分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	DAE, GCN	RNA测序数据	七个真实单细胞RNA测序数据集
22407	2024-08-08	CXCL13 is expressed in a subpopulation of neuroendocrine cells in the murine trachea and lung 2022-Oct, Cell and tissue research IF:3.2Q3 DOI:10.1007/s00441-021-03552-2 PMID:34762185	研究论文	本文研究了小鼠气管和肺中神经内分泌细胞亚群中CXCL13的表达情况	首次鉴定了在小鼠气管上皮中的孤立神经内分泌细胞中CXCL13的高表达，并指出了这些细胞在支气管相关淋巴组织形成和B细胞稳态中的潜在免疫调节作用	NA	评估CXCL13在神经内分泌细胞中的表达，并探讨其在免疫调节中的作用	小鼠气管和肺中的神经内分泌细胞	数字病理学	小细胞肺癌	RT-PCR, 免疫组化, 免疫电子显微镜, 单细胞RNA测序	NA	mRNA序列数据	小鼠气管上皮细胞中的神经内分泌细胞（约70% CXCL13）和肺内支气管上皮细胞中的神经内分泌细胞（<10% CXCL13）
22408	2024-08-08	Aging weakens Th17 cell pathogenicity and ameliorates experimental autoimmune uveitis in mice 2022-06, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1007/s13238-021-00882-3 PMID:34748200	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了老年和年轻小鼠的颈部引流淋巴结（CDLNs）在实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）中的免疫细胞图谱，发现老年小鼠的EAU症状较轻，且Th17细胞的致病性减弱。	首次详细描述了衰老对淋巴结及其相关自身免疫疾病的影响，并揭示了衰老通过下调Th17细胞的IL-23R表达和GM-CSF分泌来减轻EAU症状的机制。	NA	探讨衰老对免疫系统及实验性自身免疫性葡萄膜炎的影响。	老年和年轻小鼠的颈部引流淋巴结（CDLNs）及其在实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）中的免疫细胞变化。	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	细胞	老年和年轻小鼠的颈部引流淋巴结（CDLNs）样本
22409	2024-08-08	Hif-1a suppresses ROS-induced proliferation of cardiac fibroblasts following myocardial infarction 2022-02-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.10.009 PMID:34762860	研究论文	研究报告了心脏成纤维细胞（CFs）和间充质前体细胞在心肌梗死后表现出更高的缺氧状态，表达更多的缺氧诱导因子1α（HIF-1α），并具有增强的糖酵解代谢。	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）展示了CF特异性删除Hif-1a后的影响，并发现线粒体靶向抗氧化剂MitoTEMPO能挽救Hif-1a突变体的表型。	NA	探讨HIF-1α在心肌梗死后心脏成纤维细胞中的作用及其对线粒体活性氧（ROS）的调控机制。	心脏成纤维细胞（CFs）和间充质前体细胞。	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及心肌梗死后的心脏成纤维细胞和间充质前体细胞，具体样本数量未详细说明。
22410	2024-08-08	SPICA: Swiss portal for immune cell analysis 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab1055 PMID:34747477	research paper	SPICA是一个专注于探索和分析免疫细胞单细胞RNA-seq数据的网络资源	SPICA与其他单细胞数据库不同，它托管了经过精心策划的、特定细胞类型的参考图谱，这些图谱以高分辨率描述免疫细胞状态，并分析了在这些图谱背景下发表的单细胞数据	NA	开发一个用于免疫细胞单细胞转录组数据探索和分析的网络资源	免疫细胞的单细胞RNA-seq数据	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	数据集	NA
22411	2024-08-08	scEnhancer: a single-cell enhancer resource with annotation across hundreds of tissue/cell types in three species 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab1032 PMID:34761274	研究论文	本文介绍了一个名为scEnhancer的单细胞增强子资源数据库，涵盖了三种物种中数百种组织/细胞类型的14527776个增强子和63658600个增强子-基因相互作用	利用单细胞测序技术scATAC-seq在单细胞水平上注释增强子和启动子，并通过无监督学习方法和顺式调控网络算法识别增强子-基因连接	NA	旨在为单细胞水平上增强子对目标基因的调控功能分析提供一个全面的资源	单细胞增强子及其与基因的相互作用	生物信息学	NA	scATAC-seq	无监督学习方法	单细胞数据	1196906个单细胞
22412	2024-08-08	Dysregulated Immunometabolism Is Associated with the Generation of Myeloid-Derived Suppressor Cells in Staphylococcus aureus Chronic Infection 2022, Journal of innate immunity IF:4.7Q2 DOI:10.1159/000519306 PMID:34763332	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和功能代谢分析，深入探讨了慢性金黄色葡萄球菌感染中髓源抑制细胞（MDSCs）的生成和维持机制	首次揭示了MDSCs不仅在骨髓中产生，还在金黄色葡萄球菌感染的小鼠的骨髓外部位产生，并发现MDSCs的高糖酵解活性和高葡萄糖消耗率对其终末分化至关重要	NA	探讨慢性金黄色葡萄球菌感染中MDSCs的生成和维持机制	髓源抑制细胞（MDSCs）及其在慢性金黄色葡萄球菌感染中的代谢特征	NA	慢性感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	金黄色葡萄球菌感染的小鼠
22413	2024-08-08	CCR2 Signaling Restricts SARS-CoV-2 Infection 2021-12-21, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mBio.02749-21 PMID:34749524	研究论文	本文通过研究SARS-CoV-2感染的小鼠模型，发现CCR2信号通路在早期限制肺部病毒负荷中起关键作用	首次揭示CCR2信号通路通过促进经典单核细胞浸润和单核细胞衍生细胞的扩增，对SARS-CoV-2感染起到保护作用	NA	研究SARS-CoV-2感染中的固有免疫机制，特别是CCR2信号通路的作用	SARS-CoV-2感染的小鼠模型	NA	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	小鼠
22414	2024-08-08	Computational workflow for functional characterization of COVID-19 through secondary data analysis 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100873 PMID:34746856	研究论文	本文介绍了一种计算异构数据集成和挖掘协议，用于通过结合多个模型系统的转录组签名、蛋白质-蛋白质相互作用、单细胞RNA-seq标记和表型-基因型关联来识别功能特征复合体，以更好地理解疾病病理生理学和结果。	该研究提出了一种新的计算方法，通过整合多种数据类型来识别功能特征复合体，这种方法在标准转录组分析的基础上提供了更深入的分子机制洞察。	NA	旨在通过次级数据分析来功能性地表征COVID-19，并揭示其背后的分子机制。	COVID-19的功能特征及其相关分子机制。	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	NA
22415	2024-08-08	Isolation of human fetal intestinal cells for single-cell RNA sequencing 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100890 PMID:34746860	研究论文	本文介绍了一种从人类胎儿肠道样本中分离上皮和非上皮细胞的方法，用于单细胞RNA测序	该方法能够产生一个完整的人类发育过程中肠道细胞的图谱	NA	开发一种高效的方法来分离人类胎儿肠道细胞，以进行单细胞RNA测序	人类胎儿肠道细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	多个胎儿肠道样本
22416	2024-08-08	Dissociation of human oral mucosal tissue for single-cell applications 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100908 PMID:34746866	研究论文	本文描述了一种用于制备和分离人类颊部和牙龈口腔黏膜组织的高存活率单细胞悬浮液的协议	提出了一种新的方法来分离口腔黏膜组织中的多种细胞类型，同时保持高细胞存活率	NA	开发一种有效的口腔黏膜组织单细胞分离方法	人类颊部和牙龈的口腔黏膜组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
22417	2024-08-08	Processing human lymph node samples for single-cell assays 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100914 PMID:34746869	研究论文	本文描述了一种高效且温和的人体淋巴结样本处理方法，用于生成适合单细胞分析的单细胞悬浮液	该协议避免了酶促或机械应力，优化了生成适合单细胞RNA测序等精细分析的单细胞悬浮液	NA	为了更好地理解恶性与非恶性细胞之间的细胞异质性和复杂相互作用	人体淋巴结样本	数字病理学	非霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞悬浮液	NA
22418	2024-08-08	Single-cell Transcriptional Changes in Neurodegenerative Diseases 2021-12-15, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2021.10.025 PMID:34748859	综述	本文综述了单细胞RNA测序和单核RNA测序技术在神经退行性疾病分子变化研究中的最新进展和发现	利用单细胞RNA测序和单核RNA测序技术，提供了脑细胞在单细胞水平上的细胞和分子细节，增进了对中枢神经系统的理解	NA	探讨神经退行性疾病的分子变化及其机制	神经退行性疾病中的单细胞转录变化	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序，单核RNA测序	NA	RNA	NA
22419	2024-08-08	A multi-omic single-cell landscape of human gynecologic malignancies 2021-12-02, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2021.10.013 PMID:34739872	研究论文	本文通过单细胞分辨率下的转录组（scRNA-seq）和染色质可及性（scATAC-seq）分析，揭示了人类卵巢和子宫内膜肿瘤的复杂细胞异质性及其调控机制。	本文首次展示了恶性细胞通过获取先前未注释的调控元件来驱动癌症标志性通路，并强调了肿瘤内异质性的重要性。	NA	旨在解析驱动癌细胞转录程序的调控机制，以深入理解肿瘤生物学。	人类卵巢和子宫内膜肿瘤。	数字病理学	妇科恶性肿瘤	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	转录组数据, 染色质可及性数据	立即手术切除的人类卵巢和子宫内膜肿瘤样本。
22420	2024-08-08	Interneuron origin and molecular diversity in the human fetal brain 2021-12, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-021-00940-3 PMID:34737447	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和原位测序技术，揭示了人类胎儿脑中不同类型中间神经元前体细胞的分子特征	首次详细描述了人类胎儿脑中中间神经元前体细胞的分子多样性及其起源	NA	解析人类胎儿脑中中间神经元的起源和多样性	人类胎儿脑中的中间神经元前体细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序, 原位测序	NA	RNA	NA