本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 | 
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22401 | 2024-08-07 | 
         Cross-species analysis and comparison of the inner ear between chickens and mice 
        
          2023-10, The Journal of comparative neurology
          
          IF:2.3Q1
          
         
        
          DOI:10.1002/cne.25524
          PMID:37462291
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过比较鸡和鼠的内耳结构,利用RNA测序技术分析了同源基因的表达,并探讨了内耳结构形成的基因表达模式 | 首次进行了鸡和鼠内耳结构的跨物种比较分析,并利用单细胞RNA测序和批量RNA-Seq技术揭示了内耳结构形成的基因表达模式 | NA | 探讨不同物种内耳结构的细胞和分子基础 | 鸡和鼠的内耳结构 | NA | NA | RNA测序 | NA | RNA | 鸡和鼠的内耳组织 | NA | NA | NA | NA | 
| 22402 | 2024-08-05 | 
         Spatial-MGCN: a novel multi-view graph convolutional network for identifying spatial domains with attention mechanism 
        
          2023-09-20, Briefings in bioinformatics
          
          IF:6.8Q1
          
         
        
          DOI:10.1093/bib/bbad262
          PMID:37466210
         
       | 
      
      研究论文 | 本文提出了一种名为Spatial-MGCN的新型深度学习方法,用于识别空间域 | 该方法结合了注意力机制的多视角图卷积网络,能够自适应学习基因表达与空间信息之间的复杂关系 | 本文未提及具体的限制条件 | 研究旨在通过有效整合基因表达谱与空间信息来准确识别空间域 | 研究对象为基因表达谱和空间信息 | 数字病理学 | NA | 深度学习 | 多视角图卷积网络 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 22403 | 2024-08-07 | 
         Integrated analysis reveals Atf3 promotes neuropathic pain via orchestrating JunB mediated release of inflammatory cytokines in DRG macrophage 
        
          2023-Sep-15, Life sciences
          
          IF:5.2Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.lfs.2023.121939
          PMID:37451398
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过综合分析揭示了Atf3通过调控JunB介导的炎症细胞因子释放促进背根神经节(DRG)巨噬细胞中的神经病理性疼痛(NP) | 首次揭示了Atf3通过JunB介导的炎症细胞因子释放机制在DRG巨噬细胞中促进神经病理性疼痛的作用 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型,需要进一步的人体实验验证 | 探讨背根神经节在神经病理性疼痛中的调控机制 | 背根神经节(DRG)中的免疫相关基因(IRGs)和巨噬细胞 | 神经科学 | 神经病理性疼痛 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 使用了来自神经损伤(SNI)模型小鼠的DRG样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 22404 | 2024-08-05 | 
         Siglec-9 acts as an immune-checkpoint molecule on macrophages in glioblastoma, restricting T-cell priming and immunotherapy response 
        
          2023-09, Nature cancer
          
          IF:23.5Q1
          
         
        
          DOI:10.1038/s43018-023-00598-9
          PMID:37460871
         
       | 
      
      研究论文 | 这篇文章研究了Siglec-9作为胶质母细胞瘤中巨噬细胞的免疫检查点分子。 | 本研究首次揭示了Siglec-9在胶质母细胞瘤中作为免疫检查点分子的作用,并探讨了其对T细胞活化和免疫治疗反应的限制。 | 研究局限于小鼠模型,可能无法完全反映人类患者的反应。 | 本研究旨在探索胶质母细胞瘤中的免疫调节机制并提高免疫治疗效果。 | 研究对象为接受过新辅助抗PD-1治疗的胶质母细胞瘤患者及相应的小鼠模型。 | 数字病理学 | 胶质癌 | 单细胞RNA测序和空间转录组学 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 研究涉及的样本数量及类型不详 | NA | NA | NA | NA | 
| 22405 | 2024-08-05 | 
         Transmorph: a unifying computational framework for modular single-cell RNA-seq data integration 
        
          2023-Sep, NAR genomics and bioinformatics
          
          IF:4.0Q1
          
         
        
          DOI:10.1093/nargab/lqad069
          PMID:37448589
         
       | 
      
      研究论文 | 提出了一个用于整合单细胞RNA测序数据的统一计算框架 | 提供一个灵活的软件生态系统,以便用户针对特定场景构建强大的数据集成管道 | 针对多种特定场景时的灵活性不足仍可能存在问题 | 解决单细胞RNA测序数据整合中的多种实际挑战 | 单细胞RNA测序数据集的整合 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 数据集 | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 22406 | 2024-08-05 | 
         CD4 Phenotypes Are Associated with Reduced Expansion of Tumor-Infiltrating Lymphocytes in Melanoma Patients Treated with Adoptive Cell Therapy 
        
          2023-09-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
          
         
        
          DOI:10.4049/jimmunol.2300250
          PMID:37466381
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究探讨了CD4表型与黑色素瘤患者肿瘤浸润淋巴细胞扩展的关系 | 发现CD4+细胞频率与TIL扩展呈负相关,为肿瘤浸润淋巴细胞的疗效提供了新见解 | 研究可能受到患者样本量和特定基因表达变化的局限 | 评估影响肿瘤浸润淋巴细胞扩展的相关因素 | 黑色素瘤患者的肿瘤浸润淋巴细胞 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | RNA测序 | NA | 基因组数据 | 通过中位数分组的黑色素瘤患者数据,包括'TIL高'和'TIL低'患者 | NA | NA | NA | NA | 
| 22407 | 2024-08-07 | 
         Oxidised IL-33 drives COPD epithelial pathogenesis via ST2-independent RAGE/EGFR signalling complex 
        
          2023-09, The European respiratory journal
          
         
        
          DOI:10.1183/13993003.02210-2022
          PMID:37442582
         
       | 
      
      研究论文 | 研究氧化型IL-33在慢性阻塞性肺病(COPD)上皮病理过程中的作用及其通过非ST2依赖的RAGE/EGFR信号复合体的影响 | 首次揭示IL-33、RAGE和EGFR在气道上皮中通过非ST2依赖途径共同作用,影响COPD中的异常上皮重塑和黏液阻塞特征 | NA | 探究氧化型IL-33在气道上皮中的功能活性是否独立于ST2 | 健康和COPD上皮细胞的三维气液界面(ALI)细胞培养模型 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | RNA测序 | NA | 细胞 | 来自严重COPD患者的气道上皮细胞 | NA | NA | NA | NA | 
| 22408 | 2024-08-07 | 
         Systemic host inflammation induces stage-specific transcriptomic modification and slower maturation in malaria parasites 
        
          2023-08-31, mBio
          
          IF:5.1Q1
          
         
        
          DOI:10.1128/mbio.01129-23
          PMID:37449844
         
       | 
      
      研究论文 | 本文研究了系统性宿主炎症对疟原虫在红细胞内成熟速度的影响 | 发现宿主炎症反应可以减缓疟原虫的成熟过程,并识别出可能抑制疟原虫成熟的候选代谢物 | NA | 探讨宿主炎症反应对疟原虫成熟的影响 | 疟原虫在红细胞内的成熟过程 | NA | 疟疾 | scRNA-seq | NA | 代谢物 | 小鼠模型 | NA | NA | NA | NA | 
| 22409 | 2024-08-07 | 
         Identifying a Lung Stem Cell Subpopulation by Combining Single-Cell Morphometrics, Organoid Culture, and Transcriptomics 
        
          2023-08-16, Stem cells (Dayton, Ohio)
          
         
        
          DOI:10.1093/stmcls/sxad044
          PMID:37468433
         
       | 
      
      研究论文 | 本文通过结合单细胞形态学、类器官培养和转录组学,建立了一种新的单细胞分析方法scMORN,用于揭示肺组织干细胞的亚群 | 开发了一种名为scMORN的新方法,整合了单细胞形态学、类器官形成实验和RNA测序,以揭示组织干细胞的亚群及其分化潜能 | NA | 探索肺上皮干细胞,并揭示其亚群及其分化潜能 | 肺组织干细胞及其亚群 | 数字病理学 | 肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 涉及多种肺干细胞,包括基底细胞、杯状细胞和肺泡类型2细胞 | NA | NA | NA | NA | 
| 22410 | 2024-08-05 | 
         Integrating spatial and single-nucleus transcriptomic data elucidates microglial-specific responses in female cynomolgus macaques with depressive-like behaviors 
        
          2023-08, Nature neuroscience
          
          IF:21.2Q1
          
         
        
          DOI:10.1038/s41593-023-01379-4
          PMID:37443281
         
       | 
      
      研究论文 | 通过单核RNA测序和空间转录组学,对患有社交压力相关抑郁症状的雌性猕猴的背外侧前额叶皮层进行了分析 | 首次揭示了与抑郁样行为相关的微胶质细胞特异性基因表达变化 | 研究主要集中于特定物种的特定行为,可能无法完全推广至其他物种或抑郁症的所有方面 | 探讨与抑郁样行为相关的细胞和分子机制 | 雌性猕猴,这些猕猴表现出社会压力相关的抑郁样行为 | 数字病理学 | 抑郁症 | 单核RNA测序和空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 通过分析雌性猕猴的背外侧前额叶皮层得到的数据,样本数量未具体列出 | NA | NA | NA | NA | 
| 22411 | 2024-08-07 | 
         Integrated multiomic analysis and high-throughput screening reveal potential gene targets and synergetic drug combinations for osteosarcoma therapy 
        
          2023-Aug, MedComm
          
          IF:10.7Q1
          
         
        
          DOI:10.1002/mco2.317
          PMID:37457661
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过综合多组学分析和高通量筛选,揭示了骨肉瘤治疗中潜在的基因靶点和协同药物组合 | 首次通过长读RNA测序和基于串联质谱标签(TMT)的定量蛋白质组学,结合下一代测序(NGS)和高通量药物组合筛选,全面分析了骨肉瘤的分子特征和治疗靶点 | NA | 旨在发现骨肉瘤治疗的新基因靶点和协同药物组合 | 骨肉瘤及其邻近正常组织,骨肉瘤细胞系 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 长读RNA测序,串联质谱标签(TMT)定量蛋白质组学,下一代测序(NGS) | NA | RNA序列,蛋白质组数据 | 骨肉瘤和邻近正常组织样本,骨肉瘤细胞系 | NA | NA | NA | NA | 
| 22412 | 2024-08-07 | 
         FDG uptake reflects an immune-enriched subtype of thyroid cancer: Clinical implications of imaging-based molecular characterization 
        
          2023-08, Cancer medicine
          
          IF:2.9Q2
          
         
        
          DOI:10.1002/cam4.6350
          PMID:37466323
         
       | 
      
      研究论文 | 本文通过转录组分析研究了甲状腺癌中葡萄糖代谢与肿瘤微环境(TME)之间的关系,并探讨了FDG摄取在甲状腺癌中的临床意义。 | 本文首次探讨了甲状腺癌中FDG摄取与免疫细胞富集的TME之间的关联,并提出了FDG摄取作为免疫富集型甲状腺癌的标志。 | NA | 研究甲状腺癌中葡萄糖代谢与肿瘤微环境的关系,并探讨FDG摄取的临床意义。 | 甲状腺癌及其肿瘤微环境中的葡萄糖代谢和免疫细胞。 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | F-18 FDG PET、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 图像、RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 22413 | 2024-08-07 | 
         Cross-organ single-cell transcriptome profiling reveals macrophage and dendritic cell heterogeneity in zebrafish 
        
          2023-07-25, Cell reports
          
          IF:7.5Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.celrep.2023.112793
          PMID:37453064
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术,全面分析了成年斑马鱼器官中组织驻留巨噬细胞(TRMs)和树突状细胞(DCs)的异质性 | 首次在斑马鱼中全面描绘了TRMs和DCs的异质性,并生成了用于体内追踪这些细胞亚群的特异性报告基因系 | NA | 揭示斑马鱼器官中TRMs和DCs的异质性,并为深入研究这些细胞提供有价值的工具 | 斑马鱼器官中的组织驻留巨噬细胞和树突状细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成年斑马鱼多个器官中的细胞样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 22414 | 2024-08-07 | 
         Single cell RNA sequencing unravels mechanisms underlying senescence-like phenotypes of alveolar macrophages 
        
          2023-Jul-21, iScience
          
          IF:4.6Q1
          
         
        
          DOI:10.1016/j.isci.2023.107197
          PMID:37456831
         
       | 
      
      research paper | 本文通过单细胞RNA测序技术揭示了肺泡巨噬细胞衰老样表型的分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序发现CBFβ转录因子对肺泡巨噬细胞自我更新的重要性,并揭示了老年肺泡巨噬细胞的胚胎干细胞样特征减少及DNA修复能力下降 | NA | 探究衰老对肺泡巨噬细胞动态、异质性和转录组的影响 | 肺泡巨噬细胞 | digital pathology | geriatric disease | scRNA-seq | NA | RNA | 老年小鼠和人类的肺泡巨噬细胞 | NA | NA | NA | NA | 
| 22415 | 2024-08-05 | 
         Continuous muscle, glial, epithelial, neuronal, and hemocyte cell lines for Drosophila research 
        
          2023-07-20, eLife
          
          IF:6.4Q1
          
         
        
          DOI:10.7554/eLife.85814
          PMID:37470241
         
       | 
      
      研究论文 | 本文介绍了通过激活Ras表达生成的连续细胞系,包括肌肉、胶质、上皮、神经和血细胞特征。 | 创新之处在于利用激活的Ras表达简化了连续细胞系的生成,并在此过程中分离了多种细胞类型。 | 本研究的局限性在于未提及细胞系在体内功能和长期稳定性方面的验证。 | 研究旨在开发用于果蝇研究的连续细胞系,以便更好地理解不同细胞类型的特性和相互作用。 | 研究对象包括肌肉、胶质、上皮、神经和血细胞类型的细胞系。 | 数字病理学 | NA | 激活Ras表达、转录组分析 | NA | 细胞系、转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 22416 | 2024-08-05 | 
         Single-cell sequencing analysis reveals the relationship between tumor microenvironment cells and oxidative stress in breast cancer bone metastases 
        
          2023-07-19, Aging
          
         
        
          DOI:10.18632/aging.204885
          PMID:37470685
         
       | 
      
      研究论文 | 这项研究揭示了乳腺癌骨转移的肿瘤微环境细胞与氧化压力之间的关系 | 研究首次通过单细胞RNA测序构建了乳腺癌骨转移的肿瘤微环境全景,识别了细胞亚群和相关生物过程 | 研究结果可能受限于样本量和单细胞测序技术的局限性 | 探索乳腺癌骨转移中的肿瘤微环境细胞及其与氧化压力的关系 | 研究对象为乳腺癌骨转移的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA | 
| 22417 | 2024-08-05 | 
         Identification of cell subpopulations associated with disease phenotypes from scRNA-seq data using PACSI 
        
          2023-07-19, BMC biology
          
          IF:4.4Q1
          
         
        
          DOI:10.1186/s12915-023-01658-3
          PMID:37468850
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究提出了一种名为PACSI的方法,用于识别与疾病表型相关的细胞亚群。 | PACSI利用生物网络的拓扑特性,通过一种基于邻近度的度量来量化细胞与疾病表型之间的相关性 | 目前的研究并未提及PACSI在其他类型数据上的广泛适用性 | 本研究旨在区别与疾病表型相关的单细胞亚群 | 本研究的对象是相关疾病表型的细胞亚群 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 模拟数据和空间转录组数据 | 四个案例研究的样本 | NA | NA | NA | NA | 
| 22418 | 2024-08-05 | 
         Single-nucleus chromatin landscapes during zebrafish early embryogenesis 
        
          2023-07-19, Scientific data
          
          IF:5.8Q1
          
         
        
          DOI:10.1038/s41597-023-02373-y
          PMID:37468546
         
       | 
      
      研究论文 | 本研究利用单核ATAC-seq生成了斑马鱼早期胚胎发生中的染色质可及性数据集 | 首次在斑马鱼胚胎发生的第一天生成了全面的染色质可及性数据,并与单细胞RNA-seq数据整合,描述了染色质可及性与基因表达的动态关系 | 研究仅限于斑马鱼的早期胚胎阶段,可能不适用于其他物种的发育过程 | 揭示斑马鱼胚胎发生中的表观遗传调控机制 | 51,620个高质量的核和23个细胞簇,涵盖斑马鱼胚胎发生的多个发育时间点 | 数字病理学 | NA | 单核ATAC-seq | NA | 数据集 | 51620个高质量核 | NA | NA | NA | NA | 
| 22419 | 2024-08-07 | 
         Targeting the Siglec-sialic acid axis promotes antitumor immune responses in preclinical models of glioblastoma 
        
          2023-07-19, Science translational medicine
          
          IF:15.8Q1
          
         
        
          DOI:10.1126/scitranslmed.adf5302
          PMID:37467314
         
       | 
      
      研究论文 | 研究通过敲除Siglec-E(Siglec-9的鼠类同源物)在微胶质细胞和单核细胞衍生细胞中的表达,揭示了Siglec-E通过抑制这些细胞的吞噬作用促进免疫逃逸,从而在胶质母细胞瘤模型中增强抗肿瘤免疫反应。 | 首次证明Siglec-E在微胶质细胞和单核细胞衍生细胞中的作用,以及其对免疫逃逸的影响,并展示了Siglec-E阻断与其他免疫疗法的组合活性。 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人类临床试验中验证。 | 探索Siglec-9轴作为胶质母细胞瘤治疗新靶点的潜力。 | 胶质母细胞瘤及其免疫逃逸机制。 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及微胶质细胞和单核细胞衍生细胞的小鼠模型 | NA | NA | NA | NA | 
| 22420 | 2024-08-07 | 
         Transcriptional and spatial profiling of the kidney allograft unravels a central role for FcyRIII+ innate immune cells in rejection 
        
          2023-07-19, Nature communications
          
          IF:14.7Q1
          
         
        
          DOI:10.1038/s41467-023-39859-7
          PMID:37468466
         
       | 
      
      研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和多重免疫荧光技术,研究了肾脏移植排斥反应中FcyRIII+先天免疫细胞的作用 | 首次揭示了FCGR3A+单核细胞和FCGR3A+ NK细胞在肾脏移植排斥反应中的关键作用,并提出了潜在的治疗靶点 | NA | 深入理解肾脏移植排斥反应中的细胞组成和细胞间相互作用 | 肾脏移植活检样本中的单细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序,多重免疫荧光 | NA | 转录组,图像 | 35,152个转录组来自16个肾脏移植活检样本 | NA | NA | NA | NA |