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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 2221 | 2026-04-25 |
Single-cell atlas of gastric cancer reveals malignant epithelial evolution and regulatory reprogramming of the tumor microenvironment
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0347679
PMID:42018572
|
研究论文 | 通过构建单细胞转录组图谱,揭示胃癌恶性上皮演变及肿瘤微环境调控重编程 | 首次在单细胞分辨率下系统描绘了慢性胃炎-肠上皮化生-胃癌级联过程中的细胞异质性和微环境重塑,鉴定了肿瘤限制性恶性上皮亚群及假定的原恶性中间态细胞,并揭示了CD44-细胞外基质轴在细胞间通讯中的关键作用 | 研究未涵盖所有胃癌亚型样本,且缺乏对关键转录因子的功能性验证实验 | 解析胃癌发展过程中从炎症到癌变的细胞水平异质性和微环境动态变化 | 来自慢性胃炎(浅表性)、肠上皮化生、癌旁及肿瘤组织的单细胞转录组数据 | 单细胞转录组学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),拷贝数变异推断,细胞间通讯分析,伪时间轨迹分析,基因调控网络分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 来自慢性胃炎、肠上皮化生、癌旁和肿瘤组织的多个样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2222 | 2026-04-25 |
Single-cell multiomics data analysis of potential receptors and therapeutic drugs for epilepsy patients comorbid with depression
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0347526
PMID:42018591
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研究论文 | 通过单细胞多组学数据分析癫痫合并抑郁症的潜在受体和治疗药物,发现Ziprasidone可能通过靶向NLGN3蛋白发挥治疗作用 | 首次从单细胞水平揭示少突胶质前体细胞在癫痫和抑郁症共病中的关键作用,并发现NLGN3-NRXN信号通路是潜在治疗靶点,Ziprasidone通过与NLGN3蛋白稳定结合激活该通路,为共病治疗提供新策略 | 研究数据来源于公共数据集可能引入偏差;药物效果仅通过分子动力学模拟和细胞热稳定性迁移实验验证,缺乏体内动物模型和临床试验进一步确认 | 探索癫痫和抑郁症共病的分子机制并发现潜在治疗药物 | 癫痫患者和重度抑郁症患者的少突胶质前体细胞 | 机器学习 | 癫痫,抑郁症 | 单细胞RNA测序,分子动力学模拟,细胞热稳定性迁移实验 | NA | 单细胞基因表达数据 | 未在摘要中明确提供样本数量 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2223 | 2026-04-25 |
Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization Reveal T Cell Nuclear Factor Genes in Hepatocellular Carcinoma Progression
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/7446280
PMID:42022794
|
研究论文 | 整合单细胞RNA测序与孟德尔随机化方法揭示T细胞核因子相关基因在肝细胞癌进展中的作用 | 首次将单细胞转录组学与孟德尔随机化相结合,以优先筛选肝细胞癌中NFAT相关因果基因,并构建具有高诊断效能的列线图 | 依赖于公共数据集,可能受样本量和批次效应影响;因果推断基于eQTL数据,需进一步功能验证 | 阐明NFAT相关基因在肝细胞癌进展中的免疫调节机制,并开发早期诊断工具 | 肝细胞癌患者肿瘤组织中的免疫细胞与肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序、孟德尔随机化、eQTL分析 | NA | 基因表达数据 | GSE162616数据集(具体样本数未明确),TCGA-LIHC队列 | Illumina | 单细胞RNA测序 | Illumina NovaSeq | GSE162616数据集基于10x Genomics平台进行单细胞RNA测序,但具体配置未在摘要中提供 |
| 2224 | 2026-04-25 |
Biomarkers of mitochondrial dynamics in idiopathic pulmonary fibrosis: Identification and validation through transcriptomic and single-cell analyses
2026, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0347845
PMID:42024670
|
研究论文 | 通过整合转录组和单细胞测序数据,结合机器学习方法,鉴定并验证特发性肺纤维化中与线粒体动力学相关的生物标志物 | 首次系统整合多组学数据和101种机器学习模型组合,鉴定出CD247、IL7R和RETN三个与线粒体动力学相关的IPF候选生物标志物,并通过单细胞分析和临床样本验证 | 验证队列样本量较小,且未在独立的大规模多中心队列中进一步验证;分子对接仅为预测性结果,缺乏实验验证 | 系统鉴定并验证特发性肺纤维化中与线粒体动力学相关的候选生物标志物,并表征其细胞类型特异性和可能的调控关系 | 特发性肺纤维化患者 | 机器学习 | 肺纤维化 | RNA-seq, 单细胞RNA测序, RT-qPCR | 随机森林, LASSO, 支持向量机, 人工神经网络 | 转录组数据, 单细胞转录组数据 | 多个公共数据集及一个独立临床队列 | NA | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 2225 | 2026-04-25 |
The Role of Genomics in the Development and Treatment of Multiple Myeloma: Understanding the Challenges and Opportunities
2026, OncoTargets and therapy
IF:2.7Q3
DOI:10.2147/OTT.S595435
PMID:42027619
|
综述 | 综述多发性骨髓瘤基因组学的最新进展及其临床意义 | 系统阐述了关键驱动基因突变、拷贝数变异、表观遗传失调及非编码RNA在多发性骨髓瘤发病机制中的作用,并展望了基因组学指导下的靶向和免疫治疗策略以及液体活检用于微小残留病监测 | NA | 提供多发性骨髓瘤基因组学进展的全面概述,并探讨其临床应用前景 | 多发性骨髓瘤及其基因组异常 | 基因组学 | 多发性骨髓瘤 | 高通量测序, 下一代测序, 单细胞测序, 生物信息学 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 2226 | 2026-04-25 |
Integration of Multi-Omics Data Identifies the Role of the Selenium-Related Gene PNPO and Pre-exhausted CD127- CD8+ T Cells in Laryngeal Carcinoma
2026, Cancer informatics
IF:2.4Q3
DOI:10.1177/11769351261438477
PMID:42027653
|
研究论文 | 通过整合孟德尔随机化、批量转录组和单细胞分析,揭示了硒相关基因PNPO及预耗竭性CD127- CD8+ T细胞在喉癌中的作用 | 首次通过多组学整合分析(孟德尔随机化、批量转录组和单细胞测序)系统阐明了硒相关基因PNPO与喉癌风险及免疫特征之间的因果关系,并发现了一个具有独特分子和功能特征的预耗竭性CD127- CD8+ T细胞亚群 | 需要进一步的机制验证和潜在治疗探索 | 阐明硒指标、硒相关基因与喉癌免疫特征之间的机制联系 | 喉癌患者的肿瘤样本及免疫细胞,包括恶性上皮细胞和CD8+ T细胞 | 机器学习和生物信息学 | 喉癌 | 孟德尔随机化、批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 使用了TCGA和GEO队列数据,以及单细胞RNA测序数据(具体样本数量未提供) | NA | 批量RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2227 | 2026-04-25 |
Monocyte cluster identification during the early stage of fracture healing in an ovariectomized mouse model
2026, Frontiers in medicine
IF:3.1Q1
DOI:10.3389/fmed.2026.1803265
PMID:42027820
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序分析去卵巢小鼠模型早期骨折愈合过程中的单核细胞亚群 | 首次在骨质疏松性骨折背景下对单核细胞亚群进行详细功能分类,揭示了单核细胞在早期骨折愈合中的高度功能异质性,并阐明了其在炎症反应向组织修复转变中的关键作用 | 研究仅限于小鼠模型,结果可能不完全适用于人类;未深入探讨单核细胞亚群减少的分子机制 | 研究骨质疏松性骨折早期单核细胞亚群的功能及其在骨折愈合中的作用 | 去卵巢(OVX)C57BL/6J小鼠的股骨骨折部位单核细胞 | 数字病理学 | 骨质疏松性骨折 | scRNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | OVX小鼠和假手术对照组小鼠各若干只(具体数量未说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2228 | 2026-04-25 |
The Multiscale Heterogeneity of Adipose Tissue in Health and Disease
2026, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.1261
PMID:42027994
|
综述 | 本文提出一个多尺度、基于功能的框架,将脂肪组织异质性转化为精确风险管理和脂肪库靶向治疗,涵盖被忽视的脂肪库并整合单细胞测序发现 | 提出将脂肪异质性转化为精准风险管理和靶向治疗的功能性框架,整合空间转录组学、类器官技术和AI驱动成像分析等新兴技术 | 未明确说明局限性,但作为综述可能受限于现有研究的证据强度和从临床前验证到临床实施的转化瓶颈 | 系统总结脂肪组织异质性的核心特征及其在健康和疾病中的部位特异性作用,并提出转化框架以推动个性化管理 | 脂肪组织异质性(包括血管周围、心外膜和骨髓脂肪组织)及新型细胞亚群 | 机器学习 | 慢性代谢疾病 | 单细胞测序、空间转录组学、类器官技术 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序、空间转录组学 | NA | NA |
| 2229 | 2026-04-25 |
The High Expression of PD-1 Defines A Subpopulation of Tfh Cells Responding to COVID-19 Vaccine in Humans
2025-Dec-22, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1093/gpbjnl/qzaf019
PMID:40080696
|
研究论文 | 利用单细胞测序和流式细胞术,研究了COVID-19疫苗加强针后PD-1高表达Tfh细胞亚群的应答特征及其对抗体反应的长期维持作用 | 首次发现PD-1高表达经典Tfh细胞亚群在COVID-19疫苗加强针后显著活化,其比例与抗体滴度相关,并通过定制算法识别病毒诱导的T细胞受体,揭示了该亚群可维持超过90天的免疫应答 | 未明确说明局限性(基于摘要推断) | 研究COVID-19疫苗加强针后CD4+ T细胞尤其是Tfh细胞的应答特征及其对抗体产生的作用 | COVID-19疫苗接种后的人体CD4+ T细胞(包括Tfh细胞) | 机器学习, 数字病理学 | 新型冠状病毒肺炎(COVID-19) | 单细胞测序, 流式细胞术 | NA | 单细胞免疫数据 | 未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2230 | 2026-04-25 |
Histology-Based Virtual RNA Inference Identifies Pathways Associated With Metastasis Risk in Colorectal Cancer
2025-Nov, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2025.100866
PMID:40803647
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研究论文 | 通过深度学习从H&E染色组织图像推断虚拟RNA表达,揭示结直肠癌转移相关通路 | 首次在大规模结直肠癌空间转录组数据集上训练虚拟RNA推断模型,利用多种先进深度学习架构实现从常规H&E图像推断近细胞分辨率的空间基因表达,无需进行昂贵的空间转录组实验 | 某些肿瘤相关通路无法完全通过组织学图像捕获,模型对‘组织学相关’通路的推断效果较好但对其他通路覆盖有限 | 开发并验证一种从常规H&E染色图像推断空间转录组水平分子信息的方法,用于大规模流行病学研究中肿瘤微环境表征和预后评估 | 结直肠癌患者的原发肿瘤组织样本及其对应H&E染色图像和空间转录组数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | HE染色成像,空间转录组测序,虚拟RNA推断 | UNI,ResNet-50,视觉Transformer,Vision Mamba | 组织图像,基因表达数据 | 45名结直肠癌患者的超过30万个Visium斑点 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间转录组平台 |
| 2231 | 2026-04-25 |
Deciphering genetic associations with blood pressure in peripheral blood mononuclear cells through single-cell transcriptomic profiling
2025-11, Hypertension research : official journal of the Japanese Society of Hypertension
IF:4.3Q1
DOI:10.1038/s41440-025-02344-3
PMID:40877473
|
研究论文 | 通过单细胞转录组分析,解析外周血单核细胞中与血压相关的遗传关联 | 利用单细胞转录组测序结合全基因组关联研究和孟德尔随机化方法,在免疫细胞亚型中识别与血压相关的候选基因,并发现ERAP2在CD8+ T细胞和自然杀伤细胞中的显著失调 | 样本量较小(10个个体用于测序,8个个体用于验证),可能限制结果的泛化性 | 鉴定与血压相关的免疫细胞特异性功能基因 | 外周血单核细胞中的免疫细胞亚型 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 10个个体(111,694个细胞)用于测序,8个个体(28,919个细胞)用于验证 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2232 | 2026-04-25 |
Myocardial reprogramming by HMGN1 underlies heart defects in trisomy 21
2025-11, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09593-9
PMID:41125893
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研究论文 | 本文鉴定出HMGN1基因是21三体综合征(唐氏综合症)相关先天性心脏缺陷的关键驱动因子 | 首次将HMGN1鉴定为21号染色体上影响房室管发育的剂量敏感基因,并通过单细胞转录组学、CRISPR激活筛选和动物模型验证其致病机制 | 研究主要依赖人诱导多能干细胞和转基因小鼠模型,可能需要更多临床样本验证结果 | 阐明21三体综合征中先天性心脏缺陷的遗传机制 | 人诱导多能干细胞来源的心肌细胞、唐氏综合症转基因小鼠模型 | 数字病理学、机器学习 | 唐氏综合症、先天性心脏缺陷 | 单细胞转录组学、CRISPR激活筛选、CROP-seq | 单细胞RNA测序、CRISPR激活筛选 | 基因表达数据 | 人诱导多能干细胞系、小鼠胚胎心脏样本(具体数量未在摘要中明确) | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' RNA测序、CROP-seq筛选 |
| 2233 | 2026-04-25 |
Data-driven fine-grained region discovery in the mouse brain with transformers
2025-Oct-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-025-64259-4
PMID:41057352
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研究论文 | 使用Transformer模型实现小鼠大脑空间转录组学数据的细粒度区域发现 | 提出一种自监督框架CellTransformer,可扩展到百万细胞级MERFISH和Slide-seqV2数据集,并实现跨组织切片的细胞整合 | 未讨论模型在非脑组织或低分辨率空间数据中的泛化能力 | 建立自监督空间域检测流程,用于发现小鼠大脑中的精细组织区域 | 小鼠大脑组织 | 数字病理学 | 神经科学 | MERFISH, Slide-seqV2 | Transformer (编码器-解码器架构) | 空间转录组数据 | 4只小鼠的900万个细胞,超过200个组织切片 | Vizgen, 10x Genomics | 空间转录组学 | MERFISH, Slide-seqV2 | MERFISH全脑成像系统,Slide-seqV2空间转录组学平台 |
| 2234 | 2026-04-25 |
Single-cell nanodroplet processing proteomics pipeline for analysis of human-derived microglia
2025-Oct-04, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.10.02.680067
PMID:41256374
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研究论文 | 提出了基于FACS辅助分离、冷冻保存和纳米液滴处理的单细胞质谱蛋白质组学工作流程,用于分析人类死后脑皮层来源的小胶质细胞 | 首次将纳米液滴处理技术与FACS辅助分离和冷冻保存相结合,实现对死后人脑小胶质细胞的单细胞蛋白质组学分析 | 样本来源仅限于死后脑组织,可能无法完全反映活体状态;作为概念验证,样本量有限 | 开发单细胞蛋白质组学方法以探索小胶质细胞的异质性 | 人类死后脑皮层来源的小胶质细胞 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | 单细胞质谱蛋白质组学 | NA | 蛋白质组数据 | 单个小胶质细胞 | NA | 单细胞质谱蛋白质组学 | NA | 基于FACS辅助分离、冷冻保存和纳米液滴处理的单细胞质谱蛋白质组学工作流程 |
| 2235 | 2026-04-25 |
The Landscape of SPP1 + Macrophages Across Tissues and Diseases: A Comprehensive Review
2025-10, Immunology
IF:4.9Q2
DOI:10.1111/imm.13952
PMID:40395129
|
综述 | 系统总结了分泌型磷蛋白1阳性巨噬细胞在不同组织和疾病中的功能与适应性 | 通过跨疾病比较揭示了SPP1+巨噬细胞的共享特征和组织特异性差异,为其治疗靶向提供新视角 | 基于现有单细胞测序研究进行综述,可能受限于各研究的方法学差异和样本异质性 | 综合解析SPP1+巨噬细胞在肿瘤与非肿瘤疾病中的作用及其微环境适应性 | SPP1+巨噬细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2236 | 2026-04-25 |
Microglia-neuron crosstalk through Hex-GM2-MGL2 maintains brain homeostasis
2025-10, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-025-09477-y
PMID:40769205
|
研究论文 | 通过脂质组学、空间脂质成像、单细胞转录组学和细胞特异性突变体,发现小胶质细胞通过Hex-GM2-MGL2通路与神经元交互,维持脑稳态 | 首次揭示小胶质细胞通过溶酶体酶β-己糖胺酶将GM2神经节苷脂降解物传递给神经元的新型交互模式,并阐明该通路失调导致神经退行性病变的机制 | 主要基于小鼠模型,人类患者数据有限;具体机制细节尚需进一步验证 | 探究小胶质细胞与神经元在维持脑稳态中的相互作用机制 | 小胶质细胞与神经元之间的通讯 | 机器学习 | 神经退行性疾病(桑德霍夫病) | 脂质组学、空间脂质成像、单细胞转录组学 | NA | 图像、文本 | 小鼠模型和人类患者样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 2237 | 2026-04-25 |
Single-Cell RNA Sequencing Identifies a Unique Macrophage Population in a Mouse Model of Ozone-induced Asthma Exacerbation
2025-Oct, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0358OC
PMID:40106801
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序鉴定臭氧诱导哮喘加重小鼠模型中独特的巨噬细胞群体 | 首次在臭氧诱导哮喘加重模型中利用单细胞RNA测序无偏地分析肺部免疫细胞,发现DRA+O暴露后独特的肺泡巨噬细胞和单核细胞亚群与气道高反应性相关 | 机制探索仍需进一步验证,且模型为小鼠,结果向人类转化需谨慎 | 探究臭氧吸入触发哮喘气道高反应性的免疫细胞机制 | 小鼠肺部免疫细胞,特别是肺泡巨噬细胞和单核细胞 | 机器学习和数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠肺部细胞样本(具体数量未提及) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2238 | 2026-04-25 |
Insights into tissue- and cell type-specific effects of Grb10 on pig skeletal muscle growth by multi-omics analysis
2025-09, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2910-7
PMID:40545505
|
研究论文 | 通过多组学分析揭示GRB10在猪骨骼肌生长中的组织和细胞类型特异性影响 | 首次结合基因组学、转录组学、表观组学和单细胞转录组学,定位肥胖型和瘦肉型猪中GRB10在肌肉组织和细胞中的特异性,并发现其肌肉特异性启动子及转录因子KLF15的结合 | 尚未详细说明该机制的完整调控网络及其在人类中的直接验证 | 探究猪肌肉组织发育的关键基因和调控机制,特别关注GRB10的组织和细胞类型特异性作用 | 肥胖型和瘦肉型猪的肌肉组织和细胞 | 机器学习 | NA | 基因组学、转录组学、表观组学、单核RNA测序、双荧光素酶和染色质免疫沉淀(ChIP)实验 | NA | 多组学数据(基因组、转录组、表观组、单细胞转录组) | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 2239 | 2026-04-25 |
Cholinergic neuronal activity promotes diffuse midline glioma growth through muscarinic signaling
2025-Aug-21, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2025.05.031
PMID:40541184
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研究论文 | 发现中脑胆碱能神经元通过毒蕈碱受体信号促进弥漫性中线胶质瘤生长 | 首次揭示胆碱能神经元活动以环路依赖方式调节弥漫性中线胶质瘤增殖,不同于已知的谷氨酸能神经元作用 | 未提供明确局限性信息 | 探究中脑胆碱能神经元活动对弥漫性中线胶质瘤生长的影响及其机制 | 弥漫性中线胶质瘤细胞及健康少突胶质前体细胞 | 神经科学 | 弥漫性中线胶质瘤 | 光遗传学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 原发性弥漫性中线胶质瘤样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2240 | 2026-04-25 |
Single-cell sequencing and spatial transcriptomics reveal FAS+ T cell and autophagy-related signatures predicting chemoimmunotherapy response in diffuse large B-cell lymphoma patients
2025-08, Science China. Life sciences
DOI:10.1007/s11427-024-2849-2
PMID:40374987
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研究论文 | 通过单细胞测序和空间转录组学揭示FAS+ T细胞和自噬相关标志物预测弥漫性大B细胞淋巴瘤患者化疗免疫反应 | 首次整合单细胞测序和空间转录组学数据,构建基于自噬相关基因的预后模型,并发现FAS阳性T细胞在肿瘤微环境中的免疫激活作用与良好预后相关 | 研究样本量有限(单细胞测序仅4例DLBCL,空间转录组学10例),且缺乏独立的前瞻性验证队列 | 探索自噬相关基因在弥漫性大B细胞淋巴瘤中的预后预测价值及免疫微环境特征 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤患者和健康对照者 | 数字病理学 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤 | 单细胞测序, 空间转录组学, 抗体芯片 | NA | 转录组数据, 单细胞测序数据, 空间转录组数据, 蛋白质组数据 | 1409例DLBCL患者(转录组),531例健康对照,4例DLBCL(单细胞测序),10例DLBCL(空间转录组),110例DLBCL(本地队列蛋白质组) | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |