单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2221	2025-07-02	Distinct expression of CD56 and CD19 marks molecular and functional endotypes of tetanus- versus RBD-specific human bone marrow plasma cells 2025-Jun-24, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf059 PMID:40581803	研究论文	本研究探讨了CD19和CD56在抗原特异性和总人类骨髓浆细胞(BMPC)上的共表达，揭示了它们在分子和功能上的差异	首次详细比较了破伤风类毒素(TT)和SARS-CoV-2刺突蛋白受体结合域(RBD)特异性BMPC的CD56和CD19表达模式，并发现了它们在转录特征和功能上的显著差异	研究主要基于流式细胞术和单细胞RNA测序数据，缺乏直接的体内功能验证实验	探究不同抗原特异性骨髓浆细胞亚群的表型和转录特征差异	人类骨髓浆细胞(BMPC)，特别是TT特异性和RBD特异性BMPC亚群	免疫学	传染病(破伤风和COVID-19)	多参数流式细胞术，单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	流式细胞数据，RNA测序数据	未明确说明样本数量的人类骨髓浆细胞
2222	2025-07-02	Direct single cell-type gene expression analysis in peripheral blood: novel ratio-based gene expression biomarkers using 2 novel monocyte reference genes (PSAP and CTSS) for detection of bacterial infection 2025-Jun-23, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaf103 PMID:40581066	研究论文	开发了一种名为DIRECT LS-TA的新型比率生物标志物，用于直接从外周血中定量单核细胞特异性基因表达，无需细胞分选	提出了无需细胞分选即可定量单核细胞特异性基因表达的新方法，并鉴定了两个新的单核细胞参考基因PSAP和CTSS	方法在多数据集中的验证结果未提及样本的具体多样性或潜在的混杂因素	开发一种直接从外周血中定量单核细胞特异性基因表达的方法，用于细菌感染的检测	外周血中的单核细胞	基因表达分析	细菌感染	单细胞RNA测序的替代方法，比率生物标志物分析	数学模型的ICEBERG图	基因表达数据	多个数据集，具体样本数量未明确说明
2223	2025-07-02	Shedding light on patterns of unconventional expression of opsin genes in Hydra vulgaris 2025-Jun-23, Integrative and comparative biology IF:2.2Q1 DOI:10.1093/icb/icaf100 PMID:40581592	研究论文	本研究通过分析Hydra vulgaris的单细胞RNA测序和ATAC测序数据，探讨了视蛋白基因在神经元和非神经元细胞类型中的非传统表达模式	揭示了Hydra vulgaris中视蛋白基因在非神经元细胞类型中的广泛表达及其在细胞分化状态中的多样性，为视蛋白在非传统光感受功能中的作用提供了新见解	研究主要基于已发表的测序数据，缺乏实验验证	探究刺胞动物中非神经元视蛋白表达的普遍性及其潜在功能	Hydra vulgaris（水螅）	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）, ATAC测序	NA	基因表达数据, 染色质可及性数据	NA
2224	2025-07-02	SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets 2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.29.646124 PMID:40236135	research paper	提出了一种名为SpaceBF的贝叶斯融合建模框架，用于在空间组学数据集中进行空间共表达分析	首次引入贝叶斯融合建模框架，用于同时估计局部和全局水平的分子共表达，提供了对细胞间通讯的更精细理解	未提及具体的样本量限制或技术限制	开发一种更强大的方法来检测分子对之间的空间变化共表达	空间转录组学和质谱成像数据中的分子（基因、肽、脂质、N-聚糖）	空间组学	多种癌症	空间转录组学, 质谱成像	Bayesian fused modeling framework (SpaceBF)	空间组学数据	NA
2225	2025-07-02	Plasmablast-like lymphoma cells as a distinct subpopulation confers multidrug resistance in PCNSL 2025-Jun-21, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaf154 PMID:40580931	研究论文	该研究通过单细胞转录组学和B细胞受体测序等方法，揭示了原发性中枢神经系统淋巴瘤（PCNSL）中浆母细胞样淋巴瘤细胞（PBLCs）的独特亚群及其在多药耐药中的作用	首次在PCNSL中鉴定出PBLCs这一独特B细胞亚群，并阐明其通过特定基因表达模式导致多药耐药的分子机制	样本量相对有限（56例患者），且PBLCs在肿瘤中的比例较低（1.3%-8.1%）	探究PCNSL的分子特征和多药耐药机制	56例新诊断的PCNSL患者的肿瘤样本	肿瘤生物学	淋巴瘤	单细胞转录组学、B细胞受体测序、转录组信息多重免疫组化、离体药物反应试验	NA	转录组数据、免疫组化数据、药物反应数据	56例PCNSL患者活检样本
2226	2025-07-02	SOX2 regulates foregut squamous epithelial homeostasis and is lost during Barrett's esophagus development 2025-Jun-19, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI190374 PMID:40587339	研究论文	本研究探讨了SOX2在前肠鳞状上皮稳态中的作用及其在Barrett食管发展中的缺失	建立了人类BE类器官生物库，揭示了BE分化中SOX2和CDX2转录因子的平衡作用，并通过小鼠模型验证了SOX2在鳞状上皮分化中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和体外类器官，人类样本的验证仍需进一步研究	探究Barrett食管（BE）发展的分子机制，特别是SOX2在前肠鳞状上皮稳态中的作用	人类BE类器官和小鼠模型	分子生物学	食管腺癌	单细胞转录组学、CUT&RUN分析	小鼠模型（Krt5CreER/+; Sox2∆/∆; ROSA26tdTomato/+）	转录组数据、组织分析数据	人类BE类器官生物库和小鼠模型
2227	2025-07-02	Morphodynamics of human early brain organoid development 2025-Jun-18, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09151-3 PMID:40533563	研究论文	本研究通过长期活体光片显微镜技术，探索了人类早期脑类器官发育的形态动力学	提出了一种新颖的双通道、多马赛克和多蛋白标记策略，结合计算去复用方法，实现了类器官发育过程中不同亚细胞特征的同步量化	研究主要依赖于体外培养的脑类器官模型，可能与体内真实脑发育存在差异	研究人类脑发育的机制和自我组织过程	人类诱导多能干细胞生成的脑类器官	发育生物学	NA	光片显微镜、单细胞转录组测序	NA	图像、转录组数据	未明确提及具体样本数量，使用荧光标记的人类诱导多能干细胞生成的脑类器官
2228	2025-07-02	A statistical framework for inferring genetic requirements from embryo-scale single-cell sequencing experiments 2025-Jun-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.04.03.646654 PMID:40236139	研究论文	本文介绍了一个统计框架和两个软件工具（Hooke和Platt），用于从胚胎尺度的单细胞测序实验中推断遗传需求	利用单细胞数据集中的丰富统计模式来表征实验扰动的直接分子和细胞后果，并揭示了命运决定转录因子的新作用	需要处理包含数百万个细胞和数千个样本的数据集，计算挑战较大	推断遗传需求并揭示细胞在脊椎动物发育程序中如何依赖基因和彼此	斑马鱼胚胎的单细胞图谱	生物信息学	NA	单细胞测序	统计框架	单细胞测序数据	数千个斑马鱼胚胎的数百万个细胞
2229	2025-07-02	HLA-DQB1*03:01 strongly affects age of onset of type 1 narcolepsy independently of DQA1 and ethnicity 2025-Jun-16, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.06.14.25328971 PMID:40585110	研究论文	本研究探讨了HLA-DQB1*03:01对1型发作性睡病发病年龄的影响，并进行了首个跨种族研究	首次跨种族研究HLA-DQB1*03:01对发作性睡病发病年龄的影响，发现该基因独立于DQA1和种族背景显著影响发病年龄	尚未确定导致疾病的T细胞，病理生理学机制仍需进一步研究	探究HLA-DQB1*03:01对1型发作性睡病发病年龄的影响	5,339例来自中国、欧洲、韩国、日本和美国的1型发作性睡病患者	遗传学	发作性睡病	GWAS, HIBAG, RNA-seq	NA	基因数据	5,339例患者（来自5个国家）
2230	2025-07-02	Cambridge Neoadjuvant Cancer of the Prostate (CANCAP03): A Window Study into the Effects of Olaparib ± Degarelix in Primary Prostate Cancer 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1304 PMID:40358364	研究论文	本研究探讨了PARP抑制剂与雄激素抑制联合治疗在原发性前列腺癌中的作用及其生物学机制	在无同源重组修复通路突变的情况下，探索了PARP抑制剂与雄激素抑制联合治疗的临床效果及生物学机制	研究样本量较小，且未明确长期治疗效果	研究PARP抑制剂与雄激素抑制联合治疗在原发性前列腺癌中的效果及生物学机制	原发性前列腺癌患者	肿瘤学	前列腺癌	IHC、肿瘤基因测序、突变分析、RNA-seq（包括bulk和single-cell RNA-seq）	NA	组织样本	未明确具体样本数量，但涉及诊断活检和根治性前列腺切除术样本
2231	2025-07-02	Azacitidine, Venetoclax, and Magrolimab in Newly Diagnosed and Relapsed Refractory Acute Myeloid Leukemia: Phase Ib/II Study and Correlative Analysis 2025-Jun-13, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research IF:10.0Q1 DOI:10.1158/1078-0432.CCR-25-0229 PMID:40198272	研究论文	评估阿扎胞苷、维奈托克和magrolimab三联疗法在新诊断和复发难治性急性髓系白血病中的安全性和有效性	首次在临床研究中评估了针对CD47的单克隆抗体magrolimab与阿扎胞苷-维奈托克联合使用的效果	生存结果不够理想，样本量相对较小	评估三联疗法在急性髓系白血病患者中的疗效和安全性	成人急性髓系白血病患者（初治不适合强化疗和复发难治性）	临床肿瘤学	急性髓系白血病	单细胞RNA测序	NA	临床数据和基因表达数据	106名患者（54名初治患者和52名复发难治患者）
2232	2025-07-02	Dissection of the immune landscape in psoriatic arthritis defines immunoproteasome up-regulation in treatment resistance 2025-06-06, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adu0284 PMID:40478933	研究论文	通过单细胞RNA测序分析银屑病关节炎患者的滑液免疫景观，揭示了治疗抵抗患者中免疫蛋白酶体和MHC I类基因的上调	首次在治疗抵抗的银屑病关节炎患者中鉴定出免疫蛋白酶体和MHC I类基因的上调，并验证了选择性免疫蛋白酶体抑制剂的治疗潜力	样本量相对较小（41例PsA患者和9例OA对照），且需要进一步临床验证免疫蛋白酶体抑制剂的效果	探索银屑病关节炎治疗抵抗的免疫学机制并寻找新的治疗靶点	银屑病关节炎患者的滑液免疫细胞	免疫学	银屑病关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	41例银屑病关节炎患者和9例骨关节炎对照的滑液样本
2233	2025-07-02	An engineered viral protein activates STAT5 to prevent T cell suppression 2025-05-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn9633 PMID:40408430	研究论文	本文展示了一种通过工程化病毒蛋白激活STAT5以增强T细胞功能的方法	利用工程化的疱疹病毒蛋白TIP非经典激活STAT蛋白，实现细胞因子非依赖的T细胞功能维持	研究主要基于体外和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证	解决T细胞疗法中JAK-STAT信号通路失调导致的功能障碍问题	CD8+ T细胞	免疫治疗	肿瘤	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	NA
2234	2025-07-02	Potential Key Genes for Giant Cell Arteritis Revealed Based on Single-Cell Sequencing and Mendelian Randomization Analysis 2025-May-09, International archives of allergy and immunology IF:2.5Q3 DOI:10.1159/000546323 PMID:40349694	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和孟德尔随机化分析，识别了与巨细胞动脉炎(GCA)相关的三个关键基因，并探讨了其潜在致病机制	首次整合单细胞RNA测序、表达数量性状位点和全基因组关联研究数据，采用两样本孟德尔随机化方法探索CD4+ T细胞中标记基因对GCA发展的因果效应	研究结果需要进一步实验验证，且样本量和种族多样性可能有限	识别与GCA相关的关键基因并探索潜在致病机制	巨细胞动脉炎(GCA)患者	生物信息学	巨细胞动脉炎	单细胞RNA测序, 孟德尔随机化分析, 表达数量性状位点分析, 全基因组关联研究	两样本孟德尔随机化模型	基因组数据, 转录组数据	未明确说明样本数量
2235	2025-07-02	Fusion of spatiotemporal and network models to prioritize multiscale effects in single-cell perturbations 2025-May-01, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaf277 PMID:40545244	研究论文	本文提出了一种名为Perturb-STNet的新框架，用于识别和排序单细胞扰动中的时空差异表达调控因子，以揭示疾病发展和治疗反应的关键调控网络	Perturb-STNet结合了基于网络的时空模型，能够量化复杂多细胞或多组织系统中的动态影响，特别是在具有时空分辨率的单细胞数据中	NA	识别和排序单细胞扰动中的时空差异表达调控因子，以揭示疾病发展和治疗反应的关键调控网络	单细胞数据，包括上皮-间质转化肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型的CODEX单细胞成像时间数据以及结肠炎的MERFISH空间转录组时间数据	数字病理学	肺癌, 黑色素瘤, 结肠炎	CODEX单细胞成像, MERFISH空间转录组	网络模型, 时空模型	单细胞数据, 时空数据	合成数据、上皮-间质转化肺癌数据、小鼠黑色素瘤模型的CODEX单细胞成像时间数据、结肠炎的MERFISH空间转录组时间数据
2236	2025-07-02	T-B cell cooperation in ectopic lymphoid follicles propagates CNS autoimmunity 2025-04-25, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn2784 PMID:40279405	研究论文	本研究探讨了脑膜异位淋巴滤泡（eLF）样结构在多发性硬化症中的作用，揭示了T细胞与B细胞在其中的合作机制	首次通过单细胞RNA测序和活体成像技术直接观察T17-B细胞在eLF中的长期抗原特异性接触及其对自身反应性T细胞的再激活作用	研究基于实验性自身免疫性脑脊髓炎模型，结果向人类疾病的直接转化需要进一步验证	阐明中枢神经系统自身免疫中T-B细胞协作的分子机制	实验性自身免疫性脑脊髓炎模型中的T细胞和B细胞	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序、活体成像	T17过继转移实验性自身免疫性脑脊髓炎模型	基因表达数据、影像数据	NA
2237	2025-07-02	Single-Cell Analysis Combined with Mendelian Randomization Identifies Genes Associated with Prostate Cancer Cells 2025-Apr-23, The world journal of men's health DOI:10.5534/wjmh.240298 PMID:40583027	研究论文	本研究通过整合单细胞数据与孟德尔随机化分析，探讨了与前列腺癌细胞囊膜侵袭相关的预后基因	结合单细胞测序与孟德尔随机化分析，识别出与前列腺癌进展相关的关键基因TMEM59	样本量较小，仅包含6例前列腺癌病例的单细胞数据	研究前列腺癌囊膜侵袭相关的预后基因	前列腺癌细胞	数字病理学	前列腺癌	单细胞测序, 孟德尔随机化分析, 免疫组化	hdWGCNA, Seurat	单细胞测序数据, SNP数据, 临床数据	6例前列腺癌病例的单细胞数据, 来自TCGA和GEO的临床与基因表达数据
2238	2025-07-02	Identification of Recurrence-associated Gene Signatures and Machine Learning-based Prediction in IDH-Wildtype Histological Glioblastoma 2025-Apr-14, Journal of molecular neuroscience : MN IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12031-025-02345-4 PMID:40227386	研究论文	本研究通过加权基因共表达网络分析(WGCNA)和机器学习方法，识别了IDH野生型组织学胶质母细胞瘤(GBM)复发相关的基因特征，并建立了预测模型	发现了8个与GBM复发显著相关的基因，并首次建立了基于随机森林的高精度预测模型	研究样本量相对有限，且仅针对IDH野生型GBM	探索GBM复发的分子机制并开发预测模型	IDH野生型组织学胶质母细胞瘤	数字病理学	胶质母细胞瘤	WGCNA, RT-qPCR, scRNA-seq, 机器学习	随机森林(RF)	转录组数据, 单细胞RNA测序数据	CGGA-693队列(n=190), CGGA-325队列(n=111), 外加两个scRNA-seq数据集
2239	2025-07-02	Psychological stress increases skin infection through the action of TGFβ to suppress immune-acting fibroblasts 2025-04-11, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.ads0519 PMID:40215323	研究论文	研究心理压力如何通过TGFβ抑制免疫活性成纤维细胞增加皮肤感染	揭示了心理压力通过TGFβ介导的脑-皮肤轴抑制成纤维细胞的抗菌肽产生，从而增加皮肤感染的机制	研究主要基于小鼠模型，人类相关性尚需进一步验证	探究心理压力导致皮肤感染的分子机制	小鼠模型中的皮肤成纤维细胞	免疫学	皮肤感染	单细胞转录组学、脂质组学分析	小鼠压力模型	基因表达数据、脂质组数据	未明确说明的小鼠样本
2240	2025-07-02	Eutopic macrophages facilitate endometriosis progression via ferroptosis-mediated release of S100A9 2025-Apr-03, Molecular human reproduction IF:3.6Q1 DOI:10.1093/molehr/gaaf027 PMID:40493892	研究论文	本研究探讨了子宫内膜异位症中S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡促进疾病进展的机制	首次发现并验证了S100A9+巨噬细胞亚群通过铁死亡机制促进子宫内膜异位症血管生成	研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类临床验证尚不充分	阐明巨噬细胞在子宫内膜异位症进展中的具体作用机制	子宫内膜异位症患者的子宫内膜组织和巨噬细胞	生殖医学	子宫内膜异位症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和体外功能实验	小鼠子宫内膜异位症模型	基因表达数据和病理学数据	未明确说明具体样本数量，涉及人类子宫内膜组织和实验小鼠