单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22361	2024-08-08	DISCO: a database of Deeply Integrated human Single-Cell Omics data 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab1020 PMID:34791375	研究论文	本文介绍了一个名为DISCO的数据库，该数据库整合了大量的人类单细胞组学数据，并提供了多种工具用于数据集成和分析	DISCO数据库首次提供了公开可用的整合细胞图谱，具有标准化元数据和多种在线工具，如FastIntegration和CELLiD，用于大规模单细胞数据集成和细胞类型识别	NA	开发一个多功能平台，用于探索已发表的单细胞数据并高效地与用户自己的数据进行集成分析	人类单细胞组学数据	生物信息学	NA	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq数据	超过1800万个细胞，来自4593个样本，涵盖107种组织/细胞系/类器官，158种疾病，以及20种平台
22362	2024-08-08	The misuse of distributional assumptions in functional class scoring gene-set and pathway analysis 2022-01-04, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkab365 PMID:34791175	研究论文	本文研究了基因集分析（GSA）中功能类评分（FCS）方法对多元正态分布假设的误用问题	首次系统分析了多元正态分布假设在基因集分析中的适用性，并评估了非正态分布对FCS方法统计效能的影响	研究主要集中在FCS方法上，未涵盖所有GSA方法	探讨多元基因表达数据是否符合多元正态分布，并评估非正态分布对FCS方法统计效能的影响	24个RNA数据集，包括癌症患者和正常个体的微阵列实验、RNA测序和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	微阵列实验, RNA测序, 单细胞RNA测序	NA	RNA数据	24个RNA数据集
22363	2024-08-08	High-Throughput Multimodal Single-Cell Targeted DNA and Surface Protein Analysis Using the Mission Bio Tapestri Platform 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_12 PMID:34766272	研究论文	本文介绍了使用Mission Bio Tapestri平台进行高通量多模态单细胞靶向DNA和表面蛋白分析的方法	该技术结合了单细胞测序和分析，能够解析个体样本中的高分辨率基因组多样性，并增加了对表面蛋白标记表达的分析能力	NA	旨在通过基因组信息提供预测能力，进一步指导治疗策略	癌症生物学中的基因型-表型展示多样性及疾病进程结果	数字病理学	白血病	单细胞测序	NA	基因组数据和表面蛋白标记表达数据	NA
22364	2024-08-08	Generation of Centered Log-Ratio Normalized Antibody-Derived Tag Counts from Large Single-Cell Sequencing Datasets 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_14 PMID:34766274	研究论文	本文介绍了从大规模单细胞测序数据集中生成中心对数比归一化的抗体衍生标签计数的详细步骤	本文提供了使用云计算从大型CITE-seq数据集生成中心对数比归一化CITE-seq数据的详细步骤	NA	探讨单细胞分析中新技术的应用，特别是CITE-seq和REAP-seq方法	单细胞蛋白表达分析	生物信息学	NA	CITE-seq	NA	数据集	大规模单细胞测序数据集
22365	2024-08-08	Combined Measurement of RNA and Protein Expression on a Single-Cell Level 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_16 PMID:34766276	研究论文	本文描述了一种结合单细胞RNA测序和蛋白质表达分析的新技术，使用BD Rhapsody单细胞分析系统进行3' mRNA全转录组分析（WTA），并结合AbO和样本标签文库制备	开发了一种新的单细胞多组学方法，结合转录和表面蛋白表达分析，使用大量与寡核苷酸偶联的抗体（AbOs）进行表面标记检测，克服了传统流式细胞术中使用有限表面标记的限制	目前免疫细胞分离基于RNA表达谱预测的表面标记表达，常受转录和蛋白质表达模式之间低相关性的限制	克服转录和蛋白质表达模式之间的低相关性，提高免疫细胞功能和异质性分析的准确性	单细胞RNA和蛋白质表达	生物技术	NA	单细胞RNA测序（sc-RNAseq）	NA	RNA和蛋白质	NA
22366	2024-08-08	Live Cell Genomics: Cell-Specific Transcriptome Capture in Live Single Cells from Complex Tissues 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1752-6_40 PMID:34766318	研究论文	本文介绍了一种名为体内转录组分析（TIVA）的单细胞分析程序，用于从活体组织中准确获取特定细胞的转录组	首次使用细胞穿透肽（CPPs）结合光激活技术，实现了从活体单细胞中非侵入性地准确分离单细胞mRNA	NA	开发一种新的方法来分析单细胞转录组，以更好地理解细胞异质性及其在正常功能和疾病发展中的作用	单细胞转录组	基因组学	NA	细胞穿透肽（CPPs）	NA	转录组	NA
22367	2024-08-08	Exposure to Tobacco Smoking Induces a subset of Activated Tumor-resident Tregs in Non-Small Cell Lung Cancer 2022-Jan, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2021.101261 PMID:34768099	研究论文	研究烟草烟雾暴露对非小细胞肺癌中肿瘤内调节性T细胞亚群的影响	定义了一种与吸烟相关的肿瘤特异性调节性T细胞亚群ADAM12 CTLA4 Tregs，并发现其在吸烟史患者中的比例显著增加	NA	探讨烟草烟雾如何影响肺癌的肿瘤免疫环境	非小细胞肺癌患者的肿瘤内T细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序和批量RNA测序	NA	RNA序列数据	多个研究中的非小细胞肺癌患者数据
22368	2024-08-08	Single-cell transcriptomics reveals hidden information in trypanosomatids 2022-01, Trends in parasitology IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.pt.2021.10.006 PMID:34774423	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术揭示了双宿主寄生虫在从媒介到宿主过渡期间的发展阶段特异性基因表达模式	使用单细胞转录组学技术揭示了寄生虫发展阶段的隐藏信息	NA	研究双宿主寄生虫在环境极端条件下的适应性和生存机制	双宿主寄生虫的发展阶段特异性基因表达	转录组学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
22369	2024-08-08	Loss of H2R Signaling Disrupts Neutrophil Homeostasis and Promotes Inflammation-Associated Colonic Tumorigenesis in Mice 2022, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.11.003 PMID:34781022	研究论文	本研究探讨了H2R信号在先天免疫细胞中的下游效应，特别是中性粒细胞在炎症相关结肠肿瘤发生中的作用。	首次揭示了H2R信号缺失如何影响中性粒细胞的稳态及其在炎症相关结肠肿瘤发生中的作用。	研究仅限于小鼠模型，可能需要进一步的人体研究来验证结果。	精确阐明H2R激活在先天免疫细胞中的下游效应。	小鼠中性粒细胞和肠道上皮细胞。	免疫学	结肠肿瘤	单细胞RNA测序，RNA测序	NA	RNA	野生型和H2R缺陷小鼠的中性粒细胞。
22370	2024-08-08	Single-cell transcriptomics identifies master regulators of neurodegeneration in SOD1 ALS iPSC-derived motor neurons 2021-12-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.10.010 PMID:34767750	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，分析了来自SOD1 E100G ALS患者诱导多能干细胞（iPSCs）分化出的运动神经元的功能障碍途径	本研究首次揭示了SMAD2作为TGF-β信号通路的下游介质，在SOD1 iPSC衍生运动神经元退化中的关键作用，并指出TGFβ信号激活可能是多种ALS亚型共有的机制	NA	揭示ALS中运动神经元退化的分子机制	SOD1 E100G ALS患者的iPSC衍生运动神经元及其同源对照	数字病理学	肌萎缩侧索硬化症	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
22371	2024-08-08	A non-classical monocyte-derived macrophage subset provides a splenic replication niche for intracellular Salmonella 2021-12-14, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.10.015 PMID:34788598	研究论文	研究了单核吞噬细胞与胞内沙门氏菌在早期系统性感染中的相互作用，并描述了脾脏中细菌控制和复制的动态过程	首次描述了CD9阳性巨噬细胞在脾脏中为胞内沙门氏菌提供复制环境，并揭示了非经典单核细胞来源的巨噬细胞在感染中的作用	研究主要集中在小鼠模型上，其结果在人类中的适用性需要进一步验证	探讨胞内沙门氏菌与单核吞噬细胞相互作用对感染结果的影响	胞内沙门氏菌、单核吞噬细胞、巨噬细胞亚群	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
22372	2024-08-08	Single-cell analysis of human non-small cell lung cancer lesions refines tumor classification and patient stratification 2021-12-13, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2021.10.009 PMID:34767762	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了35例早期非小细胞肺癌（NSCLC）病灶中的361,929个细胞，识别出一个由PDCD1CXCL13活化T细胞、IgG浆细胞和SPP1巨噬细胞组成的肺癌激活模块（LCAM），并探讨了其与肿瘤突变负荷（TMB）和免疫治疗反应的关系	首次识别并验证了肺癌激活模块（LCAM），并发现其与TMB、癌症睾丸抗原和TP53突变相关，可能作为免疫治疗反应的非冗余生物标志物	NA	探索非小细胞肺癌中免疫细胞组成与肿瘤基因型之间的关系，以及其对免疫治疗反应的影响	早期非小细胞肺癌病灶中的免疫细胞和基因型	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	35例早期非小细胞肺癌病灶中的361,929个细胞
22373	2024-08-08	Dynamic regulatory networks of T cell trajectory dissect transcriptional control of T cell state transition 2021-Dec-03, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2021.10.011 PMID:34786214	研究论文	本研究基于非小细胞肺癌中的T细胞单细胞转录组数据，提出了一种构建动态调控网络的方法，以解析T细胞状态转换的过程	本研究揭示了T细胞状态转换过程中频繁的调控交互重连，并进一步细化了介导每个状态转换的关键调控因子	NA	探究T细胞状态转换的分子调控机制	T细胞在非小细胞肺癌中的功能状态转换	数字病理学	肺癌	单细胞转录组	动态调控网络	转录组数据	NA
22374	2024-08-08	Comprehensive analyses of bioinformatics applications in the fight against COVID-19 pandemic 2021-Dec, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2021.107599 PMID:34773807	review	本文全面总结了基于现有报告的生物信息学技术在COVID-19相关研究中的重要方法和应用	利用生物信息学方法，如下一代测序(NGS)和第三代测序(TGS)技术，分子动力学模拟，分子对接和人工智能(AI)技术，加速了病毒检测、药物开发和疫苗研究	NA	深入理解新冠病毒的基因组和蛋白质特征，临床诊断，致病机制，以及抗病毒药物和疫苗的开发	新冠病毒的基因组和蛋白质特征，临床诊断，致病机制，抗病毒药物和疫苗	bioinformatics	COVID-19	NGS, TGS, molecular dynamics simulation, molecular docking, AI	NA	genome sequence, protein structure	超过228 million COVID-19感染病例
22375	2024-08-08	Desmosterol suppresses macrophage inflammasome activation and protects against vascular inflammation and atherosclerosis 2021-11-23, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2107682118 PMID:34782454	研究论文	本文研究了胆固醇生物合成中间产物脱氢表雄酮在巨噬细胞中的作用，及其对血管炎症和动脉粥样硬化的保护作用	首次揭示了脱氢表雄酮在动脉粥样硬化病变中作为整合胆固醇稳态和免疫反应的关键分子，通过调节巨噬细胞功能来抑制炎症	NA	探讨脱氢表雄酮在动脉粥样硬化中的作用及其机制	巨噬细胞和动脉粥样硬化病变	NA	心血管疾病	单细胞转录组学, 脂质组学和转录组学分析	NA	细胞	从动脉粥样硬化斑块中分离的CD45CD11b细胞
22376	2024-08-08	Characterization of normal and cancer stem-like cell populations in murine lingual epithelial organoids using single-cell RNA sequencing 2021-11-16, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-01783-5 PMID:34785704	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了小鼠舌上皮类器官中正常和癌症干细胞样细胞群体的特征	揭示了舌癌中具有干细胞特性的异质细胞群体与正常干细胞群体的不同特征，为开发新型分子靶向治疗提供了依据	NA	开发基于特定基因表达谱的舌癌分子靶向治疗	小鼠舌上皮类器官中的正常和癌症干细胞样细胞	数字病理学	舌癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
22377	2024-08-08	Single-cell RNA-seq highlights a specific carcinoembryonic cluster in ovarian cancer 2021-11-13, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-021-04358-4 PMID:34775482	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，探索卵巢癌、正常卵巢和胚胎组织的异质性，并识别关键的细胞簇和标记物，构建预测模型评估卵巢癌的预后	发现了与胚胎相似的卵巢癌恶性上皮细胞簇PEG10 EME，该细胞簇与不良生存率相关，并可能通过NOTCH通路影响癌症干细胞的自我更新和顺铂耐药性	NA	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示卵巢癌的异质性，寻找有效的预后标志物和治疗策略	卵巢癌、正常卵巢和胚胎组织	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序	共识聚类算法	基因表达数据	卵巢癌、正常卵巢和胚胎组织样本
22378	2024-08-08	Immune cell and TCR/BCR repertoire profiling in systemic lupus erythematosus patients by single-cell sequencing 2021-11-12, Aging DOI:10.18632/aging.203695 PMID:34772824	研究论文	本研究利用单细胞5' RNA测序和单细胞T细胞受体(TCR)/B细胞受体(BCR)测序技术，分析了系统性红斑狼疮(SLE)患者及其对照组的免疫细胞和TCR/BCR谱系	首次详细描述了SLE患者中免疫细胞的转录组和TCR/BCR免疫谱系特征	样本量较小，仅包括十名SLE患者及其对照组	探索SLE患者中免疫细胞及其TCR/BCR谱系的表达和分布，以更好地理解这一致命的自身免疫疾病	系统性红斑狼疮患者的免疫细胞和TCR/BCR谱系	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞5' RNA测序，单细胞TCR/BCR测序	NA	RNA序列数据	10名SLE患者及其对照组
22379	2024-08-08	Ionizing irradiation-induced Fgr in senescent cells mediates fibrosis 2021-Nov-12, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-021-00741-4 PMID:34772919	研究论文	研究了辐射诱导的细胞衰老在放射性肺纤维化中的作用及其机制	首次揭示了辐射诱导的衰老细胞中Fgr激酶的上调在放射性肺纤维化中的作用	仅在体外和小鼠模型中进行了实验，需要进一步的人体研究验证	探讨细胞衰老在放射性肺纤维化中的作用及机制	辐射诱导的衰老tdTOMp16阳性间充质干细胞	NA	肺纤维化	RNA-seq, 单细胞RNA-seq (scRNAseq)	NA	RNA	小鼠肺部样本
22380	2024-08-08	Deciphering intratumoral heterogeneity using integrated clonal tracking and single-cell transcriptome analyses 2021-11-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-26771-1 PMID:34764253	研究论文	本文介绍了一种综合实验系统，通过整合单细胞转录组分析和基于DNA条形码的克隆追踪，研究肿瘤内异质性与癌细胞生长、转移和治疗反应的关系。	本文创新性地将单细胞转录组分析与DNA条形码克隆追踪相结合，以揭示肿瘤内异质性的分子和细胞基础。	NA	研究肿瘤内异质性与疾病进展和治疗抵抗的分子和细胞基础。	白血病细胞的基因表达与化疗反应的关系，以及特定基因表达细胞驱动的白血病扩展。	数字病理学	白血病	单细胞转录组分析	NA	基因表达数据	多个小鼠模型