单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22321	2024-08-08	Aging weakens Th17 cell pathogenicity and ameliorates experimental autoimmune uveitis in mice 2022-06, Protein & cell IF:13.6Q1 DOI:10.1007/s13238-021-00882-3 PMID:34748200	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术分析了老年和年轻小鼠的颈部引流淋巴结（CDLNs）在实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）中的免疫细胞图谱，发现老年小鼠的EAU症状较轻，且Th17细胞的致病性减弱。	首次详细描述了衰老对淋巴结及其相关自身免疫疾病的影响，并揭示了衰老通过下调Th17细胞的IL-23R表达和GM-CSF分泌来减轻EAU症状的机制。	NA	探讨衰老对免疫系统及实验性自身免疫性葡萄膜炎的影响。	老年和年轻小鼠的颈部引流淋巴结（CDLNs）及其在实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）中的免疫细胞变化。	免疫学	自身免疫性疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	NA	细胞	老年和年轻小鼠的颈部引流淋巴结（CDLNs）样本
22322	2024-08-08	Hif-1a suppresses ROS-induced proliferation of cardiac fibroblasts following myocardial infarction 2022-02-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.10.009 PMID:34762860	研究论文	研究报告了心脏成纤维细胞（CFs）和间充质前体细胞在心肌梗死后表现出更高的缺氧状态，表达更多的缺氧诱导因子1α（HIF-1α），并具有增强的糖酵解代谢。	通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）展示了CF特异性删除Hif-1a后的影响，并发现线粒体靶向抗氧化剂MitoTEMPO能挽救Hif-1a突变体的表型。	NA	探讨HIF-1α在心肌梗死后心脏成纤维细胞中的作用及其对线粒体活性氧（ROS）的调控机制。	心脏成纤维细胞（CFs）和间充质前体细胞。	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及心肌梗死后的心脏成纤维细胞和间充质前体细胞，具体样本数量未详细说明。
22323	2024-08-08	SPICA: Swiss portal for immune cell analysis 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab1055 PMID:34747477	research paper	SPICA是一个专注于探索和分析免疫细胞单细胞RNA-seq数据的网络资源	SPICA与其他单细胞数据库不同，它托管了经过精心策划的、特定细胞类型的参考图谱，这些图谱以高分辨率描述免疫细胞状态，并分析了在这些图谱背景下发表的单细胞数据	NA	开发一个用于免疫细胞单细胞转录组数据探索和分析的网络资源	免疫细胞的单细胞RNA-seq数据	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	数据集	NA
22324	2024-08-08	scEnhancer: a single-cell enhancer resource with annotation across hundreds of tissue/cell types in three species 2022-01-07, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab1032 PMID:34761274	研究论文	本文介绍了一个名为scEnhancer的单细胞增强子资源数据库，涵盖了三种物种中数百种组织/细胞类型的14527776个增强子和63658600个增强子-基因相互作用	利用单细胞测序技术scATAC-seq在单细胞水平上注释增强子和启动子，并通过无监督学习方法和顺式调控网络算法识别增强子-基因连接	NA	旨在为单细胞水平上增强子对目标基因的调控功能分析提供一个全面的资源	单细胞增强子及其与基因的相互作用	生物信息学	NA	scATAC-seq	无监督学习方法	单细胞数据	1196906个单细胞
22325	2024-08-08	Dysregulated Immunometabolism Is Associated with the Generation of Myeloid-Derived Suppressor Cells in Staphylococcus aureus Chronic Infection 2022, Journal of innate immunity IF:4.7Q2 DOI:10.1159/000519306 PMID:34763332	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和功能代谢分析，深入探讨了慢性金黄色葡萄球菌感染中髓源抑制细胞（MDSCs）的生成和维持机制	首次揭示了MDSCs不仅在骨髓中产生，还在金黄色葡萄球菌感染的小鼠的骨髓外部位产生，并发现MDSCs的高糖酵解活性和高葡萄糖消耗率对其终末分化至关重要	NA	探讨慢性金黄色葡萄球菌感染中MDSCs的生成和维持机制	髓源抑制细胞（MDSCs）及其在慢性金黄色葡萄球菌感染中的代谢特征	NA	慢性感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	金黄色葡萄球菌感染的小鼠
22326	2024-08-08	CCR2 Signaling Restricts SARS-CoV-2 Infection 2021-12-21, mBio IF:5.1Q1 DOI:10.1128/mBio.02749-21 PMID:34749524	研究论文	本文通过研究SARS-CoV-2感染的小鼠模型，发现CCR2信号通路在早期限制肺部病毒负荷中起关键作用	首次揭示CCR2信号通路通过促进经典单核细胞浸润和单核细胞衍生细胞的扩增，对SARS-CoV-2感染起到保护作用	NA	研究SARS-CoV-2感染中的固有免疫机制，特别是CCR2信号通路的作用	SARS-CoV-2感染的小鼠模型	NA	呼吸系统疾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	小鼠
22327	2024-08-08	Computational workflow for functional characterization of COVID-19 through secondary data analysis 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100873 PMID:34746856	研究论文	本文介绍了一种计算异构数据集成和挖掘协议，用于通过结合多个模型系统的转录组签名、蛋白质-蛋白质相互作用、单细胞RNA-seq标记和表型-基因型关联来识别功能特征复合体，以更好地理解疾病病理生理学和结果。	该研究提出了一种新的计算方法，通过整合多种数据类型来识别功能特征复合体，这种方法在标准转录组分析的基础上提供了更深入的分子机制洞察。	NA	旨在通过次级数据分析来功能性地表征COVID-19，并揭示其背后的分子机制。	COVID-19的功能特征及其相关分子机制。	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA-seq	NA	转录组数据	NA
22328	2024-08-08	Isolation of human fetal intestinal cells for single-cell RNA sequencing 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100890 PMID:34746860	研究论文	本文介绍了一种从人类胎儿肠道样本中分离上皮和非上皮细胞的方法，用于单细胞RNA测序	该方法能够产生一个完整的人类发育过程中肠道细胞的图谱	NA	开发一种高效的方法来分离人类胎儿肠道细胞，以进行单细胞RNA测序	人类胎儿肠道细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	多个胎儿肠道样本
22329	2024-08-08	Dissociation of human oral mucosal tissue for single-cell applications 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100908 PMID:34746866	研究论文	本文描述了一种用于制备和分离人类颊部和牙龈口腔黏膜组织的高存活率单细胞悬浮液的协议	提出了一种新的方法来分离口腔黏膜组织中的多种细胞类型，同时保持高细胞存活率	NA	开发一种有效的口腔黏膜组织单细胞分离方法	人类颊部和牙龈的口腔黏膜组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
22330	2024-08-08	Processing human lymph node samples for single-cell assays 2021-12-17, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100914 PMID:34746869	研究论文	本文描述了一种高效且温和的人体淋巴结样本处理方法，用于生成适合单细胞分析的单细胞悬浮液	该协议避免了酶促或机械应力，优化了生成适合单细胞RNA测序等精细分析的单细胞悬浮液	NA	为了更好地理解恶性与非恶性细胞之间的细胞异质性和复杂相互作用	人体淋巴结样本	数字病理学	非霍奇金淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞悬浮液	NA
22331	2024-08-08	Single-cell Transcriptional Changes in Neurodegenerative Diseases 2021-12-15, Neuroscience IF:2.9Q2 DOI:10.1016/j.neuroscience.2021.10.025 PMID:34748859	综述	本文综述了单细胞RNA测序和单核RNA测序技术在神经退行性疾病分子变化研究中的最新进展和发现	利用单细胞RNA测序和单核RNA测序技术，提供了脑细胞在单细胞水平上的细胞和分子细节，增进了对中枢神经系统的理解	NA	探讨神经退行性疾病的分子变化及其机制	神经退行性疾病中的单细胞转录变化	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序，单核RNA测序	NA	RNA	NA
22332	2024-08-08	A multi-omic single-cell landscape of human gynecologic malignancies 2021-12-02, Molecular cell IF:14.5Q1 DOI:10.1016/j.molcel.2021.10.013 PMID:34739872	研究论文	本文通过单细胞分辨率下的转录组（scRNA-seq）和染色质可及性（scATAC-seq）分析，揭示了人类卵巢和子宫内膜肿瘤的复杂细胞异质性及其调控机制。	本文首次展示了恶性细胞通过获取先前未注释的调控元件来驱动癌症标志性通路，并强调了肿瘤内异质性的重要性。	NA	旨在解析驱动癌细胞转录程序的调控机制，以深入理解肿瘤生物学。	人类卵巢和子宫内膜肿瘤。	数字病理学	妇科恶性肿瘤	scRNA-seq, scATAC-seq	NA	转录组数据, 染色质可及性数据	立即手术切除的人类卵巢和子宫内膜肿瘤样本。
22333	2024-08-08	Interneuron origin and molecular diversity in the human fetal brain 2021-12, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-021-00940-3 PMID:34737447	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和原位测序技术，揭示了人类胎儿脑中不同类型中间神经元前体细胞的分子特征	首次详细描述了人类胎儿脑中中间神经元前体细胞的分子多样性及其起源	NA	解析人类胎儿脑中中间神经元的起源和多样性	人类胎儿脑中的中间神经元前体细胞	神经科学	NA	单细胞RNA测序, 原位测序	NA	RNA	NA
22334	2024-08-08	Transcription factor SOX4 facilitates BMP2-regulated gene expression during invasive trophoblast differentiation 2021-12, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202100925RR PMID:34739154	研究论文	本文研究了转录因子SOX4在BMP2调控侵袭性滋养层细胞分化中的作用	发现了SOX4作为BMP2诱导的直接靶基因，并揭示了SOX4在BMP2调控的转录网络中的新机制	NA	阐明BMP2在滋养层细胞侵袭和螺旋动脉重塑中的分子机制	早期胎盘发育中的滋养层细胞分化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	第一孕期胎盘和蜕膜组织的单细胞RNA测序数据
22335	2024-08-08	Integrated molecular analysis identifies a conserved pericyte gene signature in zebrafish 2021-12-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.200189 PMID:34751773	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析斑马鱼幼体中pdgfrb阳性细胞，以分子层面表征斑马鱼中的周细胞	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了斑马鱼细胞表达小鼠周细胞基因的直系同源基因，并整合小鼠周细胞单细胞RNA测序数据，发现了一组核心的保守周细胞基因	NA	旨在通过分子分析确定斑马鱼周细胞的基因特征，并开发新的工具以在体内观察这些细胞	斑马鱼幼体中的周细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	涉及斑马鱼野生型和pdgfrb突变型幼体的细胞样本
22336	2024-08-08	Gene signatures with therapeutic value: emerging perspective for personalized immunotherapy in renal cancer 2021-12, Immunotherapy IF:2.7Q3 DOI:10.2217/imt-2021-0187 PMID:34753298	综述	本文综述了肾癌个性化免疫治疗中具有预测和预后潜力的基因标志物的最新进展	利用单细胞测序和多维空间转录组学技术识别了临床相关的肾癌亚型，并探讨了基于免疫细胞、非编码RNA及代谢和RNA修饰途径的基因标志物的潜力	免疫治疗的高成本、缺乏预测性生物标志物及毒性副作用限制了其更广泛的应用	探讨肾癌个性化免疫治疗中具有预测和预后潜力的基因标志物	肾癌及其治疗中的基因标志物	NA	肾癌	单细胞测序、多维空间转录组学	NA	基因数据	NA
22337	2024-08-08	Complex infections in vivax malaria: the more you look, the more you find 2021-12, Trends in parasitology IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.pt.2021.10.002 PMID:34756507	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了人类疟原虫Plasmodium vivax引起的复杂多克隆感染	开发了用于P. vivax感染的单细胞测序（SCS）的创新方法，提供了关于P. vivax宿主体内多样性和进化的新见解	NA	研究P. vivax引起的复杂多克隆感染	人类疟原虫Plasmodium vivax	NA	疟疾	单细胞测序（SCS）	NA	NA	NA
22338	2024-08-08	Besca, a single-cell transcriptomics analysis toolkit to accelerate translational research 2021-Dec, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab102 PMID:34761219	研究论文	本文介绍了一个名为Besca的单细胞转录组分析工具包，旨在加速转化研究	Besca工具包不仅提供标准的单细胞RNA测序分析流程，还包括两个互补模块，利用层次化细胞签名和监督机器学习自动进行细胞注释，并提供协调的命名法	NA	旨在通过高度标准化和稳健的软件工作流程，利用单细胞RNA测序技术加速转化研究	单细胞RNA测序数据及其在批量RNA测序数据中的应用	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	监督机器学习	转录组数据	多个多样化的单细胞RNA测序数据集，包括来自高度异质性肿瘤组织的样本
22339	2024-08-08	Correction: Single-cell RNA-seq reveals transcriptomic heterogeneity mediated by host-pathogen dynamics in lymphoblastoid cell lines 2021-Nov-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.75422 PMID:34762045	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
22340	2024-08-08	Modeling the ACVR1R206H mutation in human skeletal muscle stem cells 2021-11-10, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.66107 PMID:34755602	研究论文	本研究通过分析ACVR1R206H突变在人体骨骼肌干细胞中的影响，探讨了ACVR1在骨骼肌修复中的作用	首次使用来自尸体的原发性FOP人体肌肉干细胞（Hu-MuSCs）和诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的肌肉干细胞/祖细胞（iMPCs）进行单细胞转录组分析，揭示了ACVR1突变对骨骼肌修复的影响	NA	阐明ACVR1突变如何影响骨骼肌修复	ACVR1R206H突变在人体骨骼肌干细胞中的作用	NA	异位骨化	单细胞转录组分析	NA	细胞	来自尸体的原发性FOP人体肌肉干细胞和诱导多能干细胞衍生的肌肉干细胞/祖细胞