单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27279 篇文献，本页显示第 22261 - 22280 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22261 | 2024-08-08 |
Characterization of Alzheimer's Disease-Associated Excitatory Neurons via Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2021, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2021.742176
PMID:34819847
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研究论文 | 本研究利用公开的单核RNA测序数据集，在5XFAD转基因模型和野生型小鼠中揭示了与阿尔茨海默病相关的兴奋性神经元群体（C3:Ex.Neuron）的特征 | 首次详细描述了阿尔茨海默病中神经元细胞群体的特征，并识别出一种先前未被发现的兴奋性神经元亚型（C3.1） | NA | 探索阿尔茨海默病中神经元细胞群体的特征 | 阿尔茨海默病中的兴奋性神经元群体 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 5XFAD转基因模型和野生型小鼠 |
| 22262 | 2024-08-08 |
Development of an Autophagy-Based and Stemness-Correlated Prognostic Model for Hepatocellular Carcinoma Using Bulk and Single-Cell RNA-Sequencing
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.743910
PMID:34820373
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研究论文 | 本研究开发了一种基于自噬和干细胞相关性的肝细胞癌预后模型，使用批量和单细胞RNA测序数据 | 首次结合批量和单细胞RNA测序数据，构建了基于自噬相关基因的肝细胞癌预后模型，并验证了其预测效能 | 研究仅在ICGC和TCGA数据库中验证了预后模型的效能，未来需在更多独立数据集中进行验证 | 开发和验证一种新的肝细胞癌预后模型，以提高患者生存预测的准确性 | 肝细胞癌（HCC）及其自噬相关基因和干细胞特性 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | RNA测序 | LASSO回归分析 | RNA测序数据 | 使用了ICGC和TCGA数据库中的数据，具体样本数量未在摘要中提及 |
| 22263 | 2024-08-08 |
Prediction of Non-canonical Routes for SARS-CoV-2 Infection in Human Placenta Cells
2021, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2021.614728
PMID:34820418
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研究论文 | 研究分析了SARS-CoV-2在人类胎盘细胞中的非经典感染途径 | 发现了胎盘细胞中可能作为SARS-CoV-2非经典感染途径的蛋白质 | NA | 探讨SARS-CoV-2在胎盘细胞中的感染和复制机制 | 人类胎盘细胞中的SARS-CoV-2感染途径 | NA | COVID-19 | 微阵列和单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 22264 | 2024-08-08 |
Effectively Clustering Single Cell RNA Sequencing Data by Sparse Representation
2022 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2021.3128576
PMID:34788219
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研究论文 | 本文提出了一种新的单细胞RNA测序数据聚类方法SPARC，通过稀疏表示系数来测量细胞间的关系，并开发了一种异常值检测方法以辅助参数选择 | SPARC方法引入了一种新的相似性度量，利用每个细胞相对于其他细胞的稀疏表示系数来衡量细胞间的关系，并开发了异常值检测方法以帮助参数选择 | NA | 研究如何更有效地对单细胞RNA测序数据进行聚类分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 十二个真实数据集 |
| 22265 | 2024-08-08 |
The effects of TNF-α/TNFR2 in regulatory T cells on the microenvironment and progression of gastric cancer
2022-04-15, International journal of cancer
IF:5.7Q1
DOI:10.1002/ijc.33873
PMID:34766338
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研究论文 | 研究探讨了TNFR2调节性T细胞在胃癌微环境和进展中的特征和作用 | 揭示了TNFR2 Tregs在肿瘤微环境中高浸润水平，并处于激活和效应状态，为胃癌治疗提供了新的理论基础 | NA | 探索TNFR2调节性T细胞在胃癌微环境和进展中的特征和作用 | TNFR2调节性T细胞在胃癌微环境和进展中的作用 | 数字病理学 | 胃癌 | 多色免疫荧光、单细胞RNA测序和流式细胞术 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 22266 | 2024-08-08 |
Identifying phenotype-associated subpopulations by integrating bulk and single-cell sequencing data
2022-04, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01091-3
PMID:34764492
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Scissor的方法，通过整合批量和单细胞测序数据来识别与特定表型相关的细胞亚群 | Scissor方法通过量化单个细胞与批量样本之间的相似性，并优化回归模型以识别相关亚群，从而直接将单细胞数据中的细胞簇与特定表型联系起来 | NA | 开发一种方法，能够从单细胞测序数据中识别与特定表型相关的细胞亚群 | 单细胞RNA测序数据和表型相关的批量表达数据 | 数字病理学 | 肺癌, 黑色素瘤, 面肩肱型肌营养不良, 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | 回归模型 | 表达数据 | NA |
| 22267 | 2024-08-08 |
Single-Cell, Single-Nucleus, and Spatial RNA Sequencing of the Human Liver Identifies Cholangiocyte and Mesenchymal Heterogeneity
2022-04, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/hep4.1854
PMID:34792289
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研究论文 | 本研究通过匹配的单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）分析了73,295个人类肝脏细胞的转录组景观 | 本研究首次结合scRNA-seq和snRNA-seq技术，揭示了人类肝脏中胆管细胞和间质细胞的异质性，并发现了罕见的肝脏间质细胞亚型和胆管细胞前体 | 细胞解离相关的细胞扰动可能限制了完全捕捉人类肝脏实质细胞部分的能力 | 旨在通过高分辨率转录组分析，全面描绘健康人类肝脏中的实质细胞群体 | 人类肝脏中的细胞类型及其转录组特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 73,295个人类肝脏细胞 |
| 22268 | 2024-08-08 |
Fibroblast-mediated intercellular crosstalk in the healthy and diseased heart
2022-03, FEBS letters
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/1873-3468.14234
PMID:34787896
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综述 | 本文综述了心脏成纤维细胞在健康和疾病心脏中的细胞间交流作用 | NA | NA | 探讨成纤维细胞在心脏稳态和疾病状态中的作用 | 心脏成纤维细胞与其他心脏细胞的相互作用 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 22269 | 2024-08-08 |
Gain-of-function mutations in RPA1 cause a syndrome with short telomeres and somatic genetic rescue
2022-02-17, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2021011980
PMID:34767620
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研究论文 | 本文报道了RPA1基因的获得性功能突变导致一种综合征，该综合征表现为端粒缩短和体细胞遗传拯救现象 | 首次描述了由RPA1基因的获得性功能突变引起的人类疾病，并发现了体细胞遗传拯救现象 | NA | 研究RPA1基因突变对端粒生物学和临床症状的影响 | RPA1基因突变在4个无关联的短端粒综合征患者中的表现和机制 | NA | NA | CRISPR/Cas9 | NA | 单细胞测序数据 | 4个无关联的短端粒综合征患者 |
| 22270 | 2024-08-08 |
An in situ sequencing approach maps PLASTOCHRON1 at the boundary between indeterminate and determinate cells
2022-02-04, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiab533
PMID:34791481
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研究论文 | 本文优化了空间转录组学方法——原位测序（ISS），以在同一组织切片上同时共定位90个基因的转录本，并展示了其在玉米（Zea mays）茎尖顶端的应用。 | 本文首次将空间转录组学应用于植物茎尖顶端，提供了转录事件的时空序列，并展示了PLASTOCHRON1（PLA1）在不定细胞和定型细胞边界处的特异性表达。 | 本文提到的技术在分辨率和灵敏度上仍有改进空间，这可能会影响其在植物发育生物学研究中的应用。 | 研究植物茎尖顶端的分生组织中分子信号如何在离散细胞中决定叶片何时何地开始发育。 | 玉米（Zea mays）茎尖顶端的组织切片中的90个基因的转录本。 | 植物生物学 | NA | 原位测序（ISS） | NA | 转录本 | 同一组织切片上的90个基因 |
| 22271 | 2024-08-08 |
bollito: a flexible pipeline for comprehensive single-cell RNA-seq analyses
2022-01-27, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab758
PMID:34788788
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研究论文 | bollito是一个用于全面分析单细胞RNA-seq数据的自动化、灵活且可并行化的计算管道 | bollito整合了超过30种最先进的工具，涵盖了从质量控制到RNA速度分析的多个单细胞分析任务，并且其模块化设计使得易于集成其他软件包以扩展功能 | NA | 开发一个全面的单细胞RNA-seq数据分析管道 | 单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 基因表达矩阵 | NA |
| 22272 | 2024-08-08 |
Allelic variation in class I HLA determines CD8+ T cell repertoire shape and cross-reactive memory responses to SARS-CoV-2
2022-01-21, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abk3070
PMID:34793243
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研究论文 | 本研究利用单细胞多组学技术，分析了四种主要HLA I类等位基因在SARS-CoV-2感染中对CD8 T细胞反应的影响 | 首次通过单细胞多组学技术，统一体外表征了CD8 T细胞对SARS-CoV-2的反应，并揭示了HLA基因型对表位特异性、TCRα/β序列多样性和预存SARS-CoV-2反应性记忆T细胞池利用的关键影响 | NA | 研究HLA I类等位基因变异如何影响CD8 T细胞对SARS-CoV-2的反应 | CD8 T细胞对SARS-CoV-2的反应 | 免疫学 | 呼吸系统疾病 | 单细胞多组学技术 | NA | 单细胞转录组 | 四种主要HLA I类等位基因 |
| 22273 | 2024-08-08 |
Resolving the difference between left-sided and right-sided colorectal cancer by single-cell sequencing
2022-01-11, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.152616
PMID:34793335
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了左半和右半结直肠癌的单细胞转录组，揭示了两者在免疫细胞状态和分子特征上的差异 | 首次发现左半结直肠癌中存在一种潜在的新型RBP4+NTS+癌细胞亚群，并且左半结直肠癌中的调节性T细胞显示出更高的免疫治疗相关基因表达水平 | 研究样本量较小，仅包括6名患者，可能影响结果的普遍性 | 探究左半和右半结直肠癌在单细胞水平上的差异及其对预后的影响 | 左半和右半结直肠癌的单细胞转录组 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 27,927个单细胞来自3名左半和3名右半结直肠癌患者 |
| 22274 | 2024-08-08 |
DISCO: a database of Deeply Integrated human Single-Cell Omics data
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab1020
PMID:34791375
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研究论文 | 本文介绍了一个名为DISCO的数据库，该数据库整合了大量的人类单细胞组学数据，并提供了多种工具用于数据集成和分析 | DISCO数据库首次提供了公开可用的整合细胞图谱，具有标准化元数据和多种在线工具，如FastIntegration和CELLiD，用于大规模单细胞数据集成和细胞类型识别 | NA | 开发一个多功能平台，用于探索已发表的单细胞数据并高效地与用户自己的数据进行集成分析 | 人类单细胞组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA-seq数据 | 超过1800万个细胞，来自4593个样本，涵盖107种组织/细胞系/类器官，158种疾病，以及20种平台 |
| 22275 | 2024-08-08 |
The misuse of distributional assumptions in functional class scoring gene-set and pathway analysis
2022-01-04, G3 (Bethesda, Md.)
DOI:10.1093/g3journal/jkab365
PMID:34791175
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研究论文 | 本文研究了基因集分析（GSA）中功能类评分（FCS）方法对多元正态分布假设的误用问题 | 首次系统分析了多元正态分布假设在基因集分析中的适用性，并评估了非正态分布对FCS方法统计效能的影响 | 研究主要集中在FCS方法上，未涵盖所有GSA方法 | 探讨多元基因表达数据是否符合多元正态分布，并评估非正态分布对FCS方法统计效能的影响 | 24个RNA数据集，包括癌症患者和正常个体的微阵列实验、RNA测序和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 微阵列实验, RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | RNA数据 | 24个RNA数据集 |
| 22276 | 2024-08-08 |
High-Throughput Multimodal Single-Cell Targeted DNA and Surface Protein Analysis Using the Mission Bio Tapestri Platform
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_12
PMID:34766272
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研究论文 | 本文介绍了使用Mission Bio Tapestri平台进行高通量多模态单细胞靶向DNA和表面蛋白分析的方法 | 该技术结合了单细胞测序和分析，能够解析个体样本中的高分辨率基因组多样性，并增加了对表面蛋白标记表达的分析能力 | NA | 旨在通过基因组信息提供预测能力，进一步指导治疗策略 | 癌症生物学中的基因型-表型展示多样性及疾病进程结果 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据和表面蛋白标记表达数据 | NA |
| 22277 | 2024-08-08 |
Generation of Centered Log-Ratio Normalized Antibody-Derived Tag Counts from Large Single-Cell Sequencing Datasets
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_14
PMID:34766274
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研究论文 | 本文介绍了从大规模单细胞测序数据集中生成中心对数比归一化的抗体衍生标签计数的详细步骤 | 本文提供了使用云计算从大型CITE-seq数据集生成中心对数比归一化CITE-seq数据的详细步骤 | NA | 探讨单细胞分析中新技术的应用，特别是CITE-seq和REAP-seq方法 | 单细胞蛋白表达分析 | 生物信息学 | NA | CITE-seq | NA | 数据集 | 大规模单细胞测序数据集 |
| 22278 | 2024-08-08 |
Combined Measurement of RNA and Protein Expression on a Single-Cell Level
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1771-7_16
PMID:34766276
|
研究论文 | 本文描述了一种结合单细胞RNA测序和蛋白质表达分析的新技术，使用BD Rhapsody单细胞分析系统进行3' mRNA全转录组分析（WTA），并结合AbO和样本标签文库制备 | 开发了一种新的单细胞多组学方法，结合转录和表面蛋白表达分析，使用大量与寡核苷酸偶联的抗体（AbOs）进行表面标记检测，克服了传统流式细胞术中使用有限表面标记的限制 | 目前免疫细胞分离基于RNA表达谱预测的表面标记表达，常受转录和蛋白质表达模式之间低相关性的限制 | 克服转录和蛋白质表达模式之间的低相关性，提高免疫细胞功能和异质性分析的准确性 | 单细胞RNA和蛋白质表达 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序（sc-RNAseq） | NA | RNA和蛋白质 | NA |
| 22279 | 2024-08-08 |
Live Cell Genomics: Cell-Specific Transcriptome Capture in Live Single Cells from Complex Tissues
2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1752-6_40
PMID:34766318
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研究论文 | 本文介绍了一种名为体内转录组分析（TIVA）的单细胞分析程序，用于从活体组织中准确获取特定细胞的转录组 | 首次使用细胞穿透肽（CPPs）结合光激活技术，实现了从活体单细胞中非侵入性地准确分离单细胞mRNA | NA | 开发一种新的方法来分析单细胞转录组，以更好地理解细胞异质性及其在正常功能和疾病发展中的作用 | 单细胞转录组 | 基因组学 | NA | 细胞穿透肽（CPPs） | NA | 转录组 | NA |
| 22280 | 2024-08-08 |
Exposure to Tobacco Smoking Induces a subset of Activated Tumor-resident Tregs in Non-Small Cell Lung Cancer
2022-Jan, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2021.101261
PMID:34768099
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研究论文 | 研究烟草烟雾暴露对非小细胞肺癌中肿瘤内调节性T细胞亚群的影响 | 定义了一种与吸烟相关的肿瘤特异性调节性T细胞亚群ADAM12 CTLA4 Tregs，并发现其在吸烟史患者中的比例显著增加 | NA | 探讨烟草烟雾如何影响肺癌的肿瘤免疫环境 | 非小细胞肺癌患者的肿瘤内T细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序和批量RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 多个研究中的非小细胞肺癌患者数据 |