单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新，已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价10元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 22241 - 22260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 22241 | 2024-08-08 |
Vascular Regulation of Hematopoietic Stem Cell Homeostasis, Regeneration, and Aging
2021, Current stem cell reports
IF:2.3Q4
DOI:10.1007/s40778-021-00198-2
PMID:34868826
|
综述 | 本文综述了骨髓微环境中血管内皮细胞在调节造血干细胞活性、健康和应激反应中的中心作用 | 近期动态成像研究结合单细胞RNA测序和功能性检测，增进了对支持造血干细胞的细胞类型及其在稳态、再生和衰老期间调控干细胞命运的协同机制的理解 | NA | 旨在理解造血干细胞与骨髓血管微环境之间的空间互作和分子机制，以开发改善血液疾病和促进健康造血的治疗方法 | 造血干细胞及其在骨髓微环境中的调节机制 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 22242 | 2024-08-08 |
Identification of Prognostic Biomarkers Originating From the Tumor Stroma of Betel Quid-Associated Oral Cancer Tissues
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.769665
PMID:34869001
|
研究论文 | 本研究通过基因集富集分析和免疫组织化学等方法，揭示了槟榔相关口腔癌组织中肿瘤基质来源的预后生物标志物。 | 首次在槟榔相关口腔癌中识别出肿瘤基质来源的TGFBI和HYAL1作为独立的预后生物标志物。 | 研究样本仅限于台湾地区的槟榔使用者，可能限制了结果的普遍性。 | 识别槟榔相关口腔癌中的预后生物标志物，以改善口腔癌的控制。 | 槟榔相关口腔癌组织中的肿瘤基质细胞及其分子标志物。 | 数字病理学 | 口腔癌 | 基因集富集分析 | Cox比例风险模型 | 转录组数据 | 40例台湾口腔癌组织样本 |
| 22243 | 2024-08-08 |
Deconvolution of Bulk Gene Expression Profiles with Single-Cell Transcriptomics to Develop a Cell Type Composition-Based Prognostic Model for Acute Myeloid Leukemia
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.762260
PMID:34869351
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学数据，利用CIBERSORT算法构建了一个基于细胞类型组成的急性髓系白血病（AML）预后模型，称为CTC评分。 | 首次基于AML患者外周血或骨髓抽吸物的细胞类型组成（CTCs）建立预后模型。 | NA | 开发一种基于细胞类型组成的AML预后模型，以辅助临床制定个性化治疗方案。 | 急性髓系白血病（AML）患者的预后评估。 | 数字病理学 | 白血病 | CIBERSORT算法 | Cox回归模型 | 基因表达数据 | 两个公共数据集（GSE6891和TCGA-LAML）中的患者数据，以及一个AML单细胞RNA测序数据集（GSE116256）。 |
| 22244 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Defines the Regulation of Spermatogenesis by Sertoli-Cell Androgen Signaling
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.763267
PMID:34869354
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序技术，分析了野生型和Sertoli细胞缺乏雄激素受体的小鼠睾丸中的细胞类型和转录变化，揭示了Sertoli细胞中雄激素信号调控精子发生的分子机制 | 本研究首次通过单细胞转录组测序技术，揭示了Sertoli细胞中雄激素受体信号调控精子发生的细胞特异性靶点和相关基因及信号通路 | NA | 探索Sertoli细胞中雄激素受体信号调控精子发生的分子和细胞过程 | 野生型和Sertoli细胞缺乏雄激素受体的小鼠睾丸中的细胞类型和转录变化 | 数字病理学 | 男性不育 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组 | 野生型和Sertoli细胞缺乏雄激素受体的小鼠睾丸样本 |
| 22245 | 2024-08-08 |
Integrative Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq Analysis of Peripheral Mononuclear Cells in Patients With Ankylosing Spondylitis
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.760381
PMID:34880858
|
研究论文 | 本文通过整合单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）和单细胞RNA测序（scRNA-seq），探讨了强直性脊柱炎（AS）发病相关的关键基因及其机制 | 发现了与AS进展相关的病原基因NFKB来源于CD8+ T细胞，并揭示了NFKB异常调控FOS、JUN和JUNB的可能机制 | NA | 构建遗传学研究与生物靶向治疗之间的桥梁 | 强直性脊柱炎患者的外周单核细胞 | 数字病理学 | 强直性脊柱炎 | 单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列，染色质可及性数据 | 强直性脊柱炎患者和正常对照的外周单核细胞中鉴定出18种细胞类型 |
| 22246 | 2024-08-08 |
Identification of KLF6/PSGs and NPY-Related USF2/CEACAM Transcriptional Regulatory Networks via Spinal Cord Bulk and Single-Cell RNA-Seq Analysis
2021, Disease markers
DOI:10.1155/2021/2826609
PMID:34880956
|
研究论文 | 本研究通过脊髓bulk和单细胞RNA-Seq分析，识别了KLF6/PSGs和NPY相关的USF2/CEACAM转录调控网络 | 本研究首次通过单细胞分析识别了USF2/CEACAM1&5和KLF6/PSG3&5转录调控网络 | NA | 进一步理解脊髓发育的转录特征 | 新生小鼠脊髓的V2a中间神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | Seurat包 | 单细胞RNA测序数据 | 共筛选了949个细胞 |
| 22247 | 2024-08-08 |
Roseburia intestinalis: A Beneficial Gut Organism From the Discoveries in Genus and Species
2021, Frontiers in cellular and infection microbiology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcimb.2021.757718
PMID:34881193
|
综述 | 本文综述了Roseburia intestinalis这一厌氧、革兰氏阳性、略弯曲的杆状鞭毛细菌在肠道中的作用及其在多种疾病治疗中的潜在价值 | 近期在初级培养技术、培养组学、单细胞测序和代谢组学技术上的进步提高了对Roseburia intestinalis的研究，揭示了其在人类健康和疾病治疗中的益处 | NA | 探讨Roseburia intestinalis在人类疾病治疗中的潜在作用 | Roseburia intestinalis及其在肠道炎症、能量稳态和多种疾病中的作用 | NA | 炎症性肠病, 2型糖尿病, 抗磷脂综合征, 动脉粥样硬化 | 初级培养技术, 培养组学, 单细胞测序, 代谢组学 | NA | NA | NA |
| 22248 | 2024-08-08 |
Unambiguous detection of SARS-CoV-2 subgenomic mRNAs with single cell RNA sequencing
2023-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2021.11.22.469642
PMID:34845443
|
研究论文 | 本文比较了不同单细胞RNA测序方法在检测和定量SARS-CoV-2亚基因组mRNA（sgmRNA）方面的能力，并提出了一种新的数据处理策略scCoVseq。 | 提出了scCoVseq方法，该方法能够明确地定量分配给sgmRNA或基因组RNA（gRNA）的读数，并发现10X 5'结合扩展的R1测序策略能最大化sgmRNA的检测。 | NA | 研究SARS-CoV-2亚基因组mRNA在单细胞水平上的表达，以支持高分辨率研究冠状病毒RNA合成的动态。 | SARS-CoV-2的亚基因组mRNA（sgmRNA） | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 22249 | 2024-08-08 |
Identification of Vulnerable Interneuron Subtypes in 15q13.3 Microdeletion Syndrome Using Single-Cell Transcriptomics
2022-04-15, Biological psychiatry
IF:9.6Q1
DOI:10.1016/j.biopsych.2021.09.012
PMID:34838304
|
研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学数据，识别了15q13.3微缺失综合征中易受影响的中间神经元亚型 | 提出并验证了一种预测CNV基因对大脑发育影响的新策略，并通过分析单细胞转录组数据和在小鼠模型中验证，揭示了Klf13基因在特定发育阶段的表达模式及其对神经元发育的影响 | NA | 研究15q13.3微缺失综合征对大脑发育的影响机制 | 15q13.3微缺失综合征中的中间神经元亚型 | NA | 神经发育障碍 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 包含皮质中间神经元的单细胞转录组数据，以及Df(h15q13.3)/+和Klf13+/-胚胎的小鼠模型 |
| 22250 | 2024-08-08 |
Super-resolved spatial transcriptomics by deep data fusion
2022-04, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01075-3
PMID:34845373
|
研究论文 | 本文介绍了一种结合空间基因表达数据和组织切片的组织学图像数据来推断更高分辨率表达图谱的方法 | 利用深度生成模型，该方法能够表征微米尺度解剖特征的转录组，并能仅从组织学图像预测空间基因表达 | NA | 提高空间转录组学的空间分辨率 | 空间基因表达数据和组织切片的组织学图像数据 | 数字病理学 | NA | 深度生成模型 | 深度生成模型 | 图像数据 | NA |
| 22251 | 2024-08-08 |
Redefining intestinal immunity with single-cell transcriptomics
2022-04, Mucosal immunology
IF:7.9Q1
DOI:10.1038/s41385-021-00470-y
PMID:34848830
|
研究论文 | 本文讨论了单细胞转录组学在重塑我们对肠道免疫系统理解方面的作用 | 利用单细胞转录组学技术，深入解析了肠道免疫系统的复杂性，包括早期肠道发育、与邻近微生物群的相互作用、肠道免疫细胞的多样性、肠道内的区域化以及与非免疫细胞的相互作用 | NA | 探讨单细胞转录组学在肠道免疫系统研究中的应用 | 肠道免疫系统及其与微生物群和非免疫细胞的相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未提及 |
| 22252 | 2024-08-08 |
Generation and characterization of stable pig pregastrulation epiblast stem cell lines
2022-04, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-021-00592-9
PMID:34848870
|
研究论文 | 本文介绍了从猪胚胎E10前原肠胚外胚层（pgEpiSCs）成功建立和维持稳定的多能干细胞系的培养方法 | 首次成功建立了稳定的猪前原肠胚外胚层干细胞系，并通过化学抑制WNT相关信号通路及FGF/ERK、JAK/STAT3和Activin/Nodal途径维持其多能性特征 | NA | 开发用于建立和维持猪多能干细胞系的新型体外培养介质，并探索其在生物学研究和再生医学中的应用潜力 | 猪胚胎E10前原肠胚外胚层细胞 | 再生医学 | NA | 单细胞转录组分析、Hi-C分析 | NA | 细胞 | 超过240次传代的多能干细胞系 |
| 22253 | 2024-08-08 |
Shoot and root single cell sequencing reveals tissue- and daytime-specific transcriptome profiles
2022-02-04, Plant physiology
IF:6.5Q1
DOI:10.1093/plphys/kiab537
PMID:34850215
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了拟南芥根和地上组织的转录组，揭示了组织特异性和昼夜特异性的转录组特征 | 首次提供了拟南芥根和地上组织细胞类型的从头参考图谱，并探讨了非注释和双顺反子转录本的存在 | NA | 研究拟南芥根和地上组织在特定时间点的基因表达空间控制 | 拟南芥的根和地上组织 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | NA | 转录组数据 | 近70,000个拟南芥细胞 |
| 22254 | 2024-08-08 |
An autoimmune stem-like CD8 T cell population drives type 1 diabetes
2022-02, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-04248-x
PMID:34847567
|
研究论文 | 本文研究了非肥胖糖尿病小鼠中β细胞特异性CD8 T细胞在1型糖尿病发展过程中的命运，并识别出胰腺引流淋巴结中的干细胞样自身免疫前体细胞群 | 本文首次识别出干细胞样自身免疫前体细胞群，并揭示了其自我更新及分化为自身免疫介质的机制 | 本文主要在非肥胖糖尿病小鼠模型中进行研究，其结果在人类中的适用性有待进一步验证 | 研究自身免疫T细胞群的产生、维持及其分子调控机制 | β细胞特异性CD8 T细胞及干细胞样自身免疫前体细胞群 | NA | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 非肥胖糖尿病小鼠 |
| 22255 | 2024-08-08 |
GNN-based embedding for clustering scRNA-seq data
2022-01-27, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab787
PMID:34850828
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于图神经网络（GNN）的嵌入方法graph-sc，用于聚类单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据 | graph-sc方法利用图自编码器网络为scRNA-seq细胞数据创建嵌入，相比其他竞争技术在各种数据集上表现更优，且具有更高的计算效率和稳定性 | 尽管在多个数据集上表现良好，但并没有一种方法能在所有分析的数据集上始终表现最佳 | 开发一种新的聚类方法，用于预测细胞类别分配和推断细胞身份 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 图神经网络（GNN） | 图自编码器网络 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及模拟和真实scRNA-seq数据集 |
| 22256 | 2024-08-08 |
Enhancing biological signals and detection rates in single-cell RNA-seq experiments with cDNA library equalization
2022-01-25, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab1071
PMID:34850101
|
研究论文 | 本文研究了在单细胞RNA测序实验中，通过等量化cDNA文库浓度来提高基因检测率和增强生物信号的方法 | 提出了在单细胞实验中不一致执行的cDNA文库浓度等量化步骤，以改善基因检测率、增强生物信号并减少技术伪影 | NA | 评估等量化步骤对不同单细胞RNA测序协议的影响 | 单细胞RNA测序数据中的基因检测率和生物信号 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 实验中使用了不同等量化步骤的体外实验样本，具体数量未详细说明 |
| 22257 | 2024-08-08 |
High-Throughput Functional Screening of Antigen-Specific T Cells Based on Droplet Microfluidics at a Single-Cell Level
2022-01-18, Analytical chemistry
IF:6.7Q1
DOI:10.1021/acs.analchem.1c03678
PMID:34852202
|
研究论文 | 本文介绍了一种基于液滴微流控平台的高通量功能性筛选肿瘤抗原特异性T细胞的方法 | 开发了一种新的液滴微流控平台，用于高通量功能性筛选和分离肿瘤抗原特异性T细胞 | NA | 旨在提高基于T细胞的癌症免疫疗法的效率 | 肿瘤抗原特异性T细胞 | 数字病理学 | NA | 液滴微流控技术 | NA | 荧光信号 | 单个细胞水平 |
| 22258 | 2024-08-08 |
Deep learning-based advances and applications for single-cell RNA-sequencing data analysis
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab473
PMID:34849562
|
研究论文 | 本文总结了基于深度学习的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析方法及其应用，并探讨了深度学习技术在scRNA-seq数据分析中的未来展望和挑战 | 深度学习技术能够克服scRNA-seq数据在上游和下游分析中的独特挑战 | NA | 旨在支持深度学习工具在生物医学领域的应用，并帮助生物学家和生物信息学家探索这一快速发展的领域 | 单细胞RNA测序数据分析 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | 深度学习 | scRNA-seq数据 | NA |
| 22259 | 2024-08-08 |
SC-MEB: spatial clustering with hidden Markov random field using empirical Bayes
2022-01-17, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab466
PMID:34849574
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SC-MEB的经验贝叶斯方法，用于空间聚类分析，利用隐马尔可夫随机场进行空间转录组数据分析 | SC-MEB不仅计算效率高且可扩展到大规模样本，还能选择平滑参数和聚类数量，优于现有的方法如BayesSpace | NA | 通过空间转录组数据识别细胞集群，以扩展对细胞类型和状态如何受微环境调控的理解 | 人类背外侧前额叶皮质组织和老鼠下丘脑前区的空间转录组数据，以及结直肠癌和COVID-19患者的结肠数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | 隐马尔可夫随机场 | 转录组数据 | 大规模样本 |
| 22260 | 2024-08-08 |
Expression Atlas update: gene and protein expression in multiple species
2022-01-07, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab1030
PMID:34850121
|
研究论文 | 本文介绍了EMBL-EBI表达图谱数据库的更新，该数据库整合了来自超过4500个表达研究的数据，涵盖超过65种不同物种，旨在帮助研究人员了解基因或蛋白质在不同组织、条件下的表达情况 | 表达图谱数据库通过专家审核和标准化分析流程，提供了易于可视化的数据，并区分了批量表达图谱和单细胞表达图谱 | NA | 旨在提供一个全面的基因和蛋白质表达数据库，帮助研究人员探索基因或蛋白质在不同条件下的表达模式 | 基因和蛋白质在不同物种、组织和条件下的表达情况 | NA | NA | RNA测序，蛋白质组学 | NA | 基因和蛋白质表达数据 | 超过4500个表达研究，涉及超过65种不同物种 |