单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
22201	2024-08-08	Detecting spatially co-expressed gene clusters with functional coherence by graph-regularized convolutional neural network 2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab812 PMID:34864909	研究论文	本文提出了一种通过蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络图正则化的卷积神经网络（CNN）来聚类空间解析基因表达的方法	该方法通过卷积利用空间定位，并通过图-拉普拉斯正则化利用基因功能关系，提高了空间模式的一致性，并为基因簇在空间上下文中的生物学解释提供了支持	NA	揭示基因在潜在形态学背景下的活动，并通过其功能角色进行分析	空间解析基因表达	机器学习	NA	卷积神经网络（CNN）	CNN	基因表达数据	22个来自10× Genomics和spatialLIBD的公开可用的Visium空间转录组学数据集
22202	2024-08-08	HDMC: a novel deep learning-based framework for removing batch effects in single-cell RNA-seq data 2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab821 PMID:34864918	研究论文	本文提出了一种基于深度学习的新框架HDMC，用于去除单细胞RNA测序数据中的批次效应	HDMC框架采用分层分布匹配和对比学习策略，能够更准确地减少不同批次间的分布差异并恢复细胞类型聚类	NA	解决单细胞RNA测序数据中批次效应的问题	单细胞RNA测序数据中的批次效应	机器学习	NA	scRNA-seq	深度自编码器	基因表达数据	NA
22203	2024-08-08	SCRIP: an accurate simulator for single-cell RNA sequencing data 2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab824 PMID:34874992	研究论文	本研究开发了一种名为SCRIP的单细胞RNA测序数据模拟器，该模拟器能够准确模拟单细胞RNA测序数据的关键特性	SCRIP模拟器能够更准确地模拟单细胞RNA测序数据的关键特征，包括均值-方差依赖性，并且在恢复细胞间距离方面表现优于其他方法	NA	优化测序协议并开发可靠的分析方法，以适应各种应用场景	单细胞RNA测序数据的模拟方法	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
22204	2024-08-08	Single-cell RNA-seq profiling of individual Biomphalaria glabrata immune cells with a focus on immunologically relevant transcripts 2022-02, Immunogenetics IF:2.9Q3 DOI:10.1007/s00251-021-01236-3 PMID:34854945	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了Biomphalaria glabrata的两种免疫细胞——透明细胞和颗粒细胞的转录组，重点关注与免疫相关的转录本	这是首次对Biomphalaria glabrata免疫细胞的单细胞转录组进行分析，为理解其免疫反应提供了重要背景	研究仅比较了未受免疫刺激的两种免疫细胞，未探讨它们在面对不同免疫威胁时的具体反应差异	深入比较Biomphalaria glabrata免疫细胞的功能能力，并探讨其在面对人类寄生虫Schistosoma mansoni时的免疫反应	Biomphalaria glabrata的免疫细胞——透明细胞和颗粒细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自对Schistosoma mansoni敏感的M-line B. glabrata和对Schistosoma mansoni有抵抗力的BS-90 B. glabrata的单个颗粒细胞和透明细胞
22205	2024-08-08	Single-Cell Transcriptomics Reveal Disrupted Kidney Filter Cell-Cell Interactions after Early and Selective Podocyte Injury 2022-02, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2021.11.004 PMID:34861215	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了早期选择性足细胞损伤后肾脏过滤屏障细胞间相互作用的破坏情况	首次揭示了足细胞损伤后肾脏过滤屏障中细胞间相互作用的最早转录效应，并识别了新的治疗靶点	NA	探究慢性肾脏疾病中足细胞损伤与细胞间相互作用破坏之间的早期联系	肾脏组织中的足细胞、内皮细胞和系膜细胞	数字病理学	慢性肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	iCTCF小鼠肾脏组织样本
22206	2024-08-08	Heterogeneity effects of nanoplastics and lead on zebrafish intestinal cells identified by single-cell sequencing 2022-Feb, Chemosphere IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.chemosphere.2021.133133 PMID:34861263	研究论文	本研究首次通过单细胞RNA测序分析了20μg/L和200μg/L的100nm聚苯乙烯纳米塑料（PS-NPs）、50μg/L铅（Pb）及其联合暴露对斑马鱼肠道细胞的异质性效应。	本研究首次使用单细胞RNA测序技术分析了纳米塑料和铅对斑马鱼肠道细胞的异质性效应，揭示了不同细胞群对污染物的不同反应。	研究仅限于特定浓度的纳米塑料和铅，且仅针对斑马鱼肠道细胞，可能需要进一步研究不同浓度和其他生物体中的效应。	探讨纳米塑料和铅对斑马鱼肠道细胞的异质性毒性效应。	斑马鱼肠道细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	38,640个斑马鱼肠道细胞
22207	2024-08-08	Cycloleucine negatively regulates porcine oocyte maturation and embryo development by modulating N6-methyladenosine and histone modifications 2022-Feb, Theriogenology IF:2.4Q1 DOI:10.1016/j.theriogenology.2021.11.024 PMID:34864563	研究论文	研究通过抑制RNA的N6-甲基腺苷（mA）修饰，探讨了环亮氨酸（CL）对猪卵母细胞成熟和早期胚胎发育的影响	首次揭示了RNA mA抑制剂环亮氨酸在猪卵母细胞成熟和早期胚胎发育中的作用及其分子机制	NA	探究RNA mA修饰在猪卵母细胞成熟和早期胚胎发育中的作用	猪卵母细胞和早期胚胎	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
22208	2024-08-08	Evaluating microglial phenotypes using single-cell technologies 2022-02, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2021.11.001 PMID:34872773	综述	本文总结了利用单细胞技术评估微胶质细胞表型的可用方法	介绍了单细胞测序方法和新的多组学方法，以扩展对微胶质细胞功能的理解	NA	探讨单细胞技术在微胶质细胞生物学中的应用	微胶质细胞的表型和功能	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组	数千个细胞
22209	2024-08-08	Identification of heterogeneity and prognostic key genes associated with uveal melanoma using single-cell RNA-sequencing technology 2022-02-01, Melanoma research IF:1.5Q4 DOI:10.1097/CMR.0000000000000783 PMID:34879031	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了葡萄膜黑色素瘤中的细胞异质性和与预后相关的关键基因	发现了与转移性葡萄膜黑色素瘤相关的新细胞簇，并识别了影响细胞间通讯的关键信号通路基因	NA	揭示葡萄膜黑色素瘤的生物学特性，为判断转移或复发的风险提供理论依据	葡萄膜黑色素瘤的细胞异质性和预后相关基因	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	单细胞测序数据	数据来自GSE139829和GSE138433
22210	2024-08-08	Single-Cell RNA Sequencing and Assay for Transposase-Accessible Chromatin Using Sequencing Reveals Cellular and Molecular Dynamics of Aortic Aging in Mice 2022-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.121.316883 PMID:34879708	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和转座酶可及染色质测序技术，分析了不同年龄C57/BL6J小鼠主动脉的转录组和转座酶可及染色质谱，揭示了主动脉衰老的细胞和分子动力学机制。	本研究首次整合了异质性转录组和染色质可及性数据，识别了细胞特异性的转录因子调控网络和开放染色质状态，并构建了衰老轨迹模型。	NA	探究年龄相关血管衰老在主动脉细胞亚群中的细胞和分子机制。	C57/BL6J小鼠主动脉的转录组和转座酶可及染色质谱。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序，转座酶可及染色质测序	NA	转录组数据，染色质可及性数据	4周、26周和86周的C57/BL6J小鼠
22211	2024-08-08	Clinical characterization and immunosuppressive regulation of CD161 (KLRB1) in glioma through 916 samples 2022-Feb, Cancer science IF:4.5Q1 DOI:10.1111/cas.15236 PMID:34881489	研究论文	本研究探讨了CD161在胶质瘤中的临床特征及其免疫抑制调控作用	首次在大规模临床样本中证实CD161在胶质瘤生物学中的关键作用，并发现其作为胶质瘤免疫治疗新靶点的潜力	NA	旨在揭示CD161在胶质瘤中的分子机制及其对免疫监视逃避的影响	CD161在胶质瘤中的表达及其对T细胞毒性的抑制作用	数字病理学	脑瘤	RNA测序, 单细胞测序	NA	基因表达数据	916个胶质瘤样本，包括313个来自中国胶质瘤基因组图谱数据库的样本和603个来自癌症基因组图谱数据库的样本
22212	2024-08-08	Hubness reduction improves clustering and trajectory inference in single-cell transcriptomic data 2022-01-27, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab795 PMID:34871374	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序（scRNAseq）数据中的中心性现象，并探讨了减少中心性对聚类、轨迹推断和可视化的影响	本文首次探讨了通过直接修正中心性来避免剧烈降维，从而保留更多信息的可能性	NA	研究单细胞RNA测序数据中的中心性现象及其对数据分析的影响	单细胞RNA测序数据中的中心性现象	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
22213	2024-08-08	Single-cell sequencing demonstrates complex resistance landscape in CLL and MCL treated with BTK and BCL2 inhibitors 2022-01-25, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2021006211 PMID:34861696	研究论文	本研究通过单细胞DNA测序分析了慢性淋巴细胞白血病（CLL）和套细胞淋巴瘤（MCL）患者在接受Bruton酪氨酸激酶（BTK）抑制剂和B细胞淋巴瘤2（BCL2）抑制剂治疗后产生的抗药性基因组景观	首次报道了BCL2抗药性突变在套细胞淋巴瘤（MCL）患者中的出现，并揭示了CLL和MCL在靶向治疗下的复杂克隆抗药性机制	研究样本仅限于8名患者，可能不足以全面代表所有CLL和MCL患者的抗药性情况	探究CLL和MCL患者在接受BTK和BCL2抑制剂治疗后的基因组抗药性机制	慢性淋巴细胞白血病（CLL）和套细胞淋巴瘤（MCL）患者	数字病理学	白血病	单细胞DNA测序	NA	DNA	8名患者
22214	2024-08-08	Matrix factorization for biomedical link prediction and scRNA-seq data imputation: an empirical survey 2022-01-17, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbab479 PMID:34864871	综述	本文综述了矩阵分解方法在生物医学链接预测和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据插补中的应用	本文系统地比较了15个真实数据集上的代表性矩阵分解方法，并提供了选择不同生物医学矩阵完成任务的矩阵分解方法的一般指南	NA	评估矩阵分解方法在不同场景下的性能，并为生物医学链接预测和scRNA-seq数据插补提供改进方向	生物医学链接预测和单细胞RNA测序数据插补	生物信息学	NA	矩阵分解	矩阵分解方法	生物医学数据，单细胞RNA测序数据	15个真实数据集
22215	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing of mouse left ventricle reveals cellular diversity and intercommunication 2022-01-01, Physiological genomics IF:2.5Q2 DOI:10.1152/physiolgenomics.00016.2021 PMID:34859688	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了小鼠左心室的细胞景观，揭示了细胞多样性和细胞间通信网络	首次详细描述了小鼠左心室的单细胞转录组特征，并揭示了细胞亚型及其潜在功能	NA	探索小鼠左心室的细胞多样性和细胞间通信，寻找心血管疾病的治疗靶点	小鼠左心室的细胞景观	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	t-分布随机邻域嵌入 (tSNE)	转录组数据	小鼠左心室的细胞
22216	2024-08-08	Single-Cell Sequencing for Everybody 2022, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1944-5_15 PMID:34870822	研究论文	本文描述了Smart-seq2协议，用于单细胞全长mRNA测序，适用于多种细胞类型，且成本相对较低	介绍了Smart-seq2协议，该协议易于优化并适用于标准分子生物学实验室	NA	帮助新手研究人员选择最佳的单细胞测序协议	单细胞全长mRNA测序协议	NA	NA	单细胞测序	NA	mRNA序列	多种细胞类型
22217	2024-08-08	Enhanced single-cell RNA-seq workflow reveals coronary artery disease cellular cross-talk and candidate drug targets 2022-01, Atherosclerosis IF:4.9Q1 DOI:10.1016/j.atherosclerosis.2021.11.025 PMID:34871816	研究论文	本文开发了一种增强的单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析工作流程，用于揭示冠状动脉疾病中的细胞间对话和候选药物靶点	本文设计了一个用户友好的、可重复的工作流程，并开发了一个交互式网络应用程序PlaqView，以促进对心血管单细胞数据集的进一步探索和分析	NA	开发和应用scRNA-seq分析工作流程，以研究动脉粥样硬化斑块微环境并发现潜在的治疗方法	冠状动脉疾病中的细胞间对话和候选药物靶点	数字病理学	心血管疾病	scRNA-seq	NA	单细胞数据	使用了Wirka等人之前发表的人类冠状单细胞数据集
22218	2024-08-08	Serglycin Is Involved in Adipose Tissue Inflammation in Obesity 2022-01-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100231 PMID:34872979	研究论文	本研究探讨了serglycin在饮食诱导的肥胖相关脂肪组织炎症中的作用	首次揭示了serglycin在调节肥胖诱导的脂肪炎症中的作用	NA	研究serglycin表达对饮食诱导的脂肪组织炎症的影响	serglycin在肥胖条件下对脂肪组织炎症的影响	NA	肥胖	单细胞RNA测序	NA	RNA	使用C57BL/6J遗传背景的小鼠进行8周高脂高蔗糖饮食实验
22219	2024-08-08	Robotic high-throughput biomanufacturing and functional differentiation of human pluripotent stem cells 2021-12-14, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.11.004 PMID:34861164	研究论文	本文介绍了一种机器人平台，用于高效生产人类诱导多能干细胞（hiPSCs）并实现其功能性分化	开发了一种全自动的机器人平台，用于在化学定义条件下进行hiPSC的培养和分化，实现了高吞吐量和标准化生产	NA	建立一个集成平台，用于高效细胞制造，以支持疾病模型、药物筛选和细胞治疗	人类诱导多能干细胞（hiPSCs）及其功能性分化	生物技术	NA	单细胞转录组学、质谱流式细胞术、代谢分析、电生理学	NA	细胞	最多90种不同患者和疾病特异性细胞系
22220	2024-08-08	Mouse and human share conserved transcriptional programs for interneuron development 2021-Dec-10, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abj6641 PMID:34882453	research paper	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了人类胎儿脑中纹状体和皮质γ-氨基丁酸能神经元的起源结构——神经节隆起的细胞多样性	发现人类和啮齿类动物在中间神经元发育过程中共享保守的转录程序	NA	探究遗传变异如何通过影响特定细胞类型的发育而导致神经发育障碍	人类和啮齿类动物的中间神经元发育	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA