单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
2201	2025-07-02	Anti-tumor effects on tumor-infiltrating natural killer cells by localized ablative immunotherapy and immune checkpoint inhibitors: An integrated and comparative study using scRNAseq analysis 2025-Sep-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2025.217825 PMID:40436260	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了局部消融免疫疗法和免疫检查点抑制剂对肿瘤浸润自然杀伤细胞的抗肿瘤效应	揭示了LAIT和ICI通过不同但互补的机制增强NK细胞介导的抗肿瘤反应，并支持组合免疫疗法策略的开发	研究主要基于小鼠乳腺癌模型，临床相关性需进一步验证	阐明局部消融免疫疗法和免疫检查点抑制剂对肿瘤微环境中NK细胞的调控机制	肿瘤浸润自然杀伤细胞（TINK cells）	免疫治疗	乳腺癌	scRNAseq	NA	基因表达数据	小鼠乳腺癌模型及TCGA数据库中的患者数据
2202	2025-07-02	TSC2/mTORC1 integrates deoxynivalenol signals recognized by membrane receptors IR and EGFR to restrict intestinal stem cell function 2025-Aug-15, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2025.138769 PMID:40466374	研究论文	该研究探讨了脱氧雪腐镰刀菌烯醇（DON）如何通过膜受体IR和EGFR整合信号，进而通过TSC2/mTORC1通路限制肠道干细胞功能	揭示了DON通过膜受体IR和EGFR与TSC2/mTORC1通路的相互作用机制，以及IR/EGFR过表达对DON诱导的肠道干细胞损伤的修复作用	研究主要基于体外和离体模型，未在完整动物模型中验证	探究DON如何通过膜受体信号通路影响肠道干细胞功能	猪肠道类器官和IPEC-J2细胞系	细胞生物学	肠道疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、等温滴定量热法（ITC）	NA	基因表达数据	NA
2203	2025-07-02	From injury to recovery: Spatiotemporal dynamics of the visual pathway during spontaneous structural and functional regeneration after optic nerve transection in zebrafish 2025-07-18, Zoological research IF:4.0Q1 DOI:10.24272/j.issn.2095-8137.2025.020 PMID:40567162	研究论文	本研究系统描述了成年斑马鱼在视神经横断后5周内的再生动态，包括视网膜、视神经和大脑的时空协调恢复过程	首次全面揭示了斑马鱼视觉通路在视神经损伤后的时空再生动态，并建立了与功能恢复的关联	研究仅聚焦于斑马鱼模型，结果向哺乳动物（尤其是人类）的转化潜力仍需进一步验证	阐明斑马鱼视觉系统自发再生的时空动态机制	成年斑马鱼的视觉通路（视网膜、视神经和大脑）	神经再生	视神经损伤	H&E染色、免疫组化、透射电镜、单细胞RNA测序、视动反应(OKR)行为评估	斑马鱼模型	组织学图像、转录组数据、行为数据	未明确说明样本数量，研究持续5周时间
2204	2025-07-02	Cancer stem cells-derived exosomal TSPAN8 enhances non-stem cancer cells stemness and promotes malignant progression in PDAC 2025-Jul, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03412-1 PMID:40251391	研究论文	本研究探讨了胰腺导管腺癌(PDAC)中癌症干细胞(CSC)通过外泌体TSPAN8增强非干细胞癌细胞(NSCC)的干细胞特性并促进恶性进展的机制	首次发现CSC分泌的TSPAN8富集外泌体通过激活Sonic Hedgehog信号通路增强NSCC的干细胞特性	研究主要基于体外和动物模型，临床转化应用仍需进一步验证	阐明PDAC中CSC通过外泌体介导的细胞间通讯机制	胰腺导管腺癌(PDAC)中的癌症干细胞(CSC)和非干细胞癌细胞(NSCC)	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、外泌体分析	NA	RNA测序数据、外泌体蛋白数据	未明确说明样本数量，使用PDAC细胞系和动物模型
2205	2025-07-02	Neuroprotective liver portal area macrophages attenuate hepatic inflammation 2025-Jul, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-025-02190-y PMID:40537510	research paper	该研究通过整合全肝叶成像和小鼠肝脏中CX3CR1细胞的单细胞RNA测序分析，发现了一种新型的肝门区巨噬细胞（LPAMs），其在维持肝脏免疫稳态中发挥重要作用	识别了一种新型的CX3CR1CD63肝门区巨噬细胞（LPAMs），并揭示了其在肝脏免疫稳态中的独特功能和与交感神经的密切互动	研究主要基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需进一步验证	探究肝脏中特定巨噬细胞亚群的功能及其在肝脏免疫稳态中的作用	小鼠肝脏中的CX3CR1细胞	免疫学	非酒精性脂肪性肝炎	全肝叶成像、单细胞RNA测序	NA	图像、RNA测序数据	小鼠肝脏样本
2206	2025-07-02	Infiltrative classical monocyte-derived and SPP1 lipid-associated macrophages mediate inflammation and fibrosis in ANCA-associated glomerulonephritis 2025-Jun-30, Nephrology, dialysis, transplantation : official publication of the European Dialysis and Transplant Association - European Renal Association DOI:10.1093/ndt/gfae292 PMID:39694817	research paper	该研究通过单细胞转录组分析揭示了ANCA相关性肾小球肾炎中肾脏巨噬细胞的多样性及其在炎症和纤维化中的作用	首次在ANCA相关性肾小球肾炎中鉴定出四种主要巨噬细胞亚群，包括经典单核细胞来源的巨噬细胞和SPP1脂质相关巨噬细胞，并揭示了它们在炎症和纤维化中的不同作用	样本量较小（仅5名AGN患者），且未探讨这些巨噬细胞亚群在其他肾脏疾病中的普遍性	探究ANCA相关性肾小球肾炎中肾脏巨噬细胞的多样性及其在疾病进展中的作用机制	ANCA相关性肾小球肾炎患者的肾脏CD45+免疫细胞	免疫学	ANCA相关性肾小球肾炎	单细胞转录组分析，免疫染色，流式细胞术	NA	单细胞RNA测序数据，免疫组化数据，流式细胞数据	5名活动期AGN患者，1名狼疮性肾炎患者和1名肾切除对照的25,485个新鲜肾脏CD45+免疫细胞
2207	2025-07-02	Identification of key genes and development of an identifying machine learning model for sepsis 2025-Jun-30, Inflammation research : official journal of the European Histamine Research Society ... [et al.] IF:4.8Q2 DOI:10.1007/s00011-025-02068-7 PMID:40583108	研究论文	本研究旨在通过整合多器官单细胞RNA测序和机器学习，识别脓毒症的关键基因并构建脓毒症识别模型	结合多器官scRNA-seq数据和机器学习方法识别脓毒症关键基因并构建高精度识别模型	需要进一步研究验证发现的关键基因和模型	脓毒症关键基因识别和诊断模型开发	脓毒症小鼠心脏和肺组织样本	机器学习	脓毒症	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	支持向量机递归特征消除(SVM-RFE)	基因表达数据	5个GEO数据集(GSE207363, GSE207651, GSE185263, GSE69063, GSE134347)
2208	2025-07-02	Tracing and Capturing the Epiblast Pluripotency of Sheep Preimplantation Embryos 2025-Jun-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417764 PMID:40586282	研究论文	该研究通过单细胞转录组分析羊的植入前胚胎，捕获了不同多能性状态的干细胞，并建立了羊的形成性和原始多能性干细胞系	首次在羊模型中建立了能够维持超过100代并分化为三个胚层的形成性和原始多能性干细胞系，并揭示了不同物种间早期胚胎发育的保守性和差异性	研究主要聚焦于羊模型，可能不完全适用于其他物种	研究羊植入前胚胎的多能性变化及其调控机制	羊的植入前胚胎（E1至E14）	再生医学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	羊植入前胚胎（具体数量未明确说明）
2209	2025-07-02	Integrated Transcriptome and Metabolomics Analyses Show MYC as a Potential Therapeutic Target for Behçet's Uveitis 2025-Jun-30, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202417843 PMID:40586758	研究论文	通过整合转录组和代谢组学分析，揭示MYC作为贝赫切特葡萄膜炎潜在治疗靶点	首次结合非靶向代谢组学和单细胞RNA测序技术，发现MYC在调控糖酵解和T细胞反应中的核心作用，并提出其作为治疗靶点	研究样本量有限，且动物模型(EAU小鼠)与人类疾病存在潜在差异	探索贝赫切特葡萄膜炎的疾病特异性代谢改变及治疗靶点	贝赫切特葡萄膜炎患者和健康对照者的代谢组与转录组数据，以及实验性自身免疫性葡萄膜炎小鼠模型	生物医学研究	贝赫切特葡萄膜炎	非靶向代谢组学、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	代谢组数据、转录组数据	贝赫切特葡萄膜炎患者与健康对照者(具体数量未明确)，以及EAU小鼠模型
2210	2025-07-02	TRAF3IP2-AS1 Deficiency Induces Necroptosis to Promote Pancreatic Cancer Liver Metastasis 2025-Jun-30, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-24-4784 PMID:40586914	研究论文	研究发现lncRNA TRAF3IP2-AS1的缺失通过诱导坏死性凋亡促进胰腺癌肝转移	首次揭示TRAF3IP2-AS1通过调节坏死性凋亡和免疫抑制微环境在胰腺癌肝转移中的关键作用	研究主要基于体外和动物模型，临床样本验证有待进一步开展	探究胰腺癌肝转移的分子机制	胰腺导管腺癌(PDAC)	肿瘤生物学	胰腺癌	单细胞RNA测序、多重免疫荧光染色、3D体外模型	患者来源类器官模型、TGFβ1条件性敲除小鼠模型	RNA测序数据、免疫荧光图像	PDAC患者样本和动物模型
2211	2025-07-02	Pan-cancer analysis of enhancer-induced MIR17HG and validation as a SIRT1-promoting factor in colorectal cancer 2025-Jun-30, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-025-02841-y PMID:40586938	研究论文	本研究通过泛癌分析探讨了MIR17HG在恶性肿瘤中的作用，并验证了其在结直肠癌中作为SIRT1促进因子的功能	发现HSF1介导的增强子活性是MIR17HG过表达的新驱动因素，促进SIRT1依赖的结直肠癌进展	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏更深入的体内机制验证	探究MIR17HG在多种癌症中的致癌作用及其在结直肠癌中的调控机制	MIR17HG基因及其在23种肿瘤类型中的表达模式	癌症基因组学	结直肠癌	生物信息学分析、单细胞测序数据分析、敏感性分析、虚拟筛选	NA	基因表达数据、临床样本数据、小鼠样本数据	23种肿瘤类型的表达数据及临床和小鼠样本
2212	2025-07-02	Autophagy-related biomarkers in non-obstructive azoospermia: insights from transcriptomics and single-cell sequencing 2025-Jun-30, Journal of assisted reproduction and genetics IF:3.2Q2 DOI:10.1007/s10815-025-03559-6 PMID:40587077	研究论文	通过转录组学和单细胞测序技术，筛选出与非梗阻性无精子症相关的自噬相关生物标志物	首次结合差异表达分析、WGCNA和机器学习算法，鉴定出四个自噬相关基因作为NOA的生物标志物，并通过单细胞水平分析揭示了这些基因的表达模式	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本量和数据质量的限制	探索自噬相关基因在非梗阻性无精子症中的作用及其作为诊断工具和治疗靶点的潜力	非梗阻性无精子症患者	生物信息学	男性不育症	转录组测序、单细胞测序、RT-qPCR	机器学习	基因表达数据	多个公共数据集（GSE9210和GSE145467）
2213	2025-07-02	LaGrACE: estimating gene program dysregulation with latent regulatory network 2025-Jun-30, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-025-00115-3 PMID:40588571	研究论文	介绍了一种名为LaGrACE的新方法，用于结合组学数据和临床信息估计基因程序的失调	提出LaGrACE方法，能够结合组学数据和临床信息估计基因程序的失调，并在单细胞分辨率下有效识别药物反应信号	未明确提及具体局限性	估计基因程序的失调，以增强对疾病亚群潜在分子机制的发现	基因表达程序及其调控网络	生物信息学	乳腺癌、慢性阻塞性肺疾病(COPD)	RNA-seq	LaGrACE	组学数据、临床数据	合成数据、bulk RNA-seq临床数据集（乳腺癌、COPD）、单细胞RNA-seq药物扰动数据集
2214	2025-07-02	Exploration of shared diagnostic genes and mechanisms between crohn's disease and ischemic stroke by integrated comprehensive bioinformatics analysis and machine learning 2025-Jun-30, Mammalian genome : official journal of the International Mammalian Genome Society IF:2.7Q2 DOI:10.1007/s00335-025-10145-9 PMID:40588645	研究论文	通过综合生物信息学分析和机器学习方法，探索克罗恩病和缺血性中风之间的共享诊断基因和机制	首次使用综合生物信息学和机器学习方法识别克罗恩病和缺血性中风的共享诊断基因，并揭示TLR介导的炎症反应在两者共病中的关键作用	研究结果需要进一步的实验验证，样本来源和数量可能限制结论的普适性	探索克罗恩病和缺血性中风共病的共享机制和诊断标志物	克罗恩病和缺血性中风患者的基因表达数据	生物信息学	克罗恩病和缺血性中风	WGCNA、机器学习算法、单细胞RNA测序、CIBERSORT、Mendelian随机化、分子对接	机器学习	基因表达数据	NA
2215	2025-07-02	FemXpress: Systematic Analysis of X Chromosome Inactivation Heterogeneity in Female Single-Cell RNA-Seq Samples 2025-Jun-29, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202504754 PMID:40583143	research paper	介绍了一种名为FemXpress的计算工具，用于在女性单细胞RNA测序数据中基于X染色体失活（XCI）的起源对细胞进行分类	FemXpress无需父母基因组信息即可稳健地对单细胞样本中的XCI起源进行分类，并能识别逃逸XCI的基因	NA	开发一种计算工具，用于分析女性单细胞RNA测序数据中的X染色体失活异质性	女性单细胞RNA测序数据，特别是X染色体失活的异质性	computational biology	NA	scRNA-Seq	NA	RNA sequencing data	多个组织的食蟹猴单细胞RNA测序数据，以及胚胎和结肠肿瘤的scRNA-Seq数据集
2216	2025-07-02	Immune mechanisms and signatures in lethal and non-lethal sepsis revealed by single-cell transcriptomics 2025-Jun-28, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf140 PMID:40580488	研究论文	通过单细胞转录组学揭示了致命和非致命败血症中的免疫机制和特征	利用单细胞RNA测序技术，发现了败血症中单核细胞亚群Mono2的动态变化及其与疾病严重程度的相关性，并验证了多个基因标记在患者诊断中的潜在应用	研究基于小鼠模型，虽然验证了患者数据，但临床转化仍需进一步研究	探索败血症的免疫机制和分子特征，以改善诊断和治疗策略	小鼠模型中的外周血单个核细胞及公开的患者数据	单细胞转录组学	败血症	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	小鼠模型及公开的患者数据
2217	2025-07-02	Single-cell transcriptomics reveals Sox6 positive interneurons enriched in the prefrontal cortex of female mice vulnerable to chronic social stress 2025-Jun-28, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-025-03088-9 PMID:40581656	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术揭示了雌性小鼠前额叶皮层中Sox6阳性中间神经元在慢性社交压力易感性中的重要作用	首次发现Sox6中间神经元在雌性小鼠慢性社交压力易感性中的富集现象及其与抑郁样行为的关联	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类样本中验证	探究女性抑郁症的细胞和分子机制	雌性小鼠前额叶皮层的细胞类型	神经科学	抑郁症	单核RNA测序(snRNA-Seq)，加权基因共表达网络分析(WGCNA)	慢性社交挫败压力(CSDS)小鼠模型	单细胞转录组数据	未明确说明样本数量，使用雌性小鼠前额叶皮层细胞
2218	2025-07-02	From roots to nodules: regulation of organogenesis in nitrogen-fixing symbiosis 2025-Jun-28, Current opinion in plant biology IF:8.3Q1 DOI:10.1016/j.pbi.2025.102755 PMID:40582138	review	本文综述了固氮共生中器官发生的调控机制，特别是豆科植物根瘤的发育过程	探讨了根瘤与侧根在发育过程中的相似性与进化分歧，并介绍了单细胞和空间转录组学等新兴工具的应用	主要关注豆科植物（Papilionoideae 分支），可能不适用于其他固氮植物	理解固氮共生中器官发生的分子和细胞机制	豆科植物的根瘤和侧根	植物生物学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学、先进成像技术、系统基因组学	NA	基因表达数据、成像数据	NA
2219	2025-07-02	Single-cell sequencing has revealed the palmitoylation landscape in lung adenocarcinoma and identified ABHD17C as a novel biomarker 2025-Jun-27, The American journal of pathology DOI:10.1016/j.ajpath.2025.05.024 PMID:40582697	研究论文	本研究通过单细胞测序技术揭示了肺腺癌中的蛋白质棕榈酰化景观，并鉴定出ABHD17C作为一种新型生物标志物	首次在单细胞水平上描绘了肺腺癌中的蛋白质棕榈酰化景观，并发现ABHD17C作为C4上皮亚型的关键标志物	研究主要聚焦于肺腺癌，未涉及其他癌症类型	探索肿瘤细胞中蛋白质棕榈酰化的异质性及其在肿瘤进展中的作用	肺腺癌(LUAD)中的上皮细胞	数字病理学	肺癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	未明确说明样本数量，但分析了23种棕榈酰转移酶和7种去棕榈酰转移酶
2220	2025-07-02	Uncovering minimal pathways in melanoma initiation 2025-Jun-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-60742-0 PMID:40571713	研究论文	该研究揭示了黑色素瘤起始过程中的最小通路，特别是在仅携带Braf突变的小鼠中观察到的肿瘤发生机制	发现仅Braf突变即可引发黑色素瘤，并鉴定出一种类似神经嵴的细胞类型作为恶性细胞的前体	未能找到解释大多数肿瘤发生的de novo突变或结构变异	探索黑色素瘤起始的遗传机制和细胞起源	小鼠模型中的黑色素瘤	肿瘤生物学	黑色素瘤	单细胞转录组学	小鼠模型	基因表达数据	NA